İnsan mikrobiyomunun viral komponenti ‘virobiyota’ olarak tanımlanır. Virobiyota, insanda bulunan virusların toplamını ifade eder. Virobiyotadaki tüm genler ‘virom’ olarak tanımlanır. İnsan viromu, ökaryotik hücreleri enfekte eden viruslar, prokaryotik hücreleri enfekte eden bakteriyofajlar ve endojen retroviruslar gibi insan genomunda bulunan virusten türemiş genetik elementlerden oluşur. ‘High-throughput sequencing' gibi yeni sekanslama teknolojilerinin geliştirilmesi, insan genomunun analizine olanak sağlamıştır. Yeni nesil sekanslama yöntemi ile pek çok yeni virus bulunmuştur. Son yıllarda, hastalıklarda virom değişikliklerinin gözlenmesi, insan virom çalışmalarında bir artışa neden olmuştur. İnsan viromundaki değişiklikler; enfeksiyon, inflamatuvar hastalıklar, kanser ve otoimmünite ile ilişkili olabilir. Viromun insan sağlığını ve hastalığını nasıl etkilediğinin anlaşılması, virom üyelerini hedefleyen potansiyel terapötik yaklaşımların geliştirilmesini sağlayabilir.

The viral component of the human microbiome is referred to as the ‘virobiota’. The virobiota is the collection of all viruses that are found in or on humans. The set of all the genes of the virobiota is referred to as the ‘virome’. The human virome is constituted of viruses that infect eukaryotic cells, bacteriophages, that infect prokaryotic cells, and virus-derived genetic elements in human genome, such as endogenous retroviruses. The development of new sequencing technologies, such as high-throughput sequencing techniques allowed the analysis of the human virome. Many new viruses have been discovered in recent years using new generation sequencing technology. In recent years, there has been an increase in the studies of the human virome as changes in virome have been observed in diseases. The alterations in the human virome may be associated with infectious, inflammatory diseases, cancer and autoimmunity. The understanding of how the virome affects human health and disease can provide the development of potential therapeutic approaches that target members of the virome.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Dünya genelinde bir milyondan fazla insanın ölümüne neden olan COVID-19 pandemisi; enfeksiyon hastalıklarının önlenmesi ve salgınların kontrol altına alınmasında mikrobiyolojik tanı yöntemlerinin kritik önemini açıkça göstermiştir. SARS-CoV-2 ile mücadelede en etkili yol, virüsün yayılımını mümkün olduğunca azaltmaktır. Virüsün yayılımını azaltmak ise virüsü taşıyan semptomatik veya asemptomatik tüm bireylerin, en kısa sürede ve doğru şekilde tespitini sağlayan tanı yöntemleriyle mümkündür. COVID-19 hastalığının tanısında ve takibinde, uluslararası sağlık otoriteleri tarafından önerilen çeşitli mikrobiyolojik yöntemler (serolojik testler, nükleik asit amplifikasyon yöntemleri) yaygın olarak kullanılmaktadır. Dünya Sağlık Örgütü tarafından COVID-19 laboratuvar tanısında altın standart yöntem olarak belirtilen gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR) metodu dahil olmak üzere farklı diagnostik yöntemlerin uygulanmasında yaşanan zorluklar pandemi sürecinde bir kez daha anlaşılmıştır. Enfeksiyonlarla mücadelede daha yüksek başarı sağlayabilmek için mevcut mikrobiyolojik tanı yöntemlerinin uygulama ve değerlendirme standartlarının iyi belirlenmesi, daha kısa sürede doğru şekilde sonuç veren, kolay uygulanabilen, düşük maliyetli yeni yöntemlerin geliştirilmesi gerekmektedir.

COVID-19 pandemic that killed more than one million people worldwide; has clearly demonstrated the critical importance of microbiological diagnostic methods in preventing infectious diseases and controlling outbreaks. The most effective way forcombating SARS-CoV-2, is reducing the spread of the virus as much as possible. This is only possible with diagnostic methods that enable the detection of all symptomatic or asymptomatic patients infected with the virus as soon as possible and accurately. Various microbiological methods (serological tests, nucleic acid amplification methods) recommended by international health authorities are widely used in the diagnosis and follow-up of COVID-19 disease. The limitations of diagnostic methods, including real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) method, which is specified as the gold standard method in the diagnosis of COVID-19 by the World Health Organization, were once again understood during the pandemic. In order to be more succesful in combating infections, it is necessary to well determine the application and evaluation standards in current microbiological diagnosis methods, to develop new methods that easy to apply and gives the results in a shorter time.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, yakın zamanda European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) tarafından anaeroplar için geliştirilen disk diffüzyon testi ve Clinical Laboratory Standart Institude (CLSI) tarafından anaerop bakteriler için önerilen standart, agarda dilüsyon yöntemleriyle enfeksiyon etkeni Bacteroides fragilis grubu (BFG) bakterilerin antimikrobiyallere duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmış, iki testin sonuçları arasında uyumluluk araştırılmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarında, Ocak 2017 ile Aralık 2018 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve MALDI-TOF MS ile tanımlanan 56 BFG izolatlarının ampisilin, ampisilin/sulbaktam, sefoksitin, imipenem, klindamisin, tigesiklin, moksifloksasin ve metronidazole duyarlılıkları koyun kanıyla zenginleştirilmiş Brucella agar kullanılarak agarda dilüsyon yöntemiyle, at kanı ile zenginleştirilmiş Fastidius Anaerobic Agar (FAA) besiyeri kullanılarak disk difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir.

BULGULAR: Batın içi apsesi (n=24), kan (n=10) ve doku biyopsi örneği (n=11) gibi çeşitli klinik materyallerden izole edilen, çoğunluğu Bacteroides fragilis (n=34, %61) ve Bacteroides thetaiotaomicron (n=11, %20) izolatlarından oluşan altı BFG türü tanımlanmıştır. Agarda dilüsyon yöntem sonuçlarına göre izolatlar üzerine en etkili antimikrobiyaller %98.2 duyarlılık oranlarıyla imipenem ve metronidazol olmuş, bunu sırasıyla %89.3 ve %66.1 oranlarıyla tigesiklin ve ampisilin/sulbaktam izlemiştir. Moksifloksasine duyarlı olanların oranı %57.1, klindamisine ise %46.4 bulunmuştur. İki yöntemin, izolatların antimikrobiyallere duyarlılık durumlarını belirleme performansları metronidazol için %100, imipenem ve tigesiklin için %89.8 uyumlu bulunmuştur. Diğer antibiyotikler için kabul edilebilir uyum saptanmamıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: BFG bakterilerinin metronidazol, imipenem ve tigesikline duyarlılıklarını belirlemede disk diffüzyon yönteminin; klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında kolaylıkla uygulanabilir, hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğunu söyleyebiliriz. Ancak bir standardın oluşturulması adına, özellikle diğer antimikrobiyaller için daha fazla izolatın ele alındığı, deney koşullarının optimize edildiği çalışmaların gerektiğini düşünüyoruz.

INTRODUCTION: We aimed to determine the antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group (BFG) bacteria by recently developed European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) disc diffusion method and agar dilution method recommended by Clinical Laboratory Standart Institude (CLSI) for anaerobes and to investigate the agreement of the results of two tests.

METHODS: In total 56 BFG strains, isolated from clinical samples and identified by MALDI-TOF MS between January 2017 and December 2018, were tested. Ampicillin, ampicillin/sulbactam, cefoxitin, imipenem, clindamycin, tigecycline, moxifloxacin and metronidazole MICs were determined by agar dilution method using sheep blood supplemented Brucella agar and disk diffusion test using host blood supplemented Fastidius Anaerobic Agar (FAA).


RESULTS: Six different BFG species were identified. Bacteroides fragilis (n = 34, 61%) and Bacteroides thetaiotaomicron (n = 11, 20%) were the most prevalent species, isolated from various clinical semples such as intraabdominal abscess (n = 24), blood (n = 10) and tissue biopsy material (n = 11). Imipenem and metronidazole were most effective antimicrobials with 98.2% susceptibility rates, followed by tigecycline, ampicillin/sulbactam, moxifloxacin and clindamycin with 89.3%, 66.1%, 57.1% and 46.4%, respectively. Most concordant results were obtained with metronidazole (100%), imipenem (89.8%) and tigecycline (89.8%). Acceptable compliance was not found for other antimicrobials.


DISCUSSION AND CONCLUSION: Disc diffusion method is fast, easy-to-apply in clinical microbiology laboratories and reliable method to determine the susceptibility of BFG bacteria to metronidazole, imipenem and tigecycline. However, to evolve a standard method, especially for the other antimicrobials, the experimental conditions should be optimized with the studies in which more isolates are included.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar, toplum sağlığı açısından önemli, sık görülen enfeksiyonlardır. Cinsel yolla bulaşan enfeksiyonların önlenmesi, erken tanı konulması ve tedavi edilmesi, “Human immunodeficiency virus” (HIV) bulaşının kontrol altına alınmasında önemli bir yere sahiptir. Bu çalışmada, herhangi bir semptomu olmayan HIV pozitif kişilerdeki cinsel yolla bulaşan diğer enfeksiyon etkenlerini taramak ve etkenlerin HIV pozitif kişilerdeki sıklığını araştırmak amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Eylül 2015 ile Nisan 2016 tarihleri arasında, 14’ü kadın (%15,6), 76’sı erkek (%84,4) olmak üzere cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar açısından asemptomatik olan 90 HIV pozitif kişiden vajinal ve üretral sürüntü örnekleri toplandı. Kişiler örneklerini kendileri aldı. Araştırmaya katılan olgular 20-69 yaş aralığındaydı (Medyan=36, SD: 10,48). Örneklerden Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Herpes simpleks virüs tip 1 ve 2, Human papillomavirüs gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Real-time PCR) yöntemi ile araştırıldı.
BULGULAR: HIV pozitif kişilerin 49’unda (%54,4) en az bir cinsel yolla bulaşan etken pozitif bulundu. Örneklerin 31'inde (%34,4) Human papillomavirüs, 20'sinde (%22,2) Ureaplasma urealyticum, 15'inde (%16,6) Ureaplasma parvum, sekizinde (%8,8) Mycoplasma genitalium, sekizinde (%8,8) Mycoplasma hominis, beşinde (%5,5) Neisseria gonorrhoeae, ikisinde (%2,2) Chlamydia trachomatis, saptandı. Trichomonas vaginalis, Herpes virüs tip 1 ve 2 klinik örneklerin hiçbirinde saptanmadı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: HIV pozitif kişilerin yaklaşık %55’inde bir veya birden fazla cinsel yolla bulaşan patojenler pozitif bulunmuş ve en sık etken olarak Human papillomavirus saptanmıştır. Bu durum, asemptomatik bireylerde bile etkene yönelik tarama yapılması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Bu konuda ülkemizdeki farkındalığın artırılmasına yönelik çalışmalara ihtiyaç vardır.

INTRODUCTION: Sexually transmitted infections are common infections and are important for public health. Prevention, early diagnosis and treatment of sexually transmitted infections have an important role in controlling Human Immunodeficiency Virus (HIV) transmission. The investigation of frequency of sexually transmitted pathogens in HIV positive individuals without any symptoms was aimed.
METHODS: Between September 2015 and April 2016, vaginal and urethral swab samples were collected from 90 HIV positive asypmtomatic individuals. Participants provided self-collected vaginal or urethral swabs. Individuals participating in the study were between the ages of 20-69 (Median = 36, SD: 10,48). Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Herpes simpleks virus type 1 ve 2, Human papillomavirus were investigated from samples by real-time polymerase chain reaction (PCR) method.
RESULTS: At least one sexually transmitted pathogens was found positive in 49 (54,4%) of HIV positive individuals. Human Papillomavirus was found in 31 (34,4%), Ureaplasma urealyticum in 20 (22,2%), Ureaplasma parvum in 15 (16,6%), Mycoplasma genitalium in 8 (8,8%), Mycoplasma hominis in 8 (8,8%), Neisseria gonorrhoeae in 5 (5,5%) and Chlamydia trachomatis in 2 (2,2%) HIV positive individuals. Trichomonas vaginalis, Herpes simplex virus type 1 and 2 were not detected in any of the clinical specimens.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Sexually transmitted pathogens positivity was found in approximately 55%. Human Papillomavirus infection seems to be an important sexually transmitted disease in HIV positive individuals admitted to our hospital and should be screened even in individuals without any symptoms. Studies are needed to increase awareness in our country on this issue.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmada fetal anomali ve hidrops fetalis tanısı almış gebelerde Parvovirüs-B19 DNA pozitifliğini retrospektif olarak araştırarak; fetal enfeksiyon, virüs ve viral yük ile ilişkisinin incelenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya Temmuz 2014-Mart 2018 tarihleri arasında laboratuvarımıza gönderilen onbir hastaya ait; oniki klinik örnek dahil edildi. Parvovirüs B19 IgM/IgG antikorları ELISA yöntemi (NovaTec,Almanya) ile değerlendirildi ve Real-Time PCR yöntemi (LightMix®ParvovirusB19-QuantificationKit Roche, Almanya) ile Parvovirüs-B19 DNA varlığı kantitatif olarak araştırıldı.
BULGULAR: Klinik örneklerde %16,7 (2/12) Parvovirüs-B19 DNA pozitifliği tespit edildi. Fetal anomali saptanmış 22 haftalık gebeden eş zamanlı alınan amniyon sıvısı ve serum örneklerinden; amniyon sıvısında 106 kopya/ml, serum örneğinde 10³ kopya/ml Parvovirüs-B19 DNA saptandı, serolojik analizinde Parvovirüs-B19 IgM negatif olarak tespit edildi. Parvovirüs-B19 DNA negatif üç gebede IgG pozitifken IgM negatif bulundu; bir hastada IgG ve IgM negatif bulundu; bir hastada IgG negatifken IgM “grey zone” olarak değerlendirildi, bir hastaya ait serolojik analiz sonuçlarına ulaşılamadı. IgG negatifken IgM 2-4 hafta sonra testin tekrarlanması önerilerek, grey zone olarak değerlendirilen hastada 8. haftada düşük gerçekleşti. Parvovirüs-B19 DNA tespit edilen hastanın kromozom analizi sonucunun normal olarak değerlendirildiği ve bebeğin sağlıklı bir şekilde dünyaya geldiği görüldü. Çalışmaya dahil edilen diğer gebelerden üçünün gebeliğinin fetal anomali nedeniyle sonlandırıldığı, iki hastanın hidrops fetalis, iki hastanın fetal distres, bir hastanın fetal hidrotoraks tanısı aldığı, iki hastada ise gebeliğin normal olarak sonlandığı görüldü.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Serolojik analiz sonuçları negatif olsa bile Real-Time-PCR yöntemi ile 10 kopya/ml’ye kadar Parvovirüs-B19 DNA’sı saptanabilmekte ve kantitatif sonuç verilebilmektedir. Gebelerde Parvovirüs-B19 DNA varlığının ve miktarının Real-Time PCR yöntemi ile saptanmasının, fetal Parvovirüs-B19 enfeksiyonunun erken tanısı ve takibi açısından önemli olacağı unutulmamalıdır.

INTRODUCTION: The aim of this study was to retrospectively investigate the presence of Parvovirüs B19-DNA in pregnant womwn diagnosed with fetal anomaly and hydrops fetalis and its association with fetal infection and viral load.
METHODS: Twelve samples of eleven patients sent to our laboratory, between July2014-March 2018 were included in the study. Parvovirüs B19-IgM and IgG antibodies and DNA were investigated by ELISA (NovaTec,Almanya) and Real-Time PCR (LightMix® ParvovirusB19 DetectionKit, Roche,Germany), respectively and results were evaluated quantitatively.
RESULTS: In total 16.7% (2/12) Parvovirus-B19 DNA positivity was detected. Parvovirus-B19 DNA was detected in amniotic fluid and serum samples, which were simultaneously taken from 22-week pregnant women with fetal anomalies with 106 copies/ml and with 10³ copies/ml, respectively. Parvovirus-B19 was detected as IgM negative in serological analysis. When IgG was negative, serological test for IgM was recommended to be repeated in 2-4 weeks, and a miscarriage occurred in the 8th week. Chromosome analysis of one of the patients, whom Parvovirus-B19 DNA was detected, was considered normal and a healthy baby was born. Pregnancy was terminated in three with fetal anomaly, two diagnosed with hydrops fetalis, two had fetal distress, one had fetal hidrothoracs and two patients’ pregnancy were terminated normally.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Even if the results of serological analysis were negative, Parvovirüs B19-DNA can be detected up to 10 copies/ml by Real-Time-PCR quantitatively. It should not be forgotten that detection of the presence and viral load of Parvovirüs B19-DNA by Real-Time PCR is quite important in terms of early diagnosis of fetal Parvovirüs B19 infection in pregnancies.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Van Gölü bölgenin en önemli rekreasyon alanlarından biridir. Van Gölü ‘nün mikrobiyolojik kirlilik açısından araştırılması halk sağlığı için çok önem arz etmektedir. Van sınırları içerisinde bulunan Van Gölü ve Erçek Gölü’nün mikrobiyolojik kirlilik varlığı ve oranını tespit etmek, insan sağlığını ve çevreyi korumak üzere, yüzme ve rekreasyon amaçlı kullanılan bu suların kalitesini belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç ile 29 farklı noktadan alınan numunelerde fekal koliform, toplam koliform ve enterokok varlığı araştırılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Haziran - Eylül 2015 tarihleri arası önceden belirlenen 29 noktadan iki haftada bir olmak üzere 232 adet su örneği, Yüzme Suyu Kalitesi Yönetmeliği (76/160/AB) ek: 5 maddesine uygun olarak, 300 -500 mL’lik steril plastik şişelere alınarak Van İl Halk Sağlığı Laboratuvarı’na iletildi. Örneklerin koliform ve enterokok yönünden analizi için membran filtrasyon yöntemi kullanıldı. Yüzme suyu kalitesi yönetmeliğine göre zorunlu değerler fekal koliform, toplam koliform ve enterokok için sırasıyla 2000 kob/100 mL, 10.000 kob/100 mL ve 1000 kob/100 mL olarak alındı (Anonim,2006). Alınan su örneklerinde fekal koliform, toplam koliform ve enterokok türlerinden herhangi birisi zorunlu değerlerin üzerinde tespit edilmesi durumunda, söz konusu su örneği kötü kalite olarak değerlendirildi.
BULGULAR: Alınan toplam 232 su numunesinin 196’sında (%84) herhangi bir bakteriyel kirlilik bulunmazken, 36 örneğin (%16) fekal koliform, toplam koliform ve enterokok türleri ile kontamine olduğu belirlendi. Numune alınan 29 sahilden 17’sinde (%71) en az bir veya daha fazla örnekte kötü kalite su tespit edildi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Mikrobiyolojik kirlilik tespit edilen yerlerin kullanımının kısıtlanarak önlem alınması öngörüldü. Ayrıca analizlerin düzenli olarak yapılması halk sağlığı açısından önem taşımaktadır.

INTRODUCTION: Lake Van is one of the most important recreation areas of the region. Investigation of Van Lake in terms of microbiological pollution is very important for public health. In this study, it was aimed to determine the presence and rate of microbiological pollution of VanLake and Erçek Lake within the borders of Van, and determine the quality of these waters used for swimming and recreation and prevent microbiological contamination in order to protect human health and the environment. For this purpose, the presence of fecal coliform, total coliform and enterococci were investigated in samples takenfrom29different points.
METHODS: Between June and September 2015,232 water samples were taken from 300 predefined 29 points every two weeks and were sent to Van Provincial Public Health Laboratory in 300-500 mL sterile plastic bottles in accordance with Bathing Water Quality Regulation(76/160 / EU): supplement: 5.Membrane filtration method was used to analyze the samples in terms of coliform and enterococci.Mandatory values according to bathing water quality regulation were taken as 2000kob /100 mL,10000kob /100 mL and 1000 kob/100 mL for fecal coliform, total coliform and enterococcus, respectively.
RESULTS: In 196of232 water samples taken, no bacterial contamination was found, while 36 samples were found to be contaminated with fecal coliform, total coliform and enterococcus species.At least one or more specimens of poor quality water were detected in 17of 29 sampled beaches.
DISCUSSION AND CONCLUSION: It was envisaged to take precautions by restricting the use of the places where microbiological pollution was detected. In addition, regular analyzes are important for public health.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Enterokoklar, bircok antibiyotiğe doğal dirençli olmaları, özellikle glikopeptitlere (vankomisin, teikoplanin) karşı oluşturdukları kazanılmış direnç mekanizmaları nedeniyle dünya genelinde önemli mikroorganizma grubu içerisinde yer almaktadır. Çalışmada çeşitli klinik örneklerden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında (VRE) fenotipik olarak vankomisin ile teikoplanin direnci belirlenmiş ve moleküler yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: 2015-2018 yılları arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 30 adet Vankomisine dirençli Enterococcus ssp. (VRE) suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık sonuçlarının belirlenmesi için MicroScan WalkAway 96 Plus (Beckman Coulter, ABD) otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisin ve teikoplanin direnci ayrıca gradient test yöntemi ile çalışılmıştır. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. PCR testleri İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Moleküler laboratuvarında yürütülmüştür.
BULGULAR: İdentifikasyon testleri sonucunda suşların 29’u E. faecium, bir tanesi E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi her iki antibiyotiğe de duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta VanA, VanB ve VanC genlerinin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında glikopeptit direncinin tespitinde gradient test yöntemi ile moleküler yöntemin %100 uyumlu olduğu görülmüştür.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Gradient test yöntemi, klinik mikrobiyoloji laboratuvarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncini saptamada güvenilir sonuç vermektedir.

INTRODUCTION: In this study, vancomycin and teicoplanin resistance were determined phenotypically in Vancomycin resistant Enterococcus strains (VRE) obtained from various clinical samples and VanA, VanB and VanC were investigated by genotypic methods.
METHODS: A total of 30 Vancomycin-resistant Enterococcus ssp. strains isolated from various clinical specimens at Van Yuzuncu Yil University Faculty of Medicine Hospital Microbiology Laboratory between 2015 and 2018. Automated system was used for identification of strains and determination of antibiotic resistance. Vancomycin and teicoplanin resistance were also determined by gradient test method. Resistance genes were investigated by in-house PCR using appropriate primers.
RESULTS: As a result of identification tests, 29 strains were identified as E. faecium and one as E. faecalis. While all strains were resistant to vancomycin and teicoplanin by the automated identification system, three of the isolates which tested by gradient test method were found to be sensitive. Molecular method of these three strains showed that there were not VanA, VanB and VanC gene. While VanA gene was detected in 27 strains, VanB gene was detected in one strain, VanC gene was not detected in any strain. Resistance detection by gradient test and molecular method were found to be 100% compatible with vancomycin resistance in enterococci isolates.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Gradient test method is reliable in determining glycopeptide resistance of enterococcal isolates in clinical microbiology laboratory.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Son yıllarda, geniş spektrumlu antibiyotik kullanımının artması, immunsupresif tedavi alan ve yoğun bakımda izlenen genel durumu bozuk hasta sayısındaki artış gibi sebeplerle invaziv Candida enfeksiyonlarının insidansında artış olmuştur. Candida enfeksiyonlarında tür dağılımı ve antifungal duyarlılıklarının bilinmesi yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden bu enfeksiyonların tedavisinin yönetilmesinde önemlidir. Bu çalışmada hastanemizde çeşitli kliniklerde yatan hastalardan alınan kan kültürlerinde üreyen Candida türlerinin dağılımı, antifungal duyarlılıklarının saptanması ve bu sonuçlara göre hastanemizde uygulanan antifungal tedavi politikasının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Temmuz 2017-Mart 2019 tarihleri arasında kan kültürlerinde (BacT/Alert 3D, Biomerioux, Fransa) üreyen, konvansiyonel ve otomatize [API ID 32C, (Biomerioux, Fransa) ve MaldiTOF MS, (Bruker Daltonik GmbH, Bremen, Almanya)] yöntemlerle tanımlanan Candida türlerinin gradient test stripleri (Biomerioux E test, Fransa) kullanılarak yapılan antifungal duyarlılıkları retrospektif olarak değerlendirilmiştir.
BULGULAR: İzole edilen 175 Candida suşunun 84 (%48)’ü Candida parapsilosis, 57 (%32,6)’si Candida albicans, 15 (%8,6)’i Candida glabrata, 12 (%6,9)’si Candida tropicalis, 3 (%1,7)’ü Candida kefyr olarak saptanırken birer tane Candida dubliniensis (%0,6), Candida famata (%0,6), Candida lusitaniae (%0,6) ve Candida spp. (%0,6) bulunmuştur. C.parapsilosis saptanan örneklerde %54,8 flukonazol, %44,1 vorikonazol, %7,1 posakonazol, %25 itrakonazol ve %1,2 anidulafungin direnci saptanmıştır. C.albicans saptanan örneklerde flukonazole %8,8, vorikonazole %7, itrakonazole %15,8 oranında direnç görülmüştür.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak, hastanemizde yatan hastaların kan kültürlerinde C.parapsilosis’in en sık izole edilen enfeksiyon etkeni olarak saptanması ve özellikle C.parapsilosis türlerinin yüksek flukonazol direnci göstermesi dikkat çekicidir.

INTRODUCTION: In recent years, the incidence of invasive Candida infections have increased due to the increased use of broad-spectrum antibiotics, the number of patients with immunosuppressive therapy and in the intensive care unit with the impaired condition.Knowing the species distribution and antifungal susceptibilities in Candida infections are important in managing the treatment of these infections with high mortality and morbidity.In this study,it was aimed to determine the distribution and antifungal sensitivities of Candida species that isolated from blood cultures taken from patients hospitalized in various clinics in our hospital and evaluation of the antifungal treatment policy applied in our hospital according to these results.
METHODS: Yeasts detected from blood cultures(BacT/Alert 3D,Biomerioux,France) in the laboratory between July 2017 and March 2019 were identified by conventional methods and automated identification systems[API ID 32C,(Biomerioux,France) and MaldiTOF MS,(Bruker Daltonik GmbH, Bremen, Germany)] and susceptibilities to antifungal agents were determined by gradient test strips(Biomerioux E test, France).
RESULTS: Among the 175 Candida strains, 84(48%) were Candida parapsilosis, the others were identified as follows;57(32.6%) Candida albicans, 15(8.6%) Candida glabrata, 12(6.9%) Candida tropicalis, 3(1.7%) Candida kefyr, one(%0,6) Candida dubliniensis, one(%0,6) Candida famata, one(%0,6) Candida lusitaniae and one(%0,6) Candida spp. 54.8% fluconazole, 44,1% voriconazole, 7.1% posaconazole, 25% itraconazole and 1.2% anidulafungin resistance detected from isolated C.parapsilosis samples.Samples with C.albicans showed resistance to fluconazole 8.8%, voriconazole 7%, itraconazole 15.8%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result,it is noteworthy that C.parapsilosis is the most frequently isolated infection agent in the blood cultures of patients hospitalized in our hospital and that especially C.parapsilosis species show high fluconazole resistance.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Mevcut olan bütün antimikrobiyallere dirençli S.aureus suşlarının ortaya çıkması ve yeni antibiyotik bulunamaması araştırmacıları antibiyotiklerin keşfi ile popülerliğini kaybetmiş olan faj tedavisine yönlendirmiştir. Rekombinant teknolojinin gelişimi bakteri ölümünü kontrollü olarak sağlayan lizojenik rekombinant fajların oluşturulması fikrini ortaya çıkarmıştır. Bunun için manipülasyonu kolay küçük boyutlu fajlara ihtiyaç duyulmaktadır. Bizim bu çalışmadaki amacımız tedavide güvenle kullanılabilecek küçük boyutta lizojenik bir bakteriyofajın tanımlanmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada küçük bir faj içerdiği bilinen MRSA suşundan faj ekstrakte edilerek sekans analizi sonucunda gen ve protein haritası çıkarılmıştır.
BULGULAR: Faj; kuyruk proteinlerini kodlayan genler içermesi nedeniyle Caudoviralese; genom büyüklüğü ve dizilimi göz önünde bulundurularak Podoviridae sınıfına dahil edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bugüne kadar NCBI veritabanına yüklenmiş sadece 16 adet Podoviridae ailesinden faj bulunmakta olup, bu çalışmada tanımlanan faj ise on yedincidir. Genomdaki AOÇ’lerin (Açık Okuma Çerçevesi) sadece %41.4‘ü NCBI BLAST programı kullanılarak proteinlerle eşleştirilebilmiştir. Yapılan son araştırmalarda bizim çalışmamızla uyumlu olarak bakteriyofaj genomundan olduğu tahmin edilen AOÇ‘lerin %50-75‘inin GenBank’ta karşılığı olmadığı belirtilmiştir. Bakteriyofajları daha iyi anlayabilmek ve faj terapisinde fajlardan daha iyi faydalanabilmek için daha fazla fajın dizilenmesi, genomlarının ve karşılık geldiği proteinlerin bulunması gerekmektedir. Bu nedenle bizim çalışmamızın, rekombinant faj terapilerinde güvenle kullanılabilecek lizojenik bir fajın gen ve proteinlerinin tanımlanmış olması nedeniyle literatüre katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.

INTRODUCTION: The emergence of S.aureus strains resistant to all antimicrobials and lack of new antibiotics led researchers to phage therapy, which lost popularity with the discovery of antibiotics. The development of recombinant technology has led to idea of creating lysogenic recombinant phages that provide bacterial death in a controlled manner. For this, small sized phages that are easy to manipulate are needed. Our aim is to identify small-sized lysogenic bacteriophage that can be used safely in therapy.
METHODS: In this study, the gene and protein map of the phage was created by sequencing after extracting from the MRSA strain known to contain a small phage.

RESULTS: Phage is thought to belong to Caudovirales as it contains genes encoding tail proteins, and Podoviridae because of genomic size and arrangement.
DISCUSSION AND CONCLUSION: To date, there are only sixteen phages from Podoviridae families loaded into the NCBI, and the phage described in this study is the seventeenth. Only 41.4% of the ORFs (Open Reading Frame) in the genome could be matched with proteins using the NCBI BLAST. According to the latest researches, it has been stated that 50-75% of the bacteriophage ORFs do not correspond to GenBank, compatible with our study. In order to better understand bacteriophages and utilize phages in phage therapy, it is essential to sequence more phages, put forth their genomes and corresponding proteins. Therefore, we think that our study will contribute to literature since the genes and proteins of a lysogenic phage that can be used safely in recombinant phage therapies have been identified.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çeşitli bakteriler ve/veya mantarların bir arada bulunarak oluşturduğu polimikrobiyal biyofilmler, çoğu zaman bu türlerin tek başlarına oluşturdukları monomikrobiyal biyofilmlerden çok daha dirençlidirler. Bu çalışmada, Candida albicans biyofilmlerinin, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii veya Pseudomonas aeruginosa’nın veya bu bakterilerin süpernatantlarının varlığında nasıl etkilendiğinin araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: C. albicans SC 5314, E. coli ATCC 25922, K. pneumoniae ATCC 700603, A. baumannii ATCC 19606 ve P. aeruginosa PA01 kontrol kökenleri kullanılarak C. albicans + Gram negatif polimikrobiyal biyofilmleri steril mikroplaklarda oluşturulmuştur. Hem Gram negatif bakterilerin varlığında hem de steril süpernatantlarının varlığında biyofilm içerisinde değişen C. albicans sayısı tespit edilmiştir.
BULGULAR: Sonuçlarımıza göre çalışılan Gram negatif bakterilerin tümü biyofilm içerisindeki C. albicans hücrelerine antagonist etki göstermiş ve kontrole göre yaklaşık üç log’luk azalma görülmüştür. Steril süpernatantların da C. albicans biyofilmi üzerine inhibitör etki gösterdikleri ve maya sayısını en az bir log azalttığı tespit edilmiştir. MTT testi ve floresan mikroskobu ile elde edilen görüntüler de bu sonuçları doğrulamıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Pek çok enfeksiyonda ortaya çıkabilen C. albicans-Gram negatif polimikrobiyal biyofilmlerde bakteriler hem hücreleri ile hem de steril hücresiz süpernatantları ile C. albicans biyofilm hücrelerini antagonist olarak etkilemiştir.

INTRODUCTION: Polymicrobial biofilms consisting of a combination of various bacteria and fungi are more resistant than monomicrobial biofilms formed only by these species alone. In this study, it was aimed to investigate how Candida albicans biofilms are affected in the presence of Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii or Pseudomonas aeruginosa or in the presence of supernatants of these bacteria.
METHODS: C. albicans + Gram negative polymicrobial biofilms were formed on sterile microplates by using control strains C. albicans SC 5314, E. coli ATCC 25922, K. pneumoniae ATCC 700603, A. baumannii ATCC 19606 and P. aeruginosa PA01. The number of C. albicans in biofilms was determined in the presence of both Gram negative bacteria and sterile supernatants.
RESULTS: According to our results, all Gram negative bacteria displayed an antagonist effect on C. albicans in the biofilm and a three log decrease was observed compared with the control. Sterile supernatants have also been shown to have an inhibitory effect on the C. albicans biofilms and reduce the yeasts count by at least one log. MTT assay and fluorescence microscopy images also confirmed these results.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In C. albicans-Gram negative polymicrobial biofilms that can occur in many infections, bacteria have affected C. albicans biofilm cells as antagonist, both with their cells and with their sterile cell-free supernatants.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Tüberküloz dünyada 10 milyon insanı etkileyen ve 1.5 milyon insanın tek başına ölümüne sebep veren enfeksiyon hastalığı olması ile halen önemini korumaktadır. Tüberkülozun eliminasyonu ve kontrolünde en büyük engel dirençli tüberküloz olguların ortaya çıkması ve yayılmasıdır. Bu çalışmada XXXXXX Üniversitesi Hastanesi, Merkez Laboratuvarı/ Mikobakteriyoloji biriminde güncel Mycobacterium tuberculosis kompleks ve antitüberküloz duyarlılık durumunun belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda Ocak 2013-Kasım 2019 yılları arasında gönderilmiş tüm örneklerin sonuçları M. tuberculosis kompleks varlığı ve ilaç duyarlılık sonuçları açısından retrospektif olarak incelenmiştir. Örneklerin Löwenstein Jensen ve BACTEC MGIT 960 sisteminde kültürü yapılmıştır. İlaç duyarlılık testi BACTEC MGIT 960 SIRE kiti ile üretici firmanın önerileri doğrultusunda çalışılmıştır.
BULGULAR: Çalışmamızda 21620 örnekten 473 (%2.2)’ünde M. tuberculosis kompleks üremesi olmuştur. Örneklerin 300 (%63.4)’ü akciğer, 173 (%36.6)’ü akciğer dışı olarak sınıflandırılmıştır. Aynı hastaya ait tekrarlayan örnekler çıkartıldığında toplam 365 hastaya ait pozitiflik belirlenmiştir ve 321 (%88.2)’inin duyarlılık sonucu çıkmıştır. Bunlar içerisinde 275 (%85.7)’i primer ilaçların tümüne duyarlı saptanmıştır. Toplam streptomisin, izoniyazid, rifampisin ve etambutol direnç oranları ise sırasıyla; %7.5 (24 hasta), %6.8 (22 hasta), %2.2 (7 hasta) ve %0.6 (2 hasta) olarak bulunmuştur. Çok ilaca direnç oranı ise %0.6 (2 hasta) olarak tespit edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Hastanemizde en yüksek direnç oranına sahip olan birinci seçenek antitüberküloz ilacın streptomisin olduğu görülmüştür. Tüm ilaçlara ait direnç oranları Türkiye Verem Savaş Raporu’na ve Türkiye’deki diğer çalışmalara göre düşük bulunmuştur. Bu düşük oranların korunması ve Tüberküloz yönetimi için ilaç surveyans programının uygulanması önemli rol oynamaktadır.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Tonsillofarenjitin bakteriyel etkenleri olan A, C ve G grubu Beta Hemolitik Streptokoklar (BHS) çeşitli hastalıklara yol açmakta, morbidite ve mortaliteyi artırmaktadır. Bu çalışmada akut tonsillofarenjit tanılı hastaların boğaz kültürlerinden identifiye edilen BHS’lerin grup dağılım yüzdelerinin ve çeşitli antibiyotiklere direnç oranlarının tespiti amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ekim 2017 ve Mayıs 2018 tarihleri arasında, yaşları 1-80 aralığında olan 200 tonsillofarenjitli hastadan boğaz kültürleri toplanmıştır. Bakteriyel izolatlar Gram boyama, basitrasin-trimetoprim sülfametoksazol (SXT), katalaz ve L-Pirolidonil β-Naftilamid (PYR) gibi konvansiyonel yöntemlerle tanımlanmıştır. BHS’lerin serogruplandırmaları için lateks aglütinasyon testi kullanılmıştır. Kirby Bauer disk difüzyon yöntemi ile antibiyotik duyarlılık profilleri belirlenmiştir. Kontrol olarak Streptococcus pyogenes ATCC 19615 suşu kullanılmıştır. Klinik Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) kriterlerine göre inhibisyon zon çap ölçümleri değerlendirilmiştir.
BULGULAR: %17 (34) BHS 200 tonsillofarenjitli hastanın boğaz kültürlerinden izole edilmiştir. BHS grup dağılım yüzdeleri %44.1 (15) A, %29.4 (10) C, %23.5 (8) G ve %2.9 (1) F olarak bulunmuştur. Penisilin, vankomisin ve levofloksasin antibiyotiklerine izolatların tamamında %100 duyarlılık tespit edilmiştir. %29.4 ile en yüksek dirençlilik ampisilin antibiyotiğine bulunurken, bunu %26.5 ile klindamisin, %23.5 ile eritromisin %14.7 ile amoksilin-klavulanik asit ve tetrasiklin, %11.8 ile sefotaksim ve seftriakson, %8.8 ile klaritromisin ve %2.9 ile kloramfenikol takip etmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma CGS ve GGS'nin bazı antibiyotiklere AGS’den daha düşük direnç gösterdiğini ortaya koydu. Bu bulgulara dayanarak BHS grup dağılımları ve antibiyotik direnç profilleri belirli periyotlarla tekrarlanmalı ve halk sağlığı sürveyans çalışmaları ile önlemler alınmalıdır.

INTRODUCTION: Group A, C and G Beta Hemolytic Streptococci (BHS) are bacterial agents of tonsillopharyngitis, cause various diseases and increase morbidity and mortality. In this study, we aimed to determine the percentage of group distribution and the rate of antibiotic resistance of BHS identified from the throat cultures of patients with acute tonsillopharyngitis.
METHODS: The throat swabs were collected from 200 patients with tonsillopharyngitis, aged 1-80 years between October 2017 and May 2018. Bacterial isolates were identified by conventional methods such as Gram staining, bacitracin-trimethoprim sulfamethoxazole (SXT), catalase, and L-Pyrrolidonyl β-Naphthylamide (PYR). Latex agglutination test was used for serogrouping BHS. The antibiotic susceptibilities of BHS were determined by Kirby Bauer disc diffusion method. Streptococcus pyogenes ATCC 19615 strain was used as a control. Inhibition zone diameter measurements were evaluated according to the Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI) criteria
RESULTS: %17 (34) BHS were isolated from throat cultures of 200 patients with tonsillopharyngitis. BHS group distribution percentages were found 44.1% (15) for A, 29.4% (10) C, 23.5% (8) G and 2.9% (1) F. Penicillin, vancomycin and levofloxacin antibiotics were detected 100% sensitivity in all isolates. The highest resistance was found to ampicillin antibiotic with 29.4%, followed by clindamycin 26.5%, erythromycin 23.5%, amoxycillin-clavulanic acid and tetracycline 14.7%, cefotaxime and ceftriaxone 11.8%, clarithromycin 8.8% and chloramphenicol 2.9%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: This study revealed that GCS and GGS had lower resistance to some antibiotics than GAS. Based on the findings, the BHS group distributions and antibiotic resistance profiles should be repeated in certain periods and precautions should be taken with public health surveillance studies.

Makale Özeti | Tam Metin PDF