Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus (MRSA)’dan Elde Edilen Fajın Karakterizasyonu
Özlem Ulusan Bağcı, Fikret Şahin, Mehmet KiyanAnkara Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim DalıGİRİŞ ve AMAÇ: Mevcut olan bütün antimikrobiyallere dirençli S.aureus suşlarının ortaya çıkması ve yeni antibiyotik bulunamaması araştırmacıları antibiyotiklerin keşfi ile popülerliğini kaybetmiş olan faj tedavisine yönlendirmiştir. Rekombinant teknolojinin gelişimi bakteri ölümünü kontrollü olarak sağlayan lizojenik rekombinant fajların oluşturulması fikrini ortaya çıkarmıştır. Bunun için manipülasyonu kolay küçük boyutlu fajlara ihtiyaç duyulmaktadır. Bizim bu çalışmadaki amacımız tedavide güvenle kullanılabilecek küçük boyutta lizojenik bir bakteriyofajın tanımlanmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada küçük bir faj içerdiği bilinen MRSA suşundan faj ekstrakte edilerek sekans analizi sonucunda gen ve protein haritası çıkarılmıştır.
BULGULAR: Faj; kuyruk proteinlerini kodlayan genler içermesi nedeniyle Caudoviralese; genom büyüklüğü ve dizilimi göz önünde bulundurularak Podoviridae sınıfına dahil edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bugüne kadar NCBI veritabanına yüklenmiş sadece 16 adet Podoviridae ailesinden faj bulunmakta olup, bu çalışmada tanımlanan faj ise on yedincidir. Genomdaki AOÇ’lerin (Açık Okuma Çerçevesi) sadece %41.4‘ü NCBI BLAST programı kullanılarak proteinlerle eşleştirilebilmiştir. Yapılan son araştırmalarda bizim çalışmamızla uyumlu olarak bakteriyofaj genomundan olduğu tahmin edilen AOÇ‘lerin %50-75‘inin GenBank’ta karşılığı olmadığı belirtilmiştir. Bakteriyofajları daha iyi anlayabilmek ve faj terapisinde fajlardan daha iyi faydalanabilmek için daha fazla fajın dizilenmesi, genomlarının ve karşılık geldiği proteinlerin bulunması gerekmektedir. Bu nedenle bizim çalışmamızın, rekombinant faj terapilerinde güvenle kullanılabilecek lizojenik bir fajın gen ve proteinlerinin tanımlanmış olması nedeniyle literatüre katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Characterization of Phage Obtained from Methicilline Resistant Staphylococcus aureus
Özlem Ulusan Bağcı, Fikret Şahin, Mehmet KiyanAnkara University Faculty of Medicine Department of MicrobiologyINTRODUCTION: The emergence of S.aureus strains resistant to all antimicrobials and lack of new antibiotics led researchers to phage therapy, which lost popularity with the discovery of antibiotics. The development of recombinant technology has led to idea of creating lysogenic recombinant phages that provide bacterial death in a controlled manner. For this, small sized phages that are easy to manipulate are needed. Our aim is to identify small-sized lysogenic bacteriophage that can be used safely in therapy.
METHODS: In this study, the gene and protein map of the phage was created by sequencing after extracting from the MRSA strain known to contain a small phage.
RESULTS: Phage is thought to belong to Caudovirales as it contains genes encoding tail proteins, and Podoviridae because of genomic size and arrangement.
DISCUSSION AND CONCLUSION: To date, there are only sixteen phages from Podoviridae families loaded into the NCBI, and the phage described in this study is the seventeenth. Only 41.4% of the ORFs (Open Reading Frame) in the genome could be matched with proteins using the NCBI BLAST. According to the latest researches, it has been stated that 50-75% of the bacteriophage ORFs do not correspond to GenBank, compatible with our study. In order to better understand bacteriophages and utilize phages in phage therapy, it is essential to sequence more phages, put forth their genomes and corresponding proteins. Therefore, we think that our study will contribute to literature since the genes and proteins of a lysogenic phage that can be used safely in recombinant phage therapies have been identified.
Sorumlu Yazar: Özlem Ulusan Bağcı, Türkiye
| ARAÇLAR |
 Tam Metin PDF Yazdır Alıntıyı İndir RIS EndNote BibTex Medlars Procite Reference Manager E-Postala Paylaş Yazara e-posta gönder
Benzer makaleler Google Scholar |