Makale Özeti | Tam Metin PDF

Anaerop bakteri enfeksiyonlarının tedavisinde yaygın olarak kullanılan 5-nitroimidazol türevi metronidazole karşı, bakterilerin geliştirdikleri direnç mekanizmaları çeşitli ve karmaşıktır. Anaerop bakterilerde bulunan nitroimidazol redüktaz enziminin metronidazole karşı dirençte önemli rol oynadığı ileri sürülmektedir. Bu enzim bakterinin genomik yapısı içinde tanımlanan nim genleri kontrolündedir. Nim genleri şu ana kadar 11 farklı yapıda (nimA-nimK) tanımlanmıştır. En çok Bacteroides fragilis grupta tanımlanan nim genlerinin tek başlarına metronidazol direncinin oluşmasında yeterli olmadığı, farklı direnç mekanizmalarının da söz konusu olduğu bildirilmiştir. Bakterinin glukoz metabolizması sırasında aktifleşen piruvat ferrodoksin oksidoredüktaz enzim faaliyeti, bmeRABC5 geni kontrolündeki effluks pompa sistemi, RecA geni kontrolündeki DNA onarım proteinlerinin aşırı salınımı gibi mekanizmaların anaerob bakterilerin metronidazol direncinde önemli rol aldığı belirlenmiştir. Bu makalede, anaerop bakterilerin 5-nitroimidazollere karşı oluşturdukları farklı direnç mekanizmaları ve bu direnç mekanizmalarında rol aldığı tartışılan nim genlerinden söz edilmiştir

Resistance mechanisms of anaerobic bacteria against the 5-nitroimidazole derivative widely used in the treatment of anaerobic bacterial infections, metronidazole are varied and complex. It has been suggested that the nitroimidazole reductase enzyme found in anaerobic bacteria plays an important role in resistance to metronidazole. This enzyme is under the control of nim genes defined within the genomic structure of the bacteria. The nim genes have been identified in 11 different structures (nimA-nimK) so far. It has been reported that the nim genes, which are mostly defined in the Bacteroides fragilis group, are not sufficient in the formation of metronidazole resistance alone, there are also different resistance mechanisms Mechanisms such as pyruvate ferrodoxine oxidoreductase (PFOR) enzyme activated during glucose metabolism of bacteria, efflux pump system under the control of bmeRABC5 gene, excessive release of DNA repair proteins controlled by the RecA gene were determined to play an important role in the resistance of anaerobic bacteria to metronidazole. In this article, different resistance mechanisms created by anaerobic bacteria against 5-nitroimidazoles and debatable role of the nim genes role in these resistance mechanisms were indicated.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

SARS-CoV-2, 2019 yılı sonlarında Çin’de ortaya çıkan ve COVID-19 olarak adlandırılan ve pandemiye neden olan viral hastalığın tkenidir. Tüm dünyayı etkisi altına alan ve panik yaratan bu hastalığın etkileri ise hâlen gözle görülür biçimde devam etmektedir. Bu nedenle hakkında sağlık ve tıp alanında birçok güncel çalışma yapılmış ve yapılmaya devam ediyor olsa da hâlen virüsün tüm özellikleri netliğe kavuşmamıştır ve birçok yeni özelliği ortaya çıkmaktadır. Bu durum hâlâ farklı alanlarda yeni çalışmalara gereksinim duyulduğunu göstermektedir. Özellikle geçtiğimiz dönemlerde yapılan çalışmalarda bildirilen farklı mutasyonlar bu yeni özelliklere güncel örneklerdir. Gelişen mutasyonlar, enfeksiyonun yayılımını yeniden hızlandırmıştır. Bu mutasyonlar içerisinde, ülkemizde de olmak üzere farklı ülkelerde yeni olgularda saptanan, SARS-CoV-2 VOC-202012/1 olarak adlandırılan ve İngiltere’de belirlenen mutasyon dünya genelinde endişe uyandırmıştır. Yine, İngiltere, Brezilya ve Güney Afrika’da görülen E484K mutasyonu kendi başına yeni bir varyant değil farklı varyantlarda meydana gelen bir mutasyon olup, bir kaçış varyantı olarak endişe yaratmaktadır. Mutasyonların belirlenmesinde, enfekte kişilerin saptanmasında, salgının etkilerini araştırmada ve aşı çalışmalarında farklı tanısal metotlar kullanılmaktadır. Bu metotlar arasında standart tanı olarak kabul edileni ise viral genomun varlığını saptamaya yönelik moleküler temelli metotlardır. Bunun yanında, farklı serolojik uygulamalar, radyoloji ve biyokimyasal testler de tanıyı desteklemekte ve hastanın takibinde kullanılabilmektedir.

SARS-CoV-2 is the causative agent of the viral disease termed as COVID-19 that emerged in China in late 2019, and caused the pandemic. The effects of this alarming disease which affect all the world apparently persist. Therefore, despite many studies are currently ongoing on COVİD-19, in the field of health and medicine, all features of the virus are still not clarified and its many new characteristics are emerging, which indicates the need for conduction of new studies in different fields. The different mutations reported in recent studies have accelerated the spread of the infection and are current examples of these new features. Among these mutations, SARS-CoV-2 VOC-202012/1 mutation detected in the UK, and in different countries, including Turkey, aroused concern worldwide. Still, the E484K mutation seen in England, Brazil, and South Africa is not a new variant in itself, but a mutation that occurs in different variants is of concern as an escape variant.
Different diagnostic methods are being used to identify these mutations, to detect infected people, to investigate the effects of the pandemic and to contribute to vaccine studies. Although the standard diagnostic methods accepted among them are molecular-based methods used for detecting the presence of the viral genome, different serological applications, radiological and biochemical tests also support the diagnosis and can be used in the follow-up of the patient.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

İnsanlık tarihinin başlangıcından bu yana çeşitli enfeksiyöz hastalıklar farklı zaman dilimlerinde sahneye çıkmışlardır. Her enfeksiyonun insanlar üzerindeki etkisi, yayılma hızı ve kontrol altına alınma süreçleri farklılık göstermiştir. 2019 Aralık ayında ortaya çıkan COVID-19 pandemisi hızla tüm dünyaya yayılmış ve günümüzde hala varlığını sürdürmektedir.
Amaç: Bu çalışma kapsamında COVID-19 pandemisinin sağlık sektörü üzerinde yapmış olduğu olumsuz etki sonucunda ihmal edilen önemli enfeksiyon hastalıklarına dikkat çekmek amaçlanmıştır.
Yöntem: COVID-19 pandemisinin tüberküloz, hepatit, HIV, influenza ve sıtma gibi geçmişten günümüze dünyada en çok görülen ve en çok ölüme neden olan hastalıklarının teşhis ve tedavi süreçleri üzerindeki etkilerini konu alan literatürlerden derlenmiştir.
Sonuç olarak, COVID-19 pandemisinin söz konusu hastalıkların teşhis ve tedavi süreçleri üzerinde kısa vadede aksaklıklara, uzun vadede ise bu enfeksiyonların yükünün artmasına ve kontrol stratejilerinin aksamasına sebep olacağından kaygı duyulmaktadır.

Since the dawn of human history, various infectious diseases have appeared in different time periods. The effects of each infection on humans, the rate of spread and the processes of containment have differed. The COVID-19 pandemic that emerged in December 2019 spread rapidly all over the world and still exists today.
Objective: Within the scope of this study, it is aimed to draw attention to important infectious diseases which are neglected as a result of the negative impact of the COVID-19 pandemic on the health sector.
Method: It has been compiled from the literature on the effects of the COVID-19 pandemic on the diagnosis and treatment processes of the most common and most fatal diseases in the world such as Tuberculosis, Hepatitis, HIV, Influenza and Malaria.
Conclusion: There is concern that the COVID-19 pandemic will cause short-term disruptions in the diagnosis and treatment processes of these diseases, an increase in the burden of these infections in the long term and disruption of control strategies.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Pneumocystis jirovecii, özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış bireylerde önemli pnömoni etkenleri arasındadır. Çalışmamızda, pnömoni etiyolojisi açısından gönderilen bronkoalveolar lavaj (BAL) örneklerinin Pneumocystis pnömonisi (PCP) açısından değerlendirilmesi ve altta yatan diğer etkenlerin tespiti amaçlanmıştır.


YÖNTEM ve GEREÇLER: Gönderilen BAL örneklerine, May Grünwald/Giemsa, modifiye toluidin mavisi, immünfloresan antikor (IFA) boyama ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi uygulanarak bu yöntemlerin PCP tanısındaki yeri araştırıldı. Bakteri, mantar etkenleriyle Mycobacterium tuberculosis ve sitomegalovirüsünün belirlenmesi için de uygun yöntemler kullanıldı.
BULGULAR: Yaşları 18-90 (ortalama 53,02 yaş) arasında değişen 32’si kadın 68’i erkek olmak üzere 100 hasta çalışmaya dâhil edildi. Hastaların 17’sine herhangi bir altta yatan hastalık tespit edilememiş olup bu hastalara sadece pnömoni ön tanısı ile bronkoskopi yapıldı. Sadece bir hastada gerçek zamanlı PCR yöntemi ile PCP pozitifliği saptandı. Tüm hastalar değerlendirildiğinde %33’ünde bir enfeksiyon etkeni saptandığı görüldü.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak bu çalışmada boyama yöntemleri ve gerçek zamanlı PCR ile PCP oranı düşük bulunmuştur. Daha fazla hastalarla yapılacak çalışmalarda daha yüksek oranlar elde edilebilir. Bununla beraber BAL örnekleri genel durumu bozuk hastalarda etiyolojiye ulaşma açısından önemidir.

INTRODUCTION: Pneumocystis jirovecii is one of the important pneumonia agent especially in immunocompromised individuals. In our study, we aimed to evaluate the pneumonia etiology in terms of Pneumocystis pneumonia (PCP) and to identify other underlying agents from bronchoalveolar lavage (BAL) samples.
METHODS: We investigated BAL samples by May Grünwald / Giemsa, modified toluidine blue, immunofluorescent antibody (IFA) staining and real-time polymerase chain reaction (PCR) method, and their role in the diagnosis of PCP. Appropriate methods were also used to determine bacteria, fungi, Mycobacterium tuberculosis and cytomegalovirus.
RESULTS: In this study,100 patients (32 females and 68 male), aged between 18-90 (mean age 53.02) were included. Seventeen patients didn’t have got any underlying disease, and bronchoscopy was performed only with a preliminary diagnosis of pneumonia. PCP positivity was detected in only one patient by real-time PCR method. When all patients were evaluated, an infection agent was found in 33% of them.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result, PCP rate was found to be low with staining methods and real-time PCR in this study. Higher rates can be obtained in studies with more patients. However, BAL samples are important in accessing etiology in patients with poor general condition.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Staphylococcus aureus hem toplum hem de hastane kaynaklı enfeksiyonlara neden olabilen önemli bir patojendir. Metisilin dirençli izolatların varlığı tedavi seçeneklerini kısıtlamaktadır. Bu çalışmanın amacı, hastanemizde ayaktan ve yatan hastalardan izole edilen S.aureus suşlarında antibiyotik direnç oranlarını saptamaktır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: 2016-2019 yılları arasında çeşitli klinik örnekler retrospektif olarak değerlendirilmiş ve S.aureus suşları çalışmaya dahil edilmiştir. Bakteri tanımlaması ve antibiyotik duyarlılık testleri konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistemler kullanılarak yapılmıştır.
BULGULAR: Yaptığımız çalışmada, 595 S.aureus suşu değerlendirilmiştir. Çalışmaya dahil edilen suşlar en sık kan ve yara örneklerinden izole edilmiştir. 172 izolat (%28.9) metisilin dirençli S.aureus (MRSA) olarak tanımlanmıştır. Eritromisin, tetrasiklin, klindamisin, gentamisin, siprofloksasin ve trimetoprim-sülfametoksazole karşı %16.8 oranında veya altında direnç saptanmıştır. Bu antimikrobiyallere karşı MRSA’larda metisilin duyarlı S.aureus (MSSA) suşlarına kıyasla yüksek direnç oranları gözlenmiştir. Vankomisin, teikoplanin ve linezolide karşı direnç saptanmazken daptomisine % 0.7 oranında direnç bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Antibiyotik direnci günümüzün en önemli sağlık sorunlarından biridir. Gerek metisilin gerekse diğer antibiyotiklere direnç S.aureus enfeksiyonlarında tedavi başarısını düşürmektedir. Bu nedenle antibiyotik direnç sürveyanslarının düzenli olarak izlenmesi oldukça önemlidir.

INTRODUCTION: Staphylococcus aureus is an important pathogen that can cause both community and hospital-acquired infections. The presence of methicillin resistant isolates limits treatment options. The aim of this study was to determine the antibiotic resistance rates in S.aureus strains isolated from outpatients and inpatients in our hospital.
METHODS: Various clinical specimens were evaluated retrospectively between 2016 and 2019 and S.aureus strains were included in the study. Bacterial identification and antibiotic susceptibility tests were performed using conventional methods and automated systems.
RESULTS: In our study, 595 S.aureus strains were evaluated. The strains included in the study were most frequently isolated from blood and wound samples. 172 isolates (28.9%) were identified as methicillin resistant S.aureus (MRSA). The resistance rates to erythromycin, tetracycline, clindamycin, gentamicin, ciprofloxacin and trimethoprim-sulfamethoxazole were 16.8% or below. High resistance rates was observed in MRSA against these antimicrobials compared to methicillin susceptible S.aureus (MSSA) strains. Resistance was not found against vancomycin, teicoplanin and linezolid, whereas resistance to daptomycin was 0.7%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Antibiotic resistance is one of the most important health problems of today. Resistance to both methicillin and other antibiotics decreases the success of treatment in S.aureus infections. Therefore, it is very important to regularly monitor antibiotic resistance surveillance.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Sağlıklı yetişkinlerin bağırsak ve vajinal florasında kolonize olabilen Grup B streptokoklar (GBS), özellikle yenidoğanlarda menenjit ve sepsis, gebeler ve altta yatan hastalığı olan erişkinlerde yumuşak doku enfeksiyonları ve idrar yolu enfeksiyonlarına neden olmaktadır. GBS enfeksiyonlarının tedavisinde ilk tercih penisilinlerdir. Ancak son zamanlarda bildirilen azalmış penisilin duyarlılığı, alternatif ajanlara karşı artan direnç oranları ve penisilin allerjisi olan hastalar nedeniyle antibiyotik duyarlılıklarının bilinmesi tedaviye yön vermek açısından önemlidir. Bu çalışmada laboratuvarımızda izole edilen GBS izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2017-Haziran 2018 yılları arasında laboratuvarımıza gelen çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 166 GBS izolatının antibiyotik duyarlılıkları değerlendirildi. Bakteri tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık testleri konvansiyonel yöntemler ve VITEK® 2 (BioMérieux, Fransa) ile yapıldı. Antibiyotik duyarlılıkları European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) kriterlerine göre disk difuzyon yöntemi çalışıldı. Makrolidlere direnç saptanması durumunda çift disk sinerji yöntemi (D testi) ile direnç fenotipleri belirlendi.
BULGULAR: Çalışmada bütün GBS izolatları penisilin, vankomisin, tigesiklin ve linezolide duyarlı bulundu. İzolatların nitrofurantoin, levofloksasin ve norfloksasin duyarlılığı sırasıyla %94,5, %78,3 ve %77,7 olarak saptandı. Eritromisin ve klindamisin direnci sırasıyla %35,5 ve %30,7; iMLSB oranı %73 olarak saptandı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda GBS izolatlarında penisilin direnci saptanmadı. Eritromisin, klindamisin ve levofloksasine karşı direnç oranları, bu ilaçların profilaksi ve tedavi için kullanıldığı durumlarda dikkatli olunması gerektiğini göstermektedir. Bu nedenle klinikte kullanılacak ilaçların seçimine rehberlik etmek ve GBS direnç profilinin belirlenmesi için antibiyotik duyarlılık testleri önerilmektedir.

INTRODUCTION: Group B streptococci (GBS), which can colonize the intestinal and vaginal flora of healthy adults, cause meningitis and sepsis in newborns, soft tissue infections and urinary tract infections in pregnant women and adults with underlying diseases. Penicillins are the first choice in the treatment of GBS. However, it is important to know the antibiotic sensitivities to manage the treatment due to recently reported decreased penicillin sensitivity, increased resistance to alternative agents and patients with penicillin allergy. In this study, we aimed to determine the antibiotic susceptibility profile of GBS strains isolated in our laboratory.
METHODS: Antibiotic susceptibilities of 166 GBS strains, isolated from various clinical samples in our laboratory between January 2017 and June 2018 were evaluated. Bacterial identification was performed using conventional methods and VITEK® 2 (BioMérieux, France). Antibiotic susceptibility was determined by disk diffusion method according to EUCAST criteria. In case of macrolide resistance, double disc synergy method was used to determine resistance phenotypes.
RESULTS: All GBS isolates were susceptible to penicillin, vancomycin, tigecycline and linezolid. The susceptibility levels to nitrofurantoin, levofloxacin and norfloxacin was 94.5%, 78.3% and 77.7%, respectively. Erythromycin and clindamycin resistance was 35.5% and 30.7%, respectively; iMLSB was detected as 73%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In our study, penicillin resistance was not determined in GBS isolates. Resistance to erythromycin, clindamycin and levofloxacin suggests that caution should be exercised when using these drugs for prophylaxis and treatment. Thus, antibiotic susceptibility tests are recommended to the selection of drugs to be used in the clinic and to determine the resistance profile.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Quorum sensing (QS), bakterilerin belli bir yoğunlukta hücreler arası sinyal molekülleri üretip bu sinyalleri algılayarak haberleşmelerini sağlayan kimyasal bir iletişim mekanizmasıdır. Bu çalışmada ülkemizde aromaterapötik Rosa damascena Mill. (Gül) uçucu yağının (AGUY) QS mekanizmasına ve insan patojeni mikroorganizmaların biyofilm üretimine karşı inhibisyon etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Araştırmada, AGUY’nin tüm mikroorganizmalara karşı minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) değerleri mikrodilüsyon yöntemiyle belirlenmiştir. AGUY’nin QS inhibisyon etkileri Chromobacterium violaceum ATCC 12472 (CV12472) biyosensör suşunda agar kuyucuk difüzyon ve viyolasin pigment üretimi yöntemleriyle tespit edilmiştir. Pseudomonas aeruginosa PAO1 suşunda ise bakterinin biyofilm üretimi, swarming (kayma) ve swimming (yüzme) hareket yetenekleri test edilmiştir.
BULGULAR: AGUY’nin mikroorganizmalar üzerinde MİK değerleri %0.0125-0.1 v/v aralığında tespit edilmiştir. Çalışmada, AGUY’nin (sub-MİK: %0.01 v/v), CV12472 suşunda viyolasin üretimini yüksek oranda (%98.04±1.40, p<0.05) azalttığı saptanmıştır. AGUY (sub-MİK: %0.2 v/v), PA01 suşunda ise biyofilm oluşumunu güçlü oranda (%93.07±1.90, p<0.05) inhibe ederek, bakterinin swarming (%44.88±0.54-%88.05±0.67) ve swimming (%47.60±0.06-%85.48±0.10) hareket yeteneklerini doz artışına bağlı (%0.0125-0.2 v/v) engellediği bulunmuştur (p<0.05). Ayrıca, AGUY çoğu gram pozitif (%32.15±0.20-%52.40±1.30) ve gram negatif (%32.01±1.65-%61.00±0.84) bakterilerinin biyofilm oluşumunu inhibe etmiştir (p<0.05).
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu araştırma, AGUY’nin anti-mikrobiyal, anti-biyofilm ve anti-QS ajan olarak kullanımının gelecek için ümit verici potansiyelini göstermektedir. Araştırmada kullanılan AGUY’nin, insan patojeni mikroorganizmalarda biyofilm inhibisyon etkileri bildiğimiz kadarıyla bu çalışmada detaylı olarak ilk kez belirlenmiş olup, araştırma ülkemiz için AGUY üretiminin ve kullanımının son derece gerekli ve önemli olduğunu ve ülkemizde yetiştirilen doğal ürünlere yönelik anti-QS ve anti-biofilm gibi biyolojik aktivite çalışmalarının daha detaylı araştırılması gerektiğini ortaya koymaktadır.

INTRODUCTION: Quorum sensing (QS) is a chemical communication mechanism that allows bacteria to produce intercellular signal molecules in a certain density. In this study, it was aimed to detect the inhibition effects of aromaterapeutic Rosa damascena Mill. (Rose) essential oil (AREO) against QS mechanism and biofilm production of human pathogenic microorganisms.
METHODS: In the study, minimum inhibition concentration (MIC) values of AREO were determined by the microdilution method. QS inhibition effects of the AREO were determined in Chromobacterium violaceum ATCC 12472 by agar well diffusion and violacein pigment production. The biofilm formation, swarm and swim motilities of Pseudomonas aeruginosa PAO1 strain were also tested.
RESULTS: The MIC values of AREO were found to be in the range of 0.0125-0.1%v/v. AREO (sub-MIC: 0.01% v/v) significantly decreased (98.04%±1.40, p<0.05) the violacein production. AREO (sub-MIC: 0.2% v/v) strongly inhibited biofilm formation in PA01 (93.07%±1.90, p <0.05), and significantly (p<0.05) hindered the swarm (44.88%±0.54-88.05%±0.67) and swim (47.60%±0.06-85.48%±0.10) motilies of PA01 according to the concentration ranges (0.0125-0.2% v/v).Additionally, AREO significantly (p<0.05) inhibited the biofilm formation of gram positive (32.15%±0.20-52.40%±1.30) and negative (32.01%±1.65- 61.00%±0.84) bacteria.
DISCUSSION AND CONCLUSION: This study reveals the promising potential of AREO used as anti-microbial, anti-biofilm and anti-QS agents. To the best of our knowledge, the biofilm inhibition effects of AREO in human pathogenic microorganisms have been studied in detail for the first time, and this work clearly reveals that the production and use of AREO is extremely necessary and important for Turkey. Therefore, the anti-QS and anti-biofilm activity research about natural compounds should be worked in detail.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Üriner sistem enfeksiyonları, günümüzde tüm yaş gruplarında, hastane ortamında ve hastane dışında en sık karşılaşılan bakteriyel enfeksiyonlardır. Ampirik tedavide kullanılacak uygun antibiyotiğin seçilebilmesi için bölgemizdeki en sık etken bakterilerin ve antibiyotik direnç oranlarının belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Kasım 2019-Kasım 2020 tarihleri arasındaki idrar kültürü sonuçları retrospektif olarak incelenmiştir. Antibiyotik direnç oranları ve bakteriler, toplum kaynaklı ve hastane kaynaklı enfeksiyonlara göre gruplandırılmıştır. Konvansiyonel yöntemler ya da VITEK 2 Compact (bioMerieux- Fransa) sistemi kullanılarak bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık testleri yapılmış ve Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) önerilerine göre değerlendirilmiştir.
BULGULAR: Örneklerin 1912’sinde (%69) Enterobacterales türleri saptanmış olup nitrofurantoin ve fosfomisin dışındaki tüm antibiyotiklere hastane kaynaklı enfeksiyonlarda (HKE) toplum kaynaklı enfeksiyonlara (TKE) oranla istatistiksel olarak anlamlı şekilde daha yüksek direncin olduğu görülmüştür. Gram pozitif bakterilerde HKE’lerde siprofloksasin direnci TKE’lerden daha yüksek oranda saptanmış olup vankomisin, teikoplanin, linezolid direnci tespit edilmemiştir. Nonfermenter gram negatif bakterilerde piperasilin (%47), siprofloksasin (%43) ve levofloksasin (%42) direncinin en yüksek, amikasin (%12) direncinin ise en düşük olduğu saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda oral kullanımı olan, ampirik tedavide sıklıkla tercih edilen antibiyotiklere karşı görülen artmış direncin yanında, yatan hastalarda sıklıkla tercih edilen piperasilin-tazobaktam, karbapenem ve aminoglikozid grubu antibiyotiklere karşı da önemsenmesi gereken direnç oranları görülmüştür.

INTRODUCTION: Urinary system infections are the most common bacterial infections in all age groups, in and outside the hospital. In order to select the appropriate antibiotic to be used in empirical treatment, it was aimed to determine the most common causative bacteria and antibiotic resistance rates in our region.
METHODS: Urine culture results were analyzed between November 2019 and November 2020 by retrospectively. Antibiotic resistance rates and bacteria are grouped according to community-acquired and hospital-acquired infections. Identification of bacteria and antibiotic susceptibility tests were performed using conventional methods or the VITEK 2 Compact (bioMerieux-France) system and evaluated according to the recommendations of the European Antimicrobial Susceptibility Testing Committee (EUCAST).
RESULTS: Enterobacterales species were detected in 1912 (69%) of the samples, and it was observed that there was a statistically significantly higher resistance to all antibiotics except nitrofurantoin and fosfomycin in hospital acquired infections (HCI) compared to community acquired infections (TCI). In gram-positive bacteria, ciprofloxacin resistance was found at a higher rate in HSCs than in TKEs, and vancomycin, teicoplanin, linezolid resistance was not detected. It was determined that the resistance of piperacillin (47%), ciprofloxacin (43%) and levofloxacin (42%) was the highest in non-fermenting gram-negative bacteria, and the resistance to amikacin was the lowest (12%).
DISCUSSION AND CONCLUSION: In our study, in addition to the increased resistance against antibiotics, which are used in orally use and are frequently preferred in empirical treatment, resistance rates that should be considered against piperacillin-tazobactam, carbapenem and aminoglycoside antibiotics, which are frequently preferred in hospitalized patients, were observed.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi, Mikrobiyoloji Seroloji/ELISA Laboratuvarı’nda hepatit B serolojisi testleri çalışılmış olan olgu örneklerinde görülen hepatit B kor antikoru (anti-HBc) pozitifliği prevalansının belirlenmesi ve HBV DNA varlığı yönünden değerlendirilmesi ile birlikte bu atipik paternin farklı klinik durumlar ile ilişkisinin irdelenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya, Ocak 2014-Ekim 2019 tarih aralığında, hepatit belirteçlerinden HBsAg, anti-HBs ve anti-HBc tetkikleri aynı tarihte çalışılan 31.939 olgu dahil edildi. Olguların seroloji parametreleri retrospektif olarak incelendi. Olguların serum örneklerinden HBV parametreleri kemilüminesan mikropartikül immunoassay (CMIA) ve/veya enzim bağlı İmmün Assay (ELISA) prensipli ticari kitler ile açık ve kapalı sistemlerde çalışıldı. HBV DNA kantitatif düzeyleri Real Time PCR ile çalışıldı. Verilerin toplanması ishop hastane otomasyon sistemi üzerinden yapıldı.
BULGULAR: Toplam 31.939 örneğin, 1356’sında (%4.24) izole anti-HBc pozitifliği saptandı. Bu 1356 olgunun 65 (%4.8)’inde HBV-DNA pozitif bulundu. Bu profilin en sık saptandığı klinik %28.09 oranı ile genel dahiliye olup bunu %10.69 ile romatoloji, %10.54 ile onkoloji, %10.17 ile hematoloji ve %8.84 ile gastroenteroloji izlemiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızdaki izole anti-HBc seropozitiflik oranı ülkemizde yapılan çalışmalara benzer bulunurken, genel dahiliye ile birlikte özellikle romatoloji, onkoloji, hematoloji ve gastroenterolojide karşılaştığımız oranlar dikkat çekicidir. İzole anti-HBc pozitifliği kronik HBV enfeksiyonundan, yalancı reaktiviteye kadar farklı klinik tabloların göstergesi olarak karşımıza çıkabilir. Bu nedenle ileri tetkik ve izlem önemlidir.

INTRODUCTION: In this study, we aimed to determine the prevalance of B core antibody (anti-HBc) positivity which is seen in hepatitis B serology of the studied serum samples in İstanbul University-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Medical Faculty hospital serology/ELISA laboratory. We also aimed to identify the association of this atypical pattern with various clinical presentations.
METHODS: This study included 31.939 patients whose HBsAg, anti-HBc and anti-HBs hepatitis markers were analyzed between January 2014 and October 2019. The serological parameters of the cases were assessed retrospectively. HBV parameters from serum samples of the cases were analyzed in open and closed systems using commercial kits based on chemiluminescent microparticle immunoassay (CMIA) and/or enzyme-linked Immune Assay (ELISA). HBV DNA quantitative levels were analyzed by Real Time PCR. Data collection was done
through the ISHOP hospital automation system.
RESULTS: Isolated anti-HBc positivity was detected in 1356 (4.24%) of a total of 31.939 samples. HBV-DNA was found to be positive in 65 (4.8%) of these 1356 cases. This profile was mostly frequent in general internal medicine clinic with a rate of 28.09%, followed by rheumatology with 10.69%, oncology with 10.54%, hematology with 10.17% and gastroenterology with 8.84%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: While the rate of isolated anti-HBc seropositivity in our study was found similar to the studies conducted in our country, the rates we encountered especially in rheumatology, oncology, hematology and gastroenterology are remarkable together with general internal medicine. It may be confronted with isolated anti-HBc positivity in different clinical presentations from false reactivity to chronic HBV infection. Therefore, further examination and follow-up is important.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmamızda, latent tübeküloz enfeksiyonu tanısında Tüberkülin deri testi ile QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) testinin tanısal değerinin belirlenmesi ve bu iki testin etkinliğinin karşılaştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamıza Ocak 2018 – Şubat 2019 tarihleri arasında tüberküloz şüpheli QuantiFERON-TB GOLD Plus testi ile Tüberkülin deri testi sonuçları bulunan 134 hasta dahil edilmiştir.
BULGULAR: Çalışmamıza yaşları 5-80 arasında değişen 134 hasta alınmıştır. QFT-Plus pozitif olguların 26’sında TDT pozitif, 17’sinde TDT negatif bulunmuştur. 64 hastada TDT pozitif olarak bulunmuştur. TDT pozitif hastaların 26’sında QFT-Plus pozitif, 38’inde QFT-Plus negatif bulunmuştur. Dağılımsal farklılık istatistiksel olarak anlamlı saptanmıştır. QFT-Plus ve TDT testleri arasında ise uyum saptanmamıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak LTBE araştırılmasında günümüzde halen rutinde kullanılmakta olan TDT’nin bazı dezavantajlarının olduğu göz önünde bulundurulduğunda QFT-Plus testinin maliyeti yüksek olmasına karşın alternatif olarak kullanılabileceği düşünülmüştür.

INTRODUCTION: In this study, we aimed to determine the diagnostic value of the Tuberculin skin test and the QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) test in the diagnosis of latent tuberculosis infection and to compare the effectiveness of these two tests.
METHODS: 134 patients with tuberculosis suspect QuantiFERON-TB GOLD Plus test and Tuberculin skin test results between January 2018 and February 2019 were included in our study.
RESULTS: 134 patients aged 5-80 were included in our study. In 26 of the QFT-Plus positive cases, TST was positive and in 17 of them TST was negative. TST was positive in 64 patients. 26 of the TST positive patients were found to be QFT-Plus positive and 38 of them were QFT-Plus negative. The distributional difference was found to be statistically significant. There was no agreement between the QFT-Plus and TDT tests.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result, considering that TDT, which is still used routinely today, has some disadvantages in LTBI research, it is thought that QFT-Plus test can be used as an alternative despite its high cost.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, döner kebap restoranlarında servis edilen bazı çiğ sebzelerin (havuç, marul, ve maydanoz vb) mikrobiyolojik güvenliğini belirlemektir. Ayrıca bu ürünlerin dekontaminasyonunda yaygın olarak kullanılan üzüm sirkesinin antibakteriyel aktivitesi de değerlendirilmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Numune olarak, İstanbul’da dönerle servis edilen 30 adet garnitür aseptik şartlarda, rastgele seçilmiş 30 restorandan alınmış ve toplam mezofilik aerob bakteri sayısı, Enterobacteriaceae spp. sayısı, Escherichia coli, Salmonella spp. ve Staphylococcus aureus mikrobiyal kalite göstergesi olarak araştırılmıştır. İkinci aşamada, üç farklı sirke numunesinin, garnitürlerden izole edilen bazı gram negatif bakteriler ve Staphylococcus aureus suşları üzerine antimikrobiyal etkisi minimum inhibe edici konsantrasyon ile incelenmiştir.
BULGULAR: Toplam aerobik mezofilik bakteri 1.5x104 cfu/g-5.6x107 cfu/g (4.17-7.24 Log10) – Enterobacteriaceae spp. <10 cfu/g- 1.2x107 cfu/g (<1-7,07 Log10), koagulaz pozitif staphylococcus <10 -3.4x102 cfu/g (<1-2.53 Log10), Escherichia coli sayısı ise <10- 2x101 cfu/g (<1-1.30 Log10) miktarında bulunmuştur. İncelenen örneklerin %20’sinde toplam aerobik koloni sayısının ≥107, %60’ında Enterobacteriaceae spp. sayısının ≥104, koagulaz pozitif staphylococcus sayısının %50 ‘sinde ≥10 2 cfu g −1 düzeyinde belirlenmesi ve bir örnekte de Salmonella spp. saptanmış olması yetersiz mikrobiyolojik kaliteyi ortaya koymuştur. Garnitürlerden Klebsiella pneumoniae, Klebsiella ozaenae, Klebsiella oxytoca, Escherichia coli, Enterebacter aerogenes, Escherichia hermanii, Enterobacter cloacae, Hafnia alvei, Aeromonas hydrophila, Citrobacter freundii, Burkholderia pseudomallei, Serratia odorifera biogp 1 ve Staphylococcus aureus identifiye edilmiştir. Üzüm sirkelerinin %1.5-%6.25 arasında değişen konsantrasyonlarda incelenen mikroorganizmalara antimikrobiyal etkinliği olduğu saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: İncelenen garnitür örneklerinin gıda güvenliği ve halk sağlığı açısından risk oluşturabileceği sonucuna varılmıştır ve bu sonuçlar restoranlarda ısıl işlem uygulanmamış taze gıdalarda iyi hijyen uygulamalarına duyulan ihtiyacı göstermektedir.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Kandidemi, insidansı gün geçtikçe yükselen, mortalitesi oldukça yüksek bir enfeksiyondur. Kandidemi kliniğinden en sık sorumlu mikroorganizma sıklıkla Candida albicans'tır. Fakat diğer türler de önem taşımaktadır.. Bu nedenle mantar enfeksiyonlarında erken tanıyı sağlamak ve mortalite oranını düşürmek için kısa sürede ve güvenilir sonuç veren yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmamızın amacı çok daha kısa sürede etkenin identifikasyonunda otomatize/manuel birkaç yöntemin değerlendirilmesi ve karşılaştırılmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Araştırmada, pozitif kan kültürlerinden izole edilen 50 Candida suşunun kan kültür sisteminde pozitifleşme süre (KKP) ortalamaları türlere göre tespit edilmiştir. Tüm örneklere direkt kan kültür şişesinden germ tüp testi ve MALDI-TOF MS ile identifikasyon, saf kültür eldesi sonarası kültürden germ tüp testi ve MALDI-TOF MS ile identifikasyon işlemi yapılmıştır. Elde edilen veriler karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir.
BULGULAR: Kan kültür sisteminde pozitifleşme süre ortalamaları olarak türlere göre; C. albicans 36,1 s, C. parapsilosis 39,4 s, C. tropicalis 17,7 s, C. glabrata 50,5 s olarak belirlenmiştir. Germ tüp testi ile direkt kan kültür şişesinden ve saf kültür eldesi sonrası yapılan işlemlerde 49 kökende (%98) uyum bulunmuştur. 50 adet Candida türünün MALDI-TOF yöntemi iledirekt kan kültür şişesinden ve saf kültür eldesi sonrası yapılan identifikasyon işlemlerinde 37 kökende (%74) uyum bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: KKP süreleri, kandidemili hastalar arasında nihai tür tanımlanmasından önce tür tahminine yönelik bir ipucu olabilir. Direkt GTT, albicans/non-albicans Candida türleri ayrımında kültürden bir gün önce tespitine yüksek doğruluk oranıyla olanak sağlamaktadır. 37 Candida türünde standart yöntemlerle %100 uyumlu olacak şekilde tanımlama yapılmış ve bu yöntemin saf kültür eldesi gerektiren MALDI-TOF MS yöntemine göre en az 48 saat avantaj sağladığı görülmüştür.

INTRODUCTION: Candidemia is an increasing in prevalence infection with a high mortality. Candida albicans is the most common factor in candidemia but other species are also important. In treatment of Candida infections, rapid treatment is extremely important for patients as much as performing identification on species level. Identification period is very important for the selection of the appropriate treatment because of the existing antifungal resistance in non-Candida albicans species. Therefore, in order to provide early diagnosis in fungal infections and decrease the mortality rate, methods which provide reliable results in a short time are needed.
The objective of this study is to evaluate and compare several automated/manual methods in identification of the factor in a much shorter time.

METHODS: In the study, average time to become positive in blood culture system for 50 Candida strains which were isolated from positive blood cultures sent to Sakarya University Training and Research Hospital Medical Microbiology Laboratory between March 2018 and March 2019 was determined according to the species. All samples were applied germ tube test and identification with MALDI-TOF MS directly from blood culture bottle, after obtaining pure culture, culture was applied germ tube test and identification with MALDI-TOF MS. The data obtained was evaluated comparatively.
RESULTS: In the study, average time to get positive in blood culture system in terms of species was determined to be 36,1 h for C. albicans, 39,4 h for C. parapsilosis, 17,7 h for C. tropicalis, 50,5 h for C. glabrata. In the processes performed after germ tube test from direct blood culture bottle and obtaining of pure culture, compatibility was found in 49 roots (98%). Identification results according to MALDI TOF MS method from direct blood culture bottle for 50 Candida species analyzed in our study was found to be; 20 for C. albicans, 8 for C. parapsilosis, 7 for C. tropicalis and 2 for C. glabrata. According to MALDI-TOF MS method after obtaining pure culture, it was identified as follows; 25 for C. albicans, 12 for C. parapsilosis, 10 for C. tropicalis and 3 for C. glabrata. In the identification processes performed after MALDI-TOF method from direct blood culture bottle and obtaining of pure culture, compatibility was found in 37 roots (74%). It was observed that unidentified samples were due to spectrum deficiency, not due to false identification.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Time to get positive in blood culture may be a clue for prediction of species before final species identification among patients with candidemia. Direct GTT enables the detection of albicans/non-albicans Candida species the day before the culture with high accuracy. Thirty-seven Candida species were identified to be 100% compatible with standard methods, and this method was shown to provide at least 48 hours advantage over the MALDI-TOF MS method, that requires pure culture yield.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, Kapadokya Meslek Yüksek Okulu’nda öğrenim gören sağlık programı öğrencilerinin antibiyotik kullanımı ve bakteri direnci hakkındaki bilgi ve tutumlarını belirlemek amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamız tanımlayıcı ve kesitsel tipte bir çalışmadır. Araştırmanın evrenini 2019-2020 akademik yılında sağlık programlarında öğrenim gören öğrenciler oluşturmuştur. Çalışmaya katılmayı kabul eden ve anket formunu dolduran (n=350) öğrenci örnekleme alınmıştır. Katılımcılara formlar elektronik ortamda gönderilmiştir.
BULGULAR: Ankete katılanların %53.1’i (n=186) antibiyotiklerin soğuk algınlığından kurtulmayı hızlandırdığını kabul etti. Katılımcıların %75.7’si (n=265) bakteriyel dirençle mücadelede rol oynayabileceğinin farkındaydı. Antibiyotiklerle ilgili bilgi almak için başvurulan en önemli kaynak %68 (n=238) ile doktorlar/hemşirelerdi. Katılımcıların %91.7’si (n=321) ülke nüfusunun antibiyotiği gereksiz kullandığını bildirdi ve %83.4’ü (n=292) tedavinin tamamlanması gerektiğini savundu. Katılımcıların bilgi düzeyleri ile cinsiyetleri arasında anlamlı bir ilişki bulunmazken, eğitim basamakları ile bilgi düzeyleri arasında istatistiksel anlamlı bir ilişki bulundu
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma sonucunda öğrencilerin antibiyotik kullanımı ve bakteri direnci hakkında orta seviyede bilgiye sahibi olduğu tespit edilmiştir. Öğrencilerin antibiyotik kullanımı ve bakteri direnci hakkında yeterli bilgi sahibi olabilmeleri için farkındalık kampanyalarının düzenlenmesi, konu ile ilgili eğitimlerin verilmesi ve konuyla ilişkili daha fazla çalışma yapılması önerilebilir.

INTRODUCTION: It was aimed to determine the knowledge and attitudes of health program students studying at Cappadocia Vocational School about antibiotic use and bacterial resistance.
METHODS: This is a descriptive and cross-sectional study. The population of the research was formed by the students studying in health programs in the 2019-2020 academic year. The student who accepted to participate in the study and completed the questionnaire completely (n = 350) was included in the sample. The forms were sent to the participants electronically.
RESULTS: Hundred and eighty-six (53.1%) participants agreed that antibiotics accelerated recovery from the common cold, and 75.7% (n=265) of the participants were aware that the antibiotics could play a role in combating bacterial resistance. The most important source of information on antibiotics was doctors/nurses in 68 % (n=238) of the participants. Most (91.7%) of the participants (n=321) reported that the population of Turkey used antibiotics unnecessarily and 83.4% (n=292) of them advocated that the treatment should be complete. While there is no significant relationship between the knowledge level of the participants and their gender; a statistically significant relationship was found between education and knowledge levels of the participants.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result of this study, it was determined that the students have moderate knowledge about antibiotic use and bacterial resistance. In order for students to have sufficient information about antibiotic use and bacterial resistance, it may be suggested to organize awareness campaigns, provide training on the subject and carry out more studies on the this subject.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Hepatit C virüsü (HCV), dünyada ve ülkemizde hepatit, hepatik steatoz, siroz ve hepatosellüler karsinomun önemli bir nedenidir. HCV, yedi genotip ve 67 alt tipte sınıflandırılmaktadır. Bu çalışmada, Bursa Uludağ Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen örneklerde HCV genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada, Ocak 2016 ile Aralık 2020 yılları arasında gelen, kronik HCV enfeksiyonlu hastalara ait HCV-RNA pozitif plazma örnekleri genotipleri açısından retrospektif olarak analiz edildi. Abbott RealTime HCV Genotype II (Abbott Molecular, ABD) testi kullanılarak genotip 1a, 1b, 2, 3, 4, 5, 6 ayırt edildi.
BULGULAR: Çalışmaya dâhil edilen hastalardan 322’si (%43.5) erkek, 418’i (%56.5) kadındı. Hastaların yaş aralığı 9 ile 95 arasında olup, yaş ortalaması 57.8 olarak bulundu. Baskın olan genotipin 1b olduğu, ancak genotip 1b’nin oransal olarak yıllar içinde azalarak 2016 yılında %74’ten, 2020 yılında %63’e gerilediği saptandı. Genotip 1a ve 3’ün ise yıllar içinde oransal olarak arttığı gözlendi. Genotip 3 ise 2016 yılında %6 oranında görülürken, 2020 yılında %17’ye yükseldi. Genotip 3 ve 4 teki artış istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Hastalardan 48’i (%6.5) yabancı uyruklu idi. Yabancı uyruklularda en sık görülen genotip 3, hastalardan 18’inde (%38), genotip 1b
17’sinde (%35), genotip 4 ise beşinde (%10) belirlendi.

TARTIŞMA ve SONUÇ: HCV genotiplerinin turizm ve kitlesel göç hareketlerinden etkilendiği için verilerin periyodik olarak güncellenmesi, epidemiyolojik açıdan önemli olmakla birlikte, tedavide kullanılacak direkt etkili antiviral ilaçların seçiminde de rol oynadığı için çok önemlidir.

INTRODUCTION: Hepatitis C virus (HCV) is an important cause of hepatitis, hepatic steatosis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma in the world and in our country. HCV is classified into seven genotypes and 67 subtypes. We aimed to determine HCV genotypes from the samples sent to
Microbiology Laboratory of Bursa Uludağ University Health Sciences Research and Application Center.
METHODS: In this study, HCV-RNA positive plasma samples from patients with chronic HCV infection coming between January 2016 and December 2020 were analyzed retrospectively for their genotypes. Genotypes 1a, 1b, 2, 3, 4, 5, 6 were identified using the Abbott RealTime HCV
Genotype II (Abbott Molecular, USA) kit.
RESULTS: Of the patients included in the study, 322 (43.5%) were male and 418 (56.5%) were female. The age of the patients ranged between 9 and 95 years, and the average age was found to be 57.8 years. Dominant genotype was 1b, but the frequency of genotype 1b regressed proportionally during the years from 74% in 2016 to 63% in 2020. Genotype 1a and 3 increased proportionally over the years. Genotype 3, on the other hand, was seen at a rate of 6% in 2016, and increased to 17% in 2020. The increase in the rates of genotype 3 and 4 was found to be statistically significant. Forty-eight (6.5%) patients were foreign nationals. Genotype 3, which was the most common genotype in foreign patients, was detected in 18 (38%) of the patients, genotype 1b in 17 (35%), and genotype 4 in five patients (10%).
DISCUSSION AND CONCLUSION: Since HCV genotypes are affected by tourism and mass migration movements, periodic updating of the data is epidemiologically important, as it plays a role in the selection of direct-acting antiviral drugs used in treatment.

Makale Özeti | Tam Metin PDF