Otizm spektrum bozukluğu (OSB), nedeni henüz bilinmeyen ve giderek yaygınlığı artan nörogelişimsel bir farklılıktır. Bu makale, OSB’nin ortaya çıkmasında rolü olduğu öne sürülen çevresel
etkenlerin hangi mekanizma üzerinden nörolojik bir rahatsızlığı etkileyebileceği konusunu ele
almaktadır. Son yıllarda bağırsak mikrobiyotasına olan ilgi ve bu doğrultuda yapılan çalışmalar,
bu bakterilerin çevresel faktörlerden nasıl etkilendiğini ve sinir sistemi üzerinde nasıl etkiler
oluşturabildiğini göstermiştir. Çevresel etkenler ve beslenmenin bağırsak mikrobiyotası üzerindeki etkileri de son yıllarda açığa çıkmaya başlamıştır. Makalede, bu çalışmalar derlenerek
bulguları ve önemleri tartışılmış, son olarak ise bu bilgiler ışığında otizm için oluşturulabilecek
yeni, bileşik tedaviler önerilmiştir.

Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental difference with rising prevalence and no known etiology. This article discusses the mechanism by which the environmental factors suggested to play a role in the emergence of ASD may influence a neurological disorder. The global interest in gut microbiota in the recent years produced research results that reveal how these bacteria are affected by environmental factors and how they can affect the nervous system. The effects of environmental factors and diet on gut microbiota have also begun to emerge in the recent years. In this article, these findings are overviewed and their significance is discussed. This discourse is concluded by proposing combined treatments that target the gut microbiota for individuals with ASD.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Tüberküloz yüksek morbidite ve mortaliteye neden olması sebebiyle hızlı tanı ve tedavi gerektiren bir hastalıktır. Mycobacterium tuberculosis tanısında mikroskobik inceleme önemli bir yere sahiptir. Bu çalışmada otomatize bir mikobakteri boyama sisteminin iki farklı protokolünün manuel floresan boyama yöntemi ile performans ve boyamanın kalitesi yönünden karşılaştırılması ve otomatize boyama sistemin çapraz kontaminasyon olmadan kullanılabileceğinin gösterilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Yapılan çalışmada bir üniversite hastanesi laboratuvarına rutin inceleme için gönderilen asidorezistan boyama (ARB) pozitif 100 solunum örneği değerlendirildi. Klinik örnekler dekontamine edildikten sonra her klinik örnekten toplam üç adet yayma hazırlandı. Yaymalardan birincisi manuel floresan boyama ile ikincisi otomatize boyama sistemin konvansiyonel protokolüne göre ve üçüncüsü de kısa protokole göre boyandı. Yaymalar floresan mikroskopta artefaktın varlığı, renklerin parlaklığı ve değerlendirmenin kolaylığı açısından değerlendirildi.
BULGULAR: Çalışmada değerlendirilen tüm pozitif kontroller pozitif, tüm negatif kontroller ise negatif olarak saptandı ve otomatize boyama sisteminde hiçbir örnekte çapraz kontaminasyon saptanmadı. Manuel floresan boyama sistemi ile elde edilen sonuçlar ile otomatize boyama sisteminin konvansiyonel ve kısa protokolleri ile yapılan boyama sonuçları arasında sırasıyla yayma değerlendirmesinde %84 ve %82, artefakt varlığında % 92 ve % 85, renklerin parlaklığında %86 ve %89, değerlendirmenin kolaylığında ise %91 ve %89 uyum saptandı. Otomatize sistemin konvansiyonel ve kısa protokolleri ile manuel sistem arasındaki Cohen'in kappa katsayısı sırasıyla 0.79 ve 0.76 idi ve uyum mükemmel olarak değerlendirildi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Otomatize boyama sisteminin kapalı bir sistem olduğu için laboratuvardaki kimyasal kontaminasyonu azaltacağı ve günlük uygulamalarda orta veya yüksek sayıda boyama yapılan özelleşmiş laboratuvarlarda iş yükünü azaltmak ve boyama standardizasyonunu arttırmak için kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.

INTRODUCTION: Tuberculosis has high morbidity and mortality, requires rapid diagnosis and treatment. Microscopic examination is important for diagnosis Mycobacterium tuberculosis. The aim of this study is to compare two different protocols of an automated mycobacteria staining system with the manual staining method in terms of performance and quality,and to show that automated system can be used without cross-contamination.
METHODS: In this study, asidoresistance staining positive 100 pulmonary specimens which were sent to a university hospital laboratory were investigated. Three smears were prepared after decontamination. The smears were stained according to manual fluorescence staining protocol, conventional automated staining protocol and short protocol respectively. Smears were examined in terms of the presence of artifacts, the color brightness and the easiness to read.
RESULTS: Positive controls were positive, negative controls were negative for each run, there was no cross-contamination in the automated stainting system. The agreement between with the manual staining protocol and the automated staining system (conventional and short protocol) was 84% and 82% for smear grade, 92% and 85% for presence of artefact, 86% and 89% for brightness of the color, 91%, 89% for the easiness to analyze, respectively. The Kappa coefficient was 0.79 and 0.76 which is considered as excellent agreement between the automated conventional and short protocols with the manual protocols, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The automated staining system can be used in order to dectase the chemical contamination, to reduce workload in specialized laboratories which performans medium to high numbers of staining in their daily practice and to maintain staining standardization.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Toplum kaynaklı viral solunum yolu enfeksiyonları sık görülmekte ve önemli oranda morbidite ve mortaliteye neden olmaktadır. Ancak hastanede yatan ve immün sistemi baskılanmış hastalarda bu etkenlerin dağılımı iyi bilinmemektedir. Bu çalışmada da hematolojik malignitesi olan nötropenik hastalardan eş zamanlı alınan nazofarinks sürüntüleriyle (NS) bronkoalveolar lavaj (BAL) örneklerinde viral etkenlerin araştırılması ve iki örneğin karşılaştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Hastanemiz hematoloji kliniğinde 01.12.2013 ile 31.12.2015 tarihleri arasında yatarak tedavi gören, nötrofil sayısı<500/mL ve ateşi>38°C’ın olan ve bronkoskopi yapılmış 50 maligniteli hasta çalışmaya dahil edildi. NS örneği BAL örneği ile aynı gün alındı. Bu örneklerdeki virüsler, 21 solunum etkenini mültipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile belirleyebilen ticari bir kitle arandı.
BULGULAR: Solunum yolları enfeksiyonu şüphesi ile bronkoskopi yapılan 50 hastanın 31’inde (%62) BAL ve/veya eş zamanlı alınan NS örneklerinde en az bir virüs saptandı. Yalnız BAL örnekleri dikkate alındığında hastaların %38’inde, yalnız NS örnekler dikkate alındığında ise hastaların %40’ında viral etken bulundu. Her iki örnekte de coronavirus (NL63, 229E, 0C43, HKU1) ile parainfluenza virüs (1,2,3,4) tiplerinin; BAL örneklerinde ise influenza virüs (A,B, A/H1N1) tiplerinin belirgin olarak fazla olduğu belirlendi. BAL örneklerinde tespit esilen 25 viral etkenden sadece altı tanesine (%24) NS örneklerinde rastlanıldı. Örneklerde viral etkenlere kış aylarında daha fazla olmakla beraber tüm yıl boyunca rastlanıldı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: NS örneklerinde saptanan viral etkenlerin BAL örneklerinde saptananlarla çok uyumlu olmadığı görülmüş ve bu hasta grubunda NS sonuçlarına temkinli yaklaşılması düşünülmüştür. BAL örneklerinde duyarlılığı yüksek yeni tanı yöntemleri ile viral etken aranması ve bulguların klinik verilerle ve diğer patojenlerle değerlendirilmesiyle daha iyi yorum yapılabileceği sonucuna varılmıştır.

INTRODUCTION: Respiratory viral infections are frequently seen and lead to particular amount of morbidity coronaand mortality. Unfortunately the distribution of these agents are not well known in immunosupressed and inpatients. We aimed to detect viral agents in the nasopharyngeal(NS) and bronchoalveolar (BAL) samples which were concurrently obtained from neutropenic hematologic malignant patients.
METHODS: Hematologic malignant 50 patients with neutrophil counts lower than 500/mL and fever (>38 °C) who were hospitalized between 12.01.2013 and 12.31.2015 in the hematology department that were respected to bronchoscopy were enrolled in the study. NS and BAL samples were acquired in the same day. Viruses in these samples were researched by a commercial multiplex Real- Time PCR kit including 21 agents.
RESULTS: Virus was detected in 31 (62%) of 50 patients either from BAL and/or NS samples which were acquired concurrently. Viruses were detected in 19 (38%) of BAL samples taken from the patients and 20 (40%) of the nasopharyngeal swab samples. Most frequent viruses were coronaviruses and parainfluenza viruses in all samples; in BAL samples influenza viruses (A, B, A/H1N1) were found predominant. Six of the 25 agents detected in BAL samples were detected in NS samples.
DISCUSSION AND CONCLUSION: It was found that viruses detected in BAL samples were not in accordance with viruses detected in NS samples, and it was considered that NS results should be evaluated carrefully. It was considered that viral analyses in BAL samples should be done by high sensitive new diagnostic methods and consideration with clinical findings and other pathogens will bring a better decision.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Tüberküloz plörezi (TP), tüberküloz (TB) lenfadenitten sonra ekstrapulmoner TB (EPTB)'nin en yaygın görülen ikinci şeklidir ve gelişmekte olan ülkelerde eksüdatif plevral efüzyonun başlıca nedenlerinden biridir. Bu çalışmada TP şüpheli hastaların demografik, mikrobiyolojik ve histopatolojik özelliklerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2006-Şubat 2018 tarihleri arasında TP tanısı konmuş 38 olgunun klinik, mikrobiyolojik ve histopatolojik özellikleri retrospektif olarak değerlendirildi. TP tanısında altın standart olarak kabul edilen kültür yöntemine ilave olarak çalışmaya, klinik örneğinde aside dirençli basil (ARB) görülen olgular ve/veya histopatolojik inceleme ile TP tanısı konulan olgular dahil edildi.
BULGULAR: TP tanılı 38 hastanın 31 (%81.6)’inde kültür pozitifliği (plevral sıvı %39.5; plevral doku %42.1) ve 30 (%79)’unda histopatolojik inceleme (plevral sıvı %31.6; plevral doku %47.4) ile kronik granülomatöz inflamasyon saptandı. Olguların 5 (%13.1)’inde sadece kültür pozitifliği, 3 (%7.9)’ünde ise sadece histopatolojik incelemenin pozitif olduğu tespit edilirken 23 (%60.5) olgunun her iki yöntemle pozitif olduğu belirlendi. Hastaların 22’si (%57.9) erkek, 16’sı (%42.1) kadın ve yaş ortalamaları 43 (2-82) olarak bulundu. Olgularımızda en sık rastlanan semptomlar nefes darlığı, öksürük ve göğüs ağrısı olarak tespit edildi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Plevral efüzyonlu olgularda hastanın kliniğine göre mikrobiyolojik ve histopatolojik tanı yöntemlerinin birlikte uygulanmasının, tanı koyma oranını önemli ölçüde arttırdığı düşünülmektedir.

INTRODUCTION: Tuberculous pleurisy (TP) is the second most common form of extrapulmonary tuberculosis
after tuberculous lymphadenitis and in developing countries it is one of the major causes of exudative
pleural effusion. In this study, we aimed to retrospectively evaluate the mycobacteriological and
histopathological results and demographic data of patients with suspect TP.
METHODS: Between January 2006 and February 2018; clinical, microbiological and histopathological
features of 38 patients with TP were retrospectively evaluated. In addition to the culture method,
considered to be the gold standard in the diagnosis of TP, cases with positive acid-fast bacilli (AFB)
in their clinical specimens and/or cases that were diagnosed histopathologically as TP were included
in this study.
RESULTS: Of the 38 TP cases, 31 (81.6%) were culture positive (pleural fluid 39.5%; pleural tissue
42.1%), and chronic granulomatosis inflammation was detected in 30 (79%) cases (pleural fluid
31.6%; pleural tissue 47.4%) with histopathological examination. While 5 (13.1%) of the cases
were positive only with culture and 3 (7.9%) were positive only with histopathological
examination, 23 (60.5%) cases were found to be positive by both methods. Of these cases, 22
(57.9%) were male, 16 (42.1%) were female and the mean age was 43 (2-82) years. The most
common symptoms among the cases were respiratory disorder, cough and chest pain
DISCUSSION AND CONCLUSION: In cases with pleural effusion, combined use of microbiological and histopathological
diagnostic methods is thought to increase the diagnostic rate significantly.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bakteriyosinler, bakteriler tarafından üretilen ve üreticiye yakın akraba türlerin gelişmesinde engelleyici bir etki gösteren protein yapıda bileşiklerdir. Son yıllarda, termofilik bakteriler tarafından üretilen bakteriyosinler, termostabil olmaları nedeniyle ısıl işlem görmüş gıdaların korunmasında dikkat çekmiştir. Bu çalışmada, Geobacillus toebii HBB-218 suşu tarafından üretilen ve toebisin 218 olarak adlandırılan bakteriyosinin konserve gıdalarda Bacillus coagulans DSM 1 ve Geobacillus stearothermophilus DSM 22'nin gelişimine karşı etkisi incelenmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bakteriyosin üreticisi olan Geobacillus toebii HBB-218 bakterisi sıvı besiyerinde inkübe edilmiş
ve hücresiz kültür sıvıları liyofilize edilerek aktivite hesaplanmıştır. Toebisin 218 olarak adlandırılan
bakteriyosin, konserve mısır, konserve bezelye ve salçaya inoküle edilen indikatör bakterilerin vejetatif
hücreleri ve endosporları üzerinde test edilmiştir. İndikatör bakteri olarak B. coagulans DSM 1 ve
Geobacillus stearothermophilus DSM 22 kullanılmıştır. Farklı zaman aralıklarında gıda örneklerinden
canlı hücre sayımları yapılmış ve kontrol grubu ile kıyaslanmışt
BULGULAR: B. coagulans DSM 1 ve Geobacillus stearothermophilus DSM 22'nin vejetatif hücreleri ile yapılan deney düzeneğinde liyofilize edilmiş bakteriyosin bakteri hücre sayısında kademeli bir azalmaya neden olmuştur. 24 saat sonunda ise canlı bakteri hücresine rastlanmamıştır. Aynı işlem, söz konusu bakterilerin endosporları ile de denenmiştir. Endosporlarla kurulan deney düzeneklerinde, sayım sonuçları incelendiğinde, üremenin 2-7 veya 7-15 günler arasında sonlandığı görülmüştür.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmanın sonuçlarına göre, Toebicin 218’in, konserve yiyeceklerde G. stearothermophilus ve
Bacillus coagulans’a karşı biyokoruyucu olarak kullanılma potansiyeline sahip olduğu görülmüştür.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Candida türlerinin neden olduğu mantar enfeksiyonları, immun sistemi baskılanmış hastalarda özellikle yoğun bakım ünitesinde uzun süre kalmayı gerektiren durumlarda önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Çalışmamızda, çeşitli postmortem örneklerden izole edilen Candida türlerinin tür dağılımının ve antifungal duyarlılıklarının tespit edilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya; 2014-2018 yılları arasında, otopsi yapılan olgulardan Postmortem Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na inceleme için gönderilen 71 olgunun çeşitli örneklerinden üreyen 176 maya türü dahil edilmiş ve retrospektif olarak incelenmiştir. İzole edilen maya türleri koloni morfolojisi, Gram boyanma özellikleri, germ tüp testi ve VITEK 2 Compact® (Biomerieux, France) otomatize tanımlama sistemi ile tiplendirilmiştir. Antifungal duyarlılıkları VITEK 2 Compact® sistemi ile belirlenmiştir.
BULGULAR: Toplam 176 maya izolatının 87’si C.albicans (%49.4), 36’sı C.tropicalis (%20.5), 30’u C.glabrata (%17), 8’i C.parapsilosis (%4.5), 6’sı C.kefyr (%3.4), 5’i C.krusei (%2.8), ikisi C.dubliniensis (%1.2), ikisi Cyrptococcus neoformans (%1.2) olarak tanımlanmıştır. İzolatların flukonazol, vorikonazol, amfoterisin B ve mikafungin için elde edilen direnç oranları sırasıyla %10.2, %4.1, %0 ve %100 olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Adli otopsilerde invazif mantar enfeksiyonu ile ilgili mikrobiyolojik araştırmalar nadirdir. Bu nedenle postmortem vakalardan Candida’ların tür düzeyinde identifiye edilmesi ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi ulusal ve uluslararası adli mikrobiyolojik çalışmalara katkıda bulunacaktır.

INTRODUCTION: Fungal infections caused by Candida species are an important cause of morbidity and mortality in immunocompromised patients, especially in cases requiring prolonged stay in the intensive care unit. In our study, it was aimed to determine the species distribution and antifungal susceptibility of Candida species isolated from various postmortem samples.
METHODS: Between the years 2014-2018, the cases to be performed for an autopsy, 71 cases sent to the Postmortem Microbiology Laboratory were included in the study and examined retrospectively. Isolated yeast species were identified by colony morphology, Gram staining properties, germ tube test and VITEK 2 Compact® (Biomerieux, France) automated identification system. Antifungal susceptibilities were determined by VITEK 2 Compact® system.
RESULTS: A total of 176 yeast isolates were identified as follows: 87 (49.4%) C.albicans, 36 (20.5%) C.tropicalis, 30 (17%) C.glabrata, 8 (4.5%) C.parapsilosis, 6 (3.4%) C.kefyr, 5 (2.8%) C.krusei, 2 (1.2%) C.dubliniensis, 2 (1.2%) Cyrptococcus neoformans. The resistance rates of the isolates for fluconazole, voriconazole, amphotericin B and micafungin were 10.2%, 4.1%, 0% and 100%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Microbiological researches into invasive fungal infections in forensic autopsies are rare. For this reason, identification of antifungal susceptibility and identification of Candida in postmortem cases will contribute to national and international forensic microbiological studies.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada gebelerde Rubella ve Sitomegalovirus (CMV) seroprevalansını belirlemek ve yaş grupları ile ilişkisini araştırmak amaçlandı.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2016- Ocak 2019 tarihleri arasında, üçüncü basamak bir Üniversite Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuarında, 20. gebelik haftası ve altındaki gebelere ait hasta serumlarında, enzyme-linked fluorescent assay yöntemiyle çalışılan rubella antikorları, CMV antikorları ve CMV avidite testleri, geriye dönük olarak incelendi.
BULGULAR: Çalışmaya katılan gebelerin yaş ortalaması 28,2±5,6 yıl olarak saptandı. Bu üç yıllık periyotta, Rubella IgM için 4236, Rubella IgG için 720, CMV IgM için 3793 ve CMV IgG için 148 sonuç irdelendi. Serum örneklerinde 21 olguda (%0.49) Rubella IgM pozitifliği bulunurken, 30 olguda (%0.7) Rubella IgM sınır değerde bulundu. Rubella IgG açısından 692 olgu (%96.1) pozitif, 24 olgu ise (%3.3) sınır değerde tespit edildi. CMV IgM pozitifliği 10 olguda(%0.2), CMV IgM sınır değer 20 olguda (%0.52) bulunurken, CMV IgG araştırılan tüm hastalarda (148 olguda) pozitif olarak bulundu. Çalışmada yaş arttıkça Rubella IgG düzeyinde azalma, CMV IgG düzeyinde artış saptandı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bölgemizdeki gebelerde rubella seropozitiflik oranı %96.1 iken, CMV seroprevalansı %100 olarak bulunmuştur. Yüksek seroprevalans nedeniyle her ikisi içinde rutin tarama gereksiz gibi görünmektedir. Ancak rubella açısından, özellikle ileri yaş gebeliklerde, yaşla birlikte Rubella IgG düzeyindeki düşme dikkate alınmalıdır. Ayrıca son yıllarda toplumda artma eğilimi gösteren aşı karşıtlığı nedeniyle, ilerleyen yıllarda konjenital rubella açısından gebe takibinin önem kazanacağı düşünülmektedir. Çalışmada CMV açısından taranan tüm hastaların seropozitif bulunması düşük sosyo-ekonomik düzeyi işaret etmektedir.

INTRODUCTION: The aim of this study was to determine the seroprevalence of Rubella and Cytomegalovirus (CMV) in pregnant women and to investigate their relationship with age groups.
METHODS: From January 2016 to January 2019; rubella, CMV antibodies and CMV avidity tests studied by the enzyme-linked fluorescent assay method in patient serum of pregnant women under 20th gestational weeks at an University Hospital Central Microbiology Laboratory, were retrospectively analyzed.
RESULTS: The mean age of the pregnant women was 28.2 ± 5.6 years. In this three-year period, 4236 for Rubella IgM, 720 for Rubella IgG, 3793 for CMV IgM and 148 for CMV IgG were examined. Rubella IgM seropositivity was detected 21 cases (0.49 %) and borderline was detected 30 cases (0.7%). Rubella IgG seropositivity was detected in 692 cases (96.1%) and borderline was detected in24 cases (3.3 %). CMV IgM seropositivity was detected in 10 cases (0.2%) and borderline was detected in 20 cases (0.52%). CMV IgG seropositivity was detected in all patients. Rubella IgG levels decreased and CMV IgG levels were increased with age.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The seropositivity rate of rubella is 96.1% in pregnant women and the seroprevalence of CMV is 100%. Due to high seroprevalence, routine screening in both seems unnecessary. But the decrease in Rubella IgG level with age should be taken into consideration. In addition, it is thought that rubella will gain importance in the following years due to the anti-vaccination tendency which has increased in the society in recent years. Seropositivity for all patients for CMV indicates low socio-economic level.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Cryptosporidium spp. özellikle gıda ve su kaynaklı ishal nedenleri arasında önemli bir parazittir. Bu çalışmada dışkı örneklerinde Cryptosporidium spp.’nin rutin tanısında kullanılan moleküler yöntemin metod verifikasyonunun yapılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu amaçla Cryptosporidium parvum pozitif buzağı dışkı örneği PBS ile dilüe edilmiş ve Cryptosporidium/Giardia direkt floresan antikor kiti kullanılarak ookist sayımı yapılmıştır. Aynı örneğe ticari kit ile DNA ekstraksiyonu uygulanmıştır. Elde edilen DNA örneği kullanılarak Cryptosporidium spp., Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, Dientamoeba fragilis’in moleküler yöntemlerle saptanması için multipleks PCR kiti kullanılarak PCR amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir.
BULGULAR: PCR’ın saptama limiti 8 ookist/reaksiyon olarak tespit edilmiştir. Daha sonra yüksek ve düşük pozitif örnekler hazırlanmış, iki farklı analist ile doğruluk ve kesinlik çalışmaları yapılarak testin metod verifikasyonu tamamlanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Metod verifikasyon çalışmalarının varyasyon katsayıları %15’in altında olduğu için testin, rutin hasta örneklerinde Cryptosporidium’un araştırılmasına uygun olduğuna karar verilmiştir.

INTRODUCTION: Cryptosporidium spp. is an important parasite, especially among the causes of foodborne and waterborne diarrhea. The aim of this study was to determine the method used for routine diagnosis of Cryptosporidium spp. in stool samples.
METHODS: For this purpose, Cryptosporidium parvum positive calf stool sample was diluted with PBS and oocyst was counted using Cryptosporidium/Giardia direct florescein antibody kit. After determined the number of oocysts included in the sample, DNA extraction was carried out with commercial kit. PCR amplification for molecular detection of Cryptosporidium spp., Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, Dientamoeba fragilis by using DNA sample was performed using multiplex PCR kit.
RESULTS: As a result of studies, the detection limit was determined as 8 oocysts/reaction. Then, high and low positive sample were prepared, and accuracy and certainity studies of test were performed by two different analysts.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Since variation coefficients of method verification studies were below 15%, it was decided that the test was suitable for investigation of Cryptosporidium in routine patient samples.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada vajinal kültürlerden izole edilen Lactobacillus sp. metabolitlerinin Pseudomonas aeruginosa biyofilmleri üzerindeki antibiyofilm aktivitelerinin araştırılması amaçlanmıştır

YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada önceden 16S rRNA dizi analizi ile identifikasyonları yapılmış olan 20 adet Lactobacillus sp. izolatı kullanılmıştır. İzolatların metabolitlerinin antibiyofilm aktiviteleri P. aeruginosa üzerine mikroplak temelli antibiyofilm yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Negatif kontrol olarak steril De Man-Rogosa Sharpe Broth besiyeri kullanılmıştır.

BULGULAR: Test edilen metabolitlerin tamamı P. aeruginosa biyofilmleri üzerinde istatiksel olarak anlamlı antibiyofilm aktivite göstermiştir. Metabolitler arasında fark olmakla birlikte, biyofilm hücre sayısında en az 4 logaritma (kob/ml) azalış saptanmıştır. En iyi antibiyofilm aktivite L. gasseri ve L. jensenii metabolitleri için saptanmış olup, bunlar P. aeruginosa biyofilm hücrelerinin tamamını yok edebilmiştir.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Patojen bakterilerin planktonik formlarının tedavisinde yaygın olarak kullanılan antibiyotikler, biyofilm içindeki bakterilerin eradikasyonunda çoğu zaman yetersiz kalmaktadır. Vajinal Lactobacillus sp. metabolitlerinin göstermiş olduğu iyi antibiyofilm aktivite, bu metabolitlerin biyofilm ilişkili enfeksiyonlar ile mücadelede alternatif ajanlar olarak kullanılabileceklerini düşündürmektedir.

INTRODUCTION: The aim of this study was to investigate the antibiofilm activities of metabolites produced by vaginal Lactobacillus sp. against Pseudomonas aeruginosa biofilms.
METHODS: In this study, 20 Lactobacillus sp. isolates which were previously identified in terms of species level by analyzing the 16S rRNA gene sequence were used. Antibiofilm activity of the metabolites of the isolates was determined by using microplate-based antibiofilm method on P. aeruginosa. De Man-Rogosa Sharpe Broth was used as negative control.
RESULTS: All tested metabolites showed statistically significant antibiofilm activity on P. aeruginosa biofilms. Although there were differences between the metabolites, the number of biofilm cells decreased at least 4 logarithms (cfu/ml). The best antibiofilm activity was determined for L. gasseri and L. jensenii metabolites destroyed all P. aeruginosa biofilm cells.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Antibiotics commonly used in the treatment of planktonic forms of pathogenic bacteria are often insufficient for the eradication of bacteria in the biofilm. Vaginal Lactobacillus sp. metabolites have shown good antibiofilm activity, suggesting that these metabolites can be used as alternative agents to help combat with biofilm-associated infections.

Makale Özeti | Tam Metin PDF