Cryptosporidium spp.’nin realtime PCR yöntemi ile saptanması için metod verifikasyon çalışması
Selma Usluca1, Asiye Evren Eken Berberoğlu1, Bekir Çelebi2, Selçuk KILIÇ11Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Ve Biyolojik Ürünler Daire Başkanlığı2Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü Zoonotik Ve Vektörel Hastalıklar Daire Başkanlığı
GİRİŞ ve AMAÇ: Cryptosporidium spp. özellikle gıda ve su kaynaklı ishal nedenleri arasında önemli bir parazittir. Bu çalışmada dışkı örneklerinde Cryptosporidium spp.’nin rutin tanısında kullanılan moleküler yöntemin metod verifikasyonunun yapılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu amaçla Cryptosporidium parvum pozitif buzağı dışkı örneği PBS ile dilüe edilmiş ve Cryptosporidium/Giardia direkt floresan antikor kiti kullanılarak ookist sayımı yapılmıştır. Aynı örneğe ticari kit ile DNA ekstraksiyonu uygulanmıştır. Elde edilen DNA örneği kullanılarak Cryptosporidium spp., Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, Dientamoeba fragilis’in moleküler yöntemlerle saptanması için multipleks PCR kiti kullanılarak PCR amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir.
BULGULAR: PCR’ın saptama limiti 8 ookist/reaksiyon olarak tespit edilmiştir. Daha sonra yüksek ve düşük pozitif örnekler hazırlanmış, iki farklı analist ile doğruluk ve kesinlik çalışmaları yapılarak testin metod verifikasyonu tamamlanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Metod verifikasyon çalışmalarının varyasyon katsayıları %15’in altında olduğu için testin, rutin hasta örneklerinde Cryptosporidium’un araştırılmasına uygun olduğuna karar verilmiştir.
Method verification study for detection of Cryptosporidium spp. by realtime PCR method
Selma Usluca1, Asiye Evren Eken Berberoğlu1, Bekir Çelebi2, Selçuk KILIÇ11General Directorate Of Public Health, Department Of Microbiology Reference Laboratories And Biological Products2General Directorate Of Public Health, Department Of Zoonotic And Vector-borne Diseases
INTRODUCTION: Cryptosporidium spp. is an important parasite, especially among the causes of foodborne and waterborne diarrhea. The aim of this study was to determine the method used for routine diagnosis of Cryptosporidium spp. in stool samples.
METHODS: For this purpose, Cryptosporidium parvum positive calf stool sample was diluted with PBS and oocyst was counted using Cryptosporidium/Giardia direct florescein antibody kit. After determined the number of oocysts included in the sample, DNA extraction was carried out with commercial kit. PCR amplification for molecular detection of Cryptosporidium spp., Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica, Dientamoeba fragilis by using DNA sample was performed using multiplex PCR kit.
RESULTS: As a result of studies, the detection limit was determined as 8 oocysts/reaction. Then, high and low positive sample were prepared, and accuracy and certainity studies of test were performed by two different analysts.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Since variation coefficients of method verification studies were below 15%, it was decided that the test was suitable for investigation of Cryptosporidium in routine patient samples.
Sorumlu Yazar: Selma Usluca, Türkiye
| ARAÇLAR |
 Tam Metin PDF Yazdır Alıntıyı İndir RIS EndNote BibTex Medlars Procite Reference Manager E-Postala Paylaş Yazara e-posta gönder
Benzer makaleler Google Scholar |