Candida türleri, ökaryot fırsatçı patojenler olup hastane enfeksiyonu etkenleri arasında dünyada ön sıralarda yer almaktadır. Amerika’da hastanelerde gelişen nozokomiyal kan dolaşımı enfeksiyonlarının dördüncü sıklıktaki etkeni Candida türleridir. Avrupa’da kandidemi oranı ise her 100.000 kişide 1.2 ile 11 arasında değişmektedir. Candida’ların 200’den fazla türü bulunur, bunlar arasında dissemine kandidoz ile invazif olmayan deri ve mukoza kandidozlarının en sık nedeni Candida albicans’tır. Bununla birlikte, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae, C. dubliniensis ve C. guilliermondii gibi albicans-dışı Candida türlerine bağlı kandidoz insidansı artmaktadır. Candida enfeksiyonunun hangi klinik şekilde sonlanacağı primer olarak konak savunması tarafından belirlenir. Klinik tablolar, deri ve mukoza kandidozları ile derin yerleşimli enfeksiyonlar olmak üzere iki gruba ayrılır. Deri ve mukoza enfeksiyonları içerisinde pamukçuk, Candida özefajiti, özefagus-dışı gastrointestinal kandidoz, Candida vaginiti ve deri kandidozu yer alır. Derin yerleşimli enfeksiyonlar; kronik dissemine kandidoz (hepatosplenik kandidoz), kandidemi ve çeşitli organların kandidozunu içerir. Mantar, invazif enfeksiyon oluşturmasına yardımcı olabilecek olan, proteinaz ve lipaz gibi enzimleri salgılama yeteneğindedir. Ancak, bu enzimlerin klinik açıdan önemi henüz aydınlatılamamıştır. Amerikan Enfeksiyon Hastalıkları Derneğinin Mikoz Çalışma Grubu (IDSA) ve Avrupa Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Derneğinin Mantar Çalışma Grubu (ESCMID), farklı hasta gruplarında invazif kandidozun tedavisi için pratik kılavuzlar yayınlamışlardır. Vurgulanması gerekli bir diğer hususda, tedavi için önemli ölçütlerden birisinin de antifungal ilaç direnci olduğudur. Candida türleri, ilaçların hücre içerisine birikimini azaltan
dışa atım pompalarının salınımı ile, antifungal hedef proteinlerinin yoğunluğunu ve yapısını değiştirerek veya hücre zarındaki sterol bileşimini değiştirerek antifungal ilaçlara karşı direnç geliştirebilirler. Ayrıca, kandidozların gelişmesinde genel risk faktörlerinin (örnek: bağışıklık sisteminin baskılanması) rolü önemli olmasına rağmen, bu durum tüm Candida enfeksiyonlarının gelişimini açıklamak için yeterli değildir. Birçok araştırmada; genetik farklılıklar ile kandidoz riski artışı arasında bir ilişkinin olduğu, mukoza kandidozu ve sistemik kandidozu ayırt ettirici farklı genetik yapıların bulunduğu bildirilmiştir. Bu makalede, Candida cinsi maya mantarlarının
neden olduğu enfeksiyonların epidemiyolojisi, tanısı, tedavisi, antifungal ilaç direnci ve konak genetik yatkınlıklarına ilişkin güncel bilgiler özetlenmektedir.

Candida species are eukaryotic fungal pathogens known to be aetiological agents of opportunistic and nosocomial infections in humans worldwide. Candida spp. are the fourth most common cause of nosocomial bloodstream infections acquired in hospitals in the United States. In Europe, candidemia rates vary between 1.2 and 11 per 100.000 population. There are over 200 species of Candida yeasts; among them, Candida albicans is the most common cause of disseminated and non-invasive mucocutaneous diseases. However, the incidence of candidosis due to non-albicans Candida spp. is increasing, including: C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae, C. dubliniensis and C. guilliermondii. The clinical outcome of Candida infections is primarily determined by the host’s defense status and can be divided into mucocutaneous infections and deep-seated infections. Mucocutaneous infections include thrush, Candida esophagitis, nonesophageal gastrointestinal candidosis, Candida vaginitis, and cutaneous candidosis syndromes. Deep-seated infections include chronic disseminated candidosis (hepatosplenic candidosis), candidemia, and candidosis of various organ systems. The fungus is capable of secreting proteinases and lipases that can
assist invasion, although the clinical importance of these enzymes is not clear.
Both the Mycoses Study Group of the Infectious Diseases Society of America (IDSA) and the Infectious Diseases Group of the European Organisation for Research and Treatment of Cancer (EORTC) have published practice guidelines for the treatment of invasive candidosis in various patient populations. Of note, antifungal drug resistance was an important factor that needed to
be considered for treatment. Candida spp. became resistant to antifungal agents due to the expression of efflux pumps that reduces drug accumulation, alteration of the structure or concentration of antifungal target proteins, and alteration of membrane sterol composition. Moreover, despite the important role played by general risk factors, i.e., an immunocompromised immune system, they did not explain all cases of infection. Several studies reported a link between genetic variation and an increased risk for Candida infections, with a different genetic pattern being discerned between mucosal and systemic candidosis. This article summarizes up-to-date information on the epidemiology, diagnosis, and treatment of infections caused by the genus Candida, as well as antifungal drug resistance and host genetic susceptibility in affected patients.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: BK virüs (BKV) ve JC virüs (JCV) DNA pozitifliğinin risk grubunda olan hastalarda gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Real-Time PCR) ile retrospektif olarak araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya 2014 Mart-2015 Mayıs tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen 129 hastaya ait, toplam 296 örnek dâhil edilmiştir. Klinik örneklerden nükleik asit izolasyonu “MagNA-Pure Compact Nucleic Acid Isolation” (Roche, Almanya) kiti kullanılarak yapılmıştır. Viral DNA amplifikasyonu JCV ve BKV primer dizilerini içeren amplifikasyon karışımı “LightMix® BK/JC Polyomavirus Detection” (TIB-Molbiol GmbH, Almanya) kiti ile LightCycler® 2.0 (Roche, Almanya) cihazında yapılmıştır.
BULGULAR: Çalışılan örneklerde %35.4 (105/296) BKV ve JCV DNA pozitifliği tespit edilmiştir. İdrar örneklerinin %56.5 (26/46)’inde BKV, %10.8 (5/46)’inde JCV DNA varlığı saptanmıştır. Kan örneklerinde %29.2 (73/250) BKV, %3.2 (8/250) JCV, %2.4 (6/250) hem BKV hem de JCV DNA’sı saptanmıştır. BKV ve JCV pozitiflik oranlarının örneklerin gönderildiği kliniklere göre dağılımı, kemik iliği transplantasyon ünitesi %59.6 ve %13.4,
çocuk nefroloji %32.4 ve %1.2, erişkin nefroloji %16.8 ve %2.9’dur. Erişkin ve çocuk hematoloji servislerinden gelen örneklerde sırasıyla %78.5 (11/14) ve %57.1 (8/14) BKV pozitifliği, çocuk hematolojide bir hastada BKV ve JCV pozitifliği tespit edilmiştir. Erişkin hematoloji servisinden gelen örneklerde JCV pozitifliği bulunmamıştır. Çalışılan örneklerin %25.2 (25/99)’sinde BKV DNA ≥104 kopya/ml olarak tespit edilmiş olup, bu örneklerin
%80 (20/25)’inin idrar olduğu görülmüştür.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Böbrek transplant hastalarında BKV riskinin artması nedeniyle BKV’ün gerçek zamanlı PZR ile izlenmesi oldukça önemlidir. Yapılan birçok çalışmada, BKV yükü böbrek transplantasyonu sonrası greft fonksiyon bozukluğu ve organ reddi ile ilişkili bulunmuştur. Gerçek zamanlı PZR ile BKV nefropatisinin düzenli olarak takibi ve kantitasyon verilmesi sayesinde, transplantasyon sonrası organ kayıpları belirgin oranda azalacaktır.

INTRODUCTION: This study was aimed to investigate the BK virus (BKV) and JC virus (JCV) DNA by real-time polymerase chain reaction (Real-Time PCR) in immunosuppressive patients with high risk.
METHODS: A total of 296 samples obtained from 129 patients hospitalized in Gazi University Hospital, Ankara, Turkey between March 2014-May 2015 were included in the study. Viral DNA was extracted by the “MagNA-Pure Compact NucleicAcid Isolation Kit” (Roche, Germany). By using amplification mix LightMix® BK/JC Polyomavirus Detection Kit (TIB-Molbiol, Germany) that included primers targeting JCV
and BKV, nucleic acids were amplified with LightCycler® 2.0 (Roche, Germany).
RESULTS: BKV-JCV positivity rate was found as 35.4% (105/296). In urine samples the rate of positivity was 56.5% (26/46) for BKV and
10.8% (5/46) for JCV. In blood samples the rate of positivity were 29.2% (73/250) for BKV, 3.2% (8/250) for JCV. The distribution of
the units with BKV-JCV positive patients, respectively, were as follows: 59.6%-13.4% from the bone marrow transplantation unit,
32.4%-1.2% from paediatric nephrology, 16.8%-2.9% from nephrology. BKV positivity rate was 78.5% (11/14) in adult haematology and 57.1% (8/14) in paediatric haematology. One patient from paediatric haematology revealed both BKV and JCV positivity. There were no JCV positivity in patients followed at the adult haematology unit. In 25.2% (25/99) of the samples, BKVDNA was detected ≥104 copies/ml and 80% (20/25) of those samples were urine.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Monitorization of BKV by Real-Time PCR in kidney transplant patients is of crucial importance since high quantities of BKV is associated with graft dysfunction and organ rejection following transplantation. Follow-up of BKV nephropathy through BKV quantitation by real-time PCR, may help to decrease the detrimental effects on transplant outcome.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çocukluk çağında sıklıkla görülen enfeksiyon hastalıklarından biri olan alt solunum yolu enfeksiyonlarının (ASYE) en sık etkeni respiratuvar sinsityal virüs (RSV)’tür. Bu çalışmanın amacı ASYE tanısı alan 0-5 yaş grubundaki çocuklarda RSV’nin hücre kültürü ve direkt floresan antikor (DFA) yöntemleri ile araştırılması ve sonuçların hastaların klinik bulguları ile birlikte değerlendirilmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: ASYE tanısı alan 0-5 yaş arasındaki 107 ayaktan (poliklinik) ve 55 yatan (servis) olmak üzere 162 hasta çalışmaya alınmıştır. Hastaların nazofaringeal sürüntü örnekleri flocked eküvyon ile alınarak viral transport besiyeri (Copan Diagnostics, Brescia, İtalya) içinde laboratuvara ulaştırılmıştır. A549 hücreleri ile hazırlanan shell-vial hücre kültürlerine örnekler inoküle edilip, 48-72 saat inkübe edildikten sonra fikse edilen hücrelerde RSV varlığı floresanla işaretli monoklonal antikorlar (Anti-RSV Group FITC, Argene, BioMérieux, Fransa) aracılığı ile araştırılmıştır. DFA yöntemi için örneklerden direkt sitospin preparatları hazırlanarak, preparatlar RSV
varlığı açısından floresanla işaretli monoklonal antikorlar ile benzer şekilde incelenmiştir. Hücre kültürü ve DFA test sonuçları uyumsuz olan örneklerde RSV RNA’sı ticari bir kit (RealStar RSV RT-PCR Kit, Altona Diagnostics, Almanya) ile gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca hastalara ait semptom, fizik muayene ve diğer laboratuvar bulguları ile uygulanan tedaviler kaydedilmiştir.
BULGULAR: İncelenen 162 örneğin 43’ünde (%26.5) hücre kültürü ile RSV saptanmıştır. Bu örneklerin 38’inde (%24.3) hem hücre kültürü hem de DFA ile RSV saptanmış, 115 (%71.0) örnek her iki testle de negatif bulunmuştur. Hücre kültürü ile pozitif olan beş örnek DFA ile negatif, DFA ile pozitif olan dört örnek hücre kültürü ile negatiftir. Bu dokuz örnekte RSV PZR testinin sonucu hücre kültürü ile uyumlu bulunmuştur. Hücre kültürü referans alınarak DFA yönteminin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif prediktif değeri (PPD) ve negatif prediktif değeri (NPD) sırası ile %88.4, %96.6, %90.5, %95.8 olarak saptanmıştır. RSV pozitif hastaların yaş ortalaması (11.2±11.3 ay), RSV
negatif saptanan hastaların yaş ortalamasından (21.7±18.6 ay) anlamlı olarak düşüktür (p=0.001). RSV saptanan ve saptanmayan hastalar arasında cinsiyet, semptom, fizik muayene bulguları, uygulanan tedavi ve diğer laboratuvar bulguları (CRP, lökositoz, nötrofil yüksekliği, lenfesitoz ve trombositoz) açısından anlamlı bir fark bulunmamıştır (hepsi için p>0.05). Aylara göre test istemine bakıldığında istemlerin %93.8’inin Ocak, Şubat ve Mart aylarında yapıldığı ve tüm pozitiflerin bu aylarda saptandığı görülmüştür.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak bu çalışmada, ASYE olan beş yaş altındaki çocuklarda %26.5 oranında RSV saptandığı ve bu oranın erken yaşlarda anlamlı olarak arttığı görülmüştür. Virüsün tanısında DFA yöntemi yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olup hem hızlı tanı hem de örnek kalitesinin değerlendirilebilmesini sağlamaktadır.

INTRODUCTION: Respiratory syncytial virus (RSV) is the most common cause of lower respiratory tract infections (LRTI) in children. This study was aimed to investigate the presence of RSV by cell culture and direct fluorescent antibody (DFA) methods in children with LRTI and to evaluate the results in association with the clinical findings of the patients.
METHODS: The study included 162 children with LRTI. The age group of the cases was 0-5 years old, of which 107 were outpatients and 55 were inpatients. Nasopharyngeal swab samples were obtained by flocked swabs and transported to the laboratory within the viral transport medium (Copan Diagnostics, Brescia, Italy). Samples were inoculated into the shell-vial cell culture prepared with A549 cells and presence of RSV were investigated in the fixed cells by fluorescence-labeled monoclonal antibodies (Anti-RSV Group FITC, Argene, BioMérieux, France) after 48-72 hours of incubation. For the DFA method, slides were prepared directly from the samples with
cytospin centrifuge method and RSV was investigated following staining with fluorescent labeled monoclonal antibodies in a similar way. Samples which yielded discordant results with cell culture and DFA test, RSV RNA was investigated by a commercial real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) kit (RealStar RSV RT-PCR Kit, Altona Diagnostics, Germany). In addition, symptoms, physical examination and laboratory findings together with the treatment outcome of the patients were recorded.
RESULTS: RSV was detected in 26.5% (43/162) of the samples by cell culture. Both cell culture and DFA detected RSV in 24.3% (38/162) of the samples while 71.0% (115/162) were negative with both tests. Five RSV cell culture positive samples were negative with DFA, and four positive samples with DFA were negative with cell culture. In these nine samples, the RSV PCR test results were consistent with the cell culture test results. When the cell culture method was considered as the reference method, sensitivity, specificity, positive (PPV) and negative predictive values (NPV) for the DFA method were 88.4%, 96.6%, 90.5% and 95.8%, respectively. The average age of the
RSV-positive patients (11.2±11.3 months) were significantly lower than that of RSV-negative patients (21.7±18.6 months) (p=0.001). There were no significant difference in terms of gender, symptoms, physical examination, treatment outcome and other laboratory markers (CRP, leukocytosis, increase in neutrophile count, lymphocytosis and thrombocytosis) between RSV positive and negative patients (for all p>0.05). The analysis of the RSV test requests revealed that 93.8% of the requests were in January, February and
March, and all positive cases were detected in these months.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In conclusion, RSV was detected in 26.5% of 0-5 years old children with LRTI and this rate was significantly higher in early ages. DFA
method which has a high sensitivity and specificity in the diagnosis of RSV infection, ensures rapid diagnosis and enables the evaluation of the quality of respiratory samples.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Amfoterisin B (AmB) invazif mantar enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılan poliyen grubu bir antifungaldir. Klinikte Candida lusitaniae ile oluşan mantar enfeksiyonlarının AmB tedavisine yanıt vermediği, in vitro duyarlılık testlerinde kökenlerin dirençli bulunduğu bildirilmiştir. AmB ile karşılaşma sonrasında minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerlerinin yükseldiği ile ilgili çalışmalar bulunduğu gibi, tersine kökenlerin bütünüyle AmB’ye duyarlı olduğunu bildiren çalışmalar da bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı, C. lusitaniae kökenlerinin AmB duyarlılığının gösterilmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışma kapsamında dört ayrı merkezden tür düzeyinde tanımlanmış 60 C. lusitaniae kökeni toplanmıştır. Toplanan kökenlerin tür düzeyinde tanımlanmaları üç merkezde klasik mikolojik yöntemler ile yapılmıştır. Acıbadem Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’nda tür tanımı MALDI-TOF cihazı ile gerçekleştirilmiştir. Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’nda kökenlere in vitro duyarlılık testi uygulanmıştır. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) mikrodilüsyon yöntemi ve E-test yöntemi ile MİK değerleri elde edilmiştir.
BULGULAR: Mikrodilüsyon yönteminden elde edilen MİK değerlerine göre MİK aralığı 0.125-2 μg/ml, MİK50 değeri 0.5 μg/ml, MİK90 değeri 1 μg/ml olarak hesaplanmıştır. E-test sonucunda elde edilen MİK değerlerine göre MİK aralığı 0.012-2 μg/ml, MİK50 değeri 0.25 μg/ml, MİK90 değeri 0.75 μg/ml olarak hesaplanmıştır. Mikrodilüsyon yöntemi sonuçlarına göre 60 kökenden 8 tanesinden (%13), E-test sonuçlarına göre 6 tanesinden (% 10) ≥ 1 μg/ml MİK değerleri elde edilmiştir. Mikrodilüsyon ile iki, E-test ile bir köken için MİK değeri 2 μg/ml olarak bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu in vitro çalışma, AmB’ye intrensek dirençli olduğu ileri sürülen C. lusitaniae kökenlerinin in vitro duyarlı olduğunu, bu nedenle C. lusitaniae enfeksiyonlarında AmB kullanımı seçeneğinin yeniden gözden geçirilmesi gerektiğini ortaya çıkarmıştır. Sonuçlarımız in vivo modeller ile desteklendiğinde daha kesin yargılara varılabilecektir.

INTRODUCTION: Amphotericin B (AmB) is a wide spectrum antifungal drug which is used for the treatment of invasive fungal infections. Among the fungal pathogens, Candida lusitaniae has been reported to be resistant to AmB in-vitro. Therefore, AmB is not recommended for the treatment of C. lusitaniae infections. There are conflicting data on this subject in the literature. Some of the studies showed that minimal inhibitory concentration (MIC) values increased following exposure to AmB, while the others indicated that all C. lusitaniae were fully susceptible to AmB. The aim of the present study was to evaluate the AmB susceptibility of the C. lusitaniae
strains.
METHODS: The study included 60 C. lusitaniae strains obtained from four different teaching hospitals in Turkey. The strains were identified at species level by using conventional methods in three of the centers and by MALDI-TOF method in one center. In vitro susceptibility testing was performed by E-test and Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) reference microdilution method.
RESULTS: AmB MIC range was found as 0.125-2 μg/ml, MIC50 value was 0.5 μg/ml, and MIC90 value was 1 μg/ml by microdilution method. MIC range, MIC50, and MIC90 values were 0.012-2 μg/ml, 0.25 μg/ml, and 0.75 μg/ml by E-test method, respectively. The number of isolates with MIC ≥1 μg/ml were 8 (13%), and 6 (10%), for microdilution and E-test methods, respectively. MIC value was 2 μg/ml for two strains by microdilution method, and one strain by E-test method.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Our results showed that C. lusitaniae strains which were considered as intrinsically resistant, were susceptible to AmB. Although, more definite conclusions achieved by in vivo studies are required, this study indicated that AmB could be a good choice for the treatment of infections caused by C. lusitaniae.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: CLSI ve EUCAST’ın yenilenen dökümanlarında genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) varlığının araştırılması rutin olarak önerilmese de, hâlen enfeksiyon kontrolü amacı ile ve epidemiyolojik çalışmalarda araştırılması önerilmektedir. Bu çalışmada, GSBL varlığını saptamada VITEK 2 (bioMérieux, Fransa) tam otomatize sistemi ile Çift Disk Sinerji (ÇDS) testi arasında fark olup
olmadığının araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çeşitli klinik örneklerden 2014 yılı içerisinde enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 95 Escherichia coli ve 61 Klebsiella pneumoniae suşu çalışmaya alınmıştır. Daha önce VITEK 2 sistemi ile duyarlılık testleri yapılmış olan suşlar stoktan çıkarıldıktan sonra iki kez pasajlanmış ve ÇDS testi uygulanmıştır. VITEK 2 ile GSBL pozitif bulunan altı K. pneumoniae ve iki E. coli suşu ÇDS testinde tüm antibiyotiklere dirençli bulunduğundan, değerlendirmeye alınmamıştır.
BULGULAR: VITEK 2’nin GSBL negatif sonuç verdiği bir E. coli ve üç K. pneumoniae suşu ÇDS testi ile GSBL pozitif; VITEK 2’nin GSBL pozitif sonuç verdiği on iki E. coli ve dört K. pneumoniae suşu ise ÇDS testi ile negatif bulunmuştur. ÇDS testi altın standart olarak kabul edildiğinde, VITEK 2’nin duyarlılığı %93.3, özgüllüğü %81.8, yanlış pozitiflik oranı %18.1, yanlış negatiflik oranı %6.6 ve doğruluk
oranı %86.4 olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda elde ettiğimiz verilere göre, VITEK 2 otomatize sistemi ile GSBL saptanmasında yalancı negatif ve yalancı pozitif sonuçlar alınabilmekle birlikte, duyarlılık ve özgüllüğünün yüksek olduğu görülmektedir. Ancak bunun referans yöntem olmadığı unutulmamalı, uyumsuz sonuçlarda ikinci bir test ile GSBL varlığı/yokluğu doğrulanmalıdır.

INTRODUCTION: Although routine investigation of the presence of the ESBL is not recommended in the new CLSI and EUCAST guidelines, it is recommended to test ESBL as a part of infection control and for epidemiological purposes. The aim of this study was to compare Disk Approximation Method (DAM) and VITEK 2 (bioMérieux, France) fully automated test system fort he determination of ESBL in
Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains.
METHODS: A total of 95 E.coli and 61 K. pneumoniae strains isolated from various clinical specimens in 2014 were included in the study. The antibiotic susceptibility testing of the isolates were previously performed by VITEK 2 system. DAM was performed on the
strains which were grown from the stock series. Six K. pneumoniae and two E. coli strains which were ESBL (+) with VITEK 2, were found to be resistant to all antibiotics with DAM and these isolates were not assessed.
RESULTS: One E. coli and three K. pneumoniae strains were found ESBL negative with VITEK-2, but were positive with DAM, twelve E. coli and four K. pneumoniae strains were found ESBL positive with VITEK-2, but were negative with DAM. Sensitivity, specificity, false positive, false negative and accuracy rates of VITEK-2 were 93.3%, 81.8%, 18.1%, 6.6% and 86.4% respectively when DAM was accepted as the gold standard test.
DISCUSSION AND CONCLUSION: According to the data obtained in this study it was concluded that although VITEK 2 automated system yielded false negative and false positive results, it revealed high sensitivity and specificity for ESBL detection. However, since automated systems are not considered as reference methods, discordant ESBL results should be verified with a second test.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda kateterizasyona bağlı olarak gelişen fungal enfeksiyonlar arasında en sık kan dolaşımı enfeksiyonları görülmektedir. Candida albicans endojen kaynaklı olmasından dolayı nozokomiyal fungal enfeksiyonlarda ilk sırada yer almaktadır. Antifungal tedaviye daha zor yanıt veren Candida tropicalis, Candida parapsilosis, Candida glabrata gibi albicans-dışı Candida türleriyle karsılaşma oranı hızla artmaktadır. Bu çalışmada, nozokomiyal potansiyeli bulunduğu bilinen C. parapsilosis suşlarının klonal yakınlıklarının rep-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic Element-Polimeraz Zincir Reaksiyonu, bioMeriéux, Fransa) DiversiLab® yöntemiyle belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2012 ve Haziran 2013 yılları arasında santral venöz kateterden alınan kan örneklerinden izole edilen 33 C. parapsilosis suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Klasik yöntemlerle tür tanısı yapılan suşların klonal ilişkileri rep-PCR DiversiLab® sistemi ile belirlenmiştir.
BULGULAR: Rep-PCR DiversiLab® sistemi ile yapılan klonal ilişki analizi sonucunda üç (A-C) farklı klon tespit edilmiş, A klonunun (%87.8, n=29) baskın tip olduğu belirlenmiştir. B klonuna ait 3 suş, C klonunda ise bir suş saptanmıştır. A klonu, reanimasyon ünitesi örneklerinin %48.2’sinden, pediyatri yoğun bakım ünitesi örneklerinin %20.6’sı, cerrahi yoğun bakım ünitesi örneklerinin %17.2’sinden ve dahiliye yoğun bakım ünitesi örneklerinin %13.7’sinden izole edilmiştir. İlk ve son suşun izolasyon tarihleri arasında on sekiz aylık süre olduğu belirlenmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: C. parapsilosis suşlarının servisler arası transfer edilen hastalar ve çapraz bulaşlar sonucu yayıldığı düşünülmüştür. Çalışmada kullanılan rep-PCR DiversiLab® sisteminin epidemiyolojik çalışmalarda ve enfeksiyon kontrolünde kullanılabilecek kolay uygulanabilen, hızlı ve başarılı bir yöntem olduğu kanısına varılmıştır. Suşların hastane ortamındaki dağılımının klonal ilişki göstermesi, enfeksiyon kontrol önlemlerinin önemini bir kez daha vurgulamaktadır.

INTRODUCTION: Bloodstream infections are seen the most common fungal infections which is caused by catheterization in the hospitalized patients in intensive care units. Candida albicans is the first nosocomial fungal infection owing to endogenous origin. Incidence of non-albicans Candida species (Candida tropicalis, Candida parapsilosis, Candida glabrata) that have antifungal treatment problems, are
increasing rapidly. The aim of this study was to determine the clonal relationship between strains of C. parapsilosis by using rep-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic Element-Polymerase Chain Reaction, bioMeriéux, Fransa)
DiversiLab® method.
METHODS: A total of 33 C. parapsilosis strains isolated from blood samples obtained from central venous catheter between January 2010-June 2013 were included in the study. Clonal relationships of Candida parapsilosis strains which were type diagnosed by the conventional methods were determined by rep-PCR DiversiLab® system.
RESULTS: Rep-PCR DiversiLab® analysis have shown the presence of three clones (A-C). Clone A was found to be the dominant type. Twenty nine (87.8%) of the 33 C. parapsilosis strains belonged to clone A, 3 (9.0%) to clone B, one strains to clone C. Clone A was isolated from 48.2%, 20.6%, 17.2%, 13.7% of the samples sent from reanimation unit, pediatric intensive care unit, surgical intensive care unit, internal diseases intensive care units, respectively. Eight month interval has been found between first and last isolations.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result; it is contemplated that C. parapsilosis strains were scattered as a result of cross transmission and patient transfer among clinics. The rep-PCR DiversiLab® system which was used in this study has been evaluated as a rapid, easily applicable and successful procedure for epidemiological studies. Clonal distribution of strains in the hospital environment emphasizes the
significance of infection control measures.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Sepsis, mikroorganizmaların ve toksinlerinin kana karışımı sonucu gelişen, hayatı tehdit eden ve çok hızlı ilerleyen klinik bir
tablodur. Bu çalışmanın amacı, Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde yatan hastalara ait kan kültürlerinden
sepsis etkeni olarak izole edilen mikroorganizmaların tiplendirilmesi ve antibiyotik direnç oranları belirlenmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Kan kültürü örnekleri BACT/ALERT 3D (BioMérieux, Marcy I’Etoile, Fransa) otomatize sistemi ile 5 gün inkübe edilmiştir. Mikroorganizmaların identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve BD Phoenix otomatize sistem (Becton Dickinson, Sparks, Maryland, ABD) ile yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları CLSI önerileri doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir.
BULGULAR: Çalışmaya dâhil edilen 4262 kan kültüründen 765 (%17.9)’i bakteriyemi ve sepsis etkeni olarak değerlendirilmiştir. İzole edilen mikroorganizmalar arasında ilk sırayı Staphlococcus aureus (n: 293, %38.3) alırken, bunu koagülaz negatif Stafilokoklar (KNS) (n: 139, %18.2), Escherichia coli (n: 93, %12.1), Enterococcus spp. (n: 56, %7.3), Klebsiella pneumoniae (n: 54, %7.1), Acinetobacter baumannii (n: 37, %4.8), Pseudomonas aeruginosa (n: 31, %4.1), Brucella spp. (n: 25, %3.3), Candida spp. (n: 25; %3.3), Streptococcus pneumoniae (n: 7; %0.9) ve Serratia marcescens (n: 5, %0.6) izlemiştir. S. aureus ve KNS üreyen örneklerde metisilin direnci sırası ile %71.7 ve %59.0 olarak tespit edilmiştir. Enterokoklarda ise %5.4 oranında vankomisin direncine rastlanmıştır. Enterobacteriaceae türlerinde en yüksek oranda direnç seftazidime karşı görülürken, karbapenemlerin en etkili antibiyotik grubu olduğu belirlenmiştir. Nonfermentetif bakterilerde ise aminoglikozidlerin en etkili antibiyotik grubu olduğu belirlenmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve bunların antibiyotik duyarlılıkları bölgelere ve hastanelere göre farklılık göstermektedir. Bu nedenle her hastanenin belli aralıklarla sepsis etkeni olan mikroorganizma dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarını raporlaması gerektiği düşünülmektedir.

INTRODUCTION: Sepsis is a serious, life-threatening condition that progresses very quickly due to the spread of microorganisms and their toxins in the blood. The aim of this study was to determine the distribution and antibiotic susceptibilities of the microorganisms isolated from blood cultures at Afyon Kocatepe University Medical Faculty Hospital, Turkey.
METHODS: Blood culture samples were incubated in BACT/ALERT 3D automated system (Biomerieux, Marcy L’Etoile, France) for 5 days. Identification of the microorganisms was performed by conventional methods and the BD Phoenix automated system (Becton Dickinson, Sparks, Maryland, USA). Antibiotic susceptibilities were determined by the Kirby-Bauer disk diffusion method in accordance with CLSI recommendations.
RESULTS: Among the 4262 blood cultures, 765 (17.9%) revealed growth of microorganisms considered as causative agents of bacteremia and sepsis. The most frequently isolated microorganism was Staphylococcus aureus (n: 293, 38.3%) followed by coagulase negative staphylococci (CNS) (n: 139, 18.2%), Escherichia coli (n: 93, 12.1%), Enterococcus spp. (n: 56, 7.3%), Klebsiella pneumoniae (n: 54, 7.1%), Acinetobacter baumannii (n: 37, 4.8%), Pseudomonas aeruginosa (n: 31, 4.1%), Brucella spp. (n: 25, 3.3%), Candida spp.
(n: 25, 3.3%), Streptococcus pneumoniae (n: 7, 0.9%) and Serratia marcescens (n: 5, 0.6%). Methicillin resistance was determined in
71.7% of S. aureus and 59.0% of CNS strains. The rate of vancomycin resistance in enterococci was 5.4%. The highest rates
of resistance in Enterobacteriaceae were against ceftazidime. Carbapenems were determined to be the most effective antibiotic group against Enterobacteriaceae. Aminoglycosides were the most effective group of antibiotics in nonfermentative bacteria.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The distribution of the microorganisms isolated from blood cultures and their antibiotic susceptibility profiles vary in each hospital and geographical area. Thus, periodical report of antibiotic susceptibility profiles of blood pathogens is of crucial importance for the determination of empirical treatment protocols.

Makale Özeti | Tam Metin PDF