Lepra veya Hansen hastalığı, aside dayanıklı bir basil olan Mycobacterium leprae’nın neden olduğu deri, periferik sinirler ve üst solunum yolu mukozasını tutan kronik granülomatöz bir enfeksiyondur. Lepra, doku hasarı ve periferik sinirlerde demiyelinizan lezyonlarla karakterize eski, sinsi ve ihmal edilmiş bir hastalıktır. Bir zamanlar Avrupa ve Asya’da görülen lepra günümüzde çoğunlukla sıcak ılıman tropikal iklime sahip gelişmekte olan ve fakir ülkelerde olmak üzere 105 ülkede endemik olarak görülmektedir. M. leprae’ya karşı konak bağışıklığı, Th1 tipi sitokinlerin güçlü üretimine sahip tüberküloid lepradan, Th2 tipi sitokinlerin yüksek seviyeleri ve suboptimal proinflamatuar yanıt ile karakterize edilen lepromatöz lepraya kadar farklı klinik paternler şeklinde görülür. Lepra tanısında klinik bulguların yanı sıra, lezyonların aktif kenarından yapılan biyopsilerin histopatolojik, bakteriyolojik ve moleküler yöntemlerle incelenmesi ve lepromin deri testi kullanılmaktadır. Bu derleme ile Dr. Gerhard-Henrik Armauer Hansen’in M. leprae’yı keşfinin 150. yılı anısına, farkındalık yaratmak, halen dünyanın 136 ülkesinde görülen, unutulan ve ihmal edilen lepra hastalığı patogenezi ve mikrobiyolojik tanısında güncel bilgilerin gözden geçirilmesi amaçlanmıştır.

Leprosy or Hansen’s disease is a chronic granulomatous infection of the skin, peripheral nerves and upper respiratory tract mucosa caused by Mycobacterium leprae, an acid-fast bacillus. Leprosy is an old insidious and neglected disease characterized by tissue damage and demyelinating lesions in peripheral nerves. Leprosy, which was once seen in Europe and Asia, is now endemic in 105 countries, mostly in developing and poor countries with warm temperate tropical climates. Host immunity against M. leprae appears in different clinical patterns, from tuberculoid leprosy with strong production of Th1-type cytokines to lepromatous disease characterized by high levels of Th2-type cytokines and a suboptimal proinflammatory response. In the diagnosis of leprosy, clinical findings, examination of biopsies from the active edge of the lesions by histopathological, bacteriological and molecular methods, and lepromine skin test are used. The aim of this review is to raise awareness to commemorate the 150th anniversary of Dr. Gerhard-Henrik Armauer Hansen’s discovery of M. leprae and review the current information on the pathogenesis and microbiological diagnosis of leprosy, the forgotten and neglected disease, which is still seen in 136 countries of the world.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Coronavirus hastalığı (COVID-19) sebep olduğu mortalite ve morbidite ile dünyamızı etkilemeye devam etmektedir. Pandemi ile mücadelede semptomatik bireylerin belirlenip izole edilmesinin yanında, asemptomatik bireylerin de hastalığı yaymasını önlemek çok önemlidir. Bu çalışmanın amacı COVID-19 taraması için başvuran asemptomatik hastalardaki SARS-CoV-2 pozitiflik oranlarını belirlemek ve hastaların COVID-19 aşılanma durumlarının asemptomatik enfeksiyon ile ilişkisini belirlemektir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Eylül 2021- Aralık 2021 tarihleri arasında Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda çalışılan SARS-CoV-2 PCR örneklerinin sonuçları retrospektif olarak tarandı. Hastaların demografik özellikleri, semptom durumları, COVID-19 aşılanma durumları ve asemptomatik olma durumları ile aşı olma durumları arasındaki ilişki değerlendirildi.
BULGULAR: SARS-CoV-2 PCR testi pozitif sonuçlanan 860 hasta çalışmaya dahil edildi. Çalışmaya alınan hastaların yaş ortalaması 35.0±15.12 (aralık: 4-91) olup %54’ü kadın, %46’si erkek idi. Hastaların %60’ı en az bir doz aşı olurken %41’i hiç aşı olmamıştı. Hastalar en az bir doz aşı olanlar ve hiç aşı olmayanlar olarak iki gruba ayrılıp incelendiğinde aşısız grubun yaş ortalaması 29.49±16.62 yıl iken aşılı grubun yaş ortalaması 38.96±16.13 yıl olup aşısız grupta yaş ortalamasının anlamlı şekilde daha düşük olduğu görüldü (p<0.001). Cinsiyet ile aşı olma durumu arasında anlamlı bir farklılık yoktu (p=0.464). Aşılı grupta asemptomatik pozitiflik oranı aşısız gruba göre anlamlı şekilde daha fazla (%73.2 vs %66.1) bulundu (p=0.026).
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmızda semptomatik pozitiflik oranı %70.2 olarak bulunmuştur ve aşılı grupta asemptomatik pozitiflik oranı aşısız gruba göre anlamlı şekilde daha fazla bulunmuştur.

INTRODUCTION: In the fight against the pandemic, besides identifying and isolating symptomatic individuals, prevention of the spread of the disease in asymptomatic individuals is also essential. This study aimed to determine SARS-CoV-2 positivity rates in asymptomatic patients presenting for COVID-19 screening and to determine the relationship between COVID-19 vaccination status and asymptomatic infection.
METHODS: The results of SARS-CoV-2 PCR samples studied in the Microbiology Laboratory of Ağrı İbrahim Çeçen University Training and Research Hospital between September 2021 and December 2021 were retrospectively scanned. The relationship between patients’ demographic characteristics, symptom status, COVID-19 vaccination status, asymptomatic status, and COVID-19 vaccination status were evaluated.
RESULTS: A total of 860 patients with positive SARS-CoV-2 PCR were included in the study. The mean age of the patients included in the study was 35.0±15.12, 54% were female and 46% were male. While 60% of the patients were vaccinated with at least one dose, 41% were not vaccinated. When the patients were divided into two groups: those vaccinated with at least one dose and those who had never been vaccinated, the mean age of the unvaccinated group was significantly lower. There was no significant difference between gender and vaccination status. The rate of asymptomatic positivity in the vaccinated group was significantly higher compared to the unvaccinated group.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In our study, the symptomatic positivity rate was found to be 70.2% and the asymptomatic positivity rate was significantly higher in the vaccinated group than in the unvaccinated group.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Cryptosporidium türlerinin neden olduğu kriptosporidiyoz, tüm dünyada oldukça yaygın olarak bulunan zoonotik bir hastalıktır. Cryptosporidium parazitinin önemli bir virülans faktörü olan cryptopain sistein proteaz, cryptostatin ise sistein proteaz inhibitörüdür. Sistein proteazlar birçok parazitte önemli rol üstlenen virülans faktörleridir ve bundan dolayı ilaç tasarımları için belirlenen hedefler arasında yer alırlar. Bu çalışmada Cryptosporidium parvum’da bulunan cryptopain-1 ve cryptostatin genlerinin klonlanması ve etkilerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Cryptosporidium spp. şüpheli hayvanlardan alınan dışkılardan modifiye Kinyoun asit-fast boyaması yapılmış, etken pozitif olarak değerlendirilen örneklerden DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Örneklerden cryptopain ve cryptostatin genleri klonlanmıştır. Klonlamanın ardından, total protein ekstraktı hazırlanmış ve purifiye edilmiştir. Saflaştırılan proteinler SDS-Page görüntüleme yöntemiyle değerlendirilmiştir. Saf olarak elde edilen cryptopain ve cryptostatinin, jelatinaz aktivitesi, %3 jelatin içeren besiyerinde test edilmiştir. Aynı zamanda değişik pH ve sıcaklıkta cryptopain ve cryptostatinin aktivitesi test edilmiştir.
BULGULAR: Sistein proteaz olan cryptopain’de jelatinaz aktivitesi saptanırken, inhibitörü olan cryptostatin’de ve kontrol grubunda jelatinaz aktivitesi saptanmamıştır. Saflaştırılan proteinlerin IgG ve BSA degradasyonu değerlendirmelerinde ise cryptopain-1’in her iki proteini de farklı sıcaklık ve pH değerlerinde degrade ettiği tespit edilmiştir. Cryptostatinin ise değişik ısı ve pH değerlerinde cryptopain aktivitesini engellemiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Rekombinant cryptostatinin Cryptosporidium parvum proteazlarının inhibisyonunda ve enfeksiyonlarında önleyici olarak kullanılma potansiyeli vardır.

INTRODUCTION: Cryptosporidiosis, caused by Cryptosporidium species, is a common zoonotic disease all over the world. Cryptopain, an important virulence factor of Cryptosporidium spp., is a cysteine protease inhibitor, and cryptostatin is a cysteine protease inhibitor. Cysteine proteases are virulence factors that play an important role in many parasites and are therefore among the targets for drug designs.
METHODS: Modified Kinyoun acid-fast staining was performed using the feces of animals that may harbor Cryptosporidium spp., and DNA isolation was performed from the positive samples. Cryptopain-1 and cryptostatin genes were cloned. After cloning, total protein extract was prepared and purified. Purified proteins were evaluated by SDS-Page imaging. Gelatinase activity of purely obtained cryptopain and cryptostatin were tested on medium containing three percent gelatin. Moreover, the activities of cryptopain and cryptostatin at different pH and temperature were tested.
RESULTS: Our results showed that recombinant cryptopain, a cysteine protease, had gelatinase activity, however in presence of recombinant cryptostatin and control group, no gelatinase activity was observed. In the IgG and BSA degradation evaluations of the purified proteins, it was determined that cryptopain-1 degraded both proteins at different temperatures and pH values. Cryptostatin inhibited cryptopain activity at different temperatures and pH values.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Recombinant cryptostatin has potential for the inhibition of Cryptosporidium parvum proteases and prevention of infections.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, Prof. Dr. Süleyman Yalçın Şehir Hastanesi’nde yatan hastalara ait kan kültürlerinden izole edilen bakterilerin tür dağılımı ve antimikrobiyal direnç oranlarının araştırılması hedeflenmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Kan kültürü örnekleri BACT/ALERT 3D (BioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile 5 gün inkübe edilmiştir. Mikroorganizmaların identifikasyonu konvansiyonel yöntemler, VITEK 2 (bioMérieux, Fransa) ve MALDI-TOF MS (Matriks assisted lazer desorption ionization time of flight mass spectrometry) otomatize sistemi kullanılarak yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) önerileri doğrultusunda VITEK 2 (bioMérieux, Fransa) ile değerlendirilmiştir.
BULGULAR: Çalışmaya dâhil edilen 65954 kan kültürü örneğinden 9323’ü (%14.1) bakteriyemi ve sepsis etkeni olarak değerlendirilmiştir. İzole edilen mikroorganizmalar arasında ilk sırayı koagülaz negatif stafilokoklar (%57.28) alırken, bunu Escherichia coli (%5.97), Klebsiella spp. (%5.50), Staphylococcus aureus (%4.56), Enterococcus spp. (%4.47), Candida spp. (%4.03), Acinetobacter baumannii (%3.74), Pseudomonas aeruginosa (%2.26), Stenotrophomonas maltophilia (%2.06), Enterobacter spp. (%1), Streptococcus pneumoniae (%0.25) izlemiştir. Escherichia coli ve Enterobacter spp. daha çok dahili servislerden, Klebsiella spp., Acinetobacter baumannii ve Pseudomonas aeruginosa ise daha çok yoğun bakım ünitelerinden izole edilmiştir. Gram negatif bakterilerde en etkili antibiyotiklerin kolistin, karbapenemler ve amikasin olduğu tespit edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Kan dolaşımı enfeksiyonlarında saptanan etkenlerin antibiyotik duyarlılıkları hastanelere göre farklılık göstermektedir. Bu sebeple her merkezin belli aralıklarla epidemiyolojik verilerini analiz etmesinin akılcı antibiyotik kullanımına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

INTRODUCTION: In this study, it was aimed to investigate the species distribution and antimicrobial resistance rates of bacteria isolated from blood cultures of inpatients at Prof. Dr. Süleyman Yalçın City Hospital.
METHODS: Blood culture samples were incubated with the BACT/ALERT 3D (bioMérieux, France) automated system for 5 days. Microorganisms were identified using conventional methods, VITEK 2 (bioMérieux, France) and MALDI-TOF MS (Matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry) automated system. Antibiotic susceptibility was evaluated with VITEK 2 (bioMérieux, France) in line with EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) recommendations.
RESULTS: Of the 65954 blood culture samples included in the study, 9323 (14.1%) were evaluated as bacteremia and sepsis agents. Among the microorganisms isolated, coagulase negative staphylococci (57.28%) were leading, followed by Escherichia coli (5.97%), Klebsiella spp. (5.50%), Staphylococcus aureus (4.56%), Enterococcus spp. (4.47%), Candida spp. (4.03%), Acinetobacter baumannii (3.74%), Pseudomonas aeruginosa (2.26%), Stenotrophomonas maltophilia (2.06%), Enterobacter spp. (1%), and Streptococcus pneumoniae (0.25%). Escherichia coli and Enterobacter spp. were mostly isolated from internal services, Klebsiella spp., Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa were mostly isolated from intensive care units. It was determined that the most effective antibiotics against gram negative bacteria were colistin, carbapenems and amikacin.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Antibiotic susceptibility of agents detected in bloodstream infections differs according to hospitals. Therefore, it is considered that the analysis of epidemiological data by each center at regular intervals will contribute to the rational use of antibiotics.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Sağlıklı insanların ağız florasında maya mantarları da dahil olmak üzere birçok mikroorganizma bulunur. Bu denge halinin bozulması maya mantarlarının kolonizasyonuna veya ağız içi kandidoza sebep olabilir. Sunulan çalışmada, ağız florasında tıbbi önemi olan Candida türlerinin tanımlanması için real-time PCR (RT-PCR) yönteminin tanı değerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çukurova Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesinden 200 öğrenci çalışmaya dahil edildi. Katılımcılardan alınan konsantre ağız çalkantı suyu örnekleri steril eküvyonlu çubuk ile CHROMAgar Candida (CAC) besiyerine inoküle edildi. İzole edilen Candida türlerinin identifikasyonunda CAC, RT-PCR ve MALDI-TOF MS yöntemleri kullanıldı.
BULGULAR: Toplam 52 (%26) klinik örnekten 68 maya mantarı izole edildi. En sık izole edilen türler, sıklığa göre, C. albicans (%36.1), C. parapsilosis (%21.3), C. dubliniensis (%14.7), C. lusitaniae (%9.8), C. kefyr (%8.2), C. lambica (%3.3) ve %6.6 diğer Candida türleri idi. Ağız içi mantar kolonizasyonu kullanılan diş macunu markası ile ilişkili bulundu (p = 0.02). Çalışmada izole edilen Candida türlerinden C. albicans, C. kefyr ve C. lambica dışındaki türler RT-PCR’ı takiben erime sıcaklığı analizi (MCA) ile belirlendi. Ancak, C. albicans ve C. kefyr, erime sıcaklıklarına (melting tempature, Tm) göre birbirinden ayırt edilemedi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Candida türlerinin geleneksel yöntemler ile belirlenmesi ve birbirinden ayırt edilmesi 2–3 gün sürebilmektedir. İzole edilen Candida türlerinin RT-PCR analizini takiben MCA ile tanımlanması basit, ucuz ve çabuk bir yöntemdir. Ancak, çalışmada RT-PCR’ın Candida türlerinin kesin tanısı için (C. albicans, C. kefyr ve C. lambica) yeterli olmadığı görüldü.

INTRODUCTION: A variety of microorganisms are found in the oral cavities of healthy humans, including yeast fungi. Disruption of the balance among these microorganisms may cause excessive yeast colonization, or oral candidosis. In the present study, we aimed to investigate the diagnostic value of a real-time PCR method for the identification of medically important Candida species in the oral flora.
METHODS: Two hundred students from Çukurova University Faculty of Dentistry participated in this study. The concentrated oral rinse water samples from the participants were inoculated into CHROMagar Candida (CAC) medium with a swab. CAC along with RT-PCR and MALDI-TOF MS were used to identify the Candida species.
RESULTS: A total of 68 yeast fungi were isolated from 52 (26%) clinical samples. The most common isolated species were C. albicans (36.1%), C. parapsilosis (21.3%), C. dubliniensis (14.7%), C. lusitaniae (9.8%), C. kefyr (8.2%), C. lambica (3.3%) and other Candida species (6.6%). Oral colonisation of yeast fungi was associated with the toothpaste brand (p=0.02). The Candida species isolated in this study were reliably identified by RT-PCR melting curve analysis (MCA), except C. albicans, C. kefyr and C. lambica. However, this method could not distinguish C. albicans and C. kefyr based on their peak melting temperatures (Tm).
DISCUSSION AND CONCLUSION: It may take 2–3 days for Candida species to be identified and differentiated from each other using conventional methods. MCA of Candida species using RT-PCR, which can be accomplished in a single day, is a simple, inexpensive, and rapid method. However, this study revealed that RT-PCR was not reliable in the identification of Candida species (C. albicans, C. kefyr, and C. lambica).

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Echinococus granulosus kist halinde çoğunlukla karaciğere, nadiren de akciğer ve diğer organlara yerleşerek kistik ekinokokkoz hastalığına yol açan bir etkendir. Bu çalışma kistik ekinokokkoz (KE) şüphesi ile gönderilen hastaların serum örneklerinde E.granulosus antikor varlığının indirekt hemaglutinasyon (IHA) ve immünokromatografik test (ICT) yöntemleriyle araştırılarak bu yöntemlerin karşılaştırılması amacıyla yapılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya 01/11/2018-31/01/2019 tarihleri arasında KE şüphesiyle gönderilen 75 hastaya ait kan örneği dahil edilmiştir. E.granulosus IgG antikor varlığı IHA ve ICT yöntemleri kullanılarak çalışılmıştır. IHA yöntemiyle 1/160 ve üzeri sulandırımdaki reaksiyon pozitif olarak kabul edilmiş iken ICT yöntemiyle kaset üzerinde yalnızca kontrol çizgisinin oluşması negatif, kontrol çizgisinin yanı sıra test çizgisinin oluşması pozitif olarak kabul edilmiştir.
BULGULAR: IHA yöntemiyle hastaların %48’i, ICT yöntemiyle %45.4’ü pozitif olarak saptanmıştır. IHA ile pozitif olarak saptanan hastaların da %94.4’ünün ICT yöntemiyle de pozitif olduğu görülmüştür. IHA yöntemi ile negatif olarak saptanan hastaların tamamı (n = 39) ICT yöntemiyle de negatif saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmadan elde edilen sonuçlar göz önünde bulundurulduğunda KE şüpheli hastalarda IHA ve ICT sonuçlarının birbiriyle uyumlu olduğu görülmüş olmakla beraber testlerin etkinliğinin belirlenebilmesi için daha geniş serum paneli ile çalışmalara ihtiyaç vardır.

INTRODUCTION: Echinococus granulosus is a causative agent of cystic echinococcosis (CE) by settling as cysts mostly in the liver and rarely in the lung and other organs. The aim of this study was to investigate the presence of E. granulosus antibodies in serum samples of patients with suspected cystic echinococcosis (CE) by indirect haemagglutination (IHA) and immunochromatographic test (ICT) methods and to compare these methods.
METHODS: Blood samples of 75 patients with suspected CE between 01/11/2018-31/01/2019 were included in the study. The presence of E.granulosus IgG antibody was analysed using IHA and ICT methods. With the IHA method, the reaction at a dilution of 1/160 and above was considered positive, while with the ICT method, the formation of only the control line on the cassette was considered negative, and the formation of the test line as well as the control line was considered positive.
RESULTS: 48% of the patients were found positive by IHA method and 45.4% by ICT method. It was observed that 94.4% of the patients who were found positive by IHA were also positive by ICT method. All of the patients who were found to be negative by IHA method (n = 39) were also found to be negative by ICT method.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Considering the results obtained from the study, it was observed that IHA and ICT results were compatible with each other in patients with suspected CE, but studies with a larger serum panel are needed to determine the effectiveness of the tests.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Yoğun bakım üniteleri (YBÜ) özellikli cihazlar ve tıbbi desteklerle kritik hastaların takip edildiği merkezlerdir. Yoğun bakım ünitelerinde takip edilen hastalarda gelişen hastane enfeksiyonları morbidite ve mortalite oranların arttırmasının yanında ciddi mali kayıplara neden olması nedeniyle de küresel bir sorun olarak görülmektedir. YBÜ’de en sık izole edilen patojenlerin arasında Escherichia coli gibi Enterobacteriaceae türlerinin olduğu bilinmektedir. Bu bakteriler arasında da E. coli’nin oransal baskınlığı dikkat çekicidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2018 - Aralık 2022 yılları arasında tıbbi mikrobiyoloji laboratuvarımıza yoğun bakım kliniklerinden gelen 219 hastaya ait kan kültürlerinden izole edilen E. coli izolatları dahil edildi ve bu izolatlara ait veriler retrospektif olarak değerlendirildi.
BULGULAR: YBÜ’lerinde 2018-2022 yılları arasında yatan ve kan kültürlerinde üreme tespit edilen 1976 hastanın 219 tanesinde E. coli üremesi tespit edildi. E. coli izole edilen hastaların ise %48’i kadın, % 52’si erkek ve yaş ortalamaları ise 70.42 (19-98) olarak hesaplandı. E. coli izolatlarının antibiyotik direnç oranları incelendiğinde tüm yıllar içerisinde en yüksek oran ampisilinde tespit edildi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bazı yıllarda direncin artış eğiliminde olduğu, sonraki yıllarda ise önce azalışa geçip sonra tekrardan yükselişe geçtiği izlenmiştir. Bu durum, bakteriyemilerin hastane kaynaklı dirençli suşların neden olduğu salgınlardan kaynaklandığını; enfeksiyon kontrolü ve etkin temizlik gibi gerekli önlemleri alarak bu salgınlarla mücadele edersek direncin yayılımını kontrol altına alabileceğimizi; ayrıca her hastanenin akılcı antibiyotik kullanım politikalarını belirlemek için kendi verilerini oluşturması gerektiğini göstermektedir. Ayrıca, klinisyenler ile tıbbi mikrobiyologların işbirliği içinde çalışması da büyük önem taşımaktadır.

INTRODUCTION: Intensive care units (ICUs) are centers where critically patients are followed up with specialized devices and medical supports. Nosocomial infections in patients followed up in intensive care units are seen as a global problem due to the increase in morbidity and mortality rates, as well as causing serious financial losses. It is known that Enterobacteriaceae species, such as Escherichia coli, are among the most frequently isolated pathogens in ICUs. Among these bacteria, the proportional dominance of E.coli is remarkable.
METHODS: A retrospective analysis was done using the E.coli isolates obtained from the blood cultures of 219 patients referred from the intensive care units to laboratory between January 2018 and December 2022.
RESULTS: E. coli growth was detected in 219 of 1976 patients hospitalized in ICUs between 2018-2022. E. coli isolated patients were 48% female and 52% male, and the mean age was 70.42(19-98). Among the antibiotic resistance rates of E.coli isolates, the highest rate was found in ampicillin for all years.
DISCUSSION AND CONCLUSION: It was observed that antibiotic resistance tended to increase in some years, followed by declines and elevations. This indicates that bacteremia is caused by the outbreaks due to hospital-acquired resistant strains. It is obvious that if we could fight against these epidemics by taking necessary precautions, such as infection control and effective cleaning, we could indeed control the spread of the resistance. Each hospital should develop its own data to determine rational antibiotic use policies, and clinicians should cooperate with medical microbiologists in these circumstances.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Human papillomavirus (HPV), deri ve mukozal epitel hücrelerinde çoğalabilen küçük, çift zincirli bir DNA virüsüdür. HR-HPV genotiplerinin kalıcı enfeksiyonları, servikal kanser vakalarının %99’dan fazlasında başlıca neden olarak kabul edilmektedir. Biz de çalışmamızla, üniversite hastanemize başvuran bölgemizde yaşayan 18 yaş üstü hastalarda HPV sıklığını ve HPV16, HPV18 ve 12 diğer HR-HPV genotipinin varlığını retrospektif olarak saptamayı ve sunmayı amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamıza Eylül 2017 – Nisan 2021 tarihleri arasında kadın hastalıkları ve doğum polikliniğine başvuran 18 yaş üstü 685 hastadan alınan PreservCyt® solüsyonu içerisindeki servikal fırça numunesi ve pap smear sonuçları dahil edildi. HPV genotiplendirmesi Roche cobas® 4800 (Roche, İsviçre) tam otomatik sistemi kullanılarak üretici direktifleri doğrultusunda çalışıldı.
BULGULAR: Çalışmamıza dahil edilen 685 kadın hastanın 126’sında (%18.4) HR-HPV pozitifliği bulunmuştur. HPV pozitif bulunan kadınların %4.5’unda HPV16 pozitifliği saptanırken, HPV18 pozitifliği %1.8 ve diğer 12 HR-HPV genotipi pozitifliği ise %12.1 oranında saptandı. HPV16 pozitif hastaların üçünde LSIL, ikisinde HSIL ve birinde ASC-US tipi saptanırken, HPV18 pozitif 12 hastanın sadece birinde ASC-US saptandı. Diğer yüksek risk HPV genotipini taşıyan hastalarda ise bir LSIL, bir HSIL ve dört ASC-US belirlendi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızdan elde edilen veriler bölgemizde hastanemize başvuran kadınlarda HR-HPV pozitifliğinin dünyadaki ve ülkemizdeki bazı verilerle uyumlu olduğu, ancak genel olarak daha düşük olduğu görüldü. Genotip dağılımına bakıldığında HPV16 ve HPV18 pozitifliği yanında diğer HR-HPV genotiplerinin de olduğunu, HPV16 ve HPV18’e karşı aşı ile korunma sağlanabilecek olmasına karşın bazı HR-HPV genotiplerinin ilerleyen süreçte sorun olabileceğini bize düşündürmüştür.

INTRODUCTION: Human papillomavirus (HPV) is a small, double-stranded DNA virus that can replicate in skin and in mucosal epithelial cells. Persistent infections of the HR-HPV genotypes are considered as the causative agents in more than 99% of cervical cancer cases. In our retrospective study, we aimed to determine the frequency of HPV and the presence of HPV16, HPV18 and other 12 HR-HPV genotypes in patients over the age of 18, from our region who applied to our university hospital.
METHODS: Cervical brush sample in PreservCyt® solution and pap smear results of 685 patients over the age of 18 who applied to the gynecology and obstetrics outpatient clinic between September 2017 and April 2021, were included in our study. HPV genotyping was performed using the Roche Cobas® 4800 (Roche, Switzerland) fully automatic system in accordance with the manufacturer’s instructions.
RESULTS: HPV was identified in 126 (18.4%) of 685 female patients included in our study. While HPV16 was detected in 4.5% of HR-HPV positive women, HPV18 was found in 1.8% and 12 other HR-HPV genotypes was found in 12.1%. While LSIL was detected in three, HSIL in two, and ASC-US in one of HPV16 positive patients, ASC-US was detected in only one of 12 HPV18 positive patients. One LSIL, one HSIL and four ASC-US were determined in patients with other high-risk HPV genotypes. As a result, the data obtained from our study showed that HR-HPV positivity in women admitted to our hospital in our region was compatible with some data in the world and in our country; however, it was relatively lower in general. Considering the genotype distribution, it led us to think that there were other HR-HPV genotypes besides HPV16 and HPV18 positivity.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The data obtained from our study showed that HR-HPV positivity in women from our region admitted to our hospital was relatively compatible with some of the data in both our country and the world; however, it was relatively lower in general. Considering the genotype distribution, we think that there are other HR-HPV genotypes other than HPV16 and HPV18 positivity, and although protection against HPV16 and HPV18 can be provided by vaccination, some HR-HPV genotypes may be a problem in the future.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Dizel yağı; motorlu araçlarda kullanılan, birçok çevre sorununu oluşturan çevre kirleticileri olarak kabul edilebilir. Mikrobiyal konsorsiyum, petrol hidrokarbonlarının bozunmasında önemli bir rol oynayabilir. Spesifik hidrokarbonlar üzerindeki yeni mikrobiyal ayrıştırıcıların taranması, çevre için çeşitli tehlikeleri olan hidrokarbonların uzaklaştırılması için yeni bakış açıları sağlar. Bu çalışmada, mikrobiyal konsorsiyumun dizel yağının bozunması üzerindeki etkilerini belirlemeyi amaçlandı.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Aktif mikrobiyal konsorsiyumun oluşturulması için petrokimya endüstrisinden ham petrol örnekleri toplandı. Geniş tarama yapabilmek için kültür ortamlarında n-tridekan, n-tetradekan, n-hekzadekan, ayçiçek yağı ve zeytinyağı kullanıldı. Daha sonra, bozunma deneyi %0,5 ve %0,25 dizel yağı eklendi ve çeşitli karbon kaynaklarıyla zenginleştirilen ortamlardan 50 ml ilave edilerek gerçekleştirildi. Erlenler, 21 gün boyunca 200 rpm’de döner çalkalayıcıda 30°C’de inkübe edildi. Analitik analizler; Gaz Kromatografısi ve gravimetrik analiz ile yapıldı. Seçilen izolatların gram reaksiyonları, katalaz, oksidaz ve KOH testleri, lipaz ve proteaz aktiviteleri tarandı. Başarılı izolatları belirlemek için genomik DNA izolasyonları ve moleküler analizler yapıldı.
BULGULAR: CT1 konsorsiyumu başarılı parçalayıcı aktivite göstermiştir. GC ve gravimetrik analizleri sonucunda CT1 konsorsiyumu dizel yağını 21 günde %93 oranında bozundurmuştur. Bu konsorsiyumun üyeleri Citrobacter sp., Pseudomonas japonica ve Bacillus sp. olarak belirlenmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma ile CT1 konsorsiyumundaki bakteriler ile dizel yağının neredeyse tamamını bozundurmuştur. Bu şekilde izole edilen bakteriler; kirlenmiş toprakların çevre dostu bir şekilde iyileştirilmesi için umut verici bir çözüm olarak hizmet edebilirler. Dizel yağı biyoparçalanması, fosil yakıtlara olan bağımlılığı azaltmak ve çevresel etkileri azaltmak için önemli bir adım olabilir. Bu nedenle, bu alanda yapılan ilerici çalışmalar, sürdürülebilir enerji kaynaklarının geliştirilmesine katkı sağlayabilir. Biyoteknolojik yöntemler kullanarak mikroorganizmaların dizel yağı parçalama yeteneklerini artıralabilir.

INTRODUCTION: Diesel oil can be considered as an environmental pollutant used in motor vehicles, causing environmental problems. The microbial consortium can play an important role in the degradation of petroleum hydrocarbons. The screening of new microbial decomposers on specific hydrocarbons provides new perspectives for the removal of hydrocarbons with various hazards to the environment. This study aimed to determine the effects of microbial consortium on the degradation of diesel oil.
METHODS: Crude oil samples were collected from the petrochemical industry to establish the active microbial consortium. In order to perform wide screening, n-tridecane, n-tetradecane, n-hexadecane, sunflower oil, and olive oil were used in the culture media. Then, the degradation test was carried out by adding 0.5% and 0.25% of diesel oil and adding 50 ml of media enriched with various carbon sources. The bottles were incubated at 30°C on a rotary shaker at 200 rpm for 21 days. Gas Chromatography and gravimetric analysis did analytical analyzes. Gram reactions of selected isolates were screened in catalase, oxidase, KOH tests, lipase and protease activities. Genomic DNA isolations and molecular biological analyzes were performed to identify successful isolates.
RESULTS: The CT1 consortium showed successful disintegrating activity. As a result of GC and gravimetric analysis, the CT1 consortium degraded 93% of diesel oil in 21 days. Members of this consortium are Citrobacter sp., Pseudomonas japonica, and Bacillus sp. have been determined.
DISCUSSION AND CONCLUSION: CT1 consortium degraded 93% of the diesel oil. Diesel oil biodegradation could be an important step towards reducing dependence on fossil fuels and reducing environmental impacts.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Grup B streptokok olan Streptococcus agalactiae, genellikle ürogenital ve gastrointestinal kanallarda kolonize olur. Yenidoğan menenjitinin başlıca etken ajanlarından biridir. Bununla birlikte, yetişkinler arasında S. agalactiae kaynaklı invaziv enfeksiyonlar giderek artan sıklıkta görülmekte ve pediatrik popülasyona kıyasla daha yüksek mortalite ile seyretmektedir. Streptococcus agalactiae enfeksiyonları, hamilelik sırasındaki yetişkinlerde, yeni doğum yapmış kadınlarda ve devam eden sağlık sorunları olan bağışıklık sistemi baskılanmış yetişkinlerde daha sık görülür. Çalışmamızda diabetes mellitus ve kronik böbrek yetmezliği tanısı olan yetişkin bir hastada, S. agalactiae’nın etken olduğu travma kaynaklı yumuşak doku enfeksiyonu sonrası gelişen bir bakteriyemi olgusu sunuldu. Çalışmamızın amacı kronik hastalığı olan immünsüprese yetişkin hastalarda sıklığı artan S. agalactiae’nın etken olduğu invaziv enfeksiyonlara dikkat çekmek ve farkındalık oluşturmaktır.

Streptococcus agalactiae, a group B streptococcus, frequently colonizes the urogenital and gastrointestinal tract and is known to be one of the main etiologic agents of neonatal meningitis. Invasive infections caused by S. agalactiae are increase among adults with a higher mortality rate compared to the pediatric population. Streptococcus agalactiae infections are more common in adults during pregnancy, in women who have just given birth, and in immunocompromised adults with ongoing health problems. We report a case of bacteremia following trauma-induced soft tissue infection caused by S. agalactiae in an adult patient with diabetes mellitus and chronic renal failure. The aim of our study is to draw attention about invasive infections caused by S. agalactiae, which are increasing in frequency in immunosuppressed adult patients.

Makale Özeti | Tam Metin PDF