Atık Su Bazlı Epidemiyoloji (ABE) toplum sağlığı ile ilgili birçok veri içeren önemli bilgi havuzu niteliği taşıyan başarılı bir çevresel sürveyans aracıdır. Dünya, SARS-CoV-2’nin benzeri görülmemiş küresel yayılımı, insan sağlığı ve ekosistem servisleri üzerinde olumsuz sonuçlarının üstesinden gelmeye çalışmaktadır. Bu derlemede, atık suda SARS-CoV-2’nin saptanmasında karşılaşılan zorluklar, virüs konsantrasyonu ve ölçümü için kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması sunulmuştur.
SARS-CoV-2 için uyarlanmış bir ABE çerçevesi erken uyarı sistemi için önemli bir adımdır. Virüs yayılımını atık su sürveyansı ile takip etmek klinik test sınırlamalarını azaltacaktır. Belirti göstermeyen olgularda virüsün uzun süreli inkübasyon süresine sahip olması, bulaşmaya devam etmesi virüs kontrolünün etkin yönetimi için hesaba katılmalıdır.
Optimize edilmiş tanı protokollerinin kullanılması, dezenfeksiyon stratejilerinin geliştirilmesi, atık suyun yeniden kullanımıyla ilişkili muhtemel sorunların bilimsel kanıtlarının artması, gelecekteki viral hastalık salgınlarının tespitini ve kontrol altına alınmasını iyileştirecektir.

Wastewater Based Epidemiology (WBE) is a successful environmental surveillance tool, which serves as a valuable information pool containing enormous data on public health. Efforts are being made globally to overcome the unprecedented worldwide spread of SARS-CoV-2 and its negative consequences on human health and the ecosystem. In this review, we present the difficulties encountered in detecting SARS-CoV-2 in wastewater and the comparison of methods used for virus concentration and measurement.
A WBE framework adapted for SARS-CoV-2 is a key step towards the development of an early warning system. Monitoring virus spread through wastewater surveillance will reduce limitations of clinical tests. For effective management of virus control in asymptomatic cases, it should be considered that the virus has a long incubation period and continues to be transmitted during that period.
Using optimized diagnostic protocols, developing disinfection strategies, and obtaining further scientific evidence on potential problems associated with waste water reuse will help improve the detection and control of future viral disease outbreaks.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Candida vajiniti (CV) ihmal edilen, ancak her geçen gün daha da büyüyen önemli bir halk sağlığı sorunudur. Her dört kadından üçünün en az bir kez CV atağı geçirdiği düşünülmektedir. Kadınların vajina veya vulva yakınmaları olduğunda kendi kendine tanı koyma ve reçetesiz ilaç kullanma eğilimi ve klinisyenlerin yalnızca klinik bulgulara göre tedavi planlaması nedeni ile CV’nin tanısı ve tedavisi çoğu zaman yetersiz kalmaktadır. Günümüzde CV tedavisi için öncelikli tercih edilen oral azollerin güvenlik ve etkinliklerine ilişkin sınırlamalar söz konusu olup bu ilaçların klinik veya mikolojik iyileşmeye etkileri istenilen düzeye ulaşamamıştır. Ayrıca, tedavide kullanılan var olan ilaçlara ilişkin seçenekler çok çeşitli değildir ve bu sebeple acil olarak yeni antifungal ilaçların geliştirilmesine gereksinim duyulmaktadır. Enfumafungin kökenli yarı-sentetik triterpenoid glukan sentaz inhibitörü olan ibreksafungerp (IBX), akut CV’nin tedavisinde umut verici oral antifungal olarak gösterilmiş ve kullanımı 1 Haziran 2021’de onaylanmıştır. IBX, oral biyoyararlanımının yüksek olması, düşük yan etki riski, ilaç-ilaç etkileşiminin az olması, iyi doku penetrasyonu, vajinada düşük pH değerlerinde aktivite artışı ve çoklu ilaca dirençli mantarlara etkisi ile dikkat çekmektedir. Sunulan bu derlemede, IBX’e ilişkin in vitro ve in vivo veriler güncel bilgiler ışığında değerlendirildi ve sunuldu.

Candida vaginitis (CV) is a neglected but growing public health problem. It is estimated that three out of four women have had at least one CV attack. The diagnosis and treatment of CV is often inadequate due to the tendency of women to self-diagnose and use over-the-counter drugs when they have vaginal or vulvar complaints, and clinicians plan treatment only according to clinical findings. There are limitations regarding the safety and efficacy of oral azoles, which are primarily preferred for the treatment of vaginitis, and these drugs have not revealed the desired levels of clinical or mycological cure. Also, there are a few options for current drugs used for treatment are not numerous the development of new antifungal drugs is thus urgently needed. Ibrexafungerp (IBX) is a semisynthetic triterpenoid glucan synthase inhibitor derived from enfumafungin. IBX has been shown to be a promising oral antifungal in the treatment of acute CV, and its use was approved on June 1, 2021. IBX is remarkable by it’s high oral bioavailability, low risk of side effects, few drug-drug interactions, good tissue penetration, increased activity at low pH in the vagina, and efficacy with regard to multi-drug-resistant fungi. In this review, in vitro and in vivo data on IBX were evaluated and compiled in light of current knowledge.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Stenotrophomonas maltophilia son yıllarda sıklıkla hastane enfeksiyonlarına neden olan fırsatçı bir patojendir. Genel olarak solunum yolu örneklerinden, kandan, idrardan ve drenaj materyallerinden izole edilmektedir. Çoğul antibiyotik direnci nedeniyle bu enfeksiyonların tedavisinde kısıtlı sayıda antibiyotik kullanılmaktadır. Bu çalışmada, izole edilen S. maltophilia suşlarındaki antibiyotik direnç durumunun ve risk faktörlerinin araştırılması amaçlanmıştır.
Yöntem: Çalışmada, Ocak 2018-Haziran 2020 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen S. maltophilia suşlarının dağılımı ve antibiyotik duyarlılıkları incelenmiştir. Suşların identifikasyon ve antibiyotik duyarlılığı, konvansiyonel yöntemler ve VITEK2 otomatize sistemi ile çalışılmıştır. Enfeksiyon için risk faktörlerinin değerlendirilmesinde, hastalara ait demografik ve klinik bilgiler hastane bilgi sisteminden taranmıştır.
Bulgular: İzole edilen 300 suşun %46’sı yoğun bakım ünitelerinden, %35.3’ü diğer kliniklerde yatan hastalardan, %18.7’si ise poliklinik hastalarından izole edilmiştir. S. maltophilia üremesi olan 300 hastadan 64’ünün (%21.3) immünsuprese olduğu görülmüştür. Antibiyotik duyarlılıklarına bakıldığında, trimetoprim-sülfametoksazole %1.3, levofloksasine %0.7 oranında direnç gözlenmiştir.
Sonuç: Bu çalışmada literatür verilerinden genel olarak daha düşük direnç oranları saptanmıştır. Yoğun bakım ünitesinde yatış ve immünsupresyonun S. maltophilia enfeksiyonları için önemli risk faktörleri olduğu sonucuna varılmıştır.

Objective: Stenotrophomonas maltophilia is an opportunistic pathogen that frequently causes nosocomial infections in recent years. It is generally isolated from respiratory tract samples, blood, urine and drainage materials. Due to multiple antibiotic resistance, a limited number of antibiotics are used in the treatment of these infections. The aim of this study is to investigate the antibiotic resistance status and risk factors in isolated S. maltophilia strains.
Method: Diversity and antibiotic susceptibility levels of S. maltophilia strains isolated from various clinical samples between January 2018 and June 2020 were examined using conventional methods and VITEK2 automated system. Demographic and diagnostic data of the patients were retrieved from the hospital’s data base to identify the risk factors of infection.
Results: Of the 300 strains examined, 46% were isolated from intensive care units, 35.3% from patients hospitalized in other clinics, and 18.7% from outpatient clinic patients. It was observed that 64 (21.3%) of 300 patients were immunosuppressed. Trimethoprim-sulfamethoxazole resistance was 1.3% and levofloxacin resistance was 0.7%.
Conclusion: Resistance rates were found to be lower than the literature data in the study. It was concluded that hospitalization in the intensive care unit and immunosuppression are important risk factors for S. maltophilia infections.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Antibiyotik direnci insan-hayvan ve çevre ekosistemlerinin ortak en önemli sorunlarından biridir. Antibiyotik direncinin yönetiminde entegre sürveyans sistemlerinin oluşturulması ve direncin izlenmesi önemlidir. Farklı disiplinlerden elde edilecek antibiyotik direnç verilerinin standardizasyonu veri kalitesini arttırmada kilit noktadır. Bu amaçla, ülkemizde insan hayvan ve çevre sektörlerinden elde edilecek direnç verilerini standardize etmek için farklı disiplinlerden profesyonellere ortak bir antibiyotik duyarlılık testi eğitim programı hazırlanmış ve uygulanmıştır.
Yöntem: Beş günlük bir eğitim programına 3 dönem hâlinde toplam 48 kişi katılmıştır. Her bir dönemde farklı meslek gruplarından 4 kişilik 4 küçük grup oluşturulmuştur. Katılımcılara antibiyotik duyarlılık testlerinde kalite kontrol, fenotipik testler, genotipik testler ile direnç verilerinin kullanımı ile ilgili eğitim verilmiştir. Katılımcılar tüm testleri kendilerine verilen izolatlar ile çalışmışlardır. Katılımcılara ön test ve son test uygulanmıştır. Her küçük grup eğitim programının sonunda tek sağlık yaklaşımında antibiyotik direncine yönelik proje hazırlayıp sunmuşlardır.
Bulgular: Eğitime tıp, veteriner, eczacılık, gıda ve çevre alanlarında antibiyotik duyarlılık testi çalışan lisans üstü toplam 48 kişi katılmıştır. Ön test ve son testte ortalama doğru yanıt verme sayısı Nisan döneminde 4.8’den 10.5’e, Haziran grubunda 4’ten 9’a, Eylül döneminde ise 3.4’ten 8.5’e çıkmıştır. Kendilerine verilen izolatlarda fenotipik ve genotipik testleri eğitmenlerin gözetiminde çalışmışlardır. Katılımcılardan alınan geri bildirimlerden, eğitimin farklı meslek grupları ile bir arada olmasının direnç sorununa daha geniş bir perspektiften bakabilme fırsatı buldukları saptanmıştır.
Sonuç: Ülkemizde bu eğitim programının yaygınlaştırılması planlanmaktadır. Ayrıca, tüm dünyada benzer eğitimlerin hazırlanıp uygulanmasının direnç verisinin standardizayonuna bir bakış açısı kazandıracağı kanısındayız. Bu eğitimlerin lisans ve lisans üstü düzeylerde yaygınlaştırılmasının Tek sağlık yaklaşımının da yaygınlaşmasına olanak sağlayacağını düşünüyoruz.

Objective: Antibiotic resistance is one of the most significant problems of human-animal and environmental ecosystems. It is crucial to establish integrated surveillance systems and monitor resistance for the management of antibiotic resistance. Standardization of antibiotic resistance data obtained from various disciplines is the critical point in enhancing the data quality. To realize this objective, a common antibiotic susceptibility testing training program was prepared and performed for professionals from various disciplines to standardize the resistance data to be obtained from the human, animal, and environmental sectors in our country.
Method: A total of 48 individuals participated in a five-day training program in three terms. In each period, four small groups, each consisting of four people from a group of different professions, were generated. Participants were trained on quality control, phenotypic tests, genotypic tests, and the use of resistance data in antibiotic susceptibility testing. Pre-test and post-tests were applied to the participants.
Results: Individuals with a postgraduate degree who studied antibiotic susceptibility testing in the fields of medicine, veterinary medicine, pharmacy, food, and environment participated in the training. The average number of correct answers in the pre-test and post-test increased from 4.8 to 10.5 in April, from 4 to 9 in June and from 3.4 to 8.5 in September. They studied phenotypic and genotypic tests in the supplied isolates under the supervision of the educators.
Conclusion: We presume that dissemination of the training at graduate and postgraduate levels will also enable the One-Health approach to become widespread. In addition, worldwide application of similar trainings will help standardization of resistance data, as well as one health approach.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Enterobacterales takımı içerisindeki bakteriler, insanlarda çok çeşitli hastalıklar oluşturabilmektedirler. Bu çalışmanın amacı, Hacettepe Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı’na gönderilen kan kültürlerinden izole edilen Enterobacterales takımı içerisindeki bakterilerin cins/tür dağılımının incelenmesi ve antimikrobiyal duyarlılıklarının araştırılmasıdır.
Yöntem: Temmuz 2014 ile Nisan 2018 tarihleri arasında kan kültürlerinde üreyen Enterobacterales takımı üyeleri, çalışmaya dâhil edilmiştir. Bakterilerin tanımlanması için MALDI-TOF MS yöntemi kullanılmıştır. İzolatların antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının saptanması amacıyla otomatize sistem (2014 ile 2018 yılları arasındaki izolatlar için VITEK 2 Compact, 2018 yılı izolatları için BD Phoenix) ve disk difüzyon testi kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılık sonuçları EUCAST rehberindeki sınır değerlere göre değerlendirilmiştir.
Bulgular: Kan kültürlerinden toplam 1.765 adet Enterobacterales üyesi bakteri izole edilmiştir. Sırasıyla en sık Escherichia coli (%47.6), Klebsiella (%34.1), Enterobacter (%6), Proteus (%4.4) ve Serratia spp. (%3.5) izole edilmiştir. Salmonella, Citrobacter, M. morganii, Pantoea, Raoultella ve Providencia spp. kandan izole edilen diğer Enterobacterales üyeleri olmuştur. E. coli, Klebsiella ve Enterobacter spp. izolatlarında en düşük direnç oranının görüldüğü antibiyotikler meropenem ve amikasin olmuştur. Bununla birlikte, Klebsiella izolatlarında %21.1 oranında meropenem direnci gözlenmiştir. Proteus izolatlarına karşı en etkili antibiyotikler meropenem ve piperasilin-tazobaktam olmuş, bu antibiyotiklere karşı direnç gözlenmemiştir. Serratia izolatlarında en düşük direnç oranının görüldüğü antibiyotik trimetoprim-sülfametoksazol (%0) olmuştur. Salmonella izolatlarında %26.1 oranında siprofloksasin direnci saptanırken; trimetoprim-sülfametoksazol ile ampisiline karşı direnç saptanmamıştır. Citrobacter izolatlarında meropenem, amikasin ve sefepime karşı direnç saptanmamıştır.
Sonuç: Çalışmamızın sonuçlarının, Enterobacterales kaynaklı bakteriyemilerin tedavisinde uygulanacak antibiyotiklerin seçiminde yol gösterici olabileceği; ayrıca bakteriyemi etkeni Enterobacterales üyelerinin dağılımı konusundaki epidemiyolojik bilgi gereksinimini karşılayabileceği düşünülmektedir.

Objective: Members of Enterobacterales can cause various diseases in humans. The objective of this study was to determine the genus/species distribution and antimicrobial susceptibilities of Enterobacterales isolated from blood cultures in Central Laboratory of Hacettepe University Hospital.
Method: Enterobacterales isolated from blood between July-2014 and April-2018 were included in the study. MALDI-TOF MS was used for the identification of isolates. Antimicrobial susceptibilities were determined with automated system (VITEK 2 Compact for the isolates between 2014 and 2018; BD Phoenix for the isolates in 2018) and disk diffusion method. Results of antimicrobial susceptibility testing were interpreted according to EUCAST breakpoints.
Results: In total, 1765 isolates belonging to the order Enterobacterales were isolated from blood cultures. The most common microorganisms were Escherichia coli (47.6%), Klebsiella (34.1%), Enterobacter (6%), Proteus (4.4%) and Serratia spp. (3.5%), respectively. The remaining isolates included Salmonella, Citrobacter, M. morganii, Pantoea, Raoultella and Providencia spp. The lowest resistance rates among E. coli, Klebsiella and Enterobacter spp. isolates were observed against meropenem and amikacin. However, 21.1% of Klebsiella isolates were resistant to meropenem. The most active antimicrobials against Proteus isolates were piperacillin-tazobactam and meropenem. Resistance was not observed against piperacillin-tazobactam and meropenem among Proteus isolates. The most active antimicrobial against Serratia isolates was trimethoprim/sulfamethoxazole with a resistance rate of 0%. Resistance was not noted against ampicillin and trimethoprim/sulfamethoxazole among Salmonella isolates, whereas 26.1% of isolates were resistant to ciprofloxacin. All Citrobacter isolates were susceptible to meropenem, amikacin and cefepime.
Conclusion: Findings of our study may guide the selection of proper antimicrobials for the treatment of bacteremia caused by Enterobacterales. Furthermore, this study provides important epidemiological information regarding the distribution of members of Enterobacterales causing bacteremia.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Özellikle immun sistemi baskılanmış hastalar ve çocuklarda şiddetli gastrointestinal sistem yakınmalarına yol açabilen Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis’in tanısı için yerli hastalardan elde edilen izolatlarla yeni bir Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) protokolünün geliştirilmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Mikroskobik incelemesinde yoğun miktarlarda Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. ve Giardia intestinalis saptanan farklı hastalara ait üç dışkı örneğinden ticari bir kit ile DNA izolasyonu yapılmıştır. Önce her bir protozoona karşı özel PZR protokolü geliştirilmiştir. Sonrasında bu üç protozoonun birlikte tanı konabildiği multipleks PZR protokolü optimize edilmiştir.
Bulgular: DNA izolasyonu sonrası gerçekleştirilen multipleks PZR protokolünde Cryptosporidium sp., Blastocystis sp. ve G. intestinalis için sırasıyla 95 bp, 227 bp ve 258 bp’lik bantlar elde edilmiştir.
Sonuç: Geliştirilen özgün protokolle Cryptosporidium sp., Blastocystis sp. ve G. intestinalis’in multipleks PZR ile tanısı gerçekleştirilmiştir. Parazitolojik incelemelerde farklı yöntemlerin kullanılmasındaki zorluklar nedeniyle, optimize edilen bu protokole halk sağlığı için önemli olan diğer protozoonların da eklenmesiyle, çok sayıda parazitin tek bir moleküler yöntemle saptanması mümkün hale gelebilecektir.

Objective: It was aimed to develop a new Multiplex Polymerase Chain Reaction (PCR) protocol with isolates obtained from local patients for the diagnosis of Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. and Giardia intestinalis, which can cause severe gastrointestinal system complaints especially in immunocompromised patients and children.
Method: DNA isolation was performed with a commercial kit from three stool samples of different patients whose microscopic examination showed dense amounts of Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. and Giardia intestinalis. First, a special PCR protocol has been developed for each protozoon. Then, the multiplex PCR protocol, in which these three protozoa can be diagnosed together, was optimized.
Results: In the multiplex PCR protocol performed after DNA isolation, bands of 95 bp., 227 bp. and 258 bp. were obtained for Cryptosporidium sp., Blastocystis sp. and G. intestinalis, respectively.
Conclusion: Blastocystis sp., Cryptosporidium sp. and Giardia intestinalis were diagnosed by multiplex PCR with the original protocol developed. Due to the difficulties in using different methods in parasitological examination, by adding other protozoa important for public health to this optimized protocol, it will be possible to detect a large number of parasites with a single molecular method.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Bu çalışmada, Isparta ili sınırları içerisinde yer alan içme, tarımsal sulama ve reaksiyonel amaçlı kullanılan Eğirdir Gölü’nde Cryptosporidium spp. ve Giardia spp. parazitlerinin varlığı saptanarak mevsimsel açıdan değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Yöntem: Araştırma, Temmuz 2016 - Ocak 2017 tarihleri arasında yapılmıştır ve Eğirdir Gölü’ndeki 5 farklı istasyondan 3 farklı mevsimde su örnekleri alınmıştır. Örnekler direkt bakı (Native-Lugol) ile incelendikten sonra Modifiye Asit Fast (MAF) ile boyanmıştır. Preparatlar ışık mikroskobunda parazitolojik açıdan değerlendirilmiştir.
Bulgular: Çalışmada mevsimsel açıdan incelenen 15 su örneğinde yaz aylarında Cryptosporidium spp. ve Giardia spp. varlığı saptanmıştır. Eğirdir Gölü’nde mevsimsel olarak en fazla yaz aylarında ortalama % 99.2 yoğunluk ile Cryptosporidium spp., daha sonra %93.3 yoğunluk ile de Giardia spp. varlığı tespit edilmiştir. Ayrıca, çalışmada sonbahar ve kış aylarında da parazitler yine yoğun bir şekilde tespit edilmiştir.
Sonuç: Eğirdir Gölü’nün günlük ihtiyaçlarda kullanılması, göl etrafında tarımın yaygın olarak yapılması ve göl etrafındaki bazı bölgelerin otlak alanı olarak kullanılması tespit edilen protozoonların fazla görülmesine sebep olmaktadır. Sonuç olarak çalışmanın yapıldığı Eğirdir Gölü’nde özellikle yüzme turizminin yapıldığı dönemlerde parazitolojik çalışmalar yapılarak, bu bölgedeki insanlarda ve hayvanlardaki protozoon epidemiyolojisinin belirlenmesine yönelik araştırmaların yapılması gerekmektedir. Ayrıca, Eğirdir Gölü’nün içme suyu olarak kullanıldığı bölgelerde halk sağlığı açısından yeterli dezenfeksiyon işlemlerinin yapılması ve gerekli kontrol programlarının planlanması önem arzetmektedir.

Objective: The aim of this study was to assess both the presence and seasonal variability of Cryptosporidium spp. and Giardia spp. in Eğirdir Lake within the borders of Isparta province, which is used for drinking, agricultural irrigation and recreational purposes.
Method: The research was carried out between July 2016 and January 2017 and water samples were taken from five different stations in three different seasons in Lake Eğirdir. After direct microscopic examination of the samples (Native-Lugol method), they were stained with Modified Acid Fast (MAF), and examined under the light microscope for parasites.
Results: Cryptosporidium spp and Giardia spp were detected in 15 water samples in summer months, with an average density of 99.2% and 93.3% respectively, in Lake Eğirdir. In addition, both parasites were also detected intensively in autumn and winter
Conclusion: The use of Lake Eğirdir for daily needs of people, agriculture andrecreational purposes cause increase in protozoal density. Thus, it is necessary to conduct parasitological studies on Lake Eğirdir, especially during the periods of swimming tourism, to determine the protozoal epidemiology in humans and animals. In addition, it is important to carry out adequate disinfection processes and plan the necessary control programs in terms of public health in the regions where Lake Eğirdir is used as drinking water.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Sepsis olgularında yanlış antimikrobiyal tedavi alan veya tedavi almayan olgularda ölüm oranları kaybedilen her saat başına artış göstermektedir. Bu çalışmada, etkenin konvansiyonel kültür yöntemine oranla daha hızlı tanımlanabilmesi amacıyla konvansiyonel kan kültürü/MALDI TOF yöntemi ile lizis filtrasyon sonrası MALDI TOF MS (LFM) ve mikroarray yönteminin karşılaştırılması amaçlanmıştır.
Yöntem: Kasım 2015-Şubat 2016 tarihleri arasında Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi Hastanesi, Erişkin Yoğun Bakım ünitelerinde izlenen hastalardan alınan kan kültürü örneklerindeki 39 Gram negatif etkene mikroarray ve LFM işlemi uygulanıp, ardından MALDI TOF sistemi ile çalışıldı. Bakteri kolonisinden yapılan MALDI TOF tür düzeyinde tanımlama ile lizis filtrasyon sonrası uygulanan MALDI TOF ve mikroarray test yöntemlerinin sonuçları karşılaştırıldı.
Bulgular: Kan kültürü cihazındaki pozitif sinyal süreleri en kısa yedi saat 55 dakika, en uzun 31 saat 22 dakika, ortalama pozitiflik süresi 12 saat 55 dakika olarak belirlendi. Kültür sonrası MALDI TOF identifikasyonu ile LFM identifikasyonun duyarlılığı %82 (32/39), mikroarray yönteminin ise duyarlılığı %87.1 olarak hesaplandı. Lizis filtrasyon sonrası uygulanan MALDI TOF ile mikroarray yöntemlerinin birbirleri ile benzerliği %79.4 (31/39), her üç yöntemin birlikte tutarlı sonuç verdiği örneklerin oranı ise %76.9 (30/39) olarak hesaplandı. En sık saptanan üç etken Klebsiella spp, Acinetobacter spp. ve Escherichia spp. kültür sonrası MALDI TOF ve LFM yöntemi ile uyumu Cohen’in kappa katsayısı sırası ile 0.715, 0.843, 0.938; mikroarray yöntemi ile uyumu 0.935, 0.753, 0.938 olarak hesaplandı ve her üç bakteri için de yüksek uyumluluk elde edildi.
Sonuç: Elde edilen verilere dayanılarak, hem lizis filtrasyon hem de mikroarray platformunun sepsis tanısını kısaltmaları açısından yararlı olduğu düşünülmüştür. Lizis filtrasyon yöntemi maliyet etkinlik açısından önde bulunmuştur.

Objective: Each hour of delay in antibiotics administration increases mortality in sepsis. The aim of this study was to decrease the bacteria identification time to initiate appropriate antibiotic treatment as early as possible.
Method: Tests were applied to 39 Gram negative bacteria isolated from blood cultures sent to our laboratory from intensive care units between November 2015- February 2016. The results of bacterial identification tested on both microarray and LFM methods were compared.
Results: In the comparison of MALDI-TOF MS after sub-culture, MALDI-TOF after lysis centrifugation and microarray methods, sensitivity was determined as 82% (32/39) in LFM and as 87.1% (34/39) in the microarray method. All three methods had a concordance of 76.9% (30/39). Most common species identified in this study were Acinetobacter spp., Klebsiella spp. and Escherichia spp., and their Cohen’s Kappa coefficients for LFM and post-subculture MALDI were calculated as 0.715, 0.843, and 0.938, respectively. In addition, their BC-GN microarray and post-subculture MALDI concordance rates calculated with Cohen’s Kappa were 0.935, 0.753 and 0.938, respectively. Both methods showed good correlations with the post-culture MALDI method.
Conclusion: Lysis centrifugation and microarray platforms decrease the identification time in blood culture processing successfully. Results of this study suggest that for the laboratories with MALDI-TOF mass spectrophotometer, the lysis filtration method is a fast and cost-effective method that may be suitable for routine procedures.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Son yıllarda Enterobacterales bakterileri arasında artan karbapenem direnci tedavi seçeneklerini oldukça kısıtlamaktadır. Bu direncin temel mekanizması karbapenemaz enzimlerinin üretimidir. Bu çalışmanın amacı; hastanemizde yatan hastalardan izole edilen karbapeneme dirençli Enterobacterales izolatlarının karbapenemaz gen çeşitliliğinin araştırılması ve KPC geni bulunan izolatların klonal ilişkilerinin değerlendirilmesidir.
Yöntem: Ocak 2019-Mart 2019 tarihleri arasında; idrar, kan, trakeal aspirat, yara ve balgam örneklerinden izole edilmiş olan ve karbapenem grubundaki antibiyotiklerden en az birine dirençli, 48 Enterobacterales izolatı çalışmaya dâhil edilmiştir. Enterobacterales izolatlarının; üçü Escherichia coli ve 45’i Klebsiella pneumoniae’dir. Bu izolatlarda; OXA-48, NDM, KPC, IMP ve VIM karbapenemaz gen varlığı özgül primerler kullanılarak polimeraz zincir tepkimesi yöntemi ile araştırılmıştır. KPC geni taşıyan K. pneumoniae izolatları arasındaki klonal ilişkinin belirlenmesi amacıyla PFGE yöntemi kullanılmıştır.
Bulgular: Çalışma bulgularına göre üç E. coli izolatının ikisi blaOXA-48, biri blaKPC pozitif olarak tanımlanmıştır. Kırk beş K. pneumoniae izolatının ise 30’u yalnızca blaOXA-48, ikisi yalnızca blaNDM pozitif olarak bulunmuştur. K. pneumoniae izolatının yedisinde hem OXA-48 hem de NDM genleri tanımlanırken, geriye kalan altı K. pneumoniae izolatında yalnızca KPC gen pozitifliği bulunmuştur. IMP ve VIM karbapenemaz genleri çalışma izolatlarının hiçbirinde saptanmamıştır. KPC geni taşıyan K. pneumoniae izolatları arasındaki klonal ilişkinin araştırılması amacıyla yapılan PFGE analizinde dört izolatın aynı pulsotipe (A), diğer iki izolatın ise farklı pulsotiplere (B-C) ait olduğu görülmüştür.
Sonuç: Bu çalışma, yapılan literatür taramasından elde edilen verilere göre KPC karbapenemaz geninin, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi’nden bildirildiği ilk çalışmadır.

Objective: In recent years, increasing carbapenem resistance of Enterobacterales bacteria limits treatment options, considerably. The main mechanism of this resistance is the production of carbapenemase enzymes. The aim of this study is to determine carbapenemase gene types in Enterobacterales isolates from our hospitalized patients and assess the clonal associations of the isolates with KPC gene.
Method: A total of 48 clinical Enterobacterales isolates resistant to at least one carbapeneme and received between January 2019 and March 2019 were included in the study. Sample types were consisted of urine, blood, tracheal aspirate, wound and sputum. Of these isolates, three were Escherichia coli while 45 were Klebsiella pneumoniae. Types of carbapenemases were investigated by polymerase chain reaction, using specific primers for VIM, IMP, NDM, KPC and OXA-48 genes. PFGE was performed to determine the clonal associations between blaKPC positive K. pnemoniae isolates.
Results: According to the results, blaOXA-48 (n=2) and blaKPC (n=1) were found to be present among E. coli isolates. Regarding 45 K. pneumoniae isolates; only blaOXA-48 and only blaNDM were present in 30 and two isolates, respectively. Seven K. pneumoniae isolates were found positive for both blaOXA-48 and blaNDM. Remaining K. pneumoniae isolates (n=6) harboured only blaKPC. None of the isolates were positive for blaIMP and blaVIM. PFGE analysis showed four isolates had the same pulsotype (A), while two had different pulsotypes (B-C).
Conclusion: To our knowledge, this is the first report of KPC gene isolated in Dokuz Eylul University Hospital.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Kümülatif antibiyotik duyarlılık raporları, ampirik tedavinin doğru seçilmesine ve antibiyotik direnciyle mücadele politikalarının geliştirilmesine rehberlik edebilir. Bu çalışmada, hastanemizde yatan hastalara ait klinik örneklerden izole edilen gram negatif ve gram pozitif etkenler için bir yıllık kümülatif antibiyotik duyarlılık raporunun hazırlanması amaçlanmıştır.
Yöntem: Bakterilerin tanımlaması ve antibiyotik duyarlılıkları otomatize VITEK 2 (bioMérieux, Fransa) sistemi ile test edilmiş ve antibiyogram sonuçları The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST, 2021) önerilerine göre değerlendirilmiştir. Kümülatif antibiyotik duyarlılık raporu, Analysis and Presentation of Cumulative Antimicrobial Susceptibility Test Data (CLSI 2014, M39-A4) rehberinde yer alan kriterlere göre hazırlanmıştır.
Bulgular: Bu çalışmaya 1.490 izolat dahil edilmiştir. Gram pozitif bakterilere en etkili antibiyotikler vankomisin, teikoplanin, linezolid ve tigesiklin olmuştur. Bu antibiyotiklere ek olarak tetrasiklin de Enterococcus spp. izolatlarında etkili bulunmuştur. Enterik bakterilerden Escherichia coli izolatlarında tigesiklin ve sefuroksim etkili iken, üriner enterik E. coli izolatlarında nitrofurantoin ve meropenemin ampirik tedavide kullanılabileceği tespit edilmiştir. Proteus mirabilis’e karşı en etkili antibiyotiklerin meropenem ve amikasin olduğu görülmüştür. Enterik ve üriner enterik bakteriler içerisinde Klebsiella pneumoniae izolatlarında ampirik tedavide tercih edilecek hiçbir antibiyotik seçeneğinin kalmadığı tespit edilmiştir. Acinetobacter baumannii izolatlarında en etkili antibiyotiğin tigesiklin, Pseudomonas aeruginosa izolatlarında ise en etkili antibiyotiğin tobramisin olduğu belirlenmiştir.
Sonuç: Gram negatif ve gram pozitif bakteriler için ampirik tedavi seçenekleri oldukça sınırlıdır ve kümülatif antibiyotik raporlarının yakından izlenmesinin antibiyotik direnç oranlarını iyileştirip azaltacağına inanıyoruz.

Objective: Broad-spectrum antibiotics used in empirical treatment lead to an increase in multidrug-resistant bacteria in intensive care units and hospital wards. Cumulative antibiotic susceptibility reports can guide the correct selection of empirical therapy and development of antibiotic resistance policies. In this study, we aimed to prepare a one-year inpatient cumulative antibiotic susceptibility report for our hospital.
Method: Identification of bacteria and antibiotic susceptibility tests were performed with the automated VITEK 2 (bioMérieux, France) system and antibiogram results were evaluated according to the recommendations of The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST, 2021). The cumulative antibiotic susceptibility report has been prepared according to the criteria in the Analysis and Presentation of Cumulative Antimicrobial Susceptibility Test Data (CLSI 2014, M39-A4).
Results: In this study, 1490 isolates were analysed. Vancomycin, teicoplanin, linezolid, and tigecycline were effective against gram positive agents. While tigecycline and cefuroxime were effective against enteric Escherichia coli isolates, nitrofurantoin and meropenem can be used in empirical treatment in urinary enterics. It has been observed that the most effective antibiotics against Proteus mirabilis were meropenem and amikacin. It was found that among the enteric and urinary enteric bacteria, there was no antibiotic option to be preferred in empirical treatment against Klebsiella pneumoniae isolates. Tigecycline was the most effective antibiotic against Acinetobacter baumannii isolates, whereas tobramycin was the most effective antibiotic against Pseudomonas aeruginosa isolates.
Conclusion: Empirical treatment options for gram-negative and gram-positive bacteria are limited, and we believe that close monitoring of cumulative antibiotic reports will improve and reduce antibiotic resistance rates.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Anti-nükleer antikorların (ANA) varlığı sistemik bağ dokusu hastalıklarının önemli göstergelerindendir. Anti-DFS70 otoantikorunun sağlıklı bireylerde de görüldüğü bilinmektedir ve hastalıklarla ilişkisi henüz belirlenememiştir. Çalışmamızda İndirekt İmmün Floresan –ANA (IIF-ANA) ve İmmünoblot yöntemi ile anti-DFS70 antikor pozitifliği tespit edilmiş hastaların klinik şikayet, tanıları ve inflamasyon parametreleri [C-reaktif protein (CRP), Eritrosit Sedimentasyon Hızı (ESR) ve Romatoid Faktör (RF)] ile arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlandı.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya, 4-90 yaş aralığında 412 (91,5%) kadın, 38 (8,5%) erkek, 450 hasta dahil edildi. Hastaların klinik tanıları ve inflamasyon parametreleri retrospektif olarak değerlendirildi.
BULGULAR: Şikayetler, ağrı (126/136) ve döküntü, nefes darlığı, kaşıntı (10/136) idi. Ağrı şikayeti olan hastaların 81’inde (%64.3) inflamasyon tespit edilmezken, 45’inde (35.7%) saptandı ve istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p=0,001). İnflamasyon, B.D.S.T’li hastaların 106’sında (%67.9) negatif, 50’sinde (%32.1) pozitif (p<0,001), ürtikerli hastaların 19’unda (% 95) negatif, 1’inde (%5) pozitif bulundu (p<0,001). Kesin tanı alan 60 hastanın 10’unun B.D.S.T, 10’unun ürtiker, 40’ının ise farklı tanılar aldığı saptandı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda DFS70 pozitifliğinin kadınlarda daha yüksek olduğu ve bu paternin pek çok hastalığa eşlik edebileceği sonucuna varıldı. Çalışmamız ağrı yakınmasının sebebinin inflamasyon parametreleri de elendiğinde DFS70 antikoru olabileceğini ve ürtiker ile DFS70 otoantikorları arasında bir ilişki olabileceğini de düşündürmektedir.

INTRODUCTION: The presence of anti-nuclear antibodies (ANA) is one of the important indicators of systemic connective tissue diseases. Anti-DFS70 autoantibody is also known to be found in healthy individuals and has not yet been identified as related to diseases. Our study was aimed at investigating the relationship between clinical complaints, diagnoses and inflammation parameters [C-reactive protein (CRP), erythrocyte sedimentation rate (ESR) and rheumatoid factor (RF)] of patients with anti-DFS70 antibody positivity detected by Indirect Immune Fluorescent-ANA (IIF-ANA) and Immunoblot method.
METHODS: A total of 450 patients, 412 (91.5%) women and 38 (8.5%) men, between the ages of 4-90, were included in the study.The clinical diagnoses and inflammation parameters of the patients were evaluated retrospectively.

RESULTS: Complaints were pain (126/136) and rash, dyspnea, pruritus (10/136). While inflammation was not detected in 81 (64.3%) of the patients with pain complaints, it was found in 45 (35.7%) and was found to be statistically significant (p=0.001). Inflammation was found to be negative in 106 (67.9%) patients with BDST, positive in 50 (32.1%) patients (p<0.001), negative in 19 (95%) and positive in 1 (5%) patients with urticaria ( p<0.001). 10 of the 60 patients with a definite diagnosis had B.D.S.T, 10 had urticaria, and 40 had different diagnoses.

DISCUSSION AND CONCLUSION: In our study, it was concluded that DFS70 positivity was higher in women and this pattern may accompany many diseases. Our study suggests that the cause of pain may be DFS70 antibody when inflammation parameters are also eliminated, and that there may be a relationship between urticaria and DFS70 autoantibodies.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Candida parapsilosis tür kompleksi ve Lodderomyces elongisporus izolatları virülans, prevalans ve antifungal duyarlılık profilleri yönünden farklılıklara sahip olabilmektedir. Bu türlerin biyokimyasal yöntemlerle tanısı zordur. Bu nedenle, uygulanabilirlik, zaman ve maliyet açısından daha verimli yöntemlere gereksinim duyulmaktadır. Bu çalışmanın amacı, C. parapsilosis tür kompleksine ve L. elongisporus’a ait izolatların ayırımında MALDI-TOF MS yönteminin tanı performansını değerlendirmektir.
Yöntem: Sunulan çalışmada, C. parapsilosis (n=8), Candida orthopsilosis (n=7), Candida metapsilosis (n=6) ve L. elongisporus (n=11) türlerini içeren toplam 32 referans izolat MALDI-TOF MS yöntemi ile identifiye edildi.
Bulgular: Candida parapsilosis tür kompleksine ve L. elongisporus’a ait 31 (%93.7) izolatın tür ismi doğru şekilde tanımlandı. Sekiz (%100) C. parapsilosis, 5 (%83) C. metapsilosis, 5 (%71) C. orthopsilosis ve 6 (%54) L. elongisporus izolatını içeren toplam 24 (%75) izolatın tür ismi 1.7–2.14 arasında değişen skor değerleri ile identifiye edildi. Güvenli tanımlama için ≥1.7 skoru referans alındığında, MALDI-TOF MS yönteminin duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla %54.5–100 ve %96.3–100 olarak belirlendi.
Sonuç: Candida parapsilosis tür kompleksi ve L. elongisporus gibi biyokimyasal yöntemlerle ayrımı güç olan türlerin hızlı moleküler fenotipik tanısında MALDI-TOF MS’in etkili bir yöntem olduğu gösterilmesine karşılık, daha güvenli skor aralıklarında tür düzeyinde tanımlama için yöntemin optimizasyonu ve daha geniş MS kütüphanesi gereksinimi olduğu açıktır.

Objective: Candida parapsilosis species complex and Lodderomyces elongisporus may have differences in terms of their virulence, prevalence, and antifungal susceptibility profiles. These species are difficult to identify with biochemical methods. Therefore, there is a need for more efficient identification methods in terms of time, cost, and applicability. This study aims to evaluate the diagnostic performance of the MALDI-TOF MS method in discriminating between isolates belonging to the C. parapsilosis species complex and L. elongisporus.
Method: In the current study, a total of 32 reference strains, including the C. parapsilosis (n=8), Candida orthopsilosis (n=7), Candida metapsilosis (n=6), and L. elongisporus (n=11) species were identified using the MALDI-TOF MS method.
Results: The species names of 31 (93.7%) isolates belonging to the C. parapsilosis species complex and L.elongisporus were correctly identified. Twenty four isolates including eight (100%) C. parapsilosis, five (83%) C. metapsilosis, five (71%) C. orthopsilosis, and six (54%) L. elongisporus isolates were identified with score values ranging from 1.7 to 2.14. According to the secure identification reference score of ≥ 1.7, the sensitivity and specificity of the MALDI-TOF MS method were determined as 54.5–100% and 96.3–100%, respectively.
Conclusion: Although the MALDI-TOF MS method has been shown to be effective in the rapid molecular phenotypic diagnosis of species that were difficult to discriminate using biochemical methods such as C. parapsilosis species complex and L. elongisporus, there is a clear need to optimize the method and develop a larger MS library for species-level identification within secure score ranges.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Konjonktiva mikrobiyotasında kolonize olan en önemli bakteriler Staphylococcus epidermidis, difteroid çomaklar, Corynebacterium spp. ve Cutibacterium acnes’tir. Özellikle S. epidermidis’in biyofilm oluşturması kontakt lense bağlı enfeksiyonların gelişiminde önem taşımaktadır. Bu amaçla çalışmamızda, lens kullanmaya hazırlanan 140 hastanın (90 hidrojel, 50 silikon hidrojel), lens kullanımından önce ve sonra alınan konjonktiva sürüntülerinde biyofilm oluşturan S. epidermidis ve diğer koagülaz negatif stafilokok türlerinin varlığındaki değişimleri incelemeyi amaçladık.
Yöntem: İzole edilen koagülaz negatif stafilokoklar standart klinik mikrobiyolojik yöntemlerle, S. epidermidis türleri API Staph ile tanımlandıktan sonra slime üretimleri; Kongo kırmızılı agar, standart tüp ve moleküler yöntemlerle belirlenmiştir.
Bulgular: S. epidermidis, lens kullanım öncesi ve sonrası konjonktival mikrobiyotada en sık izole edilen tür olmuştur. Lens kullanım öncesi konjonktiva mikrobiyotasında slime üreten S. epidermidis oranları %45-50 iken, hidrojel kontakt lens kullanım sonrası %59, silikon hidrojel kontakt lens kullanım sonrası ise %70.2 olarak belirlenmiştir. Slime üretiminin araştırılması için, 161 S. epidermidis kökeninin Kongo Kırmızılı Agar besiyeri kullanılarak yapılan değerlendirmesinde 82’si (%50.9), standart tüp yöntemiyle 61’i (%37.8), moleküler yöntemlerle 91’i (%56.5) pozitif bulunmuştur.
Sonuç: Çalışmamızın sonucu, lens kullanım öncesi ve sonrası bakteri oranlarında anlamlı değişimlerin olmadığı ama özellikle S. epidermidis gibi bakterilerin, slime üretimiyle kontakt lens faktörünü de kullanarak enfeksiyonlara zemin hazırlayabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca; moleküler yöntemlerin ve Kongo Kırmızılı Agar yönteminin, Standart Tüp yöntemine göre daha güvenilir olduğu belirlenmiştir.

Objective: The most important bacteria of the conjunctival microbiota are Staphylococcus epidermidis, diphteroid rods, Corynebacterium spp. and Cutibacterium acnes. Especially biofilm formation of S. epidermidis is very important for contact lens related infections. For this purpose, we aimed to examine the changes in the presence of biofilm-forming S. epidermidis and other coagulase-negative staphylococci in conjunctival swabs taken before and after lens usage in 140 patients (90 hydrogel, 50 silicone hydrogel) who were prepared to wear lenses.
Methods: Coagulase-negative staphylococci isolated from the conjunctival microbiota identified standard clinical microbiological methods, after identification of S.epidermidis strains with API Staph; Slime production was determined by Congo red agar, standard tube and molecular methods.
Results: S.epidermidis was the most frequently isolated species in conjunctival microbiota before and after lens usage. Before lens usage, slime positive S. epidermidis strains were found as 45-50% but after lens usage it was 59% in hydrogel contact lens users and 70.2% in silicone hydrogel contact lens users. For the investigation of slime production, 82 (50.9%) of 161 S. epidermidis strains were found positive by using Congo red agar, 61 (37.8%) by standard tube method and 91 (56.5%) by molecular methods.
Conclusion: The result of our study suggests that there are no significant changes in bacterial ratios before and after lens use, but bacteria such as S. epidermidis can predispose to infections by using slime production and contact lens factor. Also; molecular methods and Congo Red Agar method were found to be more reliable than the Standard Tube method.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: Shiga toksin üreten E. coli (STEC) suşlarını önemli bir gıda kaynaklı patojendir. Coğrafya, zaman veya kaynak farklı olsa bile STEC suşları ile önemli salgınlarla karşılaşılabilmektedir. Biz de bu nedenle çalışmamızda, dünyanın farklı bölgelerinde önemli salgınlarda etken olarak saptanan ve genomik verileri açık veri tabanlarında bulunan EDL933 ve Sakai gibi STEC kökenlerini karşılaştırarak hangi virulans faktörlerini kullandıklarını ve bu kökenlerin birbirleri ile olan benzerliklerini in silico olarak karşılaştırmayı amaçladık.
Yöntem: Çalışmamıza farklı zamanlarda, dünyanın farklı bölgelerinde önemli salgınlar yapan yedi farklı SYEC suşu ve inek dışkısından elde edilen bir süper bulaştırıcı kökene ait olmak üzere toplam sekiz suşun genomik verileri dâhil edildi. Kökenlere ait veriler NCBI veri tabanından indirildi. Filogeni analizi ve virulans gen analizleri sırasıyla CSI filogeni ve VFanalyzer online programlarıyla yapıldı.
Bulgular: Filogeni analizine göre EDL933 suşuna en benzer suş, %96.4 benzerlikle TW14588 suşuydu. En az benzeyen köken ise %79.15 benzerlikle Sakai kökeni olarak saptandı. Virulans genleri analizine göre ise dokuz başlık altında virülans faktörlerini meydana getiren 333 gene varlığı belirlendi. İlk STEC suşu EDL933’de, tüm virülans genlerinden %45’inin aktif olduğu saptandı. Stx genleri dışında tüm kökenlerde Ecp, Elf, Hcp gibi aderans genleri ve clyA gibi toksin genleri aktifti olduğu görüldü.
Sonuç: Çalışmamızda, salgınlarla ilişkili STEC kökenlerinin karşılaştırmalı genomik analizlerinde, stx geni dışında farklı virülans genlerini de kullandığı in silico olarak saptandı. Özellikle belli virülans genleri; kaynağı, zamanı ve lokasyonu farklı olsa da kullanması gereken genler olarak ön plana çıkmakta ve patogenezde bu genleri kullanmaktadır.

Objective: Shiga toxin-producing E. coli (STEC) strains are important foodborne pathogens. Significant outbreaks with STEC strains can be encountered, even if the geography, time or resources were different. The aim of our in silico study was to compare the virulance factors and phylogeny of STEC strains such as EDL933 and Sakai, which have been identified as an agent in important outbreaks in different parts of the world and whole genomic data were in open databases.
Method: Genomic NCBI data of eight strains were included in our study, including seven different STEC strains associated with significant epidemics in different parts of the world, and one super-shedder strain obtained from cattle feces.
Results: According to phylogeny analysis, the most similar strain to EDL933 strain was TW14588, with 96.4% similarity. The most distant similarity was Sakai strains with 79.2%. According to the virulence genes analysis; the presence of 333 genes that constitute virulence factors under nine headings were detected. In the first STEC origin, EDL933, 45% of all virulence genes were found to be active. Adherence genes such as Ecp, Elf, Hcp and toxin genes such as clyA were active in all strains except stx genes.
Conclusion: In our in silico study of comparative genomic analysis of STEC strains which are associated with outbreaks, it was determined that STEC strains used different virulence genes besides the stx gene. Indeed, they used certain virulence genes, even their sources, time and locations were different, in the pathogenesis.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Amaç: İnvazif kandidozda erken tanı çok önemlidir ve mortalite oranını düşürmek için kısa sürede ve güvenilir sonuç veren yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, Candida türlerinin daha hızlı tanımlanabilmesi için lizis filtrasyon sonrası MALDI-TOF MS yönteminin uygunluğu araştırılmıştır.
Yöntem: Bu çalışmada, Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen kan kültürlerinden izole edilen 100 Candida kökeni, Dalmau plak, MALDI-TOF MS ve lizis filtrasyon sonrası MALDI-TOF MS yöntemleriyle araştırıldı ve elde edilen sonuçlar karşılaştırıldı.
Bulgular: Çalışmamızda konvansiyonel ve MALDI-TOF MS tanımlama yöntemlerine göre; 37 Candida albicans, 23 Candida parapsilosis, 17 Candida tropicalis, dokuz Candida glabrata, altı Candida kefyr, üç Candida guilliermondii, üç Candida dubliniensis, üç Candida krusei olarak identifiye edilmiştir. Lizis filtrasyon sonrası MALDI-TOF MS yönteminde ise identifikasyon sonuçları; 26 C. albicans, dokuz C. parapsilosis, 13 C. tropicalis, dokuz C. glabrata, iki C. kefyr, üç C. dubliniensis, iki C. krusei olarak belirlenmiştir. MALDI-TOF MS yöntemi ve Dalmau plak ile lizis filtrasyon sonrası MALDI-TOF MS yöntemi 64 kökende uyumlu bulunmuştur. Uyumsuzluğun yanlış tanımlamadan değil, spektrum yetersizliğinden kaynaklandığı gözlemlenmiştir.
Sonuç: “Spektrum yetersizliği” olarak tanımlanmayan suşlar veri tabanında yer alan türlerden oluşmaktadır. Altmış dört Candida türünün standart yöntemlerle %100 uyumlu olacak şekilde tanımlama yaptığı ve bu yöntemin subkültür gerektiren MALDI-TOF MS yöntemine göre en az 48 saat, Dalmau plak yöntemine göre de en az 72 saat avantaj sağladığı görülmüştür.

Objective: The early diagnosis of candidosis is very important in fungal infections and to reduce mortality rates, short-term and reliable methods are needed. In this study, the appropriateness of MALDI-TOF MS method after lysis filtration was investigated for the faster identification of Candida spp.
Method: 100 Candida isolated from positive blood cultures sent to Ege University, School of Medicine, Medical Microbiology laboratory, were studied with Dalmau plaque, MALDI-TOF MS and after lysis filtration methods. The results were compared with those obtained from the classical MALDI-TOF MS method.
Results: According to conventional and MALDI-TOF MS identification methods; 37 Candida albicans, 23 Candida parapsilosis, 17 Candida tropicalis, nine Candida glabrata, six Candida kefyr, three Candida guilliermondii, three Candida dubliniensis and three Candida krusei were identified. After lysis filtration method; 26 C. albicans, nine C. parapsilosis, 13 C. tropicalis, nine C. glabrata, two C. kefyr, three C. dubliniensis, two C. krusei. MALDI-TOF MS method and Dalmau plaque and after lysis filtration method were found to be compatible in 64 strains. Incompatibility was not due to incorrect identification, but spectrum deficiency.
Conclusion: The strains, which are not identified as “spectrum deficiency” consist of the species in the database. Sixty-four Candida species were found to be 100% compatible with the standard methods and this method was found to be advantageous for at least 48 hours compared to MALDI-TOF MS method which required subculture and for at least 72 hours compared to Dalmau plaque method.

Makale Özeti | Tam Metin PDF