Salgınlarla İlişkili STEC Suşlarının Filogeni ve Virülans Genlerinin in silico Analizi
Mehmet Demirci1, Akın Yiğin2, Fadile Yildiz Zeyrek31Kırklareli Üniversitesi TıpFakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji AnabilimDalı, Kırklareli, Türkiye2Harran üniversitesi Veteriner Fakültesi Genetik AD. Şanlıurfa, Türkiye
3Harran Üniversitesi TıpFakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji AnabilimDalı Şanlıurfa, Turkey
Amaç: Shiga toksin üreten E. coli (STEC) suşlarını önemli bir gıda kaynaklı patojendir. Coğrafya, zaman veya kaynak farklı olsa bile STEC suşları ile önemli salgınlarla karşılaşılabilmektedir. Biz de bu nedenle çalışmamızda, dünyanın farklı bölgelerinde önemli salgınlarda etken olarak saptanan ve genomik verileri açık veri tabanlarında bulunan EDL933 ve Sakai gibi STEC kökenlerini karşılaştırarak hangi virulans faktörlerini kullandıklarını ve bu kökenlerin birbirleri ile olan benzerliklerini in silico olarak karşılaştırmayı amaçladık.
Yöntem: Çalışmamıza farklı zamanlarda, dünyanın farklı bölgelerinde önemli salgınlar yapan yedi farklı SYEC suşu ve inek dışkısından elde edilen bir süper bulaştırıcı kökene ait olmak üzere toplam sekiz suşun genomik verileri dâhil edildi. Kökenlere ait veriler NCBI veri tabanından indirildi. Filogeni analizi ve virulans gen analizleri sırasıyla CSI filogeni ve VFanalyzer online programlarıyla yapıldı.
Bulgular: Filogeni analizine göre EDL933 suşuna en benzer suş, %96.4 benzerlikle TW14588 suşuydu. En az benzeyen köken ise %79.15 benzerlikle Sakai kökeni olarak saptandı. Virulans genleri analizine göre ise dokuz başlık altında virülans faktörlerini meydana getiren 333 gene varlığı belirlendi. İlk STEC suşu EDL933’de, tüm virülans genlerinden %45’inin aktif olduğu saptandı. Stx genleri dışında tüm kökenlerde Ecp, Elf, Hcp gibi aderans genleri ve clyA gibi toksin genleri aktifti olduğu görüldü.
Sonuç: Çalışmamızda, salgınlarla ilişkili STEC kökenlerinin karşılaştırmalı genomik analizlerinde, stx geni dışında farklı virülans genlerini de kullandığı in silico olarak saptandı. Özellikle belli virülans genleri; kaynağı, zamanı ve lokasyonu farklı olsa da kullanması gereken genler olarak ön plana çıkmakta ve patogenezde bu genleri kullanmaktadır.
In silico Analysis of Phylogeny and Virulence Genes in STEC Strains Associated with Outbreaks
Mehmet Demirci1, Akın Yiğin2, Fadile Yildiz Zeyrek31Kırklareli University, Medical Faculty, Medical Miycrobiology Department Kırklareli, Turkey2Harran University Veterinary Faculty Genetics Department Şanlıurfa, Turkey
3Harran University Medical Faculty, Medical Miycrobiology Department Şanlıurfa, Turkey
Objective: Shiga toxin-producing E. coli (STEC) strains are important foodborne pathogens. Significant outbreaks with STEC strains can be encountered, even if the geography, time or resources were different. The aim of our in silico study was to compare the virulance factors and phylogeny of STEC strains such as EDL933 and Sakai, which have been identified as an agent in important outbreaks in different parts of the world and whole genomic data were in open databases.
Method: Genomic NCBI data of eight strains were included in our study, including seven different STEC strains associated with significant epidemics in different parts of the world, and one super-shedder strain obtained from cattle feces.
Results: According to phylogeny analysis, the most similar strain to EDL933 strain was TW14588, with 96.4% similarity. The most distant similarity was Sakai strains with 79.2%. According to the virulence genes analysis; the presence of 333 genes that constitute virulence factors under nine headings were detected. In the first STEC origin, EDL933, 45% of all virulence genes were found to be active. Adherence genes such as Ecp, Elf, Hcp and toxin genes such as clyA were active in all strains except stx genes.
Conclusion: In our in silico study of comparative genomic analysis of STEC strains which are associated with outbreaks, it was determined that STEC strains used different virulence genes besides the stx gene. Indeed, they used certain virulence genes, even their sources, time and locations were different, in the pathogenesis.
Sorumlu Yazar: Akın Yiğin, Türkiye
| ARAÇLAR |
 Tam Metin PDF Yazdır Alıntıyı İndir RIS EndNote BibTex Medlars Procite Reference Manager E-Postala Paylaş Yazara e-posta gönder
Benzer makaleler Google Scholar |