Candida parapsilosis Tür Kompleksi ve Lodderomyces elongisporus İzolatlarının MALDI-TOF MS ile İdentifikasyonu
Engin Kaplan1, Ayşe Sultan Karakoyun2, Deniz Alkaya3, Nevzat Ünal4, Aylin Döğen3, Macit Ilkit21Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Zonguldak, Türkiye2Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikoloji Bölümü, Adana,Türkiye
3Mersin Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye
4Sağlık Bilimleri Üniversitesi Adana Şehir Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Adana, Türkiye
Amaç: Candida parapsilosis tür kompleksi ve Lodderomyces elongisporus izolatları virülans, prevalans ve antifungal duyarlılık profilleri yönünden farklılıklara sahip olabilmektedir. Bu türlerin biyokimyasal yöntemlerle tanısı zordur. Bu nedenle, uygulanabilirlik, zaman ve maliyet açısından daha verimli yöntemlere gereksinim duyulmaktadır. Bu çalışmanın amacı, C. parapsilosis tür kompleksine ve L. elongisporus’a ait izolatların ayırımında MALDI-TOF MS yönteminin tanı performansını değerlendirmektir.
Yöntem: Sunulan çalışmada, C. parapsilosis (n=8), Candida orthopsilosis (n=7), Candida metapsilosis (n=6) ve L. elongisporus (n=11) türlerini içeren toplam 32 referans izolat MALDI-TOF MS yöntemi ile identifiye edildi.
Bulgular: Candida parapsilosis tür kompleksine ve L. elongisporus’a ait 31 (%93.7) izolatın tür ismi doğru şekilde tanımlandı. Sekiz (%100) C. parapsilosis, 5 (%83) C. metapsilosis, 5 (%71) C. orthopsilosis ve 6 (%54) L. elongisporus izolatını içeren toplam 24 (%75) izolatın tür ismi 1.7–2.14 arasında değişen skor değerleri ile identifiye edildi. Güvenli tanımlama için ≥1.7 skoru referans alındığında, MALDI-TOF MS yönteminin duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla %54.5–100 ve %96.3–100 olarak belirlendi.
Sonuç: Candida parapsilosis tür kompleksi ve L. elongisporus gibi biyokimyasal yöntemlerle ayrımı güç olan türlerin hızlı moleküler fenotipik tanısında MALDI-TOF MS’in etkili bir yöntem olduğu gösterilmesine karşılık, daha güvenli skor aralıklarında tür düzeyinde tanımlama için yöntemin optimizasyonu ve daha geniş MS kütüphanesi gereksinimi olduğu açıktır.
Identification of Candida parapsilosis Species Complex and Lodderomyces elongisporus Isolates with MALDI-TOF MS
Engin Kaplan1, Ayşe Sultan Karakoyun2, Deniz Alkaya3, Nevzat Ünal4, Aylin Döğen3, Macit Ilkit21Zonguldak Bülent Ecevit University, Faculty of Pharmacy, Department of Pharmaceutical Microbiology, Zonguldak, Turkey2Çukurova University, Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Division of Mycology, Adana, Turkey.
3Mersin University, Faculty of Pharmacy, Department of Pharmaceutical Mİcrobiology, Mersin, Turkey
4University of Health Sciences Adana City Training & Research Hospital,Laboratory of Medical Microbiology, Adana, Turkey
Objective: Candida parapsilosis species complex and Lodderomyces elongisporus may have differences in terms of their virulence, prevalence, and antifungal susceptibility profiles. These species are difficult to identify with biochemical methods. Therefore, there is a need for more efficient identification methods in terms of time, cost, and applicability. This study aims to evaluate the diagnostic performance of the MALDI-TOF MS method in discriminating between isolates belonging to the C. parapsilosis species complex and L. elongisporus.
Method: In the current study, a total of 32 reference strains, including the C. parapsilosis (n=8), Candida orthopsilosis (n=7), Candida metapsilosis (n=6), and L. elongisporus (n=11) species were identified using the MALDI-TOF MS method.
Results: The species names of 31 (93.7%) isolates belonging to the C. parapsilosis species complex and L.elongisporus were correctly identified. Twenty four isolates including eight (100%) C. parapsilosis, five (83%) C. metapsilosis, five (71%) C. orthopsilosis, and six (54%) L. elongisporus isolates were identified with score values ranging from 1.7 to 2.14. According to the secure identification reference score of ≥ 1.7, the sensitivity and specificity of the MALDI-TOF MS method were determined as 54.5–100% and 96.3–100%, respectively.
Conclusion: Although the MALDI-TOF MS method has been shown to be effective in the rapid molecular phenotypic diagnosis of species that were difficult to discriminate using biochemical methods such as C. parapsilosis species complex and L. elongisporus, there is a clear need to optimize the method and develop a larger MS library for species-level identification within secure score ranges.
Sorumlu Yazar: Engin Kaplan, Türkiye
| ARAÇLAR |
 Tam Metin PDF Yazdır Alıntıyı İndir RIS EndNote BibTex Medlars Procite Reference Manager E-Postala Paylaş Yazara e-posta gönder
Benzer makaleler Google Scholar |