Bitki virüslerinin neden olduğu ciddi ekonomik sorunlar göz önüne alındığında, bitki ıslahında virüs hastalıklarına dayanıklı bitkilerin geliştirilmesi kritik bir öneme sahiptir. Hastalık, bitki ve patojen arasındaki uyumlu bir etkileşimden kaynaklanmaktadır. Zorunlu hücre içi parazitler olan bitki virüsleri, konukçu bitkinin hücresel ortamıyla sıkı bir ilişki içindedir ve tamamen ona bağımlıdır. Bu bağımlılık, viral nükleik asitlerin ve proteinlerin konukçu faktörleri de dahil olmak üzere bitki kaynaklarını normal işlevlerinden uzaklaştırmasını gerektirmektedir. Bitki virüsleri, viral RNA’lerinin translasyonu için bitki translasyon faktörlerini kullanmanın yanı sıra replikasyonlarını düzenlemek için de bu faktörleri kullanmaktadır. Aynı zamanda, bitki translasyon faktörleri virüslerin lokal ve sistemik hareketlerine katkı sağlamaktadır. Virüslerin bitkinin konukçu faktörlerine olan bağımlılığı, bitkilerde keşfedilen birçok doğal resesif dayanıklılık geninin translasyon başlatma faktörü eIF4 gen familyasına ait genlerinin mutasyonlarıyla ilişkilendirilmesini anlaşılır kılmaktadır. Bu genlerin belirli bir mutasyonu veya baskılanması, bitki sağlığını engellemeden virüse karşı dayanıklılık sağlamaktadır. Bitki virüslerine karşı doğal dayanıklılığın gelişimini kontrol eden mekanizmaları ve bu dayanıklılık yanıtına karşı virülent izolatların ortaya çıkışını anlamak, geniş spektrumlu ve sürekli dayanıklığa sahip yeni dayanıklılık kaynaklarının seçiminde faydalı olacaktır.

Considering the serious economic problems caused by plant viruses, the development of virus-resistant plants is highly critical in plant breeding. The disease arises from a compatible interaction between the plant and the pathogen. Plant viruses, which are obligatory intracellular parasites, are closely associated with the cellular environment of the host plant and are entirely dependent on it. This dependence requires viral nucleic acids and proteins to deprive plant resources, including host factors, from their normal function. Plant viruses not only utilize plant translation factors for the translation of their viral RNAs but also manipulate these factors for their replication. Additionally, plant translation factors contribute to the local and systemic movements of viruses. The dependence of viruses on the host factors of the plant explains the association of mutations in genes belonging to the translation initiation factor eIF4 gene family, including many naturally occurring recessive resistance genes identified in plants. Specific mutations or suppression of these genes provide resistance against viruses without compromising plant health. Understanding the mechanisms that control the development of natural resistance against plant viruses and the emergence of virulent isolates in response to this resistance will be beneficial in the selection of new sources of broad-spectrum and durable resistance.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Bacillus anthracis, Bacillus cereus grubunun bir üyesi olarak gastrointestinal enfeksiyonlara neden olamaz ve gastrointestinal sistem üzerinde etkisi olan toksinler üretmez. Vahşi doğadaki etoburların aksine Bacillus anthracis sporları makak modellerinde mide aracılığıyla enfeksiyon yaymaz. Bununla birlikte Bacillus anthracis’e benzer özelliklere sahip olan Bacillus cereus biovar anthracis(Bcbva) adlı ilgili bir patojen Afrika’da şarbona neden olabilir. Afrika’daki salgınlarda bazı hastalar, orofarengeal ve intestinal semptomlar sergilemiştir, bu da gastrointestinal şarbon kavramına yol açmıştır. Ancak bu vakalar ve mikrobiyolojik yönleriyle ilgili referanslar konusunda kanıtlar sınırlıdır. Bu çalışma, bilimsel topluluk içinde bu terimle ilgili daha fazla araştırma ve yeniden değerlendirme yapmayı amaçlamaktadır.

Bacillus anthracis, a member of the Bacillus cereus group, cannot cause gastrointestinal infections and does not produce toxins that affect the gastrointestinal system. Unlike carnivores in the wild, Bacillus anthracis spores do not spread infection through the stomach in macaque models. However, a related pathogen called Bacillus cereus biovar anthracis (Bcbva) can cause anthrax in Africa and has similar characteristics to Bacillus anthracis. Some patients in African outbreaks have shown oropharyngeal and intestinal symptoms, which led to the concept of gastrointestinal anthrax. However, the evidence for these cases and references regarding microbiological aspects are limited. This study aims to prompt further research and reconsideration of this terminology within the scientific community.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada solunum yolu enfeksiyonu nedeniyle alınan nazofaringeal sürüntü örneklerinde Human bocavirüs görülme sıklığını ve Human bocavirüs saptanan çocuk hastaların demografik, klinik özelliklerini değerlendirmeyi amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Nisan 2021-Mayıs 2022 tarihleri arasında nazofaringeal sürüntü örneğinde Human Bocavirus saptanan 0-18 yaş arası çocuk hastalar çalışmaya dahil edildi. Solunum yolu örnekleri Çukurova Üniversitesi Klinik Mikrobiyoloji Viroloji Laboratuvarı’nda “realtime” polimeraz zincir reaksiyonu ile çalışıldı.
BULGULAR: Çalışma süresince alınan nazofaringeal sürüntü örneklerinin 203’ünün 22’sinde (%10.8) etken Human Bocavirus olarak saptandı. Örneklerde Human Bocavirus saptanan 22 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların medyan yaşı 34.5 ay (1-197) idi. En sık görülen yakınmalar ateş ve öksürüktü. Hastalar en sık kışın tanı almıştı. Hastaların beşinde (%22.7) tekli Human Bocavirus saptanırken 17 hastada (%77.2) birden fazla virüs saptandı. Hastaların dördünün (%18.1) üst, 15’inin (%68.1) alt solunum yolu enfeksiyonu tanısı aldığı saptandı. Onaltı hastada (%72.7) altta yatan hastalık mevcut idi. Bu hastaların sekizinde (%50) ağır pnömoni olup; altta yatan hastalığı olmayan hastalarda ise ağır pnömoni saptanmadı (p=0.04). Altta yatan hastalığı olanların %83.3’ü, olmayanların ise %16.7’sinin hastaneye yatırıldığı saptandı (p=0.04).
TARTIŞMA ve SONUÇ: Human Bocavirus çocuklarda solunum yolu enfeksiyonlarında önemli bir etken olup özellikle altta yatan hastalığı olan hastaların hastanede uzun süre yatışına hatta ölümüne neden olabilmektedir.

INTRODUCTION: In this study, we aimed to evaluate the frequency of Human bocavirus in nasopharyngeal swab samples taken due to respiratory tract infection and the demographic and clinical characteristics of pediatric patients with Human bocavirus.
METHODS: Pediatric patients aged between 0-18 years, having Human Bocavirus in their nasopharyngeal aspirate samples within April 2021 and May 2022, were included in the study. Respiratory tract samples were assessed using real-time polymerase chain reaction test at Çukurova University Clinical Microbiology Virology Laboratory.
RESULTS: The causative agent was detected as Human Bocavirus in 22 of 203 (10.8%) of the nasopharyngeal swab samples taken during the study period. The median age of these 22 patients was 34.5 months (1-197). The most common complaints were fever and cough. Patients were most frequently diagnosed in winter. Human Bocavirus was detected alone in five patients (22.7%), while more than one virus were detected in seventeen patients (77.2%). It was determined that four (18.1%) patients were diagnosed with upper respiratory tract infections while 15 (68.1%) were with lower respiratory tract infections. Sixteen patients (72.7%) had an underlying disease; eight of them (50%) had severe pneumonia. Severe pneumonia was not detected in patients without underlying disease (p=0.04). It was determined that 83.3% of those with an underlying disease and 16.7% of those without an underlying disease were hospitalized (p=0.04).
DISCUSSION AND CONCLUSION: Human Bocavirus is an important agent in respiratory tract infections in children and can cause long-term hospitalization and even death, especially in patients with underlying diseases.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Amacımız, hastanemizde gebelerde toksoplazmoz seroprevalansını ve konjenital toksoplazmoz sıklığını belirlemek, ayrıca tanı için kullanılan test istem algoritmalarını incelemek, test istemlerinin nasıl yapıldığını, nasıl olması gerektiğini ve gebelerin Toxoplasma gondii için taranmasının gerekliliğini sorgulamaktır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada hastanemizin Kadın Doğum ve Hastalıkları gebe polikliniğine 1 Mayıs 2020-31 Mayıs 2022 arası başvuran gebelere ait T. gondii IgM, IgG, IgG avidite ve amniyotik sıvı PCR sonuçları, hastane bilgi sistemi kayıtları incelerek retrospektif olarak değerlendirildi.
BULGULAR: Çalışmada 3555 gebenin, 590’ında IgG pozitif, 2058’inde IgM ve IgG negatif bulundu. En çok istenen test profilinin, IgM ve IgG birlikteliği (%73.6) olduğu görüldü. Gebelerin %2.25’inde serolojik olarak toksoplazmozdan şüphelenildi, ancak bunların %61.25’inde ilk test isteminden sonra takip edilmediği veya tedavi yapılmadığı görüldü. Toksoplazmoz şüphesi olan gebelerin yedisinde PCR testi çalışıldı, tümünün negatif sonuçlandığı belirlendi. Gebelerin %57.9’unun gebelikleri sırasında toksoplazmoza yakalanma riski altında olduğu görüldü. Doğum Öncesi Bakım Yönetim Rehberi’nde yeri olmamasına rağmen takibe gelen gebelerin %34.88’inde en az bir T. gondii ilişkili testin istendiği saptandı. Prenatal toksoplazmoz taramasının nasıl yapılacağı konusunda klinisyenler arasında bir fikir birliği olmadığı, farklı test istem algoritmalarının uygulandığı görüldü. Toksoplazmoz şüphesi olan 80 gebeden 49’unun daha sonra takip edilmediği veya tedavi görmediği saptandı. Toksoplazmoz tanı algoritmasında olduğu gibi şüpheli vaka takibi veya tedavi planlaması için de yerleşik bir algoritma olmadığı düşünüldü.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Fetüs için riskinden dolayı gebelerin önlenebilir bu enfeksiyonlar açısından taranması, tanısının konup tedavi planlanması kritiktir. Bu yüzden gebelere toksoplazmoza yönelik prenatal taramaların yapılması gerektiği düşünülebilir. Ülkemizde bölgesel toksoplazmoz seropozitiflikleri dikkate alarak devletin farklı tarama politikaları geliştirmesi ve tedavi algoritmaları oluşturması bu karışıklığa son verebilecektir.

INTRODUCTION: Our aim is to determine the seroprevalence of toxoplasmosis in pregnant women and the frequency of congenital toxoplasmosis in our hospital, as well as to examine the test order algorithms used for diagnosis, to question how test orders are made and how they should be, and the necessity of screening pregnant women for Toxoplasma gondii.
METHODS: Toxoplasma gondii IgM, IgG, IgG avidity results and amniotic fluid PCR results of pregnant women who admitted between May 1, 2020 and May 31, 2022 were evaluated retrospectively through the review of the records of hospital information system.
RESULTS: Of the 3555 pregnant women, 590 were IgG seropositive; 2058 were IgM and IgG negative. It was observed that the most requested test profile was the combination of IgM and IgG (73.6%). Toxoplasmosis was suspected serologically in 2.25% of the pregnant women, but it was observed that 61.25% of them were not followed up nor treated after the first test request. PCR was performed in seven pregnant women with suspected toxoplasmosis, all of which were found to be negative. It was observed that 57.9% of pregnant women were at risk of contracting toxoplasmosis during their pregnancy. Although it is not included in the Prenatal Care Management Guide, it was determined that at least one T. gondii-related test was requested in 34.88% of the pregnant women who were admitted for follow-up. No consensus was noticed among clinicians on how to perform prenatal toxoplasmosis screening, and therefore different test order algorithms were used. It was determined that 49 of 80 pregnant women with suspected toxoplasmosis were not followed up.
DISCUSSION AND CONCLUSION: No established algorithm was seen neither for suspicious case follow-up nor for treatment planning, as in the toxoplasmosis diagnostic algorithm. However, it is critical to screen pregnant women for these preventable infections, and prenatal screening of pregnant women is highly essential. Regarding the regional toxoplasmosis seropositivity rates in our country, development of different screening policies and treatment algorithms for toxoplasmosis could end this controversial situation.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada pandemi öncesi ve pandemi dönemindeki Staphylococcus aureus suşlarının antibiyotik direnç oranlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada pandemi ilanından önceki Ekim 2017-Mart 2020 ile pandemi ilan edildikten sonraki Mart 2020-Ağustos 2022 tarih aralığında laboratuvarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş tüm S. aureus suşları retrospektif olarak incelenmiştir. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları EUCAST kriterlerine göre değerlendirilmiştir.
BULGULAR: Pandemi öncesi dönemde gönderilen ve üremesi olan örneklerin %3’ünde (n=404) S. aureus üremesi olmuşken, pandemi döneminde bu oran %4 (n=444) idi (p<0.001). Pandemi öncesinde S. aureus üreyen izolatlar 65 yaş üzerindeki hastalarda daha çok görülürken, pandemi döneminde 36-65 yaş arasında daha çok olduğu görülmüştür (p<0.001). Pandemi öncesinde metisilin dirençli S. aureus oranı %25.2, pandemi döneminde %24.1 olarak bulunmuştur (p=0.698). Antibiyotik direncinin her iki grupta da en yüksek olduğu antibiyotik penisilin olup pandemi sürecindeki direnç oranının (%82.9), pandemi öncesine (%92.6) göre azaldığı görülmüştür. Gentamisin direncinin de %7.9’dan %2.1’e düştüğü saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Pandemi döneminde orta yaş hastalarda S. aureus enfeksiyonuna yatkınlığın arttığı, metisilin dirençli S. aureus sıklığının değişmediği, penisilin ve gentamisin direncinde azalma olduğu görülmüştür. Primer ya da COVID-19 gibi viral hastalıklara sekonder oluşabilecek bakteriyel enfeksiyon etkenlerini belirlemek ve antibiyotik duyarlılık sonuçlarını doğru ve hızlı şekilde sonuçlandırmak önemlidir.

INTRODUCTION: The aim of this study was to compare the antibiotic resistance rates of S. aureus strains before the pandemic and during the pandemic period.
METHODS: In the study, all S. aureus strains isolated from various clinical samples sent to our laboratory between October 2017-March 2020 and March 2020-August 2022 were retrospectively examined. Antibiotic susceptibilities of the isolates were evaluated according to EUCAST criteria.
RESULTS: While 404 (3.04%) of the sent and culture-positive samples had growing S. aureus, this reached 444 (4.00%) during the pandemic period (p<0.001). While S. aureus-producing isolates were more common in patients over the age of 65 before the pandemic, it was observed to be more common in patients aged 36-65 during the pandemic period (p<0.001). The methicillin-resistant S. aureus rate was found to be 25.2% and 24.1% before and during the pandemic, respectively (p=0.698). Highest antibiotic resistance was observed in penicillin in both groups, while the resistance rate decreased from 92.6% to 82.9% during the pandemic. It was also determined that gentamicin resistance decreased from 7.9% to 2.1%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: During the pandemic period, it was observed that the susceptibility to S. aureus infection increased in middle-aged patients, the frequency of methicillin-resistant S. aureus did not change, and there was a decrease in penicillin and gentamicin resistance. It is important to identify bacterial infection agents that may occur primary or secondary to viral diseases such as COVID-19 and to conclude antibiotic sensitivity results accurately and quickly.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Muscidae familyasında yer alan, kozmopolit bir dağılım gösteren Musca domestica’ların insan ve hayvan patojenleri için önemli bir vektör olduğu bilinmektedir. Ancak, M. domestica’ların insektisitlere karşı önemli direnç rolü olan MdαE7 (Musca domestica-α-esteraz-7) gen bölgesindeki aleller ile bu patojenlerin vektörlükleri arasındaki ilişki bilinmemektedir. Bu çalışmada, M. domestica’nın MdαE7 gen bölgesindeki direnç alelleri ile vektörlükleri arasında ilişki olup olmadığını moleküler yöntemler ile belirlemek amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: İç Anadolu Bölgesindeki Aksaray ilinde yaşayan insanların evlerinden 2023 yılının yaz ayları boyunca toplam 170 erişkin M. domestica toplanmıştır. Erişkin M. domestica’ların DNA’ları E.Z.N.A®Insect DNA isolation Kiti (Omega Bio-Tek, Georgia, ABD) ile izole edilmiş, MdαE7 gen bölgesi hedef alınmış, MdαE49 ve MdαE50 primerleri kullanılmış, PCR ve DNA dizi analizi yapılmıştır. M. domestica’ların vektörlüklerini belirlemek için, DNA izolatlarında bakteri ve parazit türlerine özgü primerler kullanılarak real-time PCR analizi yapılmıştır.
BULGULAR: DNA dizi analizi sonuçlarına göre; toplam 170 DNA örneğinin %41.2 (70/170)’sinde iki farklı alel (Gly137→Asp, Trp137→Ser251) tespit edilirken, diğer örneklerde (%58,8; 100/170) alel tespit edilmemiştir. M. domestica’ların %35.3 (60/170)’ünde Bacillus cereus, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes saptanmışken, %64.7 (110/170)’inde bu bakteri türleri bulunmamıştır. M. domestica’ların %23.5 (40/170)’inde Cryptosporidium parvum, Entamoeba histolytica, Giardia duodenalis, Strongyloides stercoralis parazit türleri tespit edilirken, %76.5 (130/170)’inde bu parazit türleri tespit edilmemiştir. M. domestica’larda tespit edilen aleler ile bakteri ve parazit vektörlükleri karşılaştırılmıştır. Alel tespit edilen M. domestica’ların %23.5 (40/170)’ünde parazit tespit edilirken, bu alelleri taşıyan M. domestica’larda bakteriyel patojenler saptanmamıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Evlerimizde sağlık tehlikesi oluşturan özellikle tarım ve hayvancılığın yaygın olduğu bölgelerde sık görülen M. domestica’ların vektörlüklerinden korunmak ve bu sinekler ile mücadele etmek için insektisitler uygun dozlarda kullanılmalıdır. Mücadele sırasında M. domestica’ların direnç mekanizmaları ve vektörlükleri arasındaki ilişkinin bilinmesi doğru mücadele uygulaması yapımında önemlidir.

INTRODUCTION: It is known that Musca domestica, which has a cosmopolitan distribution and belongs to Muscidae family, is an important vector of pathogens for humans and animals. However, the relationship between the alleles in the MdαE7 (Musca domestica-α-esterase-7) gene region, which plays an important role in insecticide resistance in M. domestica, and the vectors of these pathogens is unknown. In this study, it was aimed to determine with molecular methods whether there was a relationship between the resistance alleles in the MdαE7 gene region of M. domestica and their vectors.
METHODS: A total of 170 adult M. domestica were collected from the houses of residents of Aksaray province in the Central Anatolia Region during the summer months of 2023. DNAs of adult M. domestica were isolated using the E.Z.N.A®Insect DNA Isolation Kit (Omega Bio-Tek, Georgia, USA), MdαE7 gene region was targeted, MdαE49 and MdαE50 primers were used, PCR and DNA sequence analysis were performed. To determine the vectors of M. domestica, real-time PCR analysis of DNA isolates was performed using primers specific for bacterial and parasitic species.
RESULTS: According to the results of the DNA sequence analysis; while two different alleles (Gly137→Asp, Trp137→Ser251) were detected in 41.2% (70/170) of a total of 170 DNA samples, no alleles were detected in the other samples (58.8%, 100/170). While Bacillus cereus, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, and Streptocooccus pyogenes were detected in 35.3% (60/170) of M. domestica, these bacterial species were not found in 64.7% (110/170). Cryptosporidium parvum, Entamoeba histolytica, Giardia duodenalis and Strongyloides stercoralis were detected in 23.5% (40/170) of M. domestica, while these parasite species were absent in 76.5% (130/170). The alleles detected in M. domestica were compared with their bacterial and parasitic vectors. While parasites were detected in 23.% (40/170) of M. domestica alleles, bacterial pathogens were not detected in M. domestica carrying these allelles.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Insecticides should be used in appropriate doses to to combat these flies and protect against vectors of M. domestica, which poses a health hazard in our homes, and is especially common in regions where agriculture and animal husbandry are common.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Akut bakteriyel menenjit tüm dünyada morbidite ve mortaliteye neden olan bir enfeksiyon hastalığıdır. Erken tanı ve uygun antibiyotik tedavisi ile hastalığın mortalitesi önemli ölçüde azalmaktadır. Bu çalışmanın amacı merkezimizdeki toplum kökenli ve sağlık bakımı ilişkili menenjit etkenlerinin dağılımını ve antimikrobiyal direnç paternini belirleyerek bakteriyel menenjit olguları için ampirik tedaviyi yönlendirecek önerilerde bulunmaktır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2017-Temmuz 2022 tarihleri arasında Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gelen 1703 beyin omurilik sıvısı (BOS) sonucu retrospektif olarak tarandı ve toplam 53 menenjit olgusu çalışmaya dahil edildi. Etken mikroorganizmalar ve antimikrobiyal duyarlılıkları değerlendirildi.
BULGULAR: Çalışmaya dahil edilen 1703 BOS kültüründen 155 (%9.1)’inin kültür sonucu pozitif bulundu. Pozitif sonuçlanan BOS kültürlerinin %34.1’i menenjit açısından anlamlı kültür pozitifliği olarak değerlendirilirken, üreme saptanan kültür sonuçlarının %43.3’ünde gram negatif bakteri üremesi, %56.7’sinde gram pozitif bakteri üremesi olmuştu. Toplum kaynaklı bakteriyel menenjit olgularında en sık etken Streptococcus pneumoniae (%50.0) olarak tespit edilirken, sağlık bakımı ilişkili menenjit olgularında en sık etken Klebsiella pneumoniae (%20.5) idi. Çalışmamızın sonucunda akut bakteriyel menenjit etiyolojisinden sorumlu S. pneumonia izolatlarında penisilin direnci %42.9 oranında saptanırken seftriakson direnci saptanmamıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızın sonucunda bölgemizdeki toplum kaynaklı menenjitlerde sıklıkla S. pneumoniae’nin etken olduğunu, sağlık bakımı ilişkili menenjit etkenlerinin ise sıklıkla gram negatif aerob bakteriler olduğunu saptadık. S.pneumonia izolatlarında seftriakson direnci saptanmazken, gram negatif aeroblarda da karbapenem direncininde çok sık olmadığını gösterdik. Çalışmamızın sonuçları bölgemizdeki menenjit olgularının ampirik tedavisine yol göstermesi açısından önemlidir. Her merkezin kendi etken dağılımını ve duyarlılık sonuçlarını belirleyerek buna göre ampirik tedavilerini belirlemesi, gereksiz ilaç maliyeti, antibiyotik direnci ve ilaca bağlı istenemeyen etkileri azaltmada etkili bir yol olacaktır.

INTRODUCTION: Acute bacterial meningitis is an infectious disease that causes morbidity and mortality worldwide. Early diagnosis and appropriate antibiotic treatment reduce the mortality of the disease. This study aimed to determine the distribution and antimicrobial resistance pattern of community-acquired and healthcare-associated meningitis agents in our center.
METHODS: Between January 2017 and July 2022, results of cerebrospinal fluid (CSF) analyses in the Medical Microbiology Laboratory of Sivas Cumhuriyet University Hospital were retrospectively screened and a total of 53 meningitis cases were included in the study. The causative microorganisms and their antimicrobial susceptibilities were evaluated.
RESULTS: Of 1703 CSF cultures included in the study, 156 (9.1%) had positive culture results. Of the positive CSF cultures, 34.1% were considered as significant culture positivity in terms of meningitis. Gram-negative and gram-positive bacteria were grown in 43.3% and 56.7% of the positive culture results, respectively. Streptococcus pneumoniae was the most common agent in community-acquired bacterial meningitis cases (50.0%), while Klebsiella pneumoniae was the most common (20.5%) agent in healthcare-associated meningitis cases.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In conclusion, we found that S. pneumonia was a common causative agent of community-acquired meningitis, whereas gram-negative aerobic bacteria were of healthcare-associated meningitis. While ceftriaxone resistance was not detected in S. pneumonia isolates, we showed that carbapenem resistance was not very common in gram-negative aerobes. The results of our study are important for the guidance of empirical treatment of meningitis. It will be an effective way to reduce unnecessary drug costs, antibiotic resistance, and undesirable drug-related effects if each center determines its own agent distribution and susceptibility results and determines empirical treatments accordingly.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Human papillomavirus tiplerinin dağılımı, HPV DNA pozitif hastalarda Trichomonas vaginalis varlığının ve HPV DNA/T. vaginalis pozitif örneklerde metronidazol direncinin moleküler yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı’na başvuran, rutin olarak HPV testi istenip Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarında test sonucu pozitif 100 servikal örnek ile negatif 100 örnek olmak üzere toplam 200 hasta örneği çalışmaya alınmıştır. Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarında HPV DNA analizleri yapılmış sonrasında bu örnekler Tıbbi Parazitoloji laboratuvarında T. vaginalis varlığı açısından taranmıştır ve pozitif çıkan örnekler T. vaginalis nitroredüktaz gen bölgesine özgü tasarladığımız ntr4 ve ntr6 primerleri ile metronidazol direnci açısından araştırılmıştır.
BULGULAR: Çalışmaya alınan 100 HPV DNA pozitif örneğin 20 tanesi HPV 16, 8’i HPV 18, 64’ü HR (diğer yüksek riskli) HPV, 6’sı HPV 16/HR HPV ve 2’si HPV 18/HR HPV olarak tiplendirilmiştir. HPV DNA pozitifliği saptanan ve HR-HPV olarak tiplendirilen hastalardan birinde T. vaginalis DNA pozitifliği saptanmıştır. HPV DNA negatif hastaların hiçbirinde T. vaginalis DNA’sı saptanmamıştır. Metronidazol direnci ile ilişkili olduğu düşünülen tek nokta mutasyonlarının saptanması için yapılan PCR sonucunda T. vaginalis DNA varlığı tespit edilen 1 örnekte ntr4 mutasyonu tespit edilirken ntr6 mutasyonu tespit edilmemiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: HPV enfeksiyonunun önlenmesi ve T. vaginalis gibi cinsel yolla bulaşan hastalıkların birlikteliği durumu gözardı edilmeden taranması, erken ve hızlı tedaviyle cinsel yolla bulaşan hastalık oranlarını azaltmak için önemlidir.

INTRODUCTION: We aimed to investigate the distribution of Human papillomavirus (HPV) types, the presence of Trichomonas vaginalis in HPV DNA-positive patients, and metronidazole resistance in HPV DNA/T. vaginalis-positive samples using molecular methods.
METHODS: A total of 200 patient samples, including 100 cervical samples with positive and 100 samples with negative results in the Microbiology laboratory, who applied to Manisa Celal Bayar University, Department of Gynecology and Obstetrics, were routinely asked for an HPV test, included in the study. These remaining samples were taken after the HPV DNA analysis scanned for the presence of T. vaginalis in the Parasitology laboratory, and the samples were investigated for metronidazole resistance with ntr4 and ntr6 primers that we designed specific to the T. vaginalis nitroreductase gene region.
RESULTS: Of the 100 HPV DNA positive samples, 20 were typed as HPV 16, 8 as HPV 18, 64 as HR HPV, 6 as HPV 16/HR HPV and 2 as HPV 18/HR HPV. T. vaginalis DNA positivity was detected in one of the patients with HPV DNA positivity and typed as HR-HPV. T. vaginalis DNA was not detected in any of the HPV DNA negative patients. As a result of the PCR, ntr4 mutation was detected in 1 sample in which the presence of T. vaginalis DNA was detected, while ntr6 mutation was not detected.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Preventing HPV infection, screening for sexually transmitted diseases such as T. vaginalis without ignoring coexistence are important for the reduction of the rates of sexually transmitted diseases with early and rapid treatment.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Globicatella sanguinis, katalaz negatif, nadir görülen gram pozitif bir koktur. Morfolojik özelliklerinin viridans streptokoklara benzemesi nedeniyle etkenin konvansiyonel fenotipik identifikasyon yöntemleriyle tür düzeyinde tanımlanması zordur. Son yıllarda kütle spektrometresinin yaygın kullanılmaya başlaması ile G. sanguinis’in düşünülenden daha fazla sayıda enfeksiyonlara neden olduğu görülmüştür. Bu çalışmada, G. sanguinis kaynaklı ventriküloperitoneal şant enfeksiyonu gelişen bir olgunun sunulması amaçlanmıştır.
Yetmiş yedi yaşında kadın hasta idrar kaçırma, unutkanlık ve yürüme güçlüğü şikayetleri ile hastanemize başvurmuştur. Hastaya ventriküloperitoneal şant cerrahisi uygulanmıştır. Hasta taburcu edildikten 18 gün sonra yüksek ateş nedeniyle tekrar hastaneye başvurmuştur. Fizik muayenede batında fistül ve akıntı izlenen hasta operasyona alınmıştır. Ventriküloperitoneal şantının batın ve ventriküler uçlarından beyin omurilik sıvısı örnekleri alınarak şant sistemi çıkarılmış ve eksternal ventriküler drenaj sistemi kurulmuştur. Ventriküloperitoneal şanttan alınan ve eksternal ventriküler drenaj sisteminden kontrol için alınan beyin omurilik sıvısı örnekleri Bakteriyoloji Laboratuvarı’na gönderilmiştir. Gram pozitif kok morfolojisinde olan bakteriler Bruker IVD MALDI Biotyper 2.3 (Bruker Daltonik GmbH) cihazı ile G. sanguinis olarak tanımlanmıştır. E test (BioMeriuex, Fransa) ile etkenin seftriaksona dirençli, penisiline yüksek dozda duyarlı olduğu belirlenmiştir. Hastaya en uygun tedaviyi verebilmek için etkenin doğru tanımlanması ve klinisyenlerin antibiyotik direnç profili hakkında bilgilendirilmesi gereklidir.

Globicatella sanguinis is a catalase-negative, rare gram-positive coccus. Due to its morphological similarity to viridans streptococci, identification of the pathogen at the species level using conventional phenotypic identification methods is difficult. The recent introduction of mass spectrometry have demonstrated that G. sanguinis caused more infections than previously thought.
The aim of this study is to present a case of ventriculoperitoneal shunt infection caused by G. sanguinis. A 77-year-old female was admitted to our hospital with complaints of urinary incontinence, amnesia, and difficulty in walking. The patient had underwent ventriculoperitoneal shunt surgery. The patient was discharged in good condition, but was admitted again after 18 days due to high fever. Upon physical examination, an abdominal fistula and discharge were observed, and the patient underwent surgery again. After taking of cerebrospinal fluid from the abdominal and ventricular ends of the ventriculoperitoneal shunt, the shunt system was removed, and an external ventricular drainage system was inserted. The cerebrospinal fluid samples, obtained from the ventriculoperitoneal shunt and the external ventricular drainage system were sent to Bacteriology Laboratory. The bacteria with gram-positive coccus morphology were identified as G. sanguinis by the Bruker IVD MALDI Biotyper 2.3 (Bruker Daltonik GmbH) device. By the E test (BioMeriuex, France), the agent was found to be resistant to ceftriaxone and susceptible to high-dose penicillin. To provide the most appropriate treatment to the patient, accurate identification of the causative agent and informing the clinicians on the antibiotic resistance profile are needed.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Lyme hastalığı Borrelia burgdorferi sensu lato genotür kompleksinde yer alan spiroketler tarafından oluşturulan sistemik bir hastalıktır. Deri, santral ve periferik sinir sistemi, kardiyovasküler sistem, kas-iskelet sistemi, göz gibi birçok organ ve sistem tutulumu görülebilmektedir. Tanı temelde anamnez ve klinik bulgular ile konulmaktadır. Serolojik testler tanıyı doğrulamada yardımcı olmaktadır. Tanı testlerinin belirli bir standardizasyonunun olmaması tanıda klinisyenlere zorluk yaratmaktadır. Bu makalede tanısının laboratuvar testleriyle doğrulanması konusunda zorluk yaşanan bir Lyme hastalığı olgusu sunulmuştur.

Lyme Disease is a systemic illness caused by spirochetes within the Borrelia burgdorferi sensu lato genospecies complex. It can affect various organs and systems, including the skin, central and peripheral nervous systems, cardiovascular system, musculoskeletal system, and eyes. Diagnosis primarily relies on patient history and clinical manifestations, with serological tests aiding in confirmation. The lack of standardized diagnostic tests poses challenges for clinicians. This article presents a case of Lyme disease where difficulties were encountered in confirming the diagnosis through laboratory tests.

Makale Özeti | Tam Metin PDF