Enfeksiyon hastalıklarının patogenezinin araştırılmasında memeli modelleri sıklıkla kullanılmaktadır. Memelilerin kullanımına ilişkin etik kaygılar, donanımsal ve maddi sıkıntılar alternatif konakçı olarak omurgasız hayvanları gündeme getirmektedir. Meyve sineği Drosophila melanogaster, nematod Caenorhabditis elegans gibi omurgasız hayvan modelleri alternatif olarak kullanılmaktadır. Son yıllarda ise, konakçı modeli olarak Galleria mellonella larvası dikkati çekmektedir. Büyük balmumu güvesi (The Greater Wax Moth) olarak da bilinen G. mellonella larvası, enfeksiyon patogenezi çalışmalarında diğer omurgasız hayvanlara göre çeşitli üstünlüklere sahiptir. Büyük boyutları (2-4 cm) nedeniyle uygulama kolaylığı sağlayan larvalar, 15-37°C’de yaşayabilme yeteneği ile tıbbi açıdan önemli birçok mikroorganizmanın virülans faktörlerinin test edilmesinde kullanılmaktadır. Yapılan karşılaştırmalı çalışmalar, G. mellonella larvasının mikrobiyal virülans faktörlerinin karakterizasyonu ve identifikasyonunda, antimikrobiyal peptidlerin etkinliğinin test edilmesinde güvenle kullanılabileceğini göstermektedir. Bu derleme makalede, son on yılda özellikle enfeksiyon patogenezi çalışmalarında yıldızı parlayan G. mellonella larvasının öne çıkan özelliklerinden söz edilmektedir.

Mammalian models have been frequently used in investigating the pathogenesis of infectious diseases. Ethical concerns about the use of mammals as well as difficulties related to hardware and financial problems bring invertebrates into agenda as alternative hosts. Invertebrate models such as the fruit fly Drosophila melanogaster and the nematode Caenorhabditis elegans are used as alternatives. In recent years, however, Galleria mellonella larva attracts attention as a host model. Galleria mellonella larva, also known as the Greater Wax Moth, has several advantages compared to the other invertebrates, in investigations on pathogenesis of infection. Larvae, providing easy handling due to their large size (2-4 cm), and having the ability to survive at 15-37°C, are used for testing virulence factors of various medically important microorganisms. Comparative studies have demonstrated that Galleria mellonella larvae can be safely used in the characterization and identification of microbial virulence factors and in testing the effectiveness of antimicrobial peptides. In this review article we have discussed the prominent features of Galleria mellonella larvae, the shining star of the last decade, especially in the studies on the pathogenesis of infection.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmanın amacı, model organizma olarak demire dirençli Saccharomyces cerevisiae mayası kullanılarak, demir iyonlarının taşınımından sorumlu genlerin demir direnç mekanizmasındaki rolünün deneysel olarak araştırılmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Önceki çalışmalarımızda, demir direnci kazandırılmış olan S. cerevisiae M8FE suşu, bu çalışmada S. cerevisiae CEN.PK113-7D referans suşu ile birlikte kullanılmıştır. Referans suş ile karşılaştırmalı olarak, M8FE’nin demir taşınımıyla ilişkili olduğu bilinen AFT1, FET3, FET4, COT1, CCC1 ve ZRC1 genlerinin anlatım düzeyleri; kontrol, düşük (1 mM) ve yüksek (15 mM) demir stresi altında, gerçek zamanlı, kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (q rt-PCR) yöntemiyle belirlenmiştir.
BULGULAR: İncelenen genler arasında, anlatım düzeyleri en çok farklılaşan gen FET3’tür. Demire dirençli M8FE suşunda, 1mM demir stresi varlığında bu genin anlatım düzeyi, kontrol koşulundaki referans suşununkinin yaklaşık 16 katına, yüksek demir stresi (15 mM) varlığındaysa yaklaşık üç katına çıkmıştır. CCC1 ve COT1 genlerinin anlatımında da genel olarak anlamlı bir artış gözlenmiştir. AFT1 geninin anlatım düzeyleri, yüksek demir stresi varlığında azalırken, FET4 genininki ise düşük demir stresi varlığında artmıştır. ZRC1 geni ise, yalnızca yüksek (15 mM) demir stresi altındaki M8FE’de, kontrol koşullarındaki referans suşunun anlatım düzeyinin yaklaşık üç katına çıkmıştır. Yüksek demir stresi, M8FE’de ZRC1 gibi CCC1 ve COT1 genlerinin anlatımında da ciddi bir artışa neden olmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Gen anlatım düzeylerinin analizine dair bulgular, FET3 ve AFT1 genlerinin demir direnci ve ortamdaki demir iyonları düzeyiyle ilişkili olduğunu göstermektedir. Gen anlatım düzeyi verileri, vakuole demir taşınımından sorumlu CCC1 geninin ve çinko ile kobaltın vakuole taşınımından sorumlu ZRC1 ve COT1 genlerinin de yüksek demir stresi varlığında vakuole demir taşınımı ve demir direnci ile ilişkili olabileceğine işaret etmektedir.

INTRODUCTION: The aim of this study was to investigate experimentally the roles of iron transport-related genes involved in iron-resistance mechanism, using the iron-resistant yeast Saccharomyces cerevisiae as a model organism.
METHODS: S. cerevisiae M8FE strain previously made resistant to iron ion in our previous studies was used with S. cerevisiae CEN.PK113-7D reference strain. The expression levels of AFT1, FET3, FET4, COT1, CCC1 and ZRC1 genes known to be related to iron ion transport were comparatively determined under control, low (1 mM) and high (15 mM) iron-stress conditions, using real-time, quantitative polymerase chain reaction (q rt-PCR) method.
RESULTS: Among the investigated genes, FET3 had the highest variation in expression levels. In the presence of 1 mM iron-stress, FET3 expression increased in iron stress-resistant M8FE strain up to about 16-fold of the reference strain under control conditions whereas it increased to about three-fold at high (15 mM) level of iron-stress. Generally significant increases were also observed in CCC1 and COT1 gene expression levels. AFT1 expression levels decreased under high iron-stress while those of FET4 gene increased under low iron stress. ZRC1 expression level increased up to three-fold of the reference strain under control conditions in M8FE grown only under high (15 mM) iron-stress. High iron-stress resulted in a significant increase in CCC1 and COT1 gene expression levels in M8FE, similar to ZRC1.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Gene expression analysis results showed that FET3 and AFT1 genes are related to iron resistance and environmental iron ion levels. Gene expression level data imply that CCC1, responsible for vacuolar iron-transport, ZRC1, for vacuolar zinc-transport, and COT1, for vacuolar cobalt transport which all may be associated with vacuolar iron transport under high levels of iron stress, and iron resistance.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmamızda nöraminidaz kullanılarak siyalik asitin uzaklaştırılmasının koagülaz negatif stafilokoklarda biyofilm oluşumu, bakteri adheransı ve antibiyotik direncine etkisi araştırılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada, çeşitli klinik örneklerden izole edilen 63 adet koagülaz negatif stafilokok izolatı kullanıldı. Bakterilerin slime üretimi, Christensen yöntemi (kalitatif tüp yöntemi) ve kantitatif mikrodilüsyon plak yöntemi ile saptandı. Nöraminidazın, slime oluşumuna ve antibiyotik direncine etkisinin görülmesi amacı ile bakteriler, tek başına nöraminidaz ve artan dilüsyonlarda antibiyotik-nöraminidaz karışımı ile birlikte 96 kuyucuklu U tabanlı polistiren plaklara ekildi. Slime oluşumunun izlenmesi için plaklar kristal viyole ile boyanarak 570 nm’de, antibiyotik direnci için 625 nm’de spektrofotometrik olarak değerlendirildi.
BULGULAR: Koagülaz negatif stafilokok izolatlarında, slime pozitif bakterilerin slime negatif bakterilerden daha fazla adhere olarak çoğaldığının saptanmasına karşın, nöraminidazın slime faktör oluşturan ve oluşturmayan suşların, adherans ve çoğalmasına hiçbir etkisinin olmadığı saptanmıştır. Nöraminidazın slime faktör oluşumuna etkisi incelendiğinde, slime pozitif suşlarda nöraminidazın slime oluşumunu anlamlı olarak azalttığı izlenmiştir. Aynı şekilde nöraminidazın artan doz siprofloksasin ile birlikte uygulandığında, tek başına siprofloksasine göre slime oluşumunu daha fazla azalttığı saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızın, antibiyotiklerin biyofilme etkinliğini arttırmada nöraminidazın rolüne dikkat çekmesi bakımından önemli olduğu düşüncesindeyiz.

INTRODUCTION: We investigated the effect of removing sialic acid from slime by using neuraminidase on bacterial adherence and antibiotic resistance in coagulase negative staphylococcus strains in our study.
METHODS: Sixty-three coagulase negative staphylococci strains isolated from various clinical specimens were used in this study. Slime production of the bacteria was investigated by Christensen method (qualitative tube method) and quantitative microdilution plate method. In order to determine neuraminidase effect on slime formation and antibiotic resistance, bacteria were cultured with neuraminidase only and with increasing dilutions of antibiotic-neuraminidase mixtures, and incubated on 96- well polystyrene plates with U bottom. For observation of slime formation, plates were stained with crystal violet and examined spectrophotometrically at 570 nm and for antibiotic resistance directly at 625 nm.
RESULTS: Adherence of slime-forming coagulase negative staphylococci was greater than non-slime forming bacteria. However, neuraminidase did not affect bacterial adherence and growth in both of the groups. Considering the effect of neuraminidase on slime formation, it was observed that neuraminidase reduced slime formation significantly on slime positive strains. Treatment of bacteria with neuraminidase and increasing doses of ciprofloxacin decreased the slime formation more than ciprofloxacin alone in coagulase negative staphylococci.
DISCUSSION AND CONCLUSION: We believe that our study is important in that it emphasized the role of neuraminidase in increasing the effectiveness of antibiotics on biofilm formation.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Hepatit C virüsünün (HCV) genotiplendirilmesi tedavi protokollerin seçimi ve klinik sürecin takibinde çok büyük önem taşımaktadır. HCV’nin major genotipleri arasında, kötü prognoz ve uzun süreli tedavi ile ilişkili olan genotip 1b, Türkiye’de en sık görülen genotiptir. Bu çalışmada, HCV RNA testi pozitif saptanan 108 hastanın genotip dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Anti-HCV testi mikropartikül EIA (MEIA, Abbott Laboratories, Abbott Park, IL, ABD), kantitatif HCV RNA testi gerçek zamanlı revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (Real-time PCR, Abbott Molecular, Inc., Des Plaines, IL, ABD) yöntemi ile çalışıldı. HCV genotiplendirme ise; HCV ABİ PRİSM 310 Genetik Analizör (Applied Biosystems, ABD) kullanılarak baz dizi analizi yöntemi ile yapıldı.
BULGULAR: Hastaların alanin aminotransferaz (ALT) seviyeleri 10-301 IU/L (ortalama: 64.04±41.9 IU/L) ve HCV RNA seviyeleri ise 1.100–12.473.751 IU/ml (ortalama: 1.665.034±2.463.931) olarak bulundu. Yapılan genotiplendirme sonuçlarına göre, 85 (%79) hastada genotip 1b, sekiz (%7) hastada genotip 1a, yedi (%6.5) hastada genotip 2, bir (%1) hastada genotip 4, bir (%1) hastada genotip 6 ve altı (%5.5) hastada mikst HCV genotipi saptanmıştır. Mikst HCV genotipi saptanan altı hasta değerlendirildiğinde, iki hastada genotip 1a ve 1b, bir hastada genotip 1a ve 4, bir hastada genotip 1a ve 6, bir hastada genotip 1b ve 3, bir hastada ise genotip 1b ve 6 saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda, genotip 1b’nin hastalarımızda en yaygın genotip olduğu saptanmıştır. Hastanemize ait bu ilk verilerden alınan sonuçlar, kronik hepatit C virüs ile enfekte olan kişilere tedavi başlanırken ve klinik sürecin takibinde, mikst HCV genotipleri ile de karşılaşılabileceğinin göz önünde bulundurulmasının hasta takibinde yararlı olacağını düşündürmektedir.

INTRODUCTION: Hepatitis C Virus (HCV) genotyping is of crucial importance in the determination of treatment protocols and follow up of the clinical course. Among the major genotypes of HCV, genotype 1b which is associated with poorer prognosis and longer duration of treatment, is the most frequently seen genotype in Turkey. In this study, we aimed to determine the genotype distribution among 108 HCV RNA positive patients.
METHODS: Anti-HCV and quantitative HCV RNA tests were performed using microparticle EIA method (MEIA, Abbott Laboratories, Abbott Park, IL, USA) and real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction method (Real-time PCR, Abbott Molecular, Inc., Des Plaines, IL, USA) respectively. The genotyping was performed using the base sequence analysis in ABI PRISM 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA).
RESULTS: Alanine aminotransferase (ALT) and HCV RNA levels of the patients were found to be 10-301 IU/L.(mean: 64.04±41.9 IU/L) and 1.100–12.473.751 IU/ml (mean: 1.665.034±2.463.931), respectively. According to the results of the genotyping, genotype 1b was determinated in 85 (79%), genotype 1a in 8 (7%), genotype 2 in 7 (6.5%), genotype 4 in 1 (1%), genotype 6 in 1 (1%) and mixed HCV genotype in 6 patients (5.5%). Evaluation of 6 patients with mixed HCV genotypes revealed the presence of genotype 1a and 1b (n=2), genotype 1a and 4 (n=1), genotype 1b and 3 (n=1), one patient had genotype 1b and 6 (n=1), and genotype 1a and 6 (n=1) in respective number of patients.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Genotype 1b was found to be the most prevalent genotype among our patients. The results from this preliminary data related to our hospital suggest that taking mixed HCV types in consideration would be helpful during initiation of treatment and clinical follow-up process in chronic HCV infected patients.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üreten Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarının etken olduğu ürosepsis olgularında, karbapenem dışı antibiyotiklerin ardışık oral tedavi olarak kullanımının retrospektif olarak incelenmesi amaçlandı.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya dâhil edilen hastalar iki grupta değerlendirildi. Grup 1’de 14-21 (ortanca: 14) gün süreyle karbapenem tedavisi alan 14 olgu incelendi. Grup 2’de ise 3-11 (ortanca: 6) gün karbapenem tedavisi aldıktan sonra oral ardışık tedavi olarak siprofloksasin veya trimetoprim-sulfametoksazol kullanan 12 olgu değerlendirildi. Her iki grup arasında, olguların klinik özellikleri ve tedavi sonuçları karşılaştırıldı.
BULGULAR: İki gruptaki olgular klinik ve demografik bulgular açısından benzerdi. Etken mikroorganizma, olguların dokuzunda E. coli iken, 17 olguda K. pneumoniae idi. Yirmi dört olguda iyileşme sağlandı. Her iki gruptan birer olguda relaps gelişti.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışma sonucunda, genişlemiş spektrumlu beta laktamaz üreten E. coli ve K. pneumoniae izoatlarının etken olduğu ürosepsis olgularının tedavisinde karbapenem tedavisi sonrası oral ardışık tedavinin etkin olabileceği ve konuyla ilgili daha geniş, prospektif ve randomize çalışmaların yararlı olacağı düşünüldü.

INTRODUCTION: The aim of this study was retrospective investigation of the use of non-carbapenem antibiotics as oral sequential therapy in patients with urosepsis caused by extended- spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates.
METHODS: Patients included in the study were evaluated in two groups. Group 1 consisted of 14 patients who underwent carbapenem therapy for 14-21 (median: 14) days, while Group 2 consisted of 12 patients who received carbapenem therapy for 3-11 (median: 6) days, followed by oral sequential therapy with ciprofloxacin or trimethoprim-sulfamethoxazole. The clinical features and treatment outcomes of patients in each group were compared.
RESULTS: Patients in both groups were similar in terms of demographic and clinical findings. The causative agent was E. coli in 9 cases while K. pneumoniae was isolated in 17 cases. Clinical improvement was noted for 24 patients while relapse occurred in one case from each group.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As an outcome we think that oral sequential therapy may be effective after carbapenem therapy in patients with urosepsis caused by extended spectrum beta-lactamase producing bacteria and further evaluation with extended, prospective and randomized studies would be helpful.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) özellikle hastane kaynaklı enfeksiyonların önde gelen bir patojeni olarak tüm dünyada önemli bir sağlık sorunudur. Metisilin direncini kodlayan mecA gen varlığı altın standart yöntem olarak kabul edilen Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile gösterilebilmesine rağmen, rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında olanakların kısıtlı olması PZR kullanımını sınırlandırmaktadır. Bu nedenle güvenilir MRSA tanısı koyabilmek için kullanılan fenotipik yöntemler hâlen tanıda önemli bir yer tutmaktadır. Başkent Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gelen çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş S. aureus izolatlarında metisilin direncini belirlemede kullanılan fenotipik yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya 118 S. aureus izolatı dâhil edilmiştir. Sefoksitin disk difüzyon testi (SDD) ile bu izolatların 50’si metisiline dirençli, 68’i duyarlı olarak bulunmuştur. SDD testi referans yöntem olarak kabul edilerek metisilin direncini belirlemek için kromojenik besiyeri, gradient difüzyon testi ve oksasilin tarama besiyeri kullanılmıştır.
BULGULAR: Oksasilin tarama besiyeri, kromojenik besiyeri ve gradient difüzyon testinin duyarlılıkları sırasıyla; %100, %96 ve %92; özgüllükleri ise %91, %7 ve %100 olarak bulunmuştur. Bu sonuçlara göre, kromojenik besiyerinin metisilin direncini belirlemesi istatistiksel açıdan anlamlı bulunmamıştır (p=0.697). Diğer fenotipik yöntemlerin metisilin direncini tespiti istatistiksel açıdan anlamlı bulunmuştur (p<0.001). Yüksekten düşüğe test maliyetleri sıralaması ise gradient difüzyon testi, kromojenik besiyeri, oksasilin tarama besiyeri ve disk difüzyon testi şeklindedir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada kullanılan fenotipik yöntemlerin tümü rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında metisilin direncinin tespiti için kullanılabilir niteliktedir, ancak kromojenik besiyeri ile yanlış pozitif sonuçlar elde edilebildiğinden özellikle MRSA yönünden pozitif çıkan sonuçlarda tek başına kullanılmaması, başka bir fenotipik yöntemle sonucun doğrulanması gerektiği düşüncesine varılmıştır.

INTRODUCTION: Methicillin- resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major health concern worldwide as one of the predominant pathogens in nosocomial infections. Although Polymerase Chain Reaction (PCR) is the gold standard method for the detection of mecA gene which codes methicillin resistance, limited opportunities in routine microbiology laboratories restrict the use of PCR. Therefore, phenotypic methods for the detection of MRSA still have an important role in diagnosis. The aim of this study is to compare the phenotypic methods used to determine methicillin resistance of S. aureus strains isolated from various clinical samples at Başkent University Medical Microbiology Laboratory.
METHODS: A total of 118 S. aureus isolates were analyzed in the study. By using cefoxitin disc diffusion (CDD) method 50 of these isolates were found to be methicillin- resistant and 68 were methicillin- susceptible. Chromogenic medium, gradient diffusion test and oxacillin screening agar were used for the detection of methicillin resistance, and CDD was accepted as the reference method.
RESULTS: The sensitivities, and specificities of oxacillin screening agar, chromogenic medium and gradient diffusion test were 100%, 96% and 92% vs 91%, 7% and 100%, respectively. According to these results the detection of methicillin resistance by chromogenic media was not found to be statistically significant (p=0.697). Detection of methicillin resistance by the other phenotypic methods was detected to be statistically significant (p<0.001). The costs of the methods used based on decreasing amounts of expenses are gradient diffusion test, chromogenic media, oxacillin screening agar and cefoxitin disc diffusion test.
DISCUSSION AND CONCLUSION: All of the phenotypic methods employed in this study can be used for the detection of methicillin resistance in routine microbiology laboratories, however since false- positive results can be obtained with chromogenic media, it has been concluded that especially positive isolates detected in CDD method should be reevaluated, and confirmed by using other phenotypic methods.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Demodex sp. insan cildinde yaygın olarak görülen bir ektoparazittir. Çeşitli çalışmalarda blefarit olguları ile ilişkili olduğundan bahsedilmektedir. Altmış iki yaşında, 11 aydır sol göz kapağında şişlik ve kızarıklık olan ve anti-histaminik tedavisine yanıt vermeyen hasta laboratuvarımıza yönlendirildi. Hastanın göz çevresine uygulanan standart yüzeyel deri biyopsisi preparatında ve sol göz kapağından epilasyon ile elde edilen kirpikte Demodex folliculorum tespit edilerek topikal yöntemle (%1 metronidazol + %2 üre 1 ay) tedavi edildi. Blefarit tanısı alan olguda Demodex folliculorum saptanması, normal cilt faunasında da bulunabilen bu ektoparazitin patojen olarak karşımıza çıkabileceğini göstermiştir. Tedaviye yanıt alınamayan blefarit olgularında Demodex sp. infestasyonunun da akla getirilmesi gereklidir. Doğru tanının konması ve uygun tedavinin uygulanabilmesi için tanı algoritmasına Demodex türlerinin aranmasına yönelik yöntemler eklenmelidir.

Demodex is a common ectoparasite of human skin. The association with blepharitis is mentioned in various researches. Sixty-two-year-old patient with left eyelid swelling and erythema for 11 months which did not respond to antihistaminic treatment was referred to our laboratory. Demodex folliculorum was detected on standard superficial skin biopsy smear prepared from around the eye and on the eyelash epilated from his left eyelid. The patient responded dramatically to topical treatment (metronidazole 1% + urea 2%) and was cured. The detection of D. folliculorum in this blepharitis case shows the pathogenic potential of this ectoparasite which can also be found in normal skin flora. Demodex infestation should be considered in cases of blepharitis which do not respond to therapy. Methods for investigating Demodex spp. should be added to blepharitis diagnosis algorithm for accurate diagnosis and appropriate treatment.

Makale Özeti | Tam Metin PDF