Moleküler bir saat olarak tanımlanabilen sirkadiyen ritim metabolik, biyokimyasal, hormonal değişiklikler bütünüdür. Bitkiler, memeliler, böcekler, mantarlar gibi ökaryotik canlılarda sirkadiyen ritim benzerliklerin ve farklılıkların olduğu kompleks moleküler mekanizmalarla görülmektedir. Basit bir yașam tarzına sahip oldukları düşünülen siyanobakterilerde de sirkadiyen ritmin kompleks mekanizmalarla ortaya çıktığı görülmektedir. Bu mekanizmaya bağlı olarak fotosentez gün ışığında, azot fiksasyonu ise karanlıkta gerçekleştirilir. Siyanobakterilerin oluşturdukları ritim gün ışığındaki değişimden bağımsız olarak da görülmektedir. Mekanizma üç temel adımdan oluşmaktadır: osilatör, giriş yolu (Input pathway) ve çıkış yolu (Output pathway). Giriş yollarından osilatörlere gelen bilgiler gen ifadesine çevrilir ve çıkış yolları (output pathway) tarafından belirli hücresel aktivitelerin günlük ritimde gerçekleşmesi sağlanır. Non-fotosentetik mikroganizmalarda da sirkadiyen ritme benzeyen ritimler görülmüştür. Bakteriyel sirkadiyen ritmin göz önünde bulundurulmasıyla antibiyotik direnci, disbiyozis gibi sorunlarla mücadele sağlanabilir. Endüstri ve tarım alanlarında ise hem ürünün hem de üretimin kalitesini olumlu anlamda şekillendirebilecek yenilikler gerçekleştirilebilir.

Circadian rhythm, which can also be defined as a molecular clock, is the whole of metabolic, biochemical, and hormonal changes. Circadian rhythm can be seen through molecular mechanisms with similarities and differences in prokaryotes, fungi, plants, and insects. These rhythm is also seen in cyanobacteria, which are thought to have an extremely simple lifestyle. Depending on the rhythm, it performs photosynthesis in day and nitrogen fixation at night. The circadian rhythm created by cyanobacteria has started to appear independent of the change in daylight after. This mechanism can be examined in three basic steps; ‘oscillator’, ‘input pathway’, and ‘output pathway’. The information coming to the oscillators from the input pathways is translated into gene expression, and by the output pathways, certain cellular activities occur in a daily rhythm. Rhythms that resemble the circadian rhythm are also observed in non-photosynthetic microorganisms. By considering the bacterial circadian rhythm, problems such as antibiotic resistance and dysbiosis can be combated in the field of medicine. In the field of industry and agriculture, innovations that can positively shape the quality of both the product and the production, can be realized.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmamızın amacı, iş yerlerindeki çalışma şartlarından, kullanılan malzeme, makine ve tesisattan, insan ve organizasyon hatalarından kaynaklanan tehlikeler dikkate alınarak çalışanların sağlık ve güvenliklerini etkileyebilecek tüm unsurların belirlenerek değerlendirilmesi ve risklerin kontrol altına alınması için bir kılavuz hazırlanmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Araştırma kapsamında, internet ağ bazlı verilerin yanı sıra belirtilen birimlerde çalışan toplam altı yetkili bireyin (her birimden iki çalışan) ifadelerinden faydalanılmıştır. Risk değerlendirme çalışmasını yapan ekip; işveren, işyerinde sağlık ve güvenlik hizmetini yürüten iş güvenliği uzmanları ile işyeri hekimleri, laboratuvar yöneticileri, çalışmadaki bütün birimleri temsil edecek şekilde belirlenen, mevcut veya muhtemel tehlike kaynakları ile riskler konusunda bilgi sahibi çalışanlardır.
BULGULAR: Mikrobiyoloji laboratuvarında kişisel koruyucu ekipman kullanımına dikkat edilmemesine bağlı enfeksiyon bulaşma riski ve gürültü riski yüksek risk olarak bulunmuştur. Sterilizasyon ünitesinde tüm riskler orta risk olarak belirlenmiştir. Kan transfüzyon merkezinde yanlış hastaya yanlış kan ürünü verilmesi riski yüksek risk olarak bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Kişisel koruyucu ekipman kullanımına özen gösterilmeli, hasta numunelerinin barkodlandırılmalarına dikkat edilmeli, cihazların bakımı zamanında yapılmalıdır. Yüksek riskli durumlar orta seviyeye düşürülmeli, çalışanlar risk konusunda eğitilmelidir.

INTRODUCTION: The aim of our study is to determine and evaluate all factors that may affect the health and safety of the employees, considering the dangers arising from the working conditions in the workplaces, the materials, machinery and installations used, human and organizational errors, and to prepare a guide for controlling the risks.
METHODS: Within the scope of the research, in addition to the internet web-based data, the statements of a total of six authorized individuals (two employees from each unit) working in the specified units were used. The team carrying out the risk assessment study, employers, occupational safety specialists who carry out health and safety services in the workplace, occupational physicians, laboratory managers, employees who are determined to represent all units in the study and who have information about the current or potential sources of the danger and risks.
RESULTS: The risk of infection transmission and noise risk due to not paying attention to the use of personal protective equipment in the microbiology laboratory were found to be high risks. All risks in the sterilization unit were determined as medium risks. The risk of giving the wrong blood product to the patient in the blood transfusion center was found to be a high risk.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Attention should be paid to the use of personal protective equipments, barcoding of patient samples should be considered, and devices should be maintained on time. High-risk situations should be reduced to medium, and employees should be trained on the risk assessment procedures.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Mucoromycotina alt şubesinin Mucorales takımında sınıflandırılan Mucor circinelloides esasen endüstriyel, biyoteknolojik ve tarımsal öneme sahip, nadiren de tıbben önemi olan, oksijene bağlı dimorfizm gösteren saprofit bir mantardır. Bu çalışmanın amacı, M. circinelloides’in maya ve küf dönüşümünün gösterilmesi ve bu iki formun in vivo virülansının larva modelinde gösterilmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Mucor circinelloides’in anaerobik ve aerobik koşulda üreyen kolonilerinin maya ve küf dönüşümü gerçekleştirilmiş, küften mayaya ve mayadan küfe dönüşümleri gözlenmiştir. Koloniler boyasız olarak veya laktofenol pamuk mavisi ve metilen mavisi ile boyanarak mikroskop altında incelenmiştir. Rastgele seçilmiş 70 adet Galleria mellonella larvası in vivo model olarak kullanılmıştır. Enfeksiyon oluşturulan larvalar 30°C’de bekletilmiş ve her gün canlı kalan larva sayıları hesaplanarak virülans özellikleri karşılaştırılmıştır.
BULGULAR: Sabouraud dekstroz agarda (SDA) 37°C etüvde 96 saatlik inkübasyonun ardından küf kolonisi elde edilmiştir. Küf kolonisinden yapılan ekim, hava sızdırmaz kap içerisinde 25°C’de, 96 saat inkübasyonun ardından maya formuna dönüşmüştür. Küf ve maya formu ile enfekte edilen larvaların hayatta kalım oranları benzer bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda, M. circinelloides’in dimorfik maya ve küf formları ile oluşturulan Galleria mellonella enfeksiyon modelleri arasında belirgin bir virülans farkının olmadığı saptanmıştır.

INTRODUCTION: Mucor circinelloides is a saprophytic fungus classified under Mucorales order of subphylum Mucoromycotina and showing dimorphism-dependence on oxygen, with medical, industrial, biotechnological and agricultural significance. The aim of this study is to show the transformation of M. circinelloides yeast and mould forms and to reveal the virulence characteristics of these two forms in an in vivo Galleria mellonella larvae model.
METHODS: M. circinelloides was incubated under anaerobic and aerobic conditions to show its mould to yeast and yeast to mould transformation. Yeast and mould forms were examined under the microscope with direct uncoloured, lactophenol cotton blue and methylene blue preparations. Randomly selected 70 larvae were used as in vivo larvae model. Infected larvae were incubated under 30°C and the number of survived larvae was documented; thus the virulence of the yeast and mould forms were compared.
RESULTS: Mould colony was isolated after 96 hours of incubation at 37°C on Sabouraud dextrose agar plates. Subcultured mould colony transformed into the yeast form after 96 hours of incubation at 25°C in a desiccator box. Survival rates of larvae infected by yeast and mould forms were found to be similar.
DISCUSSION AND CONCLUSION: We concluded that there was no significant difference between virulence of M. circinelloides yeast and mould forms in G. mellonella larvae model.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Gebelikte geçirilen Toxoplasma gondii, rubella, sitomegalovirüs (CMV), herpes virüs enfeksiyonları fetüs ve yenidoğanda sarılık, katarakt, mikrosefali, fetal ölüm gibi klinik tablolara yol açabilir. Bu nedenle hastanemize takip için başvuran hamile kadınlarda bu etkenlerin seroprevalansının araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda 1 Mart 2017-28 Şubat 2022 tarihleri arasında laboratuvarımıza T. gondii, rubella, CMV serolojisinin incelenmesi için gönderilen 16-49 yaş aralığındaki hamile kadınlara ait 982 anti-T. gondii IgM ve IgG, 1018 anti-Rubella IgM ve IgG, 456 anti-CMV IgM ve IgG sonuçları hastane otomasyon sistemi kullanılarak retrospektif olarak incelenmiştir. T. gondii, Rubella ve CMV’ye özgü antikorların tespiti için Enzyme Linked Fluorescent Assay (ELFA-VIDAS, bioMérieux, Fransa) yöntemi kullanılmıştır.
BULGULAR: Çalışmamızda anti-T. gondii IgM pozitifliği %9.87, anti-T. gondii IgG pozitifliği %28.30; anti-Rubella IgM pozitifliği %1.96, anti-Rubella IgG pozitifliği %98.13; anti-CMV IgM pozitifliği %1.53, anti-CMV IgG pozitifliği ise %99.78 olarak tespit edilmiştir. Anti-T. gondii IgM pozitifliğinin yaşın azalması ile istatistiksel olarak arttığı (p<0.001) bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Konya bölgesindeki anti T. gondii IgM pozitifliğinin çalışmamızda daha yüksek bulunmasının; et ağırlıklı veya az pişmiş etle beslenme alışkanlığı, sosyoekonomik düzey, tarım, hayvancılık bölgesi olması ve laboratuvarımızda duyarlılığı ve özgüllüğü yüksek ELFA yönteminin kullanılıyor olmasından sebebiyle olduğunu düşünmekteyiz. Genç kadınlarda gerekli önlemler alınarak bulaş ihtimali azaltılmalıdır.

INTRODUCTION: Toxoplasma gondii, rubella, cytomegalovirus (CMV) infections during pregnancy may cause clinical symptoms such as jaundice, cataract, microcephaly, fetal death in fetus and newborn. Therefore, we aimed to investigate the seroprevalence of these agents in pregnant women.
METHODS: The serology test results of pregnant women aged within 16-49 years, performed in the our laboratory between March 1st, 2017 and February 28th, 2022, were evaluated in terms of T. gondii, rubella and CMV. A total of 982 anti-T. gondii IgM and IgG, 1018 anti-Rubella IgM and IgG, 456 anti-CMV IgM and IgG test results were analyzed retrospectively, using the hospital patient follow-up program. For the detection of antibodies specific to T.gondii, Rubella and CMV, Enzyme Linked Fluorescent Assay (ELFA-VIDAS, bioMérieux, France) method was used in accordance with the manufacturer’s instructions.
RESULTS: Our study results shows that the positivity rates of anti-T. gondii IgM and IgG were 9.87% and 28.30%, respectively; anti-Rubella IgM and IgG were 1.96% 98.13%, respectively; and anti-CMV IgM and IgG were 1.53% and 99.78%, respectively. In addition, the increase in anti-T. gondii IgM positivity rate was found to be increased statistically with decreasing age in our study.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The higher anti-T. gondii IgM positive rates in Konya may be due to meat-based diet, undercooked meat consumption, socioeconomic level, Konya’s being an agriculture and livestock region, and the use of highly sensitive and specific ELFA method within our laboratory. The possibility of contamination risk should be decreased by necessary measures in young women.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Son 50 yıldır denizel ekosistemlere sahip ülkeler, evsel ve endüstriyel deşarj kaynaklı kirlilik, aşırı avlanma, yerli olmayan türlerin tehdidi ve iklim değişikliği, sucul ekosistemlerde pH değişimleri gibi antropojenik baskılarla ve çevresel problemler ile karşı karşıyadır. Farklı kaynaklardan gelen ksenobiyotik bileşikler, toksik olan/olmayan maddeler ile kimyasal etkileşim (sinerjistik/antagonistik ters/toplam) içerisinde olup, toksisiteyi meydana getirmektedir. Yüzeysel sularda tespit edilen makro kirleticilerin yanı sıra, mikro kirleticilerin varlığı ve oluşturdukları toksisite son yıllarda giderek artan bir önem kazanmıştır. Evsel ve endüstriyel atıksular aracılığıyla arıtma tesislerine gelen bu kirleticiler ortalama %80 oranlarında giderilebilmektedir. Ancak, özellikle nüfus yoğunluğunun yüksek olduğu büyükşehirlerin atıksu debisi dikkate alındığında, artan yükün giderim verimleri üzerine baskısı sonucunda bu kirleticilerin yüzeysel sulara deşarj yoluyla ulaştığı bilinmektedir. Dolayısıyla, bu çalışmanın amacı İstanbul yüzeysel sularında özellikle dere yolu ile deşarj yapan ileri biyolojik atıksu arıtma tesisleri çıkış sularının yüzey sularına karıştığı alanlardan alınan su numunelerinde akut toksisite seviyelerinin belirlenmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Biyolüminesans bakteri (Aliivibrio fischeri) ile akut toksisite testi gerçekleştirilmiş ve sonuçların yorumlanması için analitik yöntemler kullanılmıştır.
BULGULAR: Bu istasyonlardan elde edilen sonuçlarda genel olarak “hormesis” verisine rastlanılmıştır. Ambarlı istasyonu yüzey sularının toksisite seviyesinde “aşırı derecede toksik” ve Ataköy istasyonu yüzey sularında “çok toksik” seviyelerine ait sayısal sonuçlar dikkat çekicidir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Kanalizasyon sistemine kaçak deşarj yapan endüstriyel kuruluşların atıksularının içerdiği bazı kirleticiler ve atıksu arıtma tesislerine gelen öncelikli mikrokirleticiler yüzey suları ile buluştuğu noktada, su kalitesini ekotoksikolojik açıdan olumsuz etkileyebilmektedir.

INTRODUCTION: In addition to macro-pollutants detected in surface waters, micro-pollutants in water bodies and the toxicity of these pollutants have become increasingly important in recent years. The removal efficiency of these pollutants reaching domestic and industrial wastewater and wastewater treatment plants has increased to up to 80%. However, considering the wastewater throughput of metropolitan cities, it is known that these pollutants reach surface waters with the discharge at the end of the plant, as the increased load presses on the removal efficiency. Our aim in this study is to determine the acute toxicity in water samples from surface waters in Istanbul.
METHODS: The study was conducted primarily in areas where effluent from advanced biological treatment plants discharged via the stream mixes with surface waters.
RESULTS: An acute toxicity test with bioluminescent bacteria (Aliivbrio fischeri) was performed and the results were interpreted using analytical methods. “Hormesis” data were generally found in the results from these stations. Noteworthy are the numerical results of the “extremely toxic” values in the surface water of the Ambarlı station and the “very toxic” values of the Atakoy station.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Pollutants and micropollutants contained in the effluents of industrial facilities that illegally discharge into the sewerage system and enter the treatment plant can ecotoxicologically affect water quality at the point where they mix with surface waters. Rapid, sensitive and microscale toxicity tests are recommended as a promising tool for integrated environmental quality assessment.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Candida auris, yüksek virülansı, çoklu ilaç direnci, ciddi hastane enfeksiyonuna neden olması ve laboratuvar tanımlamasındaki zorluklar nedeniyle küresel bir tehdit oluşturmaktadır. İlk tanımlandığı 2009 yılından bu yana birçok ülkeden olgular rapor edilmiştir. Son zamanlarda ülkemizden de C. auris enfeksiyon olguları bildirilmektedir.
Olgu, İzmir’den bildirilen ilk olgu olup ortopedi bölümünde yatan ileri diyabetik ayak enfeksiyonu olan 59 yaşındaki erkek hastadır. Dış merkezde bilateral femoropopliteal bypass operasyonu uygulanan hasta diyabetik ayak tanısını almıştır. İyileşmeyen nekrotik yaralar nedeniyle ortopedi bölümüne başvuran hastanın özgeçmişinde Tip 1 diyabet, hipertansiyon, hiperlipidemi ve koroner arter hastalığı mevcuttur. Hastaya uygulanan operasyonda sağ 2. metatars ve falanks çıkarılarak nekrotik doku debride edilmiştir. Yaradan alınan doku örneklerinin mikrobiyolojik değerlendirmelerinde maya ve gram negatif bakteri hücreleri görülmüş, kültür ve MALDI-TOF MS ile tanımlama yapılmıştır. Hastaya ampirik tazocin ve llinezolid tedavisi başlanmıştır. Ameliyat sonrası dönemde devam eden yara akıntısı ve nekroz görünümü nedeniyle hasta diz ekleminin yaklaşık 15 cm distalinden ampute edilmiştir.
Kültürde üreyen maya ve bakteri kolonileri MALDI-TOF MS ile sırasıyla C. auris ve Klebsiella aerogenes ve Pseudomonas aureginosa olarak tanımlanmıştır. C. auris, ITS bölgesi sekans analizi sonucunda %99 homoloji ile doğrulanmıştır. Yapılan antifungal duyarlılık çalışmasında MİK değerleri flukonazol, amfoterisin B ve kaspofungin için sırasıyla >64 μg/ml, 2 μg/ml ve 0.25 μg/ml olarak saptanmıştır. İkinci amputasyondan sonra yara çevresindeki dokudan alınan sürüntü örnekleri ve nazal sürüntü örneğinde C. auris üremesi saptanmamıştır. Diz altı amputasyon ile bu hasta için muhtemel iyileşme olduğu düşünülmüştür.
Ülkemizde artık C. auris enfeksiyonları akla getirilmelidir. C. auris’in doğru tanımlanması ve gerçek prevalansının belirlenmesinde MALDI-TOF MS büyük kolaylık sağlamaktadır. C. auris enfeksiyonunda diyabetin en önemli predispozan faktörlerden biri olması nedeniyle diyabetik ayak enfeksiyonlarında etken olarak akılda tutulmalıdır.

Candida auris is a rare yeast species with a global threat due to its high virulence, multi-drug resistance, serious nosocomial infections and difficulties in laboratory identification. Cases from many countries have been reported since it was first described in 2009. Recently, C. auris infections have been reported from our country.
This is the first case reported from İzmir in a 59-year-old male patient with advanced diabetic foot infection, hospitalized in the department of orthopedics. The patient who underwent bilateral femoropopliteal bypass operation in another center was diagnosed with diabetic foot. The patient had non-healing necrotic wounds, and has a history of Type 1 diabetes, hypertension, hyperlipidemia, and coronary artery disease. In the surgical operation, the right 2nd metatarsal and phalanx of the patient were removed and the necrotic tissue was debrided. Yeast and gram negative bacterial cells were observed in the microbiological evaluation of tissue samples taken from the wound, and the species identification was made with culture and MALDI-TOF MS. Empirical tazocin and linezolid therapy were given to patient. The patient was amputated approximately 15 cm distal to the knee joint due to the ongoing wound discharge and necrosis in the postoperative period.
Yeast and bacterial colonies grown in culture were identified by MALDI-TOF MS as C. Auris, Klebsiella aerogenes and Pseudomonas aureginosa. C. auris was confirmed with 99% homology as a result of ITS region sequence analysis. In the antifungal susceptibility study, MIC values for fluconazole, amphotericin B and caspofungin were >64 μg/ml, 2 μg/ml and 0.25 μg/ml respectively. C. auris growth was not detected in the swab samples taken from the tissue around the wound where the knee joint was amputated approximately 15 cm distal and in the nasal swab sample. Possible improvement was considered for this patient with below-knee amputation.
From now on, C. auris infections should be kept in mind in our country. MALDI-TOF-MS provides great convenience in accurate identification and determination of the true prevalence of C.auris. Since diabetes is one of the most important predisposing factors in C. auris infection, it should be kept in mind as a factor in diabetic foot infections.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Myroides cinsi, daha önce Flavobacterium odoratum olarak sınıflandırılan aerobik, hareketsiz, sarı pigmentli, karakteristik meyvemsi kokuya sahip, oksidaz-pozitif, Gram-negatif çubuk şeklinde bakterilerdir. Su ve toprak gibi çevresel kaynaklarda yaygın olarak bulunurlar. Myroides düşük seviyeli bir patojen olarak kabul edilse de, immün yetmezliği olan hastalarda hayatı tehdit edebilecek menenjit, zatürre, idrar yolu ve yumuşak doku enfeksiyonlarına neden olabilmektedir. Birçok antibiyotiğe dirençli olmaları nedeniyle tedavileri zordur. Hastane enfeksiyonlarına ve ölümlere neden olabilirler. Myroides spp. olgularının gittikçe artan sayıda bildirilmeye başlanması dikkat çekmiştir. Bu çalışmada altta yatan hastalıkları bulunmayan ve idrar kültüründe Myroides odoratimimus üreyen 46 yaşındaki kadın hasta sunulmaktadır.

Myroides is a type of bacteria that was previously classified as Flavobacterium odoratum. It is aerobic, immobile, yellow-pigmented, oxidase positive and gram-negative rod with a characteristic fruity smell. They are commonly found in environmental resources such as water and soil. Although Myroides is considered a low-level pathogen, it can cause life-threatening meningitis, pneumonia, urinary tract and soft tissue infections in immunocompromised patients. They are difficult to treat because of the resistance to many antibiotics. They can cause hospital infections and deaths. Myroides spp. has drawn attention with the increasing number of cases reported. This study presents a 46-year-old female patient with no underlying diseases and Myroides odoratimimus growth in urine culture.

Makale Özeti | Tam Metin PDF