Karbapenemaz Üreten Enterobacteriaceae Üyelerinin Rektal Sürüntü Örneklerinden Saptanmasında BD MAXTM CRE Yönteminin Etkinliği
Ayşe Nur Sarı1, Sema Alp Çavuş3, Zeynep Gülay21Sanko Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Gaziantep2Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir
3Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir
GİRİŞ ve AMAÇ: BD MAXTM CRE Assay, karbapenem dirençli Enterobacteriaceae üyelerinde KPC, OXA-48 ve NDM direnç genlerinin belirlenmesinde kullanılan, DNA eldesi gibi basamakları otomatize olan, bir gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi (PZT) kitidir. Bir seferde 24 örneğin çalışılabildiği bu sistemde, örneklerin yaklaşık 20-30 dakika süren ön işlemlenmesinden sonra, 2.5-3 saatte sonuç alınabilmektedir. Bu çalışmada, BD MaxTM CRE Assay yöntem etkinliğinin Moleküler Epidemiyoloji Laboratuvarımızda kullanılan yöntem ile karşılaştırarak araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde riskli ünitelerde yatan hastalardan alınan rektal sürüntü örneklerinde, BD MaxTM CRE Assay ve Moleküler Epidemiyoloji Laboratuvarı’mızda kullanılan kültür ve “in-house” polimeraz zincir tepkimesi (PZT) yöntemi ile karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae (KÜE) taranmıştır. Her iki yöntem için de 46 hasta örneği çalışmaya dâhil edilmiş olup,
karbapenemaz genleri bilinen iki örnek de pozitif kontrol olarak eklenmiştir.
BULGULAR: Enterobacteriaceae üyelerinde herhangi bir karbapenemaz geninin pozitifliği esas alınarak değerlendirme yapıldığında, her iki yöntemle de 26 örnekte Enterobacteriaceae üyelerinde karbapenemaz geni saptanmamıştır. On beş örnekte ise saptanan enzimler arasında fark olmakla birlikte, her 2 yöntemle de en az bir karbapenemaz geni saptanmıştır. Kalan 5 örneğin 3’ünde kültür ve PZT yöntemi ile 2’sinde ise BD MAXTM CRE ile karbapenemaz geni saptanmıştır. BD MAXTM CRE için duyarlılık %88, özgüllük %90, negatif prediktif değer %93 ve pozitif prediktif değer %83 olarak hesaplanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: BD MAXTM CRE sistemi etkinliğinin belirlenmesinde daha fazla sayıda çalışmaya gereksinim olmakla birlikte, çalışma bulgularımız, yöntemin karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae üyelerinin hızla saptanmasını ve taşıyıcıların belirlenmesini sağlamak amacıyla kullanılmaya uygun olduğunu göstermektedir.
Efficiency of BD MAXTM CRE Method on Detection of Carbapenemase-Producing Enterobacteriaceae spp. from Rectal Swab Samples
Ayşe Nur Sarı1, Sema Alp Çavuş3, Zeynep Gülay21Sanko University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Gaziantep2Dokuz Eylül University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Izmir
3Dokuz Eylül University Faculty of Medicine, Department of Infectious Diseases and Medical Microbiology, İzmir
INTRODUCTION: BD MAXTM CRE is a real-time polymerase chain reaction (PCR) assay kit which determines KPC, OXA-48 and NDM genes where all steps like DNA extraction are automatized. Twenty- four samples can be loaded to the system in one run and results can be obtained in 2.5-3 hours. In this study, our aim was to investigate efficiency of BD MAXTM CRE assay’s by comparing the system with in-house method used in our molecular epidemiology laboratory.
METHODS: Carbapenemase- producing Enterobacteriaceae (CPE) were screened in rectal swab samples of patients hospitalized in units with increased risk for nosocomial infection. Both BD MAXTM CRE assay and culture followed by an “in-house” PCR method already in use in our molecular epidemiology laboratory, were performed. Forty-six rectal swab samples were included in the study and also two samples with predetermined carbapenemase gene types were included as positive controls in each run.
RESULTS: When evaluation based on any carbapenemase gene positivity in Enterobacteriaceae members was performed, no carbepenemase genes were detected in twenty-six samples by both methods. In although different enzyme types were identified in fifteen samples, at least one carbapenemase gene was found by two methods. In three samples, carbapenemase genes were detected only by the “in house” method following the bacterial culture and for the remaining two only by BD MAXTM CRE assay. Sensitivity, specificity, positive, and negative predictive values for BD MAXTM CRE assay were 88, 90, 83, and 93%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Although further studies are needed to determine the efficiency of BD MAXTM CRE system. Our results indicate that BD MAXTM CRE Assay is suitable for use in that it enables rapid detection of carbapenemase–producing Enterobacterteriaceae strains, and carriers.
Sorumlu Yazar: Zeynep Gülay, Türkiye
| ARAÇLAR |
 Tam Metin PDF Yazdır Alıntıyı İndir RIS EndNote BibTex Medlars Procite Reference Manager E-Postala Paylaş Yazara e-posta gönder
Benzer makaleler Google Scholar |