Biyofilmler. gerek tıbbi cihaz ve biyomateryaller üzerinde gerekse konakçı epitel hücreleri ve mukozal yüzeylerde oluşabilen ve pek çok farklı hastalıkta rol oynayan mikro-ekosistemlerdir.
Biyofilm oluşumunu belirleme yöntemleri, biyofilm enfeksiyonlarının engellenebilmesi için oldukça önemlidir. Biyofilm oluşumunu saptamada sıklıkla kullanılan kolorimetrik esaslı yöntemlerin çeşitli dezavantajları bulunduğundan, standart, hızlı ve güvenilir yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Biyofilm saptama amacıyla da kullanılabilen çeşitli yeni teknolojiler geliştirilmiştir. Bunlar arasında; elektrik akımına dirençteki değişimin saptandığı “gerçek zamanlı hücre analizi” yöntemi, kızılötesi ışınların penetrasyonundaki değişimin ölçüldüğü “fiber-optik sensör” yöntemi ve biyofilm matriks komponentlerini saptamaya dayalı “luminisan konjue oligotiyofen” yöntemi umut vadetmektedir. Bu yöntemler ile daha duyarlı, hızlı ve kantitatif olarak biyofilm yapısı belirlenebilmektedir.

Planktonik haldeki bakterilerin antibiyotik direncinin yanı sıra, biyofilm yapısından kaynaklanan direnç, biyofilm enfeksiyonlarında tedaviyi daha da zorlaştırmaktadır. Biyofilm direncinin multifaktöriyel bir olay olduğu ve birden fazla mekanizmanın eş zamanlı etkisiyle ortaya çıktığı düşünülmektedir. Derlememizde, bakteriyel biyofilmlerin oluşumu ile bunu etkileyen faktörler, biyofilm saptama yöntemleri, biyofilm enfeksiyonları ve biyofilm direncinde rol oynayan etkenler incelenmektedir.

Biofilms are micro-ecosystems that can occur on medical devices and biomaterials, or on host epithelial cells and mucosal surfaces, and play a role in many different diseases.
Methods for determining the formation of biofilm are very important for preventing biofilm infections. Since colorimetric methods which are frequently used to detect biofilm formation have various disadvantages, there is a need for standard, rapid and reliable methods. Various new technologies have been developed that can also be used for biofilm detection. Among these; "real-time cell analysis" method that detects the change in resistance to electric current, "fiber-optic sensor" method in which the change in penetration of infrared rays is measured, and "luminescent conjugated oligothiophene" method based on detecting biofilm matrix components are promising. With these methods, biofilm can be determined more sensitively, quickly and quantitatively.
In addition to the antibiotic resistance of planktonic bacteria, resistance that results from the biofilm structure, further complicates treatment of biofilm infections. It is thought that the biofilm resistance is a multifactorial event and multiple mechanisms occur simultaneously. In this review, the formation of bacterial biofilms and factors affecting them, biofilm detection methods, biofilm infections and factors that play a role in biofilm resistance are examined.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Hepatit C virus infeksiyonları yüksek oranda kronikleşmekte ve kronik hepatit C infeksiyonlu hastalar ikili veya üçlü antiviral ilaç kombinasyonu ile tedavi edilmektedir. Ancak kronik HCV infeksiyonlarının tedavisinde hastaların tedaviye verdiği yanıtı etkileyen birçok faktör tanımlanmıştır. Bunlardan biri, tedavi sonunda oluşan kalıcı virolojik cevap (KVC) ile IL-28B polimorfizmi arasındaki ilişkidir. Bu çalışmada antiviral tedavi uygulanan kronik HCV hastalarında IL-28B (rs12979860) polifmorfizmindeki dağılım ve kalıcı virolojik cevap arasındaki ilişkinin gösterilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya peginterferon-ribavirin tedavisi alan kronik HCV enfeksiyonu olan hastalar alınmıştır. Tedavinin 12. haftasında, tedavi bitiminde ve altı ay sonraki kontrollerde HCV RNA araştırılarak, erken ve kalıcı virolojik cevap belirlenmiştir.
BULGULAR: Çalışmaya dahil edilen 41 hastanın, %43,9 (18)’si erkek, %56,1 (23)’i kadındır. Hastalarda IL28B SNP varyantı olan rs12979860’in %12,2’si CC genotipi, %19,5’i TT genotipi, %68,3’ü TC genotipi olarak tanımlanmıştır. Erken virolojik cevap CC genotipi taşıyan hastalarda %80, TT genotipinde %75, TC genotipinde %82,1 olarak bulunmuş ve erken virolojik cevap açısından IL-28B genotipleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. Hastalarda kalıcı virolojik cevap ise CC genotipi taşıyan hastalarda %100 iken TT ve TC genotiplerinde sırasıyla % 62,5 ve % 46,4 olarak bulunmuştur. Kalıcı virolojik cevap CC genotipi bulunan hastalarda diğer genotiplere göre istatistiksel olarak anlamlı olarak yüksek oranda bulunmuştur (p =0.035).
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu sonuçlara göre IL28B (rs12979860) CC genotipleri taşıyan kronik HCV enfeksiyonlu hastalarda yüksek oranda KVC alınmaktadır. Ancak bölgemizde kronik HCV enfeksiyonlu hastalarda CC genotipleri düşük oranda taşınmakta, KVC’ın daha düşük oranda olduğu diğer genotipler ise yaygın bulunmaktadır. Bu nedenlerden dolayı, bölgemizde kronik HCV enfeksiyonlu hastalarda tedavinin planlanmasında ve takibinde IL28B (rs12979860) CC genotiplerin düşük oranda olduğunun dikkate alınmasının yararlı olacağı düşünülmektedir.

INTRODUCTION: Hepatitis C virus (HCV) infections have increasingly become chronic and dual or triple antiviral drugs combination is given in the patients with chronic hepatitis C. However many factors are described affecting the response to the treatments in the patients. One of them is the relationship between sustained virological response to the treatment and IL-28B polymorphism in the patients with chronic HCV infections. In this study, we aimed to investigate the relationship between the distribution of IL-28B (rs12979860) polymorphism, and early virologic response (EVR) and sustained virologic response (SVR) in chronic HCV patients undergoing antiviral treatment in Aydin province.
METHODS: This study was conducted with chronic HCV patients undergoing peginterferon-ribavirin treatment. HCV RNA was investigated at 12 weeks and at the end of treatment, and at 6 months post-treatment to determine early and persistent virological response.
RESULTS: The study included 41 patients, 43,9% (18) were male, and 56,09% (23) were female. In the study of the IL28B SNP (rs12979860), C/C genotype was found in 12.2% of patients, T/T genotype in 19.5% of patients, and T/C genotype in 68.3% of patients. Early virologic response was found 80% in C/C genotype patients, in 75% T/T genotype patients and 82.1% in T/C genotype patients and no statistically significant difference was found between the groups. Sustained virologic response was found 100%, 62.5% and 46.4% in the C/C genotype, T/T genotype and T/C genotype respectively and it was was found in C/C genotypes to be significantly higher (p =0.035) than others.
DISCUSSION AND CONCLUSION: We concluded that the chronic Hepatitis C patients with IL28B SNP (rs12979860) C/C genotype have a relatively higher rate of SVR. However, in our region, C/C genotype is seen at a relatively lower rate in patients with chronic HCV and other genotypes with low SVR are more common. Therefore, consideration of the relatively lower rate of IL28B rs12979860 C/C genotypes in our region during the planning and follow-up of the treatment of chronic HCV infection patients is thought to be useful.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada Porphyromonas gingivalis ATCC 33277, Prevotella intermedia ATCC 25611 ve Aggregatibacter actinomycetemcomitans ATCC 43718 periodontal patojenlerine karşı gıdalarda bulunan fitokimyasallardan kuersetin, kurkumin, apigenin, pirogallol, gallik asit, luteolin ve hidroksitirozolün in vitro antimikrobiyal potansiyellerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada agar kuyucuk difüzyon ve mikrodilüsyon yöntemleri kullanılarak fitokimyasalların antimikrobiyal potansiyelleri araştırılmıştır. Agar kuyucuk yönteminde fitokimyasalların antimikrobiyal aktiviteleri 3 mg/ml, mikrodilüsyon yönteminde ise 3, 1.5, 0.75, 0.375, 0.187, 0.093, 0.046, 0.023 ve 0.011 mg/ml konsantrasyonlarda incelenmiştir. Pozitif ve negatif kontrol olarak amoksisilin (20 µg/disk ve 0.04-0.0015 mg/ml) ve DMSO (≤%10) test edilmiştir.
BULGULAR: Çalışma sonuçlarına göre fitokimyasalların çoğunun patojenlere karşı antimikrobiyal aktivite gösterdiği ve patojenler üzerinde en etkili fitokimyasalın kuersetin olduğu belirlenmiştir. Kuersetin, kurkumin, luteolin, apigenin ve gallik asit tüm patojenlere karşı en iyi antimikrobiyal potansiyeli olan fitokimyasallar olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda %4 (v/v) ve daha az orandaki DMSO’nun patojenler üzerinde etkisiz olduğu tespit edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Periodontal hastalıkların tedavisinde antibiyotik kullanımına ilave olarak, özellikle kurkumin, kuersetin, luteolin, gallik asit ve apigenin içeren gıdaların tüketimi uygun ve yararlı olabilir. Bu yüzden, ileride, güçlü antimikrobiyal ve antioksidan potansiyeli olan fitokimyasalların periodontal patojenlerin inhibisyon mekanizmalarına yönelik etkilerinin daha detaylı araştırılması ve bu fitokimyasalların etkin kullanımlarını belirlemek için ileri boyutta in vivo çalışmalar yapılması önerilmektedir.

INTRODUCTION: In this study, it is aimed to investigate antimicrobial potentials of the dietary phytochemicals including quercetin, curcumin, apigenin, pyrogallol, gallic acid, luteolin and hydroxytyrosol against the periodontal pathogen bacteria including Porphyromonas gingivalis ATCC 33277, Prevotella intermedia ATCC 25611 and Aggregatibacter actinomycetemcomitans ATCC 43718.
METHODS: The antimicrobial potential of the dietary phytochemicals was investigated by using agar well diffusion and microdilution methods. The antimicrobial activities of the phytochemicals in concentration of 3 mg/ml and in concentrations of 3, 1.5, 0.75, 0.375, 0.187, 0.093, 0.046, 0.023 and 0.011 mg/ml were studied by agar well diffusion and microdilution methods, respectively. Amoxicillin (20 µg/disc, 0.04-0.0015 mg/ml) and DMSO (≤10%) were tested as positive and negative controls.
RESULTS: According to the results of this study, the most of the phytochemicals had antimicrobial activity aganist all of the bacteria. The most effective phytochemical against the bacteria was quercetin. The phytochemicals with the strongest antimicrobial potential were quercetin, curcumin, luteolin, apigenin and gallic acid. DMSO (≤4%, v/v) showed no antimicrobial effect on the pathogens.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In addition to the usage of antibiotic, the consumption of the phytochemicals especially including curcumin, quercetin, luteolin, gallic acid and apigenin could be a suitable and helpful in the treatment of periodontal diseases. Therefore, it is suggested that more research about the inhibition mechanisms of the periodontal pathogens by powerful phytochemicals should be performed and, further extent in vivo studies should be carried out to detect effective usage of these phytochemicals.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada Gram negatif bakterileri besin olarak kullanan Gram negatif avcı bir bakteri olan Bdellovibrio bacteriovorus hücre özütünün, aktif çamur bakterilerinin oluşturduğu biyofilm tabakayı temizleme ve biyofilm oluşumunu engelleme etkisi incelenmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Farklı pH, sıcaklık ve mineral konsantrasyonlarının B.bacteriovorus’un aktivitesine olan etkisi incelenmiştir. B. bacteriovorus hücre özütünün atıksu bakterilerine ait biyofilm oluşumunu engelleme etkisi 96 kuyucuklu polisitren plakalar kullanılarak krsital violet yöntemiyle ölçülmüştür. B. bacteriovorus’un hücre özütünün filtrasyon membranı üzerinde oluşan biyofilm tabakayı temizleme etkisi ölü uçlu reaktor sistemi kullanılarak ölçülmüştür.
BULGULAR: 88-8.8 pH, 29.5°C sıcaklık ve 5mM CaCI2, 0,1mM MgCI2 mineral konsantrasyonlarının B. bacteriovorus’un yüksek aktivitesi için optimum olduğu bulunmuştur. B. bacteriovorus hücre özütünün çamur bakterilerine ait biyofilm oluşumunu engelleme etkisi %39 olarak ölçülmüştür. Atıksu filtrasyonunda kullanılmış membran üzerinde birikmiş olan biyofilm tabaka B. bacteriovorus hücre özütü ile yıkanmış ve bu uygulamanın membran performansına etkisi ölçülmüştür. Tamponla yıkanan kontrol membranına kıyasla B. bacteriovorus hücre özütü ile yıkanan membran akısında 12.44 L.m-2.sa-1’lik iyileşme gözlemlenmiştir
TARTIŞMA ve SONUÇ: Litik enzimlere sahip olan B. bacteriovorus hücre özütünün farklı materyaller üzerinde istenmeyen biyoflm oluşumunu engelleyebileceği gösterilmiştir.

INTRODUCTION: In this study, cell extract of Bdellovibrio bacteriovorus, a Gram negative predator bacterium that feeds on other Gram negative bacteria was investigated for its potential for reducing or inhibiting formation by wastewater bacteria.
METHODS: Effect of pH’s, temperatures and mineral concentrations on growth of B. bacteriovorus was investigated. The inhibition effect of B. bacteriovorus cell extract on biofilm formation by wastewater bacteria (using real wastewater) was measured by crystal violet method using 96 well polystrene plates. Biofilm cleaning effect of cell extracts was measured by using fouled membrane and dead end reactor system.
RESULTS: It was found that 8-8.8 pH, 29.5°C temperature and mineral concentrations of 5mM CaCI2, 0,1mM MgCI2 are optimum for B. bacteriovorus to acquire a high activity. The effect of B. bacteriovorus cell extract to inhibit the biofilm formation by sludge bacteria was measured to be %39. When the biofilm layer accumulated on the surface of filtration membrane used for wastewater filtration was cleaned by B. bacteriovorus cell extract. 12.44 L.m-2.sa-1 improvement was observed in the flux of membrane as compared the control.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The results show that B. bacteriovorus cell extract which is rich in lytic enzymes can be used for inhibition or cleaning of undesired biofilm layer formed on different surfaces.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Hastanemizde en sık izole edilen albicans-dışı Candida türlerinin flukonazol, itrakonazol ve vorikonazole in vitro antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya, Ocak 2013-Haziran 2016 döneminde Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesinde yatarak tedavi gören hastaların klinik örneklerinden izole edilen albicans-dışı Candida izolatları dahil edilmiştir. İzolatlar, konvansiyonel yöntemler ve MALDI-TOF MS ile tanımlanmıştır. İzolatların in vitro antifungal duyarlılıkları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, M27-A3) referans sıvı mikrodilüsyon (BMD) yöntemi ile tespit edilmiştir. Minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri, yeni türe özgü klinik direnç sınır değerleri ve epidemiyolojik eşik değerleri ile yorumlanmıştır.
BULGULAR: İzolatların tür dağılımı; C. glabrata (n=37), C. parapsilosis (n= 24), C. krusei (n= 24), C. tropicalis (n= 14), C. lusitaniae (n=13), C. kefyr (n=10), C. guilliermondii (n= 2) ve C. dubliniensis (n= 2) şeklindedir. Flukonazol için iki C. glabrata izolatı dirençli, bir C. parapsilosis izolatı doza bağlı duyarlı, itrakonazol için bir C. parapsilosis ve bir C. tropicalis izolatı vahşi olmayan tip, vorikonazol için ise bir C. krusei ve iki C. parapsilosis izolatı orta duyarlı ve iki C. glabrata, beş C. kefyr ve üç C. lusitaniae izolatı vahşi olmayan tip olarak değerlendirilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamızda in vitro antifungal duyarlılık profilleri test edilen 126 albicans-dışı Candida izolatında triazol direnci iki izolatta saptanmıştır ve 12 izolat triazollere vahşi olmayan tip olarak değerlendirilmiştir. Bu izolatlarda triazollere çapraz direnç tespit edilmemiştir. Elde edilen bu veriler, tedaviyi doğru yönlendirmek amacıyla albicans-dışı Candida izolatları için her merkezde antifungal duyarlılık testlerinin yapılması gerekliliğini vurgulamaktadır.

INTRODUCTION: The aim of this study was to determine in vitro susceptibility profiles of the most frequently isolated non-albicans Candida species to fluconazole, itraconazole and voriconazole in our hospital.
METHODS: Non-albicans Candida species isolated from the clinical specimens of patients who were hospitalized in Ankara Research and Training Hospital between January 2013 and June 2016 were included in the study. Isolates were identified by conventional methods and MALDI-TOF MS. In vitro antifungal susceptibilities of isolates were determined by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI, M27-A3) reference broth microdilution (BMD) method. Minimal inhibitor concentration (MIC) values were evaluated with new species specific clinical breakpoints and epidemiological cutoff values.
RESULTS: The species distribution of the isolates were as follows; C.glabrata (n =37), C.parapsilosis (n =24), C.krusei (n =24), C.tropicalis (n=14), C.lusitaniae (n=13), C.kefyr (n=10), C.guilliermondii (n =2) and C.dubliniensis (n =2). It was determined that two of C.glabrata isolates were resistant to fluconazole and one C.parapsilosis isolates was susceptible-dose depented to fluconazole, one C.parapsilosis and one C.tropicalis isolates were non-wild type to itraconazole, one C.krusei and two of C.parapsilosis isolates were voriconazole intermediate, and two of C.glabrata, fiveofC.kefyrandthreeofC.lusitaniaeisolateswerenon-wild typetovoriconazole.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In our study, 126 non albicans Candida isolates tested for in vitro antifungal susceptibility profiles, two isolates detected as resistant to triazole and 12 isolates were evaluated as non-wild type to triazoles. No cross resistance was observed for tiazoles in these isolates. These data emphasize the necessity of performing antifungal susceptibility tests for non-albicans Candida isolates at each center in order to direct the treatment properly.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Kültür bazlı VRE identifikasyon yöntemleri genellikle 24-72 saat gerektirmektedir. VRE kolonizasyonu saptanan hastaların hızla izole edilmesi, diğer hastaların kolonize olmalarını engellemek ve olası enfeksiyonların oluşumunu önlemesi açısından değerlidir. Bu çalışmanın amacı VRE’yi daha kısa sürede saptayan BD GeneOhm VanR testinin sonuçlarının altın standart yöntem olan VRE kültürü ile karşılaştırılmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda yer alan toplam 704 perirektal sürüntü örneğinin VRE agara ekimi yapılmıştır. Eş zamanlı olarak tüm perirektal sürüntü örnekleri Real- time PCR yöntemi ile çalışılmıştır.


BULGULAR: Değerlendirilen örneklerden 121’i (% 17,2) VRE agar ile, 162’si (%23,0) Real- time PCR yöntemi ile pozitif bulunmuştur. Yöntemlerinin her ikisi ile pozitif çıkan örnek sayısı 118’dir. 44 örnek sadece Real- time PCR ile 3 örnek ise sadece kültür yöntemiyle pozitif bulunmuştur. Her iki yöntemle negatif bulunan örnek sayısı 539 (%76,6)’dur. VRE pozitif saptanan örneklerden 3 tanesi haricinde tümü,VanA fenotipi taşıyan E. faecium olarak, sözü edilen 3 örnek, hem kültür hem de Real- Time PCR yöntemi ile VanB fenotipi taşıyan E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Bu sonuçlara göre BD Gene Ohm VanR testinin VRE kültürü ile karşılaştırılarak belirlenen duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerleri sırasıyla %98, %92, %73 ve %99 olarak saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: VRE tespiti için kullanılan kültür bazlı yöntemler ve nükleik asit amplifikasyon testleri genellikle 24-72 saat gerektirmektedir. BD GeneOhm VanR testi doğrudan örnekten çalışılan basit bir yöntem olup, sonuç alma aşamasına kadar geçen toplam süre 3,5 saatten daha kısadır. Bunun yanında farklı laboratuvarlarda ve hasta popülasyonlarında tekrarlanabilir sonuçlar veren, yüksek PPD ve NPD olan bir testtirç VRE direnç genini de belirliyor olması da diğer bir avantajıdır.

INTRODUCTION: Culture based VRE identification methods generally needs 24-72 hours. Rapid isolation of VRE colonized patients is crucial to prevent colonization of other patients and propable infections. The aim of this study is to compare BDGene OhmVanR test which identifies VRE in a short time with gold standart VREcultures.
METHODS: A total of 704 samples in the study were cultivated into VREagar. At the same time, all perirectal swap samples were evaluated with Real-timePCR.
RESULTS: Among the evaluated samples, 121 (17,2%) were positive with VRE agar and 162 (23,0%) were positive with Real-time PCR. The number of samples which were positive with both diagnostic methods were 118. 44 samples were only positive with Real-time PCR and 3 samples were only positive with culture methods. The number of samples both negative with two methods were 539 (76,6%). All VRE positive samples except 3 were VanA phenotype carrying E. faecium, and previously mentioned 3 samples were identified as VanA phenotype carrying E. faecium with both culture and Real-time PCR. According to these results, sensitivity, specicifity, PPV and NPV of BD Gene Ohm VanR test compared to VREculture were 98%, 92%, 73% and 99%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Culture based methods and nucleic acid amplification tests need 24-72 hours for VRE identification. BDGene OhmVanRtest is a simple diagnostic method directly studied from the sample takes less then 3.5 hours to obtain results. On the other hand, it gives repeatable results in different laboratories and patient samples with high PPVand NPV. Its other advantage is the identification VRE resistance gene.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Şarbon; Bacillus anthracis endosporlarının vücuda deri, solunum ya da gastrointesitinal yolla girmesiyle oluşan özellikle otçul hayvanların içinde bulunduğu bir grupla yayılan, ölümcül bakteriyel bir zoonozdur. Bacillus anthracis’in temel virulans faktörlerinden biri toksinleridir. Bunlar protektif antijen, ödem faktör ve letal faktördür. Protektif antijen özellikle diğer iki toksinin hücre içine girmesinden sorumludur. Bizde çalışmamızda yöremizdeki prevalansı saptamak amacıyla bölgemiz hastanelerine başvuran kişilerden şarbon şüpheli görülen hastaların kanlarında protektif antijen saptanmasını amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda protektif antijen IgG antikoru varlığının saptanması amacıyla ELISA(Enzyme Linked Immünosorbent Assay) yöntemi kullanılmıştır.
BULGULAR: Atatürk Üniversitesi Yakutiye Araştırma Hastanesi ve Erzurum Bölge Eğitim ve Araştırma Hastanesine gelen şarbon şüpheli 47 hastadan alınan örneklerin 35’in de B. anthracis PA pozitif bulundu. Pozitif sonuçlu 35 hastanın 6’sı kadın (%17. 1), 29’u (%82. 8) erkek hastalardan oluşmaktadır. 35 hastanın 27’si(%77. 1) hayvancılıkla uğraşırken, 8’inin (%22. 8)hayvancılıkla uğraşmayan hayvan etiyle temas öyküsü bulunan kişiler olduğu görülmüştür.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Klinik bulguları şarbonu gösteren fakat kanlarında protektif antijen IgG’leri bulunamayan kişilerin negatif çıkan sonuçlarını; hastaların hastanemize başvurmadan önce çeşitli sağlık kuruluşlarında tedavi almalarına, Doğu Anadolu gibi kırsal bölgelerde antibiyotiklerin her hastalığı tedavi eder düşüncesiyle rastgele alınmasıyla bakterinin toksin oluşturma yeteneğinin kırılmasına yada örneklerin alındığı sırada henüz kanda dolaşan PA varlığının saptanamayacak düzeyde az olmasına bağlamaktayız.

INTRODUCTION: Anthrax, is a lethal bacterial zoonosis transmitted through skin, inhalation or gastrointestinal track, and spread by groups particularly with cattle and sheep. One of the fundamental virulence factors of Bacillus anthracis is the release of toxins, named protective antigen, edema factor and lethal factor. The latter two proteins enter the cell with the help of protective antigen. The aim of the present study is to detect the protective antigen in the bloods of the patients applied to the hospitals with a suspected Şarbon infection, in order to determine the prevalence in the region.
METHODS: ELISA (Enzyme Linked Immünosorbent Assay) method has been used in the study in order to detect the existence of the protective antigen IgG antibody.
RESULTS: We measured 35 Bacillus anthracis protective antigen positive results out of the samples taken from 47 patients suspected with anthrax in Ataturk University in Erzurum Yakutiye Research Hospital and Erzurum Regional Training and Research Hospital. Out of 35 positive results, 6 of them (17%. 1) were female, 29 (82%. 8) were male patients. 27 of 35 patients (77%. 1) were into animal husbandry, 8 patients (22%. 8) were not engaged with animal husbandry but were with a history of contact with the animal flesh.
DISCUSSION AND CONCLUSION: It is concluded from the samples taken from patients, who had clinical findings of anthrax and received medical treatment for it, that a considerable number of patients were detected negative with protective antigen IgG most possibly because of repression of the ability of the bacteria to produce toxins due to the random use of antibiotics depending on the conventional thought that antibiotics can cure any disease or when blood samples are taken from the patients protective antigen levels can be in undetectible levels.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Kronik hepatit B (KHB) enfeksiyonunun tanısında ve takibinde serolojik belirteçler, viral yük ve alanin aminotransferaz (ALT) düzeyinin ölçümü sıklıkla kullanılan yöntemlerdir. Son yıllarda ise, HBV DNA ve ALT düzeylerinin HBsAg düzeyleri ile ilişkili olduğu gündeme gelmiştir. Bu çalışmada KHB hastalarında kantitatif HBsAg seviyelerinin HBV DNA, ALT-AST seviyeleri ve HBeAg ile karşılaştırılarak incelenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya dahil edile 91 KHB’li hastanın HBV DNA düzeyleri, gerçek zamanlı PCR yöntemi (Cobas TaqManTM 48, Roche, Almanya) ile araştırıldı. Kantitatif HBsAg ölçümü ELISA yöntemi (Architect i2000SR, Abbott, Almanya) ile 0.05-250 IU/mL limit aralığında gerçekleştirildi.
BULGULAR: Hastaların, HBV DNA seviyesinin ortancası 1538.50 (19.00-64501284.00), kantitatif HBsAg değerinin ortancası 2210.06 (0.05-46192.95) olup, HBsAg ölçüm değerleri ile HBV DNA düzeyleri arasındaki doğrusal korelasyon istatistiksel olarak anlamlı (p<0.05) ancak çok zayıf seviyede bir ilişkili bulundu (r=0.276). ALT düzeyi normalden yüksek olan hastalarda HBV DNA ve kantitatif HBsAg düzeyleri ALT düzeyi normal olanlara göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksek olarak bulundu (p<0.05). AST düzeyi normalden yüksek olan hastalarda HBV DNA düzeyleri AST düzeyi normal olanlara göre yüksek olarak bulundu (p<0.05), ancak kantitatif HBsAg değerleri arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı (p>0.05). Ayrıca HBeAg pozitif hastalarda kantitatif HBsAg düzeyleri, HBeAg negatif hastalardan anlamlı derecede yüksek bulundu (p<0.05).
TARTIŞMA ve SONUÇ: HBsAg’nin kantitatif ölçümü ile HBV DNA düzeyi arasındaki korelasyon, kantitatif HBsAg ölçümünün, KHB hastalarında HBV-DNA’nın yanında replikasyonu izlemek için tamamlayıcı ek bir belirteç olabilir. ALT düzeyi normalden yüksek olan hastalarda ise yüksek HBV DNA ve HBsAg düzeyleri nedeni ile kantitatif HBsAg ölçümü KHB’li hastaların izlenmesinde göz önünde bulundurulabilir.

INTRODUCTION: Serologic markers, viral load and aminotransferase (ALT) level are frequently used methods in diagnosis and follow-up of chronic hepatitis B (CHB) infection. In recent years, it has come up that HBV DNA and ALT levels are associated with HBsAg levels. In this study, it was aimed to investigate the quantitative HBsAg levels compared with HBV DNA ALT-ASTlevels and HBeAg in CHB patients.
METHODS: HBV DNA levels of91 patients with CHB were measured with real-time PCR method (Cobas TaqManTM, Roche Laboratories, Germany). Quantitative HBsAg assays were performed with the ELISA method (Architect i2000 SR (Abbott Laboratories,Germany) at a limit range of 0.05-250IU/mL.
RESULTS: The median of HBV DNA level was determined as 1538.50(19.00-64501284.00) and the median of quantitative HBsAg was 2210.06 (0.05-46192.95). The correlation between HBsAg and HBV DNA levels was found statistically significant (p<0.05) but very weakly related (r=0.276). HBV DNA and quantitative HBsAg levels were statistically significantly higher in patients with higher ALTlevels (p<0.05). HBV DNA levels in patients with higher AST levels were found higher (p<0.05), but the difference between quantitative HBsAg levels was not statistically significant (p>0.05). In addition, quantitative HBsAg levels in HBeAg positive patients were found significantly higher than HBeAg negative patients (p<0.05).
DISCUSSION AND CONCLUSION: Because of the correlation between the quantitative measurement of HBsAg and the HBV DNA level, quantitative HBsAg measurement may be an additional complementary marker for monitoring of patientsCHB as well as HBV-DNA. In patients with elevated ALTlevels, quantitative HBsAg measurement can beconsidered in the follow-up ofCHB patients for the high HBV DNA and HBsAglevels.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Non fermentatif gram negatif bakteriler ciddi nozokomiyal infeksiyon etkeni olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmanın amacı kan kültürlerinden izole edilen non fermentatif gram negatif bakterilerin dağılımlarının ve antibiyotik duyarlılık oranlarının incelenmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda Ocak 2010 – Aralık 2016 tarihleri arasında kan kültürlerinden izole edilen 134 Acinetobacter baumannii, 77 Pseudomonas aeruginosa, 9 Stenotrophomonas maltophilia ve 2 Burkholderia cepacia izolatlarının çeşitli antibiyotiklere duyarlılıkları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Saptanan bakterilerin tür tayini ve antibiyotik duyarlılık testi VITEK 2 (bioMerieux, Fransa) otomatize sistemi kullanılarak yapılmıştır. Test sonuçları 2010 – 2015 tarihleri arasında CLSI (Clinical Laboratory Standards İnstitute); 2016 tarihinde ise EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) kriterlerine göre değerlendirilmiştir.
BULGULAR: İzole edilen suşlarda antibiyotiklere en yüksek duyarlılık oranları A. baumanni için kolistin (%97), P. aeruginosa için kolistin (%97,4), gentamisin (%90,9) ve seftazidimde (%88,3) saptanmıştır. A. baumanni ve P. aeruginosa suşlarında kolistin en etkili antibiyotik olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Yüksek morbidite ve mortaliteye sahip bu infeksiyonlarda bu tip çalışmaların her merkezde belirli aralıklarla yapılması ve kan kültürü laboratuvarlarının sonuçlarını hızlı bir şekilde ilgili kliniklere bildirmesi gerekmektedir.

INTRODUCTION: Non fermentative gram negative bacteria are confronted as serious nosocomial infections. The aim of this study is to determine the distribution of non fermentative gram negative bacteria isolated from blood cultures and their antibiotic susceptibility.
METHODS: In our study, various antibiotic susceptibilities of 134 Acinetobacter baumannii, 77 Pseudomonas aeruginosa, 9 Stenotrophomonas maltophilia and 2 Burkholderia cepacia strains, which were isolated from blood cultures between January 2010 and December 2016, were retrospectively evaluated. Identification and antimicrobial susceptibility of the detected bacteria was carried out using the VITEK 2 (bioMerieux, France) automated system. Test results between 2010 and 2015 were evaluated according to the CLSI (Clinical Laboratory Standards Institute) criteria; In 2016, it was evaluated according to EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) criteria.
RESULTS: The highest susceptibility rates of isolated A. baumannii strains were determined for colistin (97%). The highest susceptibility rates of P. aeruginosa strains were determined for colistin (97.4%), gentamicin (90.9%) and ceftazidime (88.3%). In A. baumannii and P. aeruginosa strains, colistin was determined most effective antibiotic.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In these infections with high morbidity and mortality, such studies should be done at certain intervals at every center and the results of blood culture laboratories should be reported to related clinics rapidly.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Ülkemizde, sifiliz bildirimi zorunlu bir hastalık olmasına rağmen, bildirim sistemindeki sorunlar nedeniyle hastalığın gerçek sıklığını tahmin etmek güçtür. Bu çalışmada, RPR veya hızlı test sonuçları pozitif olarak saptanan ve merkezimize doğrulama amacıyla gönderilen serum örnekleri RPR ve TPHA testleri kullanılarak tekrar çalışılmıştır. Sifiliz tanısında kullanılan konvansiyonel ve ters algoritmalar kullanılarak sonuçlar değerlendirilmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2014 - Kasım 2017 tarihleri arasında RPR veya hızlı test sonuçları pozitif olan ve doğrulama amacıyla merkezimize gönderilen 362 hastaya ait serum örneklerinden elde edilen sonuçlar değerlendirildi. Konvansiyonel ve ters algoritmalar retrospektif olarak incelendi. İstatistiksel analiz için SPSS versiyon 23.0 paket programı kullanıldı.
BULGULAR: Sifiliz şüpheli 362 hastanın 147 (%40,6)’sinde RPR testi negatif, TPHA testi pozitif; 6 (%1,7)’sında RPR testi pozitif TPHA testi negatif olarak saptanmıştır. 173 (%47,8) hastanın hem RPR hem de TPHA testi pozitif bulunmuştur. Hem RPR hem de TPHA pozitifliği olanların yıllara göre dağılımı incelendiğinde en fazla pozitiflik (% 59,45) 2017 yılında gözlenmiştir.
Konvansiyonel algoritmada 173 hasta pozitif, 6 hasta yalancı pozitif olarak belirlenmiştir. Ters algoritmada ise 311 hasta pozitif 9 hasta yalancı pozitif olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak çalışmadan elde edilen veriler incelendiğinde sifiliz pozitif vaka sayılarında en fazla 2017 yılında artış olduğu tespit edilmiştir. Şüpheli vakaların tanısında, ters algoritmanın sifiliz tanı kapasitesinin artırılmasına katkı sağlayacağı kanısına varılmıştır.

INTRODUCTION: Despite the fact that syphilis reporting is mandatory in our country, it is difficult to predict the actual frequency of the disease due to problems in the notification system. In this study sera which were RPR or rapid test positive were sent to our center for confirmation and tested again by using RPR and TPHA tests.The results were evaluated using conventional and reverse algorithms used for diagnosis of syphilis.
METHODS: The results of serum samples from 362 patients who had positive RPR or rapid test results and were sent to our center for confirmation between January 2014 and November 2017 were evaluated. Conventional and reverse algorithms were determined retrospectively. SPSS version 23.0 package program was used for statistical analysis.
RESULTS: The results of serum samples from 362 patients who had positive RPR or rapid test results and were sent to our center for confirmation between January 2014 and November 2017 were evaluated. Conventional and reverse algorithms were investigated retrospectively. SPSS version 23.0 package program was used for statistical analysis.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result, it was determined that the number of syphilis positive cases mostly increased in the year 2017. In the case of suspicious patients, it is concluded that the reverse algorithm will contribute to the diagnostic capacity of syphilis.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Akım sitometri yöntemi ile elde edilen sonuçların, kültür sonuçları ile karşılaştırılması ve buna göre bir eşik değerin altında lökosit ve bakteri sayısı içeren örneklerde ekim yapılmasını ekarte eden hızlı bir tarama algoritması oluşturulması amaçlandı. Çalışmanın ikinci basamağında ise üremesiz-kontamine idrar örneklerinin kısa sürede sonuçlandırılması ile gereksiz antibiyotik kullanımın ne kadar önüne geçilebileceği değerlendirildi.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Tüm kliniklerden laboratuvara kültür için gönderilen, 995 hastanın idrar örneği aynı zamanda akım sitometri cihazında çalışıldı. Akım sitometri cihazında elde edilen sonuçlar kültür sonuçları ile karşılaştırıldı. Kültür sonucu beklenmeden başlanan ampirik antibiyotik kullanımını değerlendirmek amacıyla; üroloji polikliniğinden başvurmuş ve idrar kültürü değerlendirilmiş 208 hastadan antibiyotik tedavisi başlananlar kayıt altına alındı.
BULGULAR: Akım sitometri yöntemi ile elde ettiğimiz sonuçlar bize tüm kliniklerden gelen örneklerimizin %31’inde idrar kültürü işlemlerinin yapılmasına gerek olmadığını gösterdi. Üroloji polikliniğinden gelen örneklerin ise %29,3’ünde idrar kültürü işlemlerinin yapılmasına gerek olmadığı ve akım sitometri tekniğinin üremesiz olarak öngördüğü hastaların %23’üne gereksiz antibiyotik başlandığı saptandı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu teknik hızlı tarama testi olarak kullanıldığında; idrar örneklerinin yoğun olduğu laboratuvarlarda iş yükünü ve maliyeti azaltacak, dakikalar içerisinde negatif sonuç verilebilmesi ile aynı zamanda gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılmasına da belli ölçüde katkı sağlayacaktır.

INTRODUCTION: it was aimed to make a fast screening algorithm by comparing the results obtained by the flow cytometry method with the culture results and accordingly enabling to eleminate cultivation in samples containing a number of leukocytes and bacteria below a threshold value. In the second step of study;it was evaluated that how much of unnecessary antibiotic usage could be avoided by finalizing the results of negative-contamination urine specimens in a short-term.
METHODS: The urine samples of 995 patients from all clinics, submitted to our laboratory for culture was also studied in a flow cytometry device.in the second step, Antibiotic use of 208 patients referred from the urology clinic were recorded, in order to evaluate the use of empirical antibiotics, which was started without waiting for culture results.
RESULTS: The results we obtained with flow cytometry technique showed us that there is no need to carry out urine culture in 31% of our samples that we sent to all clinics. As to the samples coming from the urology clinic, it was detected that there is no need to carry out urine culture in 29,3% and 23% of patients with flow cytometry device predicted as negative have started unnecessary antibiotic therapy.
DISCUSSION AND CONCLUSION: When this technique is used as a rapid screening test, it will reduce the workload and cost in laboratories in which urine specimens are dense, also contribute to a certain extent in reducing unnecessary antibiotic use by providing negative results within minutes.

Makale Özeti | Tam Metin PDF