Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma
Ahmet Özbilgin1, Bakiye Göker Bağca2, Mehmet Harman3, İbrahim Çavuş1, Tuğba Kaya4, Ahmet Yıldırım1, Cumhur Gündüz21Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı, Manisa2Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı, İzmir
3Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, Dermatoloji Ana Bilim Dalı, Diyarbakır
4Mustafa Kemal Üniversitesi Tıp Fakültesi, Parazitoloji Ana Bilim Dalı, Hatay
GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom b gen bölgesi kullanılarak etkenin (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin tespiti için primer ve probların dizayn edilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonu yapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarak besiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen DNA’lara Leishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol için daha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer ve problar kullanılarak Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır.
BULGULAR: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Yeni Dünya Leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya Leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarılı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştür.
Designing of the Primers and Probes for Real Time Polymerase Chain Reaction from Cytochrome B Gene Region in Leishmaniasis: Pilot Study
Ahmet Özbilgin1, Bakiye Göker Bağca2, Mehmet Harman3, İbrahim Çavuş1, Tuğba Kaya4, Ahmet Yıldırım1, Cumhur Gündüz21Department of Medical Parasitology, Manisa Celal Bayar University Faculty of Medicine, Manisa, Turkey2Department of Medical Biology, Ege University School of Medicine, Izmir, Turkey
3Department of Dermatology, Dicle University Faculty of Medicine, Diyarbakir, Turkey
4Department of Parasitology, Mustafa Kemal University Faculty of Medicine, Hatay, Turkey
INTRODUCTION: In this study, it was aimed to design primers and probes, to identify the species of Leishmania parasites (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica and Leishmania infantum) through Real Time Polymerase Chain Reaction utilizing cytochrome b gene sequence.
METHODS: Leishmania strains, cryopreserved and stored in liquid nitrogen in the Parasite Bank of Manisa Celal Bayar University, were transferred to culture media after being revived under the appropriate conditions and DNA isolations were conducted with commercial kit. Real Time Polymerase Chain Reaction melting analyses were conducted to the extracted DNA by utilizing both the candidate primers and probes of cytochrome b gene region, newly designed for Leishmania, and the primers and probes, designed for internal transcribed spacer-1 gene region, used for control before.
RESULTS: The newly designed cytochrome b gene region primers and probes and genotypes of Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid species were determined.
DISCUSSION AND CONCLUSION: It is observed that Old World Leishmania species (Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hybrid), rather than New World Leishmania species (Leishmania brazilensis and Leishmania amazonensis), were successfully genotyped by utilizing newly designed primers and probes of cytochrome b gene region.
Sorumlu Yazar: Ahmet Yıldırım, Türkiye
| ARAÇLAR |
 Tam Metin PDF Yazdır Alıntıyı İndir RIS EndNote BibTex Medlars Procite Reference Manager E-Postala Paylaş Yazara e-posta gönder
Benzer makaleler Google Scholar |