Beta globin gene cluster haplotypes of the beta thalassemia mutations observed in Denizli province of Turkey
Anzel Bahadır, Onur Öztürk, Ayfer Atalay, Erol Ömer AtalayDepartment of Biophysics, Pamukkale University, Faculty of Medicine, Denizli, TurkeyOBJECTIVE: Our aim is to identify the beta globin gene cluster haplotypes for the beta thalassemia mutations in Turkey at regional basis. Beta thalassemia mutations included in this study were IVS-I-110 (G>A), FSC 8/9 (+G), IVS-II-1 (G>A), IVS-I-5 (G>C), IVS-I-1 (G>A), IVS-I-6 (T>C) and FSC 8 (-AA).
METHODS: We studied 22 unrelated patients with β-thalassemia major and 72 unrelated healthy subjects from our Department’s DNA bank. Haplotype analysis was done by polymerase chain reaction (PCR)-based restriction enzyme digestion for the beta globin gene cluster of the following polymorphic restriction sites: Hinc II 5’ to ε, Hind III 5’ to Gγ, Hind III in the IVS-II 5’ to Aγ, Hinc II in pseudo β, Hinc II 3’ to pseudo β, Ava II in β, Hinf I 3’ to β. Associated haplotypes for the normal control samples (72 individuals, 144 chromosomes) were determined by Arlequin 3.1 software with unknown gametic phase.
RESULTS: According to the results obtained, the most frequent beta globin gene cluster haplotypes in the normal population are (+----++), (+----+-), (-+-++++), (+-----+) with the frequencies of 28.6 %, 17.2 %, 9.8 % and 8.3 % respectively. IVS-I-110 mutation is linked with the haplotypes (+----++) and (+-----+). Observed haplotypes are (+----++) for FSC 8/9 (+G), (-+-+++-) for IVS-II-1 (G>A), (-+-++-+ and -+-++++) for IVS-I-5 (G>C), (+----+- and +------) for IVS-I-1 (G>A), (-++---+) for IVS-I-6 (T>C) and (+-----+) for FSC 8 (-AA).
CONCLUSION: In conclusion, our region shows the Mediterranean character for the beta thalassemia mutations. According to the obtained results, IVS-I-110 (G>A) mutation linked with haplotype VII (+-----+), IVS-I-5 (G>C) mutation with haplotype IV (-+-++-+), codon 8/9 (+G) linked with haplotype I (+----++) were shown for the first time in Turkish population. The linkage of haplotype (+------) with the IVS-I-1 (G>A) mutation is reported for the first time in the published literature. In Denizli province of Turkey, beta globin gene cluster haplotypes of the normal population are strongly associated with the haplotypes of I (+----++), V (+----+-) and IX (-+-++++) respectively.
Denizli yöresinde gözlenen beta talasemi mutasyonlarına ait beta globin gen ailesi haplotipleri
Anzel Bahadır, Onur Öztürk, Ayfer Atalay, Erol Ömer AtalayPamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik AD, Denizli, TürkiyeAMAÇ: Bu çalışmamızda, Denizli yöresinde gözlenen beta talasemi mutasyonları ile beta globin haplotip ilişkileri incelenmiştir. Çalışmada IVS-I-110 (G>A), FSC 8/9 (+G), IVS-II-1 (G>A), IVS-I-5 (G>C), IVS-I-1 (G>A), IVS-I-6 (T>C) and FSC 8 (-AA) mutasyonları ve haplotip ilişkileri irdelenmektedir.
YÖNTEMLER: Çalışmada 22 akraba olmayan homozigot beta talasemi mutasyonu taşıyan hasta ile 72 akrabalık ilişkisi bulunmayan sağlıklı birey yer almaktadır. Haplotip analizi PCR tabanlı enzim kesimine dayalı biçimde, Hinc II 5’-ε, Hind III 5’-Gγ, Hind III IVS-II 5’-Aγ, Hinc II-pseudo β, Hinc II 3’-pseudo β, Ava II-β, Hinf I 3’-β olmak üzere yedi odakta gerçekleştirilmiştir. Normal sağlıklı kontrol örnekleri için ilişkili haplotipler Arlequin 3.1 yazılımı ile elde edilmiştir.
BULGULAR: Çalışmamızda elde edilen sonuçlara göre, Denizli yöresindeki normal popülasyon ile ilgili haplotipler (+----++) (% 28.6), (+----+-) (%17.2), (-+-++++) (% 9.8)ve (+-----+) (% 8.3) olarak belirlenmiştir. IVS-I-110 (G>A) mutasyonun (+----++) ve (+-----+) haplotipleri ile ilişkili olduğu görülmüştür. Diğer mutasyonların ise; (+----++) FSC 8/9 (+G), (-+-+++-) IVS-II-1 (G>A), (-+-++-+ ve -+-++++) IVS-I-5 (G>C), (+----+- ve +------) IVS-I-1 (G>A), (-++---+) IVS-I-6 (T>C) ve (+-----+) for FSC 8 (-AA) şeklinde olduğu gözlenmiştir.
SONUÇ: Sonuç olarak yöremizin beta globin gen ailesi haplotipleri açısından Akdeniz tipi karakter ortaya koyduğu gösterilmektedir. Elde edilen sonuçlara göre, IVS-I-110 (G>A) mutasyonunun haplotip VII (+-----+), IVS-I-5 (G>C) mutasyonunun haplotip IV (-+-++-+), Kodon 8/9 (+G) mutasyonunun haplotip I (+----++) ile ilişkili oldukları Türkiye’de ilk kez bildirilmektedir. IVS-I-1 (G>A) mutasyonunun (+------) mutasyonu ile ilişkili olduğu ise literatürde ilk kez gösterilmiştir. Çalışmada Denizli yöresindeki normal popülasyondaki haplotiplerin ise sırası ile haplotip I (+----++), haplotip V (+----+-) ve haplotip IX ( -+-++++) ile yüksek oranda ilişkili olduğu gözlenmektedir.
Corresponding Author: Erol Ömer Atalay, Türkiye
| TOOLS |
 Full Text PDF Print Download citation RIS EndNote BibTex Medlars Procite Reference Manager Share with email Share Send email to author
Similar articles Google Scholar |