GİRİŞ ve AMAÇ: Ülkemizde, sifiliz bildirimi zorunlu bir hastalık olmasına rağmen, bildirim sistemindeki sorunlar nedeniyle hastalığın gerçek sıklığını tahmin etmek güçtür. Bu çalışmada, RPR veya hızlı test sonuçları pozitif olarak saptanan ve merkezimize doğrulama amacıyla gönderilen serum örnekleri RPR ve TPHA testleri kullanılarak tekrar çalışılmıştır. Sifiliz tanısında kullanılan konvansiyonel ve ters algoritmalar kullanılarak sonuçlar değerlendirilmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ocak 2014 - Kasım 2017 tarihleri arasında RPR veya hızlı test sonuçları pozitif olan ve doğrulama amacıyla merkezimize gönderilen 362 hastaya ait serum örneklerinden elde edilen sonuçlar değerlendirildi. Konvansiyonel ve ters algoritmalar retrospektif olarak incelendi. İstatistiksel analiz için SPSS versiyon 23.0 paket programı kullanıldı.
BULGULAR: Sifiliz şüpheli 362 hastanın 147 (%40,6)’sinde RPR testi negatif, TPHA testi pozitif; 6 (%1,7)’sında RPR testi pozitif TPHA testi negatif olarak saptanmıştır. 173 (%47,8) hastanın hem RPR hem de TPHA testi pozitif bulunmuştur. Hem RPR hem de TPHA pozitifliği olanların yıllara göre dağılımı incelendiğinde en fazla pozitiflik (% 59,45) 2017 yılında gözlenmiştir.
Konvansiyonel algoritmada 173 hasta pozitif, 6 hasta yalancı pozitif olarak belirlenmiştir. Ters algoritmada ise 311 hasta pozitif 9 hasta yalancı pozitif olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak çalışmadan elde edilen veriler incelendiğinde sifiliz pozitif vaka sayılarında en fazla 2017 yılında artış olduğu tespit edilmiştir. Şüpheli vakaların tanısında, ters algoritmanın sifiliz tanı kapasitesinin artırılmasına katkı sağlayacağı kanısına varılmıştır.

INTRODUCTION: Despite the fact that syphilis reporting is mandatory in our country, it is difficult to predict the actual frequency of the disease due to problems in the notification system. In this study sera which were RPR or rapid test positive were sent to our center for confirmation and tested again by using RPR and TPHA tests.The results were evaluated using conventional and reverse algorithms used for diagnosis of syphilis.
METHODS: The results of serum samples from 362 patients who had positive RPR or rapid test results and were sent to our center for confirmation between January 2014 and November 2017 were evaluated. Conventional and reverse algorithms were determined retrospectively. SPSS version 23.0 package program was used for statistical analysis.
RESULTS: The results of serum samples from 362 patients who had positive RPR or rapid test results and were sent to our center for confirmation between January 2014 and November 2017 were evaluated. Conventional and reverse algorithms were investigated retrospectively. SPSS version 23.0 package program was used for statistical analysis.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result, it was determined that the number of syphilis positive cases mostly increased in the year 2017. In the case of suspicious patients, it is concluded that the reverse algorithm will contribute to the diagnostic capacity of syphilis.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Akım sitometri yöntemi ile elde edilen sonuçların, kültür sonuçları ile karşılaştırılması ve buna göre bir eşik değerin altında lökosit ve bakteri sayısı içeren örneklerde ekim yapılmasını ekarte eden hızlı bir tarama algoritması oluşturulması amaçlandı. Çalışmanın ikinci basamağında ise üremesiz-kontamine idrar örneklerinin kısa sürede sonuçlandırılması ile gereksiz antibiyotik kullanımın ne kadar önüne geçilebileceği değerlendirildi.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Tüm kliniklerden laboratuvara kültür için gönderilen, 995 hastanın idrar örneği aynı zamanda akım sitometri cihazında çalışıldı. Akım sitometri cihazında elde edilen sonuçlar kültür sonuçları ile karşılaştırıldı. Kültür sonucu beklenmeden başlanan ampirik antibiyotik kullanımını değerlendirmek amacıyla; üroloji polikliniğinden başvurmuş ve idrar kültürü değerlendirilmiş 208 hastadan antibiyotik tedavisi başlananlar kayıt altına alındı.
BULGULAR: Akım sitometri yöntemi ile elde ettiğimiz sonuçlar bize tüm kliniklerden gelen örneklerimizin %31’inde idrar kültürü işlemlerinin yapılmasına gerek olmadığını gösterdi. Üroloji polikliniğinden gelen örneklerin ise %29,3’ünde idrar kültürü işlemlerinin yapılmasına gerek olmadığı ve akım sitometri tekniğinin üremesiz olarak öngördüğü hastaların %23’üne gereksiz antibiyotik başlandığı saptandı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu teknik hızlı tarama testi olarak kullanıldığında; idrar örneklerinin yoğun olduğu laboratuvarlarda iş yükünü ve maliyeti azaltacak, dakikalar içerisinde negatif sonuç verilebilmesi ile aynı zamanda gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılmasına da belli ölçüde katkı sağlayacaktır.

INTRODUCTION: it was aimed to make a fast screening algorithm by comparing the results obtained by the flow cytometry method with the culture results and accordingly enabling to eleminate cultivation in samples containing a number of leukocytes and bacteria below a threshold value. In the second step of study;it was evaluated that how much of unnecessary antibiotic usage could be avoided by finalizing the results of negative-contamination urine specimens in a short-term.
METHODS: The urine samples of 995 patients from all clinics, submitted to our laboratory for culture was also studied in a flow cytometry device.in the second step, Antibiotic use of 208 patients referred from the urology clinic were recorded, in order to evaluate the use of empirical antibiotics, which was started without waiting for culture results.
RESULTS: The results we obtained with flow cytometry technique showed us that there is no need to carry out urine culture in 31% of our samples that we sent to all clinics. As to the samples coming from the urology clinic, it was detected that there is no need to carry out urine culture in 29,3% and 23% of patients with flow cytometry device predicted as negative have started unnecessary antibiotic therapy.
DISCUSSION AND CONCLUSION: When this technique is used as a rapid screening test, it will reduce the workload and cost in laboratories in which urine specimens are dense, also contribute to a certain extent in reducing unnecessary antibiotic use by providing negative results within minutes.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Biyofilmler. gerek tıbbi cihaz ve biyomateryaller üzerinde gerekse konakçı epitel hücreleri ve mukozal yüzeylerde oluşabilen ve pek çok farklı hastalıkta rol oynayan mikro-ekosistemlerdir.
Biyofilm oluşumunu belirleme yöntemleri, biyofilm enfeksiyonlarının engellenebilmesi için oldukça önemlidir. Biyofilm oluşumunu saptamada sıklıkla kullanılan kolorimetrik esaslı yöntemlerin çeşitli dezavantajları bulunduğundan, standart, hızlı ve güvenilir yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Biyofilm saptama amacıyla da kullanılabilen çeşitli yeni teknolojiler geliştirilmiştir. Bunlar arasında; elektrik akımına dirençteki değişimin saptandığı “gerçek zamanlı hücre analizi” yöntemi, kızılötesi ışınların penetrasyonundaki değişimin ölçüldüğü “fiber-optik sensör” yöntemi ve biyofilm matriks komponentlerini saptamaya dayalı “luminisan konjue oligotiyofen” yöntemi umut vadetmektedir. Bu yöntemler ile daha duyarlı, hızlı ve kantitatif olarak biyofilm yapısı belirlenebilmektedir.

Planktonik haldeki bakterilerin antibiyotik direncinin yanı sıra, biyofilm yapısından kaynaklanan direnç, biyofilm enfeksiyonlarında tedaviyi daha da zorlaştırmaktadır. Biyofilm direncinin multifaktöriyel bir olay olduğu ve birden fazla mekanizmanın eş zamanlı etkisiyle ortaya çıktığı düşünülmektedir. Derlememizde, bakteriyel biyofilmlerin oluşumu ile bunu etkileyen faktörler, biyofilm saptama yöntemleri, biyofilm enfeksiyonları ve biyofilm direncinde rol oynayan etkenler incelenmektedir.

Biofilms are micro-ecosystems that can occur on medical devices and biomaterials, or on host epithelial cells and mucosal surfaces, and play a role in many different diseases.
Methods for determining the formation of biofilm are very important for preventing biofilm infections. Since colorimetric methods which are frequently used to detect biofilm formation have various disadvantages, there is a need for standard, rapid and reliable methods. Various new technologies have been developed that can also be used for biofilm detection. Among these; "real-time cell analysis" method that detects the change in resistance to electric current, "fiber-optic sensor" method in which the change in penetration of infrared rays is measured, and "luminescent conjugated oligothiophene" method based on detecting biofilm matrix components are promising. With these methods, biofilm can be determined more sensitively, quickly and quantitatively.
In addition to the antibiotic resistance of planktonic bacteria, resistance that results from the biofilm structure, further complicates treatment of biofilm infections. It is thought that the biofilm resistance is a multifactorial event and multiple mechanisms occur simultaneously. In this review, the formation of bacterial biofilms and factors affecting them, biofilm detection methods, biofilm infections and factors that play a role in biofilm resistance are examined.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Sistemik dolaşımda anti-nükleer antikorların (ANA) varlığının tespiti birçok otoimmün hastalığın tanısı için anahtar rol oynamaktadır. Ancak indirekt immünofloresan (IIF) tarama testlerinde sıkça karşılaşılan ve anti-DFS70 antikorlarının varlığı ile ilişkilendirilebilen yoğun ince benekli (dense fine spekled, DFS) ANA paterninin hastalıklar ile ilişkili olup olmadığı henüz netleşmemiştir. Bu çalışmada, DFS paterninde ANA varlığı ile hastaların klinik tanıları ya da semptomları arasındaki ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: ANA-IIF tarama testinde DFS paterni varlığı belirlenen 200 hasta çalışmaya dâhil edilmiştir. Hastaların klinik bilgilerinin elde edilmesi amacıyla hastaların hekimleri tarafından belirlenen International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems (ICD) kodları retrospektif olarak incelenmiştir.
BULGULAR: DFS paterninde ANA varlığı tespit edilen hastaların 158’i (%79.0) kadın, 42’si (%21.0) erkektir. Bu antikorlar en sık 1-10 yaş (58 hasta, %29.0), en az 71-80 yaş aralığında (bir hasta, %0.5) olan hastalarda tespit edilmiş, yaş ilerledikçe görülme sıklığının azaldığı belirlenmiştir. Hastaların 26’sında (%13.0) sistemik otoimmün romatizmal hastalık (SORH), sekizinde (%4.0) organa spesifik otoimmün hastalık, dokuzunda (%4.5) malignensi tanısı konduğu, 127 hastanın (%63.5) ise çeşitli sistemlere ait farklı hastalıklar, semptomlar ya da tanımlamalar içeren ICD kodları ile takip edildiği görülmüştür. Hastaların 30’unda (%15.0) ICD kodu belirtilmemiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada DFS paternindeki ANA pozitifliğinin kadın hastalarda ve erken çocukluk evrelerinde daha sık görüldüğü tespit edilmiştir. Spesifik bir hastalık ile ilişkilendirilemese de bu paternin SORH’da da pozitif olabileceği, bu nedenle DFS paterninde ANA varlığı tespit edilen hastaların klinik bulgular eşliğinde değerlendirilmesi gerektiği sonucuna ulaşılmıştır.

INTRODUCTION: Determination of the presence of antinuclear antibodies (ANA) in systemic circulation has a key role in diagnosis of many autoimmune diseases. However, it has still not been clear whether dense fine speckled (DFS) pattern of ANA, which are commonly found in indirect immunofluorescence (IIF) screening tests indicating the presence of anti-DFS70 antibodies, are related with the diseases. The aim of this study was to investigate the association between clinical diagnosis of patients with the presence of DFS pattern of ANA.
METHODS: Two hundred patients with presence of DFS pattern on ANA-IIF screening test were included in the study. To obtain the clinical data of the patients, International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems (ICD) codes, which were determined by physicians of the patients, were retrospectively analyzed.
RESULTS: Of the patients with DFS pattern of ANA, 158 (79.0%) were women and 42 (21.0%) were men. These antibodies were found most frequently in age range of 1-10 (58 patients, 29.0%), and the least in age range of 71-80 (one patient, 0.5%), and it was determined that the frequency decreased as the age increased. Of the patients 26 (13.0%) were diagnosed as systemic autoimmune rheumatic diseases (SARD), eight (4.0%) as organ-specific autoimmune diseases, nine (4.5%) as malignancy, and 127 (63.5%) were followed-up due to different diseases of various systems. No clinical diagnosis was indicated in 30 (15.0%) patients.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result, although it could not be associated with a specific disease, DFS pattern of ANA may be positive in SARD. Therefore, it is concluded that the patients with DFS pattern of ANA should be evaluated together with clinical findings.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Yeni ortaya çıkan ve yeniden önem kazanan bulaşıcı hastalıklar dünya genelinde artmaktadır. Son otuz yılda Ebola, Nipah, Hendra, Zika, Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu (SARS), Orta Doğu Solunum Sendromu (MERS) ve Yeni (Novel) Koronavirüsler (COVID-19) dahil olmak üzere 30'dan fazla yeni insan patojeni keşfedilmiştir ve bunların % 75'inin hayvanlardan kaynaklandığı bilinmektedir. Virüsler, insanlarda hayati tehlike arz eden birçok hastalığa neden olan ve insan evrimi ile birlikte gelişen, etkili bulaşıcı ajanlardır. Yeni ortaya çıkan özellikle RNA virüsleri, yeni bir konakçıya ve değişen ortamlara diğer patojenlerden daha hızlı bir şekilde adapte olma potansiyeline sahiptir. Son yıllarda artış gösteren konak, çevre ve mikroorganizmalarla ilgili birçok faktör yeni ortaya çıkan ve yeniden önem kazanan enfeksiyon hastalıklarını gündeme getirmektedir.

Emerging and re-emerging infectious diseases are increasing worldwide. Over the last thirty years, more than 30 new human pathogens have been discovered, including Ebola, Nipah, Hendra, Zika, Severe acute respiratory syndrome (SARS), Middle-East respiratory syndrome (MERS), Novel Coronavirus (COVID-19) and 75% of these are known to originate from animals. Viruses are potent infectious agents causing numerous life-threatening diseases in human beings and co-evolved with human evolution. Emerging viruses, especially the RNA viruses, have high potential to adapt rapidly to a new host and changing environments than other pathogens. Many factors related to host, enviroment and microorganisms that have been increasing in recent years bring new emerging and re-emerging infectious diseases to the agenda.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Dünyada yaklaşık 1 milyar insanın leishmaniasis riski altında olduğu ve leishmaniasis bildirimi yapan 200 ülke olduğu Dünya Sağlık Örgütü tarafından bildirilmektedir. En sık görülen formu olan kutanöz leishmaniasis tedavisinde ülkemizde Glucantime, Pentostam ve son yıllarda AmBisome ilaçları kullanılmaktadır. Kullanılan ilaçların toksik etkisinin yüksek ve maliyetli olması yanı sıra son yıllarda Glucantime ve Pentostam ilaçlarına karşı direnç geliştiği bildirilmektedir. Leishmaniasis tedavisinde kullanılmak üzere yeni ilaç adaylarına ihtiyaç vardır. Çalışmamızda Olea europaea bitkisinin yaprak ve meyve kısımlarının su, sulu etanol ve kloroform çözücülerinde hazırlanmış ekstrelerinin Leishmania tropica parazitine karşı duyarlılığının in vitro araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankasında MHOM/TR/2012/CBCL-LT kodu verilerek muhafaza edilen Leishmania tropica izolatının Olea europa bitkisinin ekstrelerine karşı in vitro olarak antileishmanial aktivitesi XTT ve hemositometre yöntemiyle araştırılmıştır. Ayrıca bitki ekstrelerinin sitotoksik aktiviteleri incelenmiştir.
BULGULAR: Antileishmanial aktivitenin değerlendirilmesinde yaprak su ekstresinin IC50 değeri 6,77 mg/kg, yaprak sulu etanol ekstresinin IC50değeri 2,45 mg/kg, yaprak kloroform ekstresinin IC50 değeri 6,50 mg/kg, meyve sulu etanol ekstresinin IC50 değeri 4,16 mg/kg ve meyve kloroform ekstresinin IC50 değeri 0,23 mg/kg olarak belirlenmiş ve meyve su ekstresinin antileishmanial etkisinin istatiksel olarak anlamlı diğerlerinin ise anlamsız olduğu görülmüştür. Sonuçların ilaçsız kontrol grubu ile istatistiksel olarak karşılaştırılmasına göre meyve klorofm ekstresinin (p<0,05) antileishmanial etki gösterdiği diğer ekstrelerinin anlamsız olduğu görülmüştür (p>0,05). Olea europa bitkisinin yaprak su ekstresi (LC50 58,45 µg/ml) dışındaki ekstreler sitotoksik aktivite göstermemiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmamızın sonucunda Olea europaea bitkisinin meyve kloroform ekstresinin antileishmanial aktivite göstermesi projenin amacı olan antileishmanial etken maddeler saptanması konusunda önemli ve ümit verici bir gelişme olarak değerlendirilmektedir.

INTRODUCTION: Glucantime, Pentostam and AmBisome are used in the treatment of cutaneous leishmaniasis which is the most common form in Turkey. Beside being highly toxic and costly, Leishmania parasites also have been reported to have developed resistance against Glucantime and Pentostam in recent years.
In this study, we aimed to investigate the in vitro. susceptibility of water, aqueous ethanol and chloroform extracts of the leaves and fruits of Olea europaea against Leishmania tropica parasites.
METHODS: In vitro antileishmanial activities of Olea europaea plant extracts against Leishmania tropica isolates obtained from Manisa Celal Bayar University Faculty of Medicine with MHOM/TR/2012/CBCL-LT code, were investigated by using XTT and hemocytometer methods. Cytotoxic activities of plant extracts were also determined.
RESULTS: Evaluation of antileishmanial activity showed that water of the aqueous ethanol and chloroform extracts of the leaves, and aqueous ethanol and chloroform extracts of the fruits had IC50 values as 6.77 mg/kg, 2.45 mg/kg, 6.50 mg/kg, 4.16 mg/kg, 0.23 mg/kg respectively. The water extract of fruits did not show any antileishmanial activity. Based on statistical comparison of these results with the control group, it was observed that fruit extract (p<0,05) showed no antileishmanial effect (p>0,05). Extracts other than leaf water extract (LC50 58.45 µg/ml) of Olea europaea showed no cytotoxic activity.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result of this study chloroform extract of the fruits of Olea europaea ws found to have antileishmanial activity and this can be considered as an important and promising development in determination of antileishmanial active substances which was the main aim of this study.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Kronik hepatit B (KHB) enfeksiyonunun tanısında ve takibinde serolojik belirteçler, viral yük ve alanin aminotransferaz (ALT) düzeyinin ölçümü sıklıkla kullanılan yöntemlerdir. Son yıllarda ise, HBV DNA ve ALT düzeylerinin HBsAg düzeyleri ile ilişkili olduğu gündeme gelmiştir. Bu çalışmada KHB hastalarında kantitatif HBsAg seviyelerinin HBV DNA, ALT-AST seviyeleri ve HBeAg ile karşılaştırılarak incelenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya dahil edile 91 KHB’li hastanın HBV DNA düzeyleri, gerçek zamanlı PCR yöntemi (Cobas TaqManTM 48, Roche, Almanya) ile araştırıldı. Kantitatif HBsAg ölçümü ELISA yöntemi (Architect i2000SR, Abbott, Almanya) ile 0.05-250 IU/mL limit aralığında gerçekleştirildi.
BULGULAR: Hastaların, HBV DNA seviyesinin ortancası 1538.50 (19.00-64501284.00), kantitatif HBsAg değerinin ortancası 2210.06 (0.05-46192.95) olup, HBsAg ölçüm değerleri ile HBV DNA düzeyleri arasındaki doğrusal korelasyon istatistiksel olarak anlamlı (p<0.05) ancak çok zayıf seviyede bir ilişkili bulundu (r=0.276). ALT düzeyi normalden yüksek olan hastalarda HBV DNA ve kantitatif HBsAg düzeyleri ALT düzeyi normal olanlara göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksek olarak bulundu (p<0.05). AST düzeyi normalden yüksek olan hastalarda HBV DNA düzeyleri AST düzeyi normal olanlara göre yüksek olarak bulundu (p<0.05), ancak kantitatif HBsAg değerleri arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı (p>0.05). Ayrıca HBeAg pozitif hastalarda kantitatif HBsAg düzeyleri, HBeAg negatif hastalardan anlamlı derecede yüksek bulundu (p<0.05).
TARTIŞMA ve SONUÇ: HBsAg’nin kantitatif ölçümü ile HBV DNA düzeyi arasındaki korelasyon, kantitatif HBsAg ölçümünün, KHB hastalarında HBV-DNA’nın yanında replikasyonu izlemek için tamamlayıcı ek bir belirteç olabilir. ALT düzeyi normalden yüksek olan hastalarda ise yüksek HBV DNA ve HBsAg düzeyleri nedeni ile kantitatif HBsAg ölçümü KHB’li hastaların izlenmesinde göz önünde bulundurulabilir.

INTRODUCTION: Serologic markers, viral load and aminotransferase (ALT) level are frequently used methods in diagnosis and follow-up of chronic hepatitis B (CHB) infection. In recent years, it has come up that HBV DNA and ALT levels are associated with HBsAg levels. In this study, it was aimed to investigate the quantitative HBsAg levels compared with HBV DNA ALT-ASTlevels and HBeAg in CHB patients.
METHODS: HBV DNA levels of91 patients with CHB were measured with real-time PCR method (Cobas TaqManTM, Roche Laboratories, Germany). Quantitative HBsAg assays were performed with the ELISA method (Architect i2000 SR (Abbott Laboratories,Germany) at a limit range of 0.05-250IU/mL.
RESULTS: The median of HBV DNA level was determined as 1538.50(19.00-64501284.00) and the median of quantitative HBsAg was 2210.06 (0.05-46192.95). The correlation between HBsAg and HBV DNA levels was found statistically significant (p<0.05) but very weakly related (r=0.276). HBV DNA and quantitative HBsAg levels were statistically significantly higher in patients with higher ALTlevels (p<0.05). HBV DNA levels in patients with higher AST levels were found higher (p<0.05), but the difference between quantitative HBsAg levels was not statistically significant (p>0.05). In addition, quantitative HBsAg levels in HBeAg positive patients were found significantly higher than HBeAg negative patients (p<0.05).
DISCUSSION AND CONCLUSION: Because of the correlation between the quantitative measurement of HBsAg and the HBV DNA level, quantitative HBsAg measurement may be an additional complementary marker for monitoring of patientsCHB as well as HBV-DNA. In patients with elevated ALTlevels, quantitative HBsAg measurement can beconsidered in the follow-up ofCHB patients for the high HBV DNA and HBsAglevels.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Hem dünyada hem de ülkemizde Escherichia coli (E. coli) üriner sistem enfeksiyonlarının (ÜSE) en sık nedenidir. Gelişen bakteriyel direnç mekanizmaları bu enfeksiyonların tedavisini de kısıtlamaktadır. Tedavide kullanılacak antibiyotiklerin doğru bir antibiyotik duyarlılık testi (ADT) sonucuna göre belirlenmesi gelişen antibiyotik direncini kontrol altına almakta büyük önem taşımaktadır. Hastanemizde görülen ÜSE etkeni olan E. coli izolatlarının çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ve direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: 01.01.2018-01.11.2019 tarihleri arasında, hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına komplike olmayan ÜSE ön tanısı ile gönderilen idrar örnekleri hastane arşivinden retrospektif olarak incelenmiştir. İdrar kültür örneklerinde üreme saptanan örneklerin bakteri tanımlanmasında ve antibiyotik duyarlılıklarının tespitinde tam otomatize cihaz (Vitek2,bioMeriux, Fransa) kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılıkları “European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing” (EUCAST) 2018 standartlarına uygun olarak minimal inhibitör konsantrasyonlarına (MİK) göre yorumlanmıştır
BULGULAR: Toplam 22.774 idrar örneğinden 1.962’sinde (%9) üreme saptanmıştır. Bunlardan 1.466’sı (%75) E. coli olarak tanımlanmıştır. İzolatların antibiyotik dirençleri incelendiğinde; %81’inde ampisilin, %18’inde gentamisin, %40’ında trimetoprim-sülfametoksazol, %4’ünde nitrofurantoin, %4’ünde fosfomisin, %46’sında amoksisilin-klavulanik asit, %42’sinde sefiksim, %41’inde siprofloksasin, %5’inde amikasin, %2’sinde imipenem direnci saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada etkeni E. coli olan ÜSE’larının tedavisinde ampirik olarak ampisilin, amoksisilin klavulanik asit antibiyotiklerinin kullanımının uygun olmayacağı, fosfomisin, nitrofurantoin antibiyotiklerinin tercih edilmesinin daha uygun olacağı anlaşılmıştır.

INTRODUCTION: Escherichia coli (E. coli) is the most common cause of urinary tract infections (UTI) both in the world and in our country. Increase in bacterial resistance mechanisms also limit the treatment of these infections. Selection of antibiotics to be used according to an accurate antibiotic susceptibility test (ADT) result is of great importance in controle of antibiotic resistance. We aimed to determine the susceptibility and resistance in E. coli, which is one of the pathogens in urinary tract infection in our hospital, to various antibiotics.
METHODS: Between 01.01.2018-01.11.2019, urine samples obtained from patients with an uncomplicated diagnosis of UTI, sent to the microbiology laboratory of our hospital, were analyzed retrospectively through the hospital archive. Fully automated device (Vitek2, bioMeriux, France) was used to identify bacteria in the urine culture and to determine antibiotic susceptibilities. Antibiotic susceptibility tests reults were interpreted according to minimal inhibitory concentrations (MIC) in accordance with the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) 2018 standards.
RESULTS: Out of a total of 22,774 urine samples, reproduction was detected in 1,962 (9%). Of these, 1466 (75%) were identified as E. coli The analysis of the antibiotic susceptibility test results have indicated that isolates were resistant to ampicillin in 81%, gentamicin in 18%, trimethoprim-sulfamethoxazole in 40%, nitrofurantoin in 4%, phosphomycin in 4%, amoxicillin-clavulanic acid in 46%, cefixim in 42%, ciprofloxacin in 41%, amikacin in 5%, imipenem in 2%.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In this study, it was understood that the use of ampicillin, amoxicillin clavulanic acid would not be appropriate, and phosphomycin and nitrofurantoin would be more appropriate in the treatment of UTIs with the effect of E. coli.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmada, akut solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda solunum virüslerinin saptanmasında konvansiyonel yöntemlerle
[“shell vial” hücre kültürü yöntemi, direkt fluoresans antikor (DFA)] multipleks polimerize zincir tepkimesi (PCR) test yöntemini karşılaştırmak ve multipleks PCR testinin performansını değerlendirmek amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada, Ocak 2012-Ağustos 2013 tarihleri arasında solunum yolu enfeksiyonu tanılı 502 [217 (%43.2) kadın, 285 (%56.8) erkek] nazofarengeyal sürüntü örneği incelendi. Solunum virüslerinin saptanmasında, DFA ve “shell vial” hücre kültürü yöntemi altın standart olarak alındı. Multipleks PCR testi için, üretici firmanın önerileri doğrultusunda çalışıldı.
BULGULAR: Değerlendirilen hastaların 238’inde (%47.4) en az bir yöntemle solunum virüsleri pozitif bulundu. İncelenen 502 örneğin 189’u (%37.6) DFA ve shell vial hücre kültürü yöntemi ile pozitif [human metapneumovirus (HMPV), human coronavirus (HCoV), human rhinovirus (HRV), human bocavirus (HBoV) ve parainfluenza virüs tip 4 (PIV 4) hariç], 233’ü (%46.4) multipleks PCR ile pozitif bulundu. Yalnızca HMPV, HCoV, HRV, HBoV ve PIV 4’ün pozitif olduğu 37 örnek, DFA ve shell vial hücre kültürü ile saptanamadığı için karşılaştırma dışı bırakıldı. Hücre kültürü ve DFA’ya göre multipleks PCR yönteminin duyarlılık, özgüllük, PPV, NPV ve test geçerlilik oranları sırasıyla %97.3, %95.7, %93.9, %98.1 ve %96.3 olarak bulundu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda sırasıyla en sık saptanan solunum virüsleri respiratory sinsitial virüs (RSV), HRV
ve influenza virüs tip A (INF A) olmuştur. Multipleks PCR’ın duyarlılık ve özgüllüğü oldukça yüksek bulunmuştur. Multipleks PCR’ın DFA ve hücre kültürü yöntemleriyle saptanamayan 37 solunum virüsünü de tanımlayabildiği görülmüştür. Multipleks PCR’ın yüksek duyarlılık ve özgüllüğe nedeniyle rutin laboratuvar kullanımına uygun olduğu öngörülmüştür.

INTRODUCTION: In this study, we aimed to compare multiplex PCR (mPCR) assay with conventional methods [direct fluorescent antibody (DFA) test and shell vial cell culture] for the detection of respiratory viruses in patients with acute respiratory tract infection and to evaluate the performance of the multiplex PCR method.
METHODS: Between January 2012 and August 2013, nasopharyngeal swab specimens collected from 502 [43.2%) female, 285 (56.8%) male] patients with acute respiratory tract infection were analyzed. Shell vial cell culture and DFA were used as a gold standard method for the detection of respiratory viruses. Multiplex PCR test was performed according to the manufacturer’s instructions.
RESULTS: Two hundred and thirty-eight (47.4%) patients were positive for respiratory viruses as detected by at least one method. Among 502 specimens analyzed, 189 (37.6%) were positive using the combination of DFA and shell vial cell culture [excluding human metapneumovirus (HMPV), human coronavirus (HCoV), human rhinovirus (HRV), human bocavirus (HBoV), parainfluenza virus type 4 (PIV 4)], and 233 (46.4%) were positive by mPCR. Thirty-seven samples were excluded from the comparison, because HMPV, HCoV, HRV, HBoV, PIV 4 could not be detected by DFA and shell vial cell culture. The overall sensitivity, specificity, positive, and negative predictive value, and diagnostic accuracy of mPCR were 97.3, 95.7, 93.9, 98.1 and 96.3%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Respiratory syncytial virus (RSV), HRV and influenza virus type A (INF A) were the most frequently identified respiratory viruses in patients with respiratory tract infections. The sensitivity and specificity of mPCR were found to be quite high. Additionally mPCR could identify 37 respiratory viruses that DFA and cell culture could not. As the mPCR method was found to have high sensitivity and specificity. it was predicted to be suitable for use in routine laboratories.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Viral etkenlere bağlı santral sinir sistemi enfeksiyonları her yaşta görülebilen, akut seyirli ve hızlı ilerleyen, mortalite ve morbiditesi yüksek enfeksiyonlardır. Tanıda, nükleik asit amplifikasyon test yöntemlerinden polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sıklıkla tercih edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Bölümü’ne viral etkenlerin PZR yöntemi ile araştırılması için gönderilen beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde elde edilen sonuçların retrospektif olarak değerlendirilmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Bölümü’ne 2010-2014 yılları arasında viral SSS enfeksiyonu ön tanısı ile gönderilen 704 hastaya ait 2849 BOS örneğinin sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. BOS örneklerinde adenovirus
(AdV), sitomegalovirus (CMV), Epstein Barr virus (EBV), enterovirus (EV), herpes simplex virus tip 1 ve tip 2 (HSV-1, HSV-2) virusları gerçek zamanlı PZR yöntemiyle araştırılmıştır. BOS örneklerinde protein ve glukoz ölçüm değerleri kaydedilmiştir.
BULGULAR: Otuz beş hastaya ait 38 BOS örneğinde araştırılan viral etkenler pozitif bulunmuştur. BOS örneklerinde saptanan viral etkenlerin oranları; EBV DNA, EV RNA, HSV-I DNA, AdV DNA, CMV DNA ve HSV-2 DNA için sırasıyla %3.6 (11/308), %1.8 (8/447), %1.7 (12/721), %1 (4/405), %0.4 (1/271) ve %0.2 (2/697) olarak bulunmuştur. Bir hastada HSV-1 DNA ve EBV DNA birlikte saptanmıştır.
BOS örneklerinde viral etken saptanan hastaların BOS glukoz düzeyi, 19 (%54.2) hastada normal sınırlarda, altı (%17.1) hastada düşük ve on (%28.6) hastada yüksek bulunmuştur. BOS protein düzeyi ise 17 (%48.6) hastada normal sınırlarda ve 18 (%51.4) hastada yüksek bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: BOS örneklerinde PZR temelli moleküler yöntemler kullanılarak olası tüm viral etkenlerin araştırılmasının erken tanı ve tedaviye olanak sağlayacağı düşünülmektedir.

INTRODUCTION: Viral infections of central nervous system (CNS) are rapidly progressive, acute infections with high mortality and morbidity rates, and affect people of every age. Polymerase chain reaction (PCR), which is a nucleic acid amplification test (NAAT) is frequently used for diagnosing viral infections of CNS. The aim of this study is to retrospectively analyze the results of cerebrospinal fluid (CSF) samples, which were sent to Akdeniz University Medical Faculty Hospital, Central Laboratory, Department of Microbiology to be investigated
for viral agents by PCR method.
METHODS: The results of a total of 2849 CSF samples from 704 patients, sent to Akdeniz University Hospital Central Laboratory, Department of Microbiology between 2010-2014 with a preliminary diagnosis of viral CNS infection, were retrospectively analyzed. The CSF
samples were tested by the real-time PCR method for adenovirus (AdV), cytomegalovirus (CMV), Epstein Barr Virus (EBV), enterovirus (EV) and herpes simplex viruses type 1 and type 2 (HSV- 1, HSV- 2). Also, protein and glucose levels in CSF samples were recorded.
RESULTS: Thirty eight CSF samples from 35 patients were found to be positive for viral infectious agents. EBV DNA, EV RNA, HSV-I DNA, AdV DNA, CMV DNA and HSV-2 DNA were detected in 3.6% (11/308), 1.8% (8/447), 1.7% (12/721), 1% (4/405), 0.4% (1/271) and 0.2% (2/697) of the samples respectively. HSV-I DNA and EBV DNA were detected in one patient simultaneously. The CSF glucose levels of the patients, who were found to be positive for viral infectious agents were within normal limits in 19 (54.2%), low in six (17.1%) and high in ten (28.6%) patients. Also normal, and higher CSF protein levels were found in 17 (48.6%) and 18 (51.4%) patients, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Using PCR based molecular methods for the investigation of all possible viral agents in CSF samples will conceivably provide opportunity for early diagnosis and therapy of viral CNS infections.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Stenotrophomonas maltophilia sağlık hizmetleri ile ilişkili enfeksiyon etkeni olarak yoğun bakımlarda ve immünsüprese hastalarda sıklığı ve önemi gittikçe artan fırsatçı bir patojendir. Hastaların ağırlıklı olarak solunum yolu örneklerinde, kan ve idrarlarında izole edilmektedir. Birçok antibiyotiğe karşı gösterdiği intrensek direnç nedeniyle tedavisi zordur. Bu çalışmada, sekiz yıllık bir dönemde çeşitli klinik örneklerden izole edilen S. maltophilia suşlarının trimetoprim-sulfametoksazol ve levofloksasin direnç oranlarının ve bu oranların yıllara göre değişiminin saptanması amaçlanmıştır. Artan trimetoprim-sulfametoksazol direnci nedeniyle sadece trimetoprim-sulfametoksazol direncinin bildirilmesinin klinik takip ve tedavide yeterli olup olmayacağı tartışılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda, sekiz yıllık süreçte izole edilmiş olan 195 S. maltophilia suşunun dağılımı ve antimikrobiyal duyarlılığı retrospektif olarak incelenmiştir. Suşların tanımlama ve antibiyotik duyarlılıklarına, Vitek2 Compact (BioMérieux, Fransa), Matrix‐Assisted Laser Desorption/Ionization time‐of‐ flight, Mass Spectrometry (MALDI TOF MS, Bruker, Almanya) sistemi ve Phoenix (Becton Dickinson, ABD) otomatik cihazları ile bakılmıştır.
BULGULAR: Suşlar en sık yoğun bakım kliniğinden gönderilen (n: 63) solunum yolu örneklerinden (n: 25) olarak izole edilmişlerdir. Trimetoprim sulfametoksazol direnci ortalama % 4.08 (0-13.58), levofloksasin direnci %11,71 (0-17.39) olarak tespit edilmiştir. Levofloksasine orta duyarlı yedi suş saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Yıllar içinde artan direnç göz önüne alındığında antibiyotik duyarlılığında kısıtlı bildirim yapılması zaten tedavi seçenekleri az olan bir mikroorganizma için klinisyenin işini zorlaştırmaktadır. Bu nedenle suşlar gereğinde daha geniş antibiyotik duyarlılığı çalışılmak üzere saklanmalıdır.

INTRODUCTION: S. maltophilia, is an opportunistic pathogen that increases in frequency and importance in intensive care units and immunocompromised patients. It is predominantly isolated from the blood, urine and respiratory tract specimens of patients. Due to its intrinsic resistance to many antimicrobials, the treatment of patients infected with S. maltophilia is very difficult. The aim of this study is to determine the resistance rates of trimethoprim sulfamethoxazole and levofloxacin of S. maltophilia strains isolated from various clinical specimens in the eight years’ period and the variation of these rates with respect to years. In terms of clinical follow-up and treatment as a clinician, we discussed if it is sufficient to report only trimethoprim sulfamethoxazole resistance in S. maltophilia as there is an increasing resistance to trimethoprim sulfamethoxazole.
METHODS: In our study, the distribution and antimicrobial susceptibility of 195 S. maltophilia isolates that were collected over an eight-year period were examined retrospectively. The identification and antibiotic susceptibility of the strains were examined by the Vitek2 Compact (BioMérieux, France), Matrix‐Assisted Laser Desorption/Ionization time‐of‐ flight, Mass Spectrometry(MALDI TOF MS, Bruker, Germany) system and the Phoenix (Becton Dickinson, USA) automatic devices were used for the identification and antibiotic susceptibility of the strains.
RESULTS: Most of the S. maltophilia strains were isolated from patients in the intensive care units (n = 63), and the largest number of isolates were obtained from respiratory tract specimens (n: 25). The mean resistance for trimethoprim sulfamethoxazole was found to be 4.08% (0-13.58) and levofloxacin resistance was found to be 11.71% (0-17.39). Seven of the strains have intermediate susceptibility to levofloxacin.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Considering the increase in antibiotic resistance over the years, restricted reporting of antibiotic susceptibility for a microorganism which has fewer treatment options makes clinicians' work more difficult. These strains should be kept for further study for antibiotic susceptibility.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

İlk defa 2019 yılı, Aralık ayında, Çin’in Wuhan eyaletinde ortaya çıkan ve tüm dünya’ya hızlı bir şekilde yayılan SARS-CoV-2, halen salgın etkisini sürdürmektedir. SARS-CoV-2, SARS-CoV ve MERS-CoV enfeksiyonlarından sonra karşılaştığımız üçüncü koronavirüs salgınıdır. SARS-CoV ve MERS-CoV enfeksiyonları dolayısıyla, koronavirüslere ait patogenez ve immun yanıtla ilgili deneyimlerimiz bulunmaktadır. Fakat bu zor süreçte yapılan çalışmalar, SARS-CoV-2’nin deneyimlerimizdeki bilgilerden, farklı olarak hem çok bulaştırıcı olduğunu hem de hücrelere olan etkisinin farklı olduğunu göstermiştir. Bizde bu nedenle, SARS-CoV-2 patogenezi ve oluşan konak immün yanıt ile ilgili yayınlanan çalışmaları derlemeyi amaçladık. Birçok çalışmada, sadece konak ACE2 reseptör varlığının, konak hücrenin enfeksiyonu için yeterli olmadığı aynı zamanda proteazlarla yapısal S proteininin kesiminin de gerçekleşmesi gerektiği bildirilmiştir. SARS-CoV-2, SARS-CoV ve MERS-CoV’dan farklı olarak farklı proteaz kesim sistemleri ihtiva ettiği, ayrıca ACE2 reseptör bağlanma bölgesinde bulunan aminoasit dizilimlerinin daha farklı olduğu gösterilmiştir. SARS-CoV-2 enfeksiyonunda, konaktaki Th1 ve Th2 aracılı sitokin ve kemokin düzeylerinin SARS-CoV enfeksiyonlarına göre farklı olduğu, SARS-CoV-2 enfeksiyonlarında, diğer CoV’lere göre farklı kemokinlerin upregüle olabildiği şu ana kadar yapılan çalışmalarda bildirilmiştir. Uzun yıllardır devam eden denemelere rağmen enfeksiyon etkeni olan RNA virüsleri için etkin aşılar geliştirilmemiş olduğu düşünüldüğünde, patogenez ve immun yanıt sürecindeki, tüm bu farklılıkların ortaya çıkarılması ve SARS-CoV-2’ye karşı kısa sürede etkin antiviraller geliştirilebilmesi için SARS-CoV-2 patogenezi ve konak immun yanıtıyla ilgili kapsamlı çalışmaların yapılması gerekliliği aşikardır.

SARS-CoV-2, which emerged in Wuhan province of China for the first time in December 2019 and spread rapidly all over the world, still continues epidemic effect. SARS-CoV-2 is the third coronavirus outbreak encountered after SARS-CoV and MERS-CoV. Due to SARS-CoV and MERS-CoV infections, we have experience with the pathogenesis and immune response of coronaviruses. However, studies have shown that, unlike the information in our experience, SARS-CoV-2 is both very infectious and its effect on cells is different. Therefore, we aimed to compile published studies on the pathogenesis of SARS-CoV-2 and the resulting host immune response. In many studies have been reported that not only the presence of the host ACE2 receptor is sufficient for the infection of the host cell, but also the cleavage of the structural S protein by proteases. It has been shown that, unlike SARS-CoV-2, SARS-CoV and MERS-CoV, it contains different protease cleavage systems and amino acid sequences in the ACE2 receptor binding site are different. In SARS-CoV-2 infection, Th1 and Th2-mediated cytokine and chemokine levels in the host are different than SARS-CoV infection, and also different chemokines can be upregulated compared to other CoVs. Considering that effective vaccines have not been developed for the infectious RNA viruses despite the ongoing trials for many years, the pathogenesis of SARS-CoV-2 in order to reveal all these differences in the pathogenesis and immune response process and to develop effective antivirals against SARS-CoV-2 in a short time. and the need for comprehensive studies on host immune response is evident.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Kültür bazlı VRE identifikasyon yöntemleri genellikle 24-72 saat gerektirmektedir. VRE kolonizasyonu saptanan hastaların hızla izole edilmesi, diğer hastaların kolonize olmalarını engellemek ve olası enfeksiyonların oluşumunu önlemesi açısından değerlidir. Bu çalışmanın amacı VRE’yi daha kısa sürede saptayan BD GeneOhm VanR testinin sonuçlarının altın standart yöntem olan VRE kültürü ile karşılaştırılmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda yer alan toplam 704 perirektal sürüntü örneğinin VRE agara ekimi yapılmıştır. Eş zamanlı olarak tüm perirektal sürüntü örnekleri Real- time PCR yöntemi ile çalışılmıştır.


BULGULAR: Değerlendirilen örneklerden 121’i (% 17,2) VRE agar ile, 162’si (%23,0) Real- time PCR yöntemi ile pozitif bulunmuştur. Yöntemlerinin her ikisi ile pozitif çıkan örnek sayısı 118’dir. 44 örnek sadece Real- time PCR ile 3 örnek ise sadece kültür yöntemiyle pozitif bulunmuştur. Her iki yöntemle negatif bulunan örnek sayısı 539 (%76,6)’dur. VRE pozitif saptanan örneklerden 3 tanesi haricinde tümü,VanA fenotipi taşıyan E. faecium olarak, sözü edilen 3 örnek, hem kültür hem de Real- Time PCR yöntemi ile VanB fenotipi taşıyan E. faecalis olarak tanımlanmıştır. Bu sonuçlara göre BD Gene Ohm VanR testinin VRE kültürü ile karşılaştırılarak belirlenen duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerleri sırasıyla %98, %92, %73 ve %99 olarak saptanmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: VRE tespiti için kullanılan kültür bazlı yöntemler ve nükleik asit amplifikasyon testleri genellikle 24-72 saat gerektirmektedir. BD GeneOhm VanR testi doğrudan örnekten çalışılan basit bir yöntem olup, sonuç alma aşamasına kadar geçen toplam süre 3,5 saatten daha kısadır. Bunun yanında farklı laboratuvarlarda ve hasta popülasyonlarında tekrarlanabilir sonuçlar veren, yüksek PPD ve NPD olan bir testtirç VRE direnç genini de belirliyor olması da diğer bir avantajıdır.

INTRODUCTION: Culture based VRE identification methods generally needs 24-72 hours. Rapid isolation of VRE colonized patients is crucial to prevent colonization of other patients and propable infections. The aim of this study is to compare BDGene OhmVanR test which identifies VRE in a short time with gold standart VREcultures.
METHODS: A total of 704 samples in the study were cultivated into VREagar. At the same time, all perirectal swap samples were evaluated with Real-timePCR.
RESULTS: Among the evaluated samples, 121 (17,2%) were positive with VRE agar and 162 (23,0%) were positive with Real-time PCR. The number of samples which were positive with both diagnostic methods were 118. 44 samples were only positive with Real-time PCR and 3 samples were only positive with culture methods. The number of samples both negative with two methods were 539 (76,6%). All VRE positive samples except 3 were VanA phenotype carrying E. faecium, and previously mentioned 3 samples were identified as VanA phenotype carrying E. faecium with both culture and Real-time PCR. According to these results, sensitivity, specicifity, PPV and NPV of BD Gene Ohm VanR test compared to VREculture were 98%, 92%, 73% and 99%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Culture based methods and nucleic acid amplification tests need 24-72 hours for VRE identification. BDGene OhmVanRtest is a simple diagnostic method directly studied from the sample takes less then 3.5 hours to obtain results. On the other hand, it gives repeatable results in different laboratories and patient samples with high PPVand NPV. Its other advantage is the identification VRE resistance gene.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Cryptococcus neoformans kriptokokkoza neden olan kapsüllü bir mayadır. Havada bulunan mantar elemanlarının inhale edilmesiyle vücuda girer. Sıklıkla, immun istem yetmezliği bulunan hastalarda enfeksiyona neden olmaktadır. Başlıca santral sinir sistemi (SSS) ve akciğerleri etkilemekle birlikte, yaygın (dissemine) hastalık tablosu da gelişebilir. Santral sinir sisteminin etkilenmesi sonucunda gelişen
menenjit, her zaman klasik bulgularla ortaya çıkmayabilir. Menenjitli olguların beyin omurilik sıvısı (BOS) analizinde lenfositik pleositoz olduğu, protein düzeyinin arttığı, glukoz düzeyinin azaldığı görülür. Tanıda BOS örnekleri çini mürekkebi veya nigrosin boyasıyla boyanarak incelenir. Çini mürekkebi ile boyanmış örneklerde siyah zeminde boyayı almamış tomurcuklanan yapıların görülür. Kesin
tanı için kültür gereklidir. Kültür için siklohekzimit içermeyen Sabouraud dekstroz agar (SDA) besiyeri kullanılır. Çalışmamızda 12 yıllık süre zarfında hastanemizin mikrobiyoloji laboratuvarında izole edilmiş olan altı kriptokokkoz olgusu incelenmiştir. Hastaların bilgileri hasta dosyaları incelenerek elde edilmiştir. İki olgunun, ilk olarak tüberküloz menenjiti tedavisi aldığı görülmüştür. Ayrıca, iki hasta HIV pozitiftir. Çalışmamızdaki altı olgudan dördü enfeksiyon nedeniyle kaybedilmiştir.

Cryptococcosis is caused by Cryptococcus neoformans, a capsule-containing yeast. It enters the body predominantly through inhalation of airborne fungal elements from an environmental source. It frequently causes infections specifically in immunosuppressed patients. The yeast mainly invades central nervous system (CNS) and the lungs, although widespread (disseminated) disease may develop. Meningitis that develops as a result of the invasion of the CNS, may not present with the classical symptoms. Analysis
of cerebrospinal fluid (CSF) shows lymphocytic pleocytosis, increased protein, and reduced glucose levels in meningitis cases. The samples are stained with Indian ink or nigrosin stain. In Indian ink preparations, white budding organisms are observed as colorless buddings against the dark background. Culture is needed for definitive diagnosis. CSF samples are cultivated on blood agar, Sabouraud dextrose agar (SDA) without cycloheximide and liquid SDA. Culture plates are incubated at 37°C for 24 hours. In our study we investiagted six cryptococcosis cases isolated in microbiology laboratory over 12 years. Information of patients were obtained by examining patient files. It was determined that two patients initially received treatment for TB meningitis. Two patients were HIV positive and four of the six patients were lost because of the infection.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Clostridioides (Clostridium) difficile, gram (+), anaerob, sporlu, çomak şeklinde ve özellikle hastane kaynaklı bir bakteri olup, uzun süreli antibiyotik kullanımı sonucunda psödomembranoz kolit, toksik megakolon, intestinal perforasyon ve diareye sebep olmaktadır. Bakterinin virülansı sahip olduğu toksinlerden (enterotoksin ve sitotoksin) kaynaklanmaktadır. Etken hastanelerden başka toprakta, suda, su ürünlerinde, kasaplık hayvanlarda ve kanatlılarda tespit edilmiştir. Bu gıdalar, C. difficile için potansiyel yeni rezervuarlar olarak tanımlanmakta ve bu gıdaların tüketimi sonucu insanlarda bahsedilen hastalık tablolarının şekillenmesine sebebiyet vermektedir. C. difficile'nin neden olduğu herhangi bir gıda kaynaklı hastalık vakası bildirilmemiş olmasına rağmen; özellikle son yıllarda insanlardan izole edilen C. difficile suşlarının besi hayvanlarında da saptanması bu etkenin halk sağlığı yönünden ciddi bir risk oluşturabileceği kaygısını doğurmuştur.

Clostridioides (Clostridium) difficile is a gram (+), anaerobic, spore-forming, rod-shaped nasocomial bacterium, which causes pseudomembranous colitis, toxic megacolon, intestinal perforation and diarrhea due to long-term usage of antibiotics. The main virulence of the bacteria takes its source from toxins (enterotoxin and cytotoxin). It can be detected in the soil, water, water products and food animals other than hospitals. These foods identified as a new potential reservoirs for C. difficile and the consumption of these foods in humans causes C. difficile related enteric diseases. Although there have been no confirmed cases of any foodborne disease caused by C. difficile; especially in recent years, C. difficile strains isolated both from humans and food animals could pose a serious risk for public health.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Tıbbi laboratuvar hatalarının %70’inden fazlası preanalitik evrede gerçekleşmektedir. Hataların analizi ve kayıt altına alınması, durum değerlendirilmesi ve hataların önlenebilmesi için gereklidir. Çalışmamızda mikrobiyoloji laboratuvarı preanalitik evre hataları değerlendirilerek 6 sigma yaklaşımı ile değerlendirilmesi sınıflanması amaçlandı.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında analiz için uygun olmadığı saptanan numuneler, hata kategorileri, örneklerin geldiği hastane birimleri ve analizi gerçekleştirilen laboratuvar alanları olmak üzere 3 ana başlık altında sınıflandırıldı. Bunun için milyonda hata oranı saptanarak sigmametrik hesaplama yapıldı. Hesaplanan değerler ≥ 5.0 ise çok iyi, 4.0-<5.0 arasında ise iyi, 3.0-<4.0 arasında ise minimum ve <3.0 kabul edilemez olarak sınıflandırıldı.


BULGULAR: Sigmametrik değerlendirmeye göre kabul edilemez ve minimum hata yoktu. ≥ 5.0 sigma değerine sahip olanlar; hata kategorilerine göre yapılan analizde pıhtılı, Lipemik, yetersiz, yanlış kaba alınması, hatalı barkot, laboratuvar analiz birimlerinden ise seroloji idi. 4.0-<5.0 arasında olanlar ise hata kategorilerine göre yapılan analizde hemolizli ve uygun olmayan numune, tüm örnek gelen hastane birimleri (poliklinik, servis ve yoğun bakım), laboratuvar analiz birimlerinden ise nefelometre, ELISA ve bakteriyoloji olarak saptandı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sürekli veri analizi preanalitik evre hatalarının kontrol altına alınması için kaçınılmazdır. Preanalitik faz ile ilgili eğitimlerin sürekliliğinin sağlanması ve teknolojik alt yapının güçlendirilmesi bu evrenin kontrolünü sağlayacak temel faktörlerdir.

INTRODUCTION: More than 70% of medical laboratory errors occur in the pre-analytical phase. Analysis and recording of errors are necessary for evaluation and prevention of errors. We aimed to evaluate the phases of pre-analytical errors of microbiology laboratory and classify them according to 6 sigma approach.


METHODS: Samples which were considered inappropriate for analysis at the medical microbiology laboratory were evaluated under the 3 headings; error category, hospital units and laboratory areas where the analysis were done. Error ratio in one million was determined, and expressed on a sigma scale. The calculated values were classified as “very good” if sigma was ≥ 5.0, classified as “good” if sigma was between 4.0 and <5.0, “minimum” if sigma was between 3.0 and <4.0, and unacceptable if it was <3.0.
RESULTS: There were no unacceptable or minimum errors according to sigmametric evaluation. Those that were evaluated as having a sigma value of ≥ 5.0 were samples with clotted, lipemic, inadequate, inappropriate containers, faulty barcodes, and serology among laboratory analysis units. Those with a sigma value between 4.0<5.0 were samples with hemolysis, inappropriate, all hospital units that the samples had come from (outpatient clinics, wards and intensive unit), nephelometry from laboratory analysis units, ELISA and bacteriology in the analysis according to error categories.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Continuous data analysis is necessary for controlling preanalytic phase errors. Continuity of education on the preanalytical phase and strengthening the technologic infra-structure are fundamental factors in the control of this phase.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Herpesviridae ailesinin bir üyesi olan varisella zoster virüs (VZV) klinikleri farklı olan varisella (suçiçeği) ve zona( herpes zoster) hastalıklarının etiyolojisinden sorumlu bir virüstür. Doğru tanı ile tedavi edilebilir bir enfeksiyon etkeni olan VZV; antivirallere duyarlıdır. Serolojik tanıda VZV IgG testi özellikle kişinin etkenle karşılaşıp karşılaşmadığını göstermek açısından önemlidir. VZV IgG avidite testleri eski enfeksiyonu ayırt etmede yararlıdır ancak henüz standart değildir. Bu çalışmanın amacı, rutin tanıda yeni kullanmaya başladığımız VZV IgM ve IgG enzim immunoassay (EIA) testlerinin ve VZV IgG avidite testinin değerlendirilmesi ve rutin laboratuvar tanı yaklaşımımızı belirlenmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Viroloji Laboratuvarına VZV enfeksiyonu ön tanısı ya da viral tarama testleri istemi nedeniyle gelen 5884 VZV IgG ve 3570 VZV IgM testi, VZV IgG testi uygulandı.
BULGULAR: 3570 örnekte uygulanan VZV IgM testinin %7.6’sı (273 örnek) pozitif, %3.4’ü (120 örnek) sınır değer ve %89 (3177) negatif olarak bulundu. VZV IgG testinde de pozitif, negatif ve sınır değer olarak saptanan hasta sayısı sırası ile 4251 (%72.2), 1363 (%23.2) ve 270 (%4.6) idi. Klinik olarak suçiçeği düşünülmeyen ancak VZV IgM testi tekrar edildiğinde de pozitif çıkan 15, suçiçeği kliniği olan ve VZV IgM testi pozitif saptanan iki ve VZV IgM testinin sınır değer çıkıp tekrar edildiğinde pozitif/sınır değer/negatif çıkan 7, toplam 24 örnekte VZV IgG avidite testi çalışıldı. Olguların hiçbirinde düşük avidite indeksi saptanmadı. Dört olguda avidite indeksi sınır değer olarak saptandı. Tüm diğer örneklerde avidite indeksi yüksek saptandı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada VZV IgM ve IgG avidite EIA testlerinin akut enfeksiyon tanısında yararının sınırlı olduğu sonucuna varılmıştır.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Aşılar keşfedildikleri tarihten itibaren günümüze kadar hastalıkların meydana gelmeden önlenmesi için en etkili yöntemlerden biridir. Aşılar toplum sağlığının korunması ile birlikte özellikle yeni doğan bireyler için ölümcül birçok hastalığa karşı bağışıklığın oluşturulması için kullanılmaktadır. Türkiye, dünya tarihinde aşıların keşfedilmesi ve uygulanması sürecinde oldukça önemli bir yere sahiptir. Dünya aşı tarihine bakıldığında, özellikle Osmanlı İmparatorluğu döneminden itibaren Türkiye’nin hem aşı uygulamaları hem de hem aşı üretimi bağlamında tüm dünyada öncül bir devlet olduğu görülmektedir. Türkiye tarihinde, yapılan bilimsel keşifler eşliğinde çok farklı hastalıklara karşı aşı üretim çalışmaları Osmanlı döneminde başlamış ve Türkiye Cumhuriyeti’nin kurulmasından sonra da devam etmiştir. Böylelikle, tarihte keşfedilen ilk aşı olan çiçek aşısı da dâhil olmak üzere birçok aşı yakın geçmişe kadar ülkemizde üretilmiş olup, hem ulusal hem de uluslararası pazara sunulmuştur. Bu derlemede, dünya aşı tarihine paralel olarak Türkiye’de modern aşının gelişim evreleri, ülke tarihinde gerçekleştirilen aşı uygulamaları ve çeşitli hastalıklara karşı gerçekleştirilen aşı üretimleri kronolojik sıraya göre anlatılmıştır.

Vaccines have been one of the most effective methods to prevent diseases since they were discovered. Vaccines are used to protect public health and create immunity against many deadly diseases, especially for newborns. Türkiye has a very important place in the discovery and application of vaccines in the history of the world. Review of the World history of vaccines indicates Türkiye as a pioneer state in terms of both production and application of vaccines since the period of Ottoman Empire. In the history of Türkiye, the production of vaccines against many different diseases, accompanied by scientific discoveries, started in the Ottoman period and continued in the period after the establishment of the Republic of Türkiye. Thus, many vaccines, including the smallpox vaccine - the first vaccine in history - have been produced in our country until recently and have been offered to both national and international markets. In this review, the developmental stages of modern vaccines in Türkiye, vaccine applications carried out in the history of the country and the production of vaccines against various diseases are explained in chronological order in parallel with the world vaccine history.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonların nedenleri arasında enterokok enfeksiyonları üst sıralarda yer almaktadır ve bu enfeksiyonların tedavisinde tüm dünyada giderek artan antibiyotik direnç sorunu ile karşılaşılmaktadır. Glikopeptidlere ve yüksek düzey aminoglikozidlere karşı direncin artması, linezolid ve daptomisin gibi, dirençli gram pozitif bakterilere karşı etkili antibiyotiklerin kullanımını da arttırmaktadır. Bu çalışmada kan kültürlerinden izole edilen Enterococcus faecium ve Enterococcus faecalis suşlarında daptomisin ve linezolidin in vitro etkinliğinin saptanması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya Mayıs 2015-Ağustos 2016 tarihleri arasında kan kültürlerinden izole edilen 79 Enterococcus spp. izolatı dahil edilmiştir. İzolatların tür düzeyinde tanımlanmasında konvansiyonel yöntemler ve Phoenix otomatize sistemi (Becton Dickinson, ABD) kullanılmıştır. Daptomisin duyarlılığı için sıvı mikrodilüsyon, linezolid için gradiyent test yöntemi kullanılmıştır. Sonuçlar daptomisin için CLSI 2016’ya göre, linezolid için ise EUCAST 2016’ya göre değerlendirilmiştir.
BULGULAR: Kan kültürlerinden izole edilen enterokokların 24’ü (%30.4) E. faecium, 55’i (%69.6) E. faecalis olarak tanımlanmıştır. İzolatların tamamı daptomisin ve linezolide karşı duyarlı olarak saptanmıştır. Daptomisin MİK değerleri E. faecalis için 0.006-1 µg/ml, E. faecium için 0.125-2 µg/ml olarak saptanmıştır. Linezolid MİK değerleri ise E. faecalis için 0.25-2 µg/ml, E. faecium için 0.125-2 µg/ml olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Enterokok suşlarına karşı in vitro olarak etkili olan daptomisin ve linezolidin dirençli enterokok enfeksiyonlarının tedavisinde iyi bir alternatif olabileceği düşünülmektedir. Çalışmamızda daptomisin ve linezolide dirençli suş saptanmamasına rağmen direnç gelişim olasılığına karşı mikrobiyoloji laboratuvarlarının dikkatli olması gerekmektedir.

INTRODUCTION: The problem of antibiotic resistance in enterococcal infections, which are among the leading causes of health-care-associated infections, is increasing all over the world. Increased resistance to glycopeptides and high level aminoglycosides also increases the use of antibiotics such as linezolid and daptomycin. In this study determination of in-vitro efficacies of daptomycin and linezolid against Enterococcus faecium ve Enterococcus faecalis isolated from blood cultures was aimed.
METHODS: Sevety-nine Enterococcus spp. isolated from blood cultures between May 2015-August 2016 were included in the study. Conventional methods and Phoenix automated system (Becton Dickinson, USA) were used in the identification of isolates. Broth microdilution was used for daptomycin sensitivity whereas gradient test was used for testing linezolid susceptibility. Results were evaluated according to CLSI 2016 for daptomycin and EUCAST 2016 for linezolid.
RESULTS: Twenty-four (30.4%) of the enterococci isolated from blood cultures were identified as E. faecium, 55(69.6%) were identified as E. faecalis. All isolates were detected as susceptible to daptomycin and linezolid. Daptomycin MIC values were detected as 0.006-1μg/ml for E. faecalis and 0.125-2μg/ml for E. faecium. Linezolid MIC values were detected as 0.25-2μg/ml for E. faecalis and 0.125-2μg/ml for E. faecium.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In this study, daptomycin and linezolid were detected as effective against the enterococci in vitro. Daptomycin and linezolid may be good alternatives in the treatment of resistant enterococcal infections. Although daptomycin and linezolid resistant strains were not detected in our study, microbiology laboratories should be careful about the possibility of resistance development against these antibiotics which are alternatively used in resistant gram-positive bacteria.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada Gram negatif bakterileri besin olarak kullanan Gram negatif avcı bir bakteri olan Bdellovibrio bacteriovorus hücre özütünün, aktif çamur bakterilerinin oluşturduğu biyofilm tabakayı temizleme ve biyofilm oluşumunu engelleme etkisi incelenmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Farklı pH, sıcaklık ve mineral konsantrasyonlarının B.bacteriovorus’un aktivitesine olan etkisi incelenmiştir. B. bacteriovorus hücre özütünün atıksu bakterilerine ait biyofilm oluşumunu engelleme etkisi 96 kuyucuklu polisitren plakalar kullanılarak krsital violet yöntemiyle ölçülmüştür. B. bacteriovorus’un hücre özütünün filtrasyon membranı üzerinde oluşan biyofilm tabakayı temizleme etkisi ölü uçlu reaktor sistemi kullanılarak ölçülmüştür.
BULGULAR: 88-8.8 pH, 29.5°C sıcaklık ve 5mM CaCI2, 0,1mM MgCI2 mineral konsantrasyonlarının B. bacteriovorus’un yüksek aktivitesi için optimum olduğu bulunmuştur. B. bacteriovorus hücre özütünün çamur bakterilerine ait biyofilm oluşumunu engelleme etkisi %39 olarak ölçülmüştür. Atıksu filtrasyonunda kullanılmış membran üzerinde birikmiş olan biyofilm tabaka B. bacteriovorus hücre özütü ile yıkanmış ve bu uygulamanın membran performansına etkisi ölçülmüştür. Tamponla yıkanan kontrol membranına kıyasla B. bacteriovorus hücre özütü ile yıkanan membran akısında 12.44 L.m-2.sa-1’lik iyileşme gözlemlenmiştir
TARTIŞMA ve SONUÇ: Litik enzimlere sahip olan B. bacteriovorus hücre özütünün farklı materyaller üzerinde istenmeyen biyoflm oluşumunu engelleyebileceği gösterilmiştir.

INTRODUCTION: In this study, cell extract of Bdellovibrio bacteriovorus, a Gram negative predator bacterium that feeds on other Gram negative bacteria was investigated for its potential for reducing or inhibiting formation by wastewater bacteria.
METHODS: Effect of pH’s, temperatures and mineral concentrations on growth of B. bacteriovorus was investigated. The inhibition effect of B. bacteriovorus cell extract on biofilm formation by wastewater bacteria (using real wastewater) was measured by crystal violet method using 96 well polystrene plates. Biofilm cleaning effect of cell extracts was measured by using fouled membrane and dead end reactor system.
RESULTS: It was found that 8-8.8 pH, 29.5°C temperature and mineral concentrations of 5mM CaCI2, 0,1mM MgCI2 are optimum for B. bacteriovorus to acquire a high activity. The effect of B. bacteriovorus cell extract to inhibit the biofilm formation by sludge bacteria was measured to be %39. When the biofilm layer accumulated on the surface of filtration membrane used for wastewater filtration was cleaned by B. bacteriovorus cell extract. 12.44 L.m-2.sa-1 improvement was observed in the flux of membrane as compared the control.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The results show that B. bacteriovorus cell extract which is rich in lytic enzymes can be used for inhibition or cleaning of undesired biofilm layer formed on different surfaces.

Makale Özeti | Tam Metin PDF