Genom biliminin son yıllarda göstermiş olduğu gelişmeler, kültürleme ve izolasyon olmaksızın mikroorganizmalar ile çalışılabilmesine olanak sağlayan metagenom yaklaşımlarını ortaya çıkarmıştır. Bu teknik ilerlemenin ışığında insan ile ortak bir yaşam sürdüren ve dolayısıyla insanın bir süperorganizma olarak tanımlanmasına neden olan mikrobiyomun hastalık ve sağlık durumundaki rolü tanımlanmıştır. Buna göre hastalık durumunda mikrobiyom önemli değişikliklere (disbiyoz) uğramaktadır. Öte yandan, kısa
bir süre önce insan genomundaki genetik varyasyonların insan mikrobiyomundaki taksonomik ünitelerin varlığı/yokluğu veya bağıl bollukları ile ilişkili olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bu bulgular bir araya getirildiğinde görülmektedir ki belli hastalıklarla (Örn. diyabet, artrit gibi kompleks hastalıklar) ilişkilendirilen genetik varyasyonların önemli bir bölümü aynı zamanda bu hastalıklarla ilişkilendirilmiş
mikrobiyom değişimleriyle örtüşmektedir. Söz konusu yeni bulgulara göre hastalık ve genetik faktörler denklemine ayrıca konak genetiğiyle ilişkili olacak şekilde mikrobiyom içeriğinin de önümüzdeki süreçte girmesi beklenmektedir. Dolayısıyla, insan genomu ve insan mikrobiyomunu kapsayacak toplu metagenomik ve diğer omik yaklaşımların hastalık kapsamında incelendiği yeni deney tasarımlarına önümüzdeki süreçte gereksinim duyulacaktır. İnsan genomuinsan mikrobiyomu ilişkisinin hem epistatik hem de pleyiotropik olduğu düşünülmektedir. Bu nedenle, gelecekteki çalışmaların genetik varyasyonlar ve mikrobiyom analizi
çoklu gen etkisini göz önünde bulunduracak bir metagenom boyu ilişkilendirme çalışması (MGWAS) biyoinformatiği
üzerinde şekillenmesi kaçınılmaz görülmektedir.

With the latest advancements in genomic science, the approach of metagenomics that enables to study microorganisms without any need of culturing and isolation has evolved. In the light of these technical achievements the role of the human microbiome in health and disease states has started to be revealed, redefining human being as a ‘superorganism’. Accordingly, human microbiome is subject to significant changes in disease state called dysbiosis. On the other hand, it was reported a short while ago that some genetic variations in human genome are associated with the microbial components of human microbiome and the presence/absence or relative abundance of taxonomic units in it. When all of these findings are gathered, it can be observed that an important portion of the genetic variations associated with diseases (e.g. diabetes, arthritis) are also overlapped with related microbiomic variations. A novel factor, microbiome, is expected to weigh in the relationship of the disease and the host genetics in the near future. Therefore novel experimental designs encompassing metagenomic, and other omic analyses of human genomehuman microbiome, as well as other omics, in the context of disease will be needed. Human genome-human microbiome relationship is presumably both epistatic and pleiotropic. For that reason, it is inevitable that the future genomic projections should employ Metagenome-Wide Association Studies
(MGWAS) bioinformatics considering the multi-genic effects of genetic variations and the microbiome analysis.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Viral etkenlere bağlı santral sinir sistemi enfeksiyonları her yaşta görülebilen, akut seyirli ve hızlı ilerleyen, mortalite ve morbiditesi yüksek enfeksiyonlardır. Tanıda, nükleik asit amplifikasyon test yöntemlerinden polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sıklıkla tercih edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Bölümü’ne viral etkenlerin PZR yöntemi ile araştırılması için gönderilen beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde elde edilen sonuçların retrospektif olarak değerlendirilmesidir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Bölümü’ne 2010-2014 yılları arasında viral SSS enfeksiyonu ön tanısı ile gönderilen 704 hastaya ait 2849 BOS örneğinin sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. BOS örneklerinde adenovirus
(AdV), sitomegalovirus (CMV), Epstein Barr virus (EBV), enterovirus (EV), herpes simplex virus tip 1 ve tip 2 (HSV-1, HSV-2) virusları gerçek zamanlı PZR yöntemiyle araştırılmıştır. BOS örneklerinde protein ve glukoz ölçüm değerleri kaydedilmiştir.
BULGULAR: Otuz beş hastaya ait 38 BOS örneğinde araştırılan viral etkenler pozitif bulunmuştur. BOS örneklerinde saptanan viral etkenlerin oranları; EBV DNA, EV RNA, HSV-I DNA, AdV DNA, CMV DNA ve HSV-2 DNA için sırasıyla %3.6 (11/308), %1.8 (8/447), %1.7 (12/721), %1 (4/405), %0.4 (1/271) ve %0.2 (2/697) olarak bulunmuştur. Bir hastada HSV-1 DNA ve EBV DNA birlikte saptanmıştır.
BOS örneklerinde viral etken saptanan hastaların BOS glukoz düzeyi, 19 (%54.2) hastada normal sınırlarda, altı (%17.1) hastada düşük ve on (%28.6) hastada yüksek bulunmuştur. BOS protein düzeyi ise 17 (%48.6) hastada normal sınırlarda ve 18 (%51.4) hastada yüksek bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: BOS örneklerinde PZR temelli moleküler yöntemler kullanılarak olası tüm viral etkenlerin araştırılmasının erken tanı ve tedaviye olanak sağlayacağı düşünülmektedir.

INTRODUCTION: Viral infections of central nervous system (CNS) are rapidly progressive, acute infections with high mortality and morbidity rates, and affect people of every age. Polymerase chain reaction (PCR), which is a nucleic acid amplification test (NAAT) is frequently used for diagnosing viral infections of CNS. The aim of this study is to retrospectively analyze the results of cerebrospinal fluid (CSF) samples, which were sent to Akdeniz University Medical Faculty Hospital, Central Laboratory, Department of Microbiology to be investigated
for viral agents by PCR method.
METHODS: The results of a total of 2849 CSF samples from 704 patients, sent to Akdeniz University Hospital Central Laboratory, Department of Microbiology between 2010-2014 with a preliminary diagnosis of viral CNS infection, were retrospectively analyzed. The CSF
samples were tested by the real-time PCR method for adenovirus (AdV), cytomegalovirus (CMV), Epstein Barr Virus (EBV), enterovirus (EV) and herpes simplex viruses type 1 and type 2 (HSV- 1, HSV- 2). Also, protein and glucose levels in CSF samples were recorded.
RESULTS: Thirty eight CSF samples from 35 patients were found to be positive for viral infectious agents. EBV DNA, EV RNA, HSV-I DNA, AdV DNA, CMV DNA and HSV-2 DNA were detected in 3.6% (11/308), 1.8% (8/447), 1.7% (12/721), 1% (4/405), 0.4% (1/271) and 0.2% (2/697) of the samples respectively. HSV-I DNA and EBV DNA were detected in one patient simultaneously. The CSF glucose levels of the patients, who were found to be positive for viral infectious agents were within normal limits in 19 (54.2%), low in six (17.1%) and high in ten (28.6%) patients. Also normal, and higher CSF protein levels were found in 17 (48.6%) and 18 (51.4%) patients, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Using PCR based molecular methods for the investigation of all possible viral agents in CSF samples will conceivably provide opportunity for early diagnosis and therapy of viral CNS infections.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmada, akut solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda solunum virüslerinin saptanmasında konvansiyonel yöntemlerle
[“shell vial” hücre kültürü yöntemi, direkt fluoresans antikor (DFA)] multipleks polimerize zincir tepkimesi (PCR) test yöntemini karşılaştırmak ve multipleks PCR testinin performansını değerlendirmek amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada, Ocak 2012-Ağustos 2013 tarihleri arasında solunum yolu enfeksiyonu tanılı 502 [217 (%43.2) kadın, 285 (%56.8) erkek] nazofarengeyal sürüntü örneği incelendi. Solunum virüslerinin saptanmasında, DFA ve “shell vial” hücre kültürü yöntemi altın standart olarak alındı. Multipleks PCR testi için, üretici firmanın önerileri doğrultusunda çalışıldı.
BULGULAR: Değerlendirilen hastaların 238’inde (%47.4) en az bir yöntemle solunum virüsleri pozitif bulundu. İncelenen 502 örneğin 189’u (%37.6) DFA ve shell vial hücre kültürü yöntemi ile pozitif [human metapneumovirus (HMPV), human coronavirus (HCoV), human rhinovirus (HRV), human bocavirus (HBoV) ve parainfluenza virüs tip 4 (PIV 4) hariç], 233’ü (%46.4) multipleks PCR ile pozitif bulundu. Yalnızca HMPV, HCoV, HRV, HBoV ve PIV 4’ün pozitif olduğu 37 örnek, DFA ve shell vial hücre kültürü ile saptanamadığı için karşılaştırma dışı bırakıldı. Hücre kültürü ve DFA’ya göre multipleks PCR yönteminin duyarlılık, özgüllük, PPV, NPV ve test geçerlilik oranları sırasıyla %97.3, %95.7, %93.9, %98.1 ve %96.3 olarak bulundu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda sırasıyla en sık saptanan solunum virüsleri respiratory sinsitial virüs (RSV), HRV
ve influenza virüs tip A (INF A) olmuştur. Multipleks PCR’ın duyarlılık ve özgüllüğü oldukça yüksek bulunmuştur. Multipleks PCR’ın DFA ve hücre kültürü yöntemleriyle saptanamayan 37 solunum virüsünü de tanımlayabildiği görülmüştür. Multipleks PCR’ın yüksek duyarlılık ve özgüllüğe nedeniyle rutin laboratuvar kullanımına uygun olduğu öngörülmüştür.

INTRODUCTION: In this study, we aimed to compare multiplex PCR (mPCR) assay with conventional methods [direct fluorescent antibody (DFA) test and shell vial cell culture] for the detection of respiratory viruses in patients with acute respiratory tract infection and to evaluate the performance of the multiplex PCR method.
METHODS: Between January 2012 and August 2013, nasopharyngeal swab specimens collected from 502 [43.2%) female, 285 (56.8%) male] patients with acute respiratory tract infection were analyzed. Shell vial cell culture and DFA were used as a gold standard method for the detection of respiratory viruses. Multiplex PCR test was performed according to the manufacturer’s instructions.
RESULTS: Two hundred and thirty-eight (47.4%) patients were positive for respiratory viruses as detected by at least one method. Among 502 specimens analyzed, 189 (37.6%) were positive using the combination of DFA and shell vial cell culture [excluding human metapneumovirus (HMPV), human coronavirus (HCoV), human rhinovirus (HRV), human bocavirus (HBoV), parainfluenza virus type 4 (PIV 4)], and 233 (46.4%) were positive by mPCR. Thirty-seven samples were excluded from the comparison, because HMPV, HCoV, HRV, HBoV, PIV 4 could not be detected by DFA and shell vial cell culture. The overall sensitivity, specificity, positive, and negative predictive value, and diagnostic accuracy of mPCR were 97.3, 95.7, 93.9, 98.1 and 96.3%, respectively.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Respiratory syncytial virus (RSV), HRV and influenza virus type A (INF A) were the most frequently identified respiratory viruses in patients with respiratory tract infections. The sensitivity and specificity of mPCR were found to be quite high. Additionally mPCR could identify 37 respiratory viruses that DFA and cell culture could not. As the mPCR method was found to have high sensitivity and specificity. it was predicted to be suitable for use in routine laboratories.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, 2014 ve 2015 yılını içeren iki yıllık süreçte, laboratuvarımızda izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının birinci seçenek antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının retrospektif olarak araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Tüberküloz ön tanısı ile gönderilen şüpheli örnekler Ehrlich-Ziehl-Neelsen yöntemi ile boyanarak, mikroskobik olarak değerlendirilmiş,
Löwenstein-Jensen besiyeri ve otomatize kültür sistemine (Mycolor TK, Salubris A.Ş., İstanbul) ekimleri yapılmıştır. Üreme görülen kültür tüplerinde Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlaması ve streptomisin, izoniazid, rifampisin, etambutol duyarlılıkları çalışılmıştır.
BULGULAR: Çalışmaya laboratuvara gönderilen 5406 klinik örnekten, Mycobacterium tuberculosis kompleks izole edilmiş 266 suş dâhil edilmiştir. Her hasta için tek bir suş çalışmaya alınmıştır. Streptomisin, izoniazid, rifampisin ve etambutole toplam direnç oranları sırasıyla
%4.5, %6.4, %9 ve %4.5 olarak bulunmuştur. Hastaların %83.1’i tüm antibiyotiklere duyarlı olup, antimikobakteriyel ilaçlar içinde en yüksek direnç rifampisin için saptanmıştır. Çok ilaca direnç oranı ise %2.6 olarak bulunmuştur. Çalışmada ayrıca Ehrlich-Ziehl-
Neelsen boyama yöntemi ile otomatize kültür sistemi sonuçları karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Tüberkülozda direnç paternlerinin izlenmesi, uygulanacak tedavi protokollerinin belirlenmesinde önemli olduğu gibi uzun vadede direnç gelişiminin önlenmesinde de yararlı olacaktır.

INTRODUCTION: In this study we aimed to retrospectively analyse primary anti-tuberculosis drug susceptibilities of Mycobacterium tuberculosis complex strains, isolated from patients with initial diagnosis of tuberculosis during the two years period between 2014 and 2015 at our
laboratory.
METHODS: Clinical samples obtained from patients with suspected tuberculosis were stained with Ehrlich-Ziehl-Neelsen method and evaluated microscopically. After processing of samples, each sample was inoculated onto Löwenstein-Jensen medium and automated culture
system (Mycolor TK, Salubris A.Ş., Istanbul) medium. If bacterial growth was detected, Mycobacterium tuberculosis complex typing was made and if requested antituberculosis drug susceptibilities for streptomycin, isoniazid, rifampicin and ethambutol were tested.
RESULTS: Out of 5406 clinical samples sent to the laboratory, a total of 266 Mycobacterium tuberculosis complex iolates were included in the study and only single sample from each patient was processed. Total resistance rates to streptomycin, isoniazid, rifampicin, and ethambutol were 4.5%, 6.4%, 9% ve 4.5%, respectively. Among antimycobacterial drugs, the highest resistance rate was found for rifampicin and 83.1% of the patients were susceptible to all of the agents tested. Multidrug resistance was determined as 2.6 percent. In the study, automated culture system was also evaluated in comparison with Ehrlich-Ziehl-Neelsen staining method.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Monitoring of resistance patterns in tuberculosis is important in determining treatment protocols and will also be useful in preventing the development of resistance in long term.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, İstanbul Tıp Fakültesi, İnfluenza Referans Laboratuvarı’nın 2015-2016 influenza sürveyansı bulgularının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ulusal İnfluenza Sürveyansı kapsamında İTFVBD İnfluenza Referans Laboratuvarı’na gönderilen nazal sürüntü örneklerinde influenza virüsleri real-time PCR yöntemi ile araştırılmıştır.
BULGULAR: 2015-2016 grip sezonunda İnfluenza Referans Laboratuvarı’nda 20. hafta itibarı ile toplam 2024 burun sürüntü örneği incelenmiştir. İncelenen örneklerin 610 (%30)’unda influenza saptanmıştır. İnfluenza pozitif örneklerin 319 (%52)’u influenza A (H1N1) pdm09, 201 (%33)’i influenza A H3N2 ve 90 (%15)’ı influenza B olarak tiplendirilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sürveyans çalışmaları, gribin toplum sağlığı üzerindeki etkilerinin ortaya çıkarılması ve grip ile mücadele yollarının belirlenmesi açılarından oldukça önem taşımaktadır. Bulgularımıza göre 2015-2016 grip sezonunda 51-17. haftalar aktivitenin görüldüğü zamanlar olarak belirlenirken pik dönemi 3. haftada influenza A(H1N1)pdm09 baskınlığında yaşanmıştır.

INTRODUCTION: In this study evaluation of 2015-2016 influenza surveillance results of Influenza Reference Laboratory of Istanbul University, Medical Faculty was aimed.
METHODS: Influenza viruses in nasal swab samples, which were sent to the Influenza Reference Laboratory in Istanbul University, Medical Faculty Virology and Basic Immunology Division within the context of the Influenza Surveillance, were investigated using real-time PCR method.
RESULTS: A total 2024 nasal swab samples were investigated at the Influenza Reference Laboratory at the 20th week of 2015-2016 flu season. Influenza virus was detected in 610 (30%) of the investigated samples. Three hundred and nineteen (52%) positive samples were identified as influenza A (H1N1) pdm09, 201 (33%) as influenza A H3N2 and 90 (15%) as influenza B.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Surveillance studies are extremely important for unveiling the effects of flu on public health and determining the methods for fighting against flu. According to our results the 17-51th weeks in 2015-2016 flu season were determined to be the activation time, while the peak period occurred in the 3rd week with influenza A (H1N1) pdm09 dominancy.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

GİRİŞ ve AMAÇ: Acinetobacter baumannii aerobik, gram negatif, glukozu fermente etmeyen çoğunlukla yoğun bakım ünitelerinde meydana gelen infeksiyon salgınlarında sıklıkla yer alan fırsatçı bir patojendir. Bu organizmanın hastane çevresinde uzun süre yaşayabilme özelliği, genetik fleksibilitesi ve yüksek uyum yeteneği, karbapenemleri de içeren bir çok antimikrobial sınıfına dirençli Multi Drug Resistance (MDR) A. baumannii suşlarının özellikle son bir kaç yılda hızlı ve global yayılımının nedeni olmuştur. Bu çalışmada hastanemiz servislerinden izole edilen karbapenem dirençli A.baumannii izolatlarında OXA tipi Sınıf D Beta Laktamazların araştırılması amaçlanmıştır.


YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışma kapsamına çeşitli klinik örneklerden soyutlanan 100 karbapenemdirençli A. baumannii klinik izolatı dahil edildi. VITEK2 sistemi (bıoMerieux, ABD) ile izolatlar tür düzeyinde tanımlandı ve antimikrobiyal duyarlılık testleri yapıldı. İmipenem ve meropenemin Minimum İnhibitör Konsantrasyonu (MİK değerleri) Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile saptandı. İzolatlarda OXA karbapenemazlardan olan blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51, blaOXA-58 gen bölgelerinin varlığı PZR ile araştırıldı.
BULGULAR: Antimikrobiyal duyarlılık sonuçlarına göre tüm izolatlar piperasilin, sefepim ve seftazidime dirençli bulunmuştur. Çalışmadaki A.baumannii klinik izolatlarının tamamı kolistine duyarlı görülmektedir. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile bütün izolatlar imipenem ve meropeneme dirençli bulunmuştur. İzolatların tamamında A.baumannii’ ye özgü olan blaOXA-51 pozitif bulundu. İzolatların %93’ ünde blaOXA-23 pozitif bulunurken, blaOXA-24 ve blaOXA-58 gen bölgelerine ise saptanmadı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: OXA tipi karbapenemazların yaygınlığı ile beta-laktam antibiyotiklere karşı direncin yüksek seviyede olması dikkat çekicidir. Çalışmamız sonucunda karbapenem direncinin; OXA-51 tip doğal oksasilinazın aşırı üretimi sonucu ve OXA-23 enzim geninden kaynaklanabileceği; bunun yanında diğer direnç mekanizmalarının ileri çalışmalarda incelenmesinin gerekliliği düşünülmüştür

INTRODUCTION: Acinetobacter baumannii is an aerobic, gram negative and glucose non-fermenting opportunistic pathogen that is frequently associated
with outbreaks mostly in intensive care units. One of the main reasons for the growing interest in A. baumannii in recent years is its tendency to produce outbreaks and its ability to acquire and to accumulate resistance determinants that lead to the emergence of multidrug resistant (MDR) strains. The survival of this organism in hospital environment for long periods, its genetic flexibility and high adaptability has resulted in rapid and global spread of MDR A. baumannii strains resistant to many antimicrobial classes, including carbapenems, especially in the last few years. Carbapenems are important agents of the beta-lactam group that are used in the treatment of Acinetobacter baumannii infections. Carbapenem resistance in Acinetobacter species has been increasingly reported
throughout the world and has become the indicator of emerging antimicrobial resistance. Carbapenem resistant A. baumannii is considered as an important health problem today because of limited number of treatment options. The most common mechanisms of carbapenem resistance in Acinetobacter species involves OXA-type enzymes. A. baumannii can produce four different families of enzymes including OXA-23, OXA-24, OXA-51 and OXA-58 and derivatives of all these 4 enzymes that can hydrolyze carbapenems. In this study, we aimed to investigate OXA-type Class D beta-lactamases on carbapenem-resistant- A. baumannii strains isolated from various clinics of our hospital.
METHODS: One hundred clinical isolates of carbapenemresistant A. baumannii isolated from various clinical specimens were included in the study. Isolates were identified and their antibiotic susceptibility tests were performed by VITEK 2 system (bioMérieux, USA). Minimal Inhibitory Concentration (MIC) values for imipenem and meropenem were determined by broth microdilution method according to the recommendations of CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute). The presence of OXA carbapenemases namely blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51, blaOXA-58 gene regions in isolates was investigated by PCR.
RESULTS: All isolates were found to be resistant to piperacillin, cefepime and ceftazidime according to the antimicrobial susceptibility test results. All A. baumannii clinical isolates in the study appeared to be susceptible to colistin. All isolates were found to be resistant to imipenem and meropenem with broth microdilution method. A. baumannii specific blaOXA-51 was found to be positive in all isolates. While blaOXA-23 was found to be positive in 93% of the isolates, blaOXA-24 and blaOXA-58 gene regions weren’t detected in isolates.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The high level of resistance to beta lactam antibiotics and the high prevalence of OXA type carbapenemases are remarkable. As a result of the study,it was concluded that carbapenem resistance may occur as a result of the overproduction of OXA-51 type natural oxacillinases and the presence of OXA-23 gene. Additionally, further studies are needed to investigate other resistance mechanisms.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Cryptococcus neoformans kriptokokkoza neden olan kapsüllü bir mayadır. Havada bulunan mantar elemanlarının inhale edilmesiyle vücuda girer. Sıklıkla, immun istem yetmezliği bulunan hastalarda enfeksiyona neden olmaktadır. Başlıca santral sinir sistemi (SSS) ve akciğerleri etkilemekle birlikte, yaygın (dissemine) hastalık tablosu da gelişebilir. Santral sinir sisteminin etkilenmesi sonucunda gelişen
menenjit, her zaman klasik bulgularla ortaya çıkmayabilir. Menenjitli olguların beyin omurilik sıvısı (BOS) analizinde lenfositik pleositoz olduğu, protein düzeyinin arttığı, glukoz düzeyinin azaldığı görülür. Tanıda BOS örnekleri çini mürekkebi veya nigrosin boyasıyla boyanarak incelenir. Çini mürekkebi ile boyanmış örneklerde siyah zeminde boyayı almamış tomurcuklanan yapıların görülür. Kesin
tanı için kültür gereklidir. Kültür için siklohekzimit içermeyen Sabouraud dekstroz agar (SDA) besiyeri kullanılır. Çalışmamızda 12 yıllık süre zarfında hastanemizin mikrobiyoloji laboratuvarında izole edilmiş olan altı kriptokokkoz olgusu incelenmiştir. Hastaların bilgileri hasta dosyaları incelenerek elde edilmiştir. İki olgunun, ilk olarak tüberküloz menenjiti tedavisi aldığı görülmüştür. Ayrıca, iki hasta HIV pozitiftir. Çalışmamızdaki altı olgudan dördü enfeksiyon nedeniyle kaybedilmiştir.

Cryptococcosis is caused by Cryptococcus neoformans, a capsule-containing yeast. It enters the body predominantly through inhalation of airborne fungal elements from an environmental source. It frequently causes infections specifically in immunosuppressed patients. The yeast mainly invades central nervous system (CNS) and the lungs, although widespread (disseminated) disease may develop. Meningitis that develops as a result of the invasion of the CNS, may not present with the classical symptoms. Analysis
of cerebrospinal fluid (CSF) shows lymphocytic pleocytosis, increased protein, and reduced glucose levels in meningitis cases. The samples are stained with Indian ink or nigrosin stain. In Indian ink preparations, white budding organisms are observed as colorless buddings against the dark background. Culture is needed for definitive diagnosis. CSF samples are cultivated on blood agar, Sabouraud dextrose agar (SDA) without cycloheximide and liquid SDA. Culture plates are incubated at 37°C for 24 hours. In our study we investiagted six cryptococcosis cases isolated in microbiology laboratory over 12 years. Information of patients were obtained by examining patient files. It was determined that two patients initially received treatment for TB meningitis. Two patients were HIV positive and four of the six patients were lost because of the infection.

Makale Özeti | Tam Metin PDF